src/jalview/io/RnamlFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.BufferedReader;
  24 import java.io.FileNotFoundException;
  25 import java.io.FileReader;
  26 import java.io.IOException;
  27 import java.util.ArrayList;
  28
  29 import jalview.analysis.SecStrConsensus.SimpleBP;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.Annotation;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35
  36 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  37 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  38 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  39 import fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory;
  40 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  41
  42 public class RnamlFile extends AlignFile
  43 {
  44   public String id;
  45
  46   protected ArrayList<RNA> result;
  47
  48   public RnamlFile()
  49   {
  50     super();
  51
  52   }
  53
  54   public RnamlFile(String inFile, String type) throws IOException
  55   {
  56     super(inFile, type);
  57
  58   }
  59
  60   public RnamlFile(FileParse source) throws IOException
  61   {
  62     super(source);
  63
  64   }
  65
  66   public BufferedReader CreateReader() throws FileNotFoundException
  67   {
  68     FileReader fr = null;
  69     fr = new FileReader(inFile);
  70
  71     BufferedReader r = new BufferedReader(fr);
  72     return r;
  73   }
  74
  75   /*
  76    * (non-Javadoc)
  77    *
  78    * @see jalview.io.AlignFile#parse()
  79    */
  80   public void parse() throws IOException
  81   {
  82     if (System.getProperty("java.version").indexOf("1.6") > -1
  83             || System.getProperty("java.version").indexOf("1.5") > -1)
  84     {
  85       // patch for 'This parser does not support specification "null" version
  86       // "null"' error
  87       // this hack ensures we get a properly updated SAXParserFactory on older
  88       // JVMs
  89       // thanks to Stefan Birkner over at https://coderwall.com/p/kqsrrw
  90       System.setProperty("javax.xml.parsers.SAXParserFactory",
  91               "com.sun.org.apache.xerces.internal.jaxp.SAXParserFactoryImpl");
  92     }
  93     // rather than lose exception semantics whilst parsing RNAML with VARNA we
  94     // wrap the routine and catch all exceptions before passing them up the
  95     // chain as an IOException
  96     try
  97     {
  98       _parse();
  99     } catch (ExceptionPermissionDenied pdx)
 100     {
 101       errormessage = MessageManager.formatMessage("exception.rnaml_couldnt_access_datasource", new String[]{pdx.getMessage()});
 102       throw new IOException(pdx);
 103     } catch (ExceptionLoadingFailed lf)
 104     {
 105       errormessage = MessageManager.formatMessage("exception.ranml_couldnt_process_data", new String[]{lf.getMessage()});
 106       throw new IOException(lf);
 107     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax iff)
 108     {
 109         errormessage = MessageManager.formatMessage("exception.ranml_invalid_file", new String[]{iff.getMessage()});
 110       throw new IOException(iff);
 111     } catch (Exception x)
 112     {
 113       error = true;
 114       errormessage = MessageManager.formatMessage("exception.ranml_problem_parsing_data", new String[]{x.getMessage()});
 115       throw new IOException(errormessage , x);
 116     }
 117   }
 118
 119   @SuppressWarnings("unchecked")
 120   public void _parse() throws FileNotFoundException,
 121           ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed,
 122           ExceptionFileFormatOrSyntax
 123   {
 124
 125     result = RNAFactory.loadSecStrRNAML(getReader());
 126
 127     ArrayList<ArrayList> allarray = new ArrayList();
 128     ArrayList<ArrayList<SimpleBP>> BP = new ArrayList();
 129     ArrayList strucinarray = new ArrayList();
 130     SequenceI[] seqs = new SequenceI[result.size()];
 131
 132     for (int i = 0; i < result.size(); i++)
 133     {
 134
 135       RNA current = result.get(i);
 136       String rna = current.getStructDBN(true);
 137       String seq = current.getSeq();
 138       int begin = 1;
 139       int end = seq.length();
 140
 141       id = current.getName();
 142       seqs[i] = new Sequence(id, seq, begin, end);
 143
 144       seqs[i].setEnd(seqs[i].findPosition(seqs[i].getLength()));
 145       String[] annot = new String[rna.length()];
 146       Annotation[] ann = new Annotation[rna.length()];
 147
 148       for (int j = 0; j < rna.length(); j++)
 149       {
 150         annot[j] = "" + rna.charAt(j);
 151
 152       }
 153       for (int k = 0; k < rna.length(); k++)
 154       {
 155         ann[k] = new Annotation(annot[k], "",
 156                 jalview.schemes.ResidueProperties.getRNASecStrucState(
 157                         annot[k]).charAt(0), 0f);
 158       }
 159
 160       AlignmentAnnotation align = new AlignmentAnnotation("Sec. str.",
 161               current.getID(), ann);
 162
 163       seqs[i].addAlignmentAnnotation(align);
 164       seqs[i].setRNA(result.get(i));
 165
 166       allarray.add(strucinarray);
 167
 168       annotations.addElement(align);
 169       BP.add(align.bps);
 170
 171     }
 172
 173     setSeqs(seqs);
 174   }
 175
 176   public static String print(SequenceI[] s)
 177   {
 178     return "not yet implemented";
 179   }
 180
 181   public String print()
 182   {
 183     System.out.print("print :");
 184     return print(getSeqsAsArray());
 185   }
 186
 187   public ArrayList getRNA()
 188   {
 189     return result;
 190   }
 191
 192   // public static void main(String[] args) {
 193   // Pattern p= Pattern.compile("(.+)[.][^.]+");
 194   // Matcher m = p.matcher("toto.xml.zip");
 195   // System.out.println(m.matches());
 196   // System.out.println(m.group(1));
 197   // }
 198   /**
 199    * make a friendly ID string.
 200    *
 201    * @param dataName
 202    * @return truncated dataName to after last '/'
 203    */
 204   private String safeName(String dataName)
 205   {
 206     int b = 0;
 207     while ((b = dataName.indexOf("/")) > -1 && b < dataName.length())
 208     {
 209       dataName = dataName.substring(b + 1).trim();
 210
 211     }
 212     int e = (dataName.length() - dataName.indexOf(".")) + 1;
 213     dataName = dataName.substring(1, e).trim();
 214     return dataName;
 215   }
 216 }