src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.util.Arrays;
  24 import java.util.Collection;
  25 import java.util.Comparator;
  26 import java.util.LinkedHashMap;
  27 import java.util.List;
  28 import java.util.Map;
  29
  30 import jalview.api.FeatureColourI;
  31 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  32 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  33 import jalview.datamodel.GeneLociI;
  34 import jalview.datamodel.MappedFeatures;
  35 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.util.MessageManager;
  38 import jalview.util.StringUtils;
  39 import jalview.util.UrlLink;
  40 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  41
  42 /**
  43  * generate HTML reports for a sequence
  44  *
  45  * @author jimp
  46  */
  47 public class SequenceAnnotationReport
  48 {
  49   private static final int MAX_DESCRIPTION_LENGTH = 40;
  50
  51   private static final String COMMA = ",";
  52
  53   private static final String ELLIPSIS = "...";
  54
  55   private static final int MAX_REFS_PER_SOURCE = 4;
  56
  57   private static final int MAX_SOURCES = 40;
  58
  59   private static String linkImageURL;
  60
  61   private static final String[][] PRIMARY_SOURCES = new String[][] {
  62       DBRefSource.CODINGDBS, DBRefSource.DNACODINGDBS,
  63       DBRefSource.PROTEINDBS };
  64
  65   /*
  66    * Comparator to order DBRefEntry by Source + accession id (case-insensitive),
  67    * with 'Primary' sources placed before others, and 'chromosome' first of all
  68    */
  69   private static Comparator<DBRefEntry> comparator = new Comparator<DBRefEntry>()
  70   {
  71
  72     @Override
  73     public int compare(DBRefEntry ref1, DBRefEntry ref2)
  74     {
  75       if (ref1 instanceof GeneLociI)
  76       {
  77         return -1;
  78       }
  79       if (ref2 instanceof GeneLociI)
  80       {
  81         return 1;
  82       }
  83       String s1 = ref1.getSource();
  84       String s2 = ref2.getSource();
  85       boolean s1Primary = isPrimarySource(s1);
  86       boolean s2Primary = isPrimarySource(s2);
  87       if (s1Primary && !s2Primary)
  88       {
  89         return -1;
  90       }
  91       if (!s1Primary && s2Primary)
  92       {
  93         return 1;
  94       }
  95       int comp = s1 == null ? -1 : (s2 == null ? 1 : s1
  96               .compareToIgnoreCase(s2));
  97       if (comp == 0)
  98       {
  99         String a1 = ref1.getAccessionId();
 100         String a2 = ref2.getAccessionId();
 101         comp = a1 == null ? -1 : (a2 == null ? 1 : a1
 102                 .compareToIgnoreCase(a2));
 103       }
 104       return comp;
 105     }
 106
 107     private boolean isPrimarySource(String source)
 108     {
 109       for (String[] primary : PRIMARY_SOURCES)
 110       {
 111         for (String s : primary)
 112         {
 113           if (source.equals(s))
 114           {
 115             return true;
 116           }
 117         }
 118       }
 119       return false;
 120     }
 121   };
 122
 123   private boolean forTooltip;
 124
 125   /**
 126    * Constructor given a flag which affects behaviour
 127    * <ul>
 128    * <li>if true, generates feature details suitable to show in a tooltip</li>
 129    * <li>if false, generates feature details in a form suitable for the sequence
 130    * details report</li>
 131    * </ul>
 132    *
 133    * @param isForTooltip
 134    */
 135   public SequenceAnnotationReport(boolean isForTooltip)
 136   {
 137     this.forTooltip = isForTooltip;
 138     if (linkImageURL == null)
 139     {
 140       linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif").toString();
 141     }
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Append text for the list of features to the tooltip. Returns the number of
 146    * features not added if maxlength limit is (or would have been) reached.
 147    *
 148    * @param sb
 149    * @param residuePos
 150    * @param features
 151    * @param minmax
 152    * @param maxlength
 153    */
 154   public int appendFeatures(final StringBuilder sb,
 155           int residuePos, List<SequenceFeature> features,
 156           FeatureRendererModel fr, int maxlength)
 157   {
 158     for (int i = 0; i < features.size(); i++)
 159     {
 160       SequenceFeature feature = features.get(i);
 161       if (appendFeature(sb, residuePos, fr, feature, null, maxlength))
 162       {
 163         return features.size() - i;
 164       }
 165     }
 166     return 0;
 167   }
 168
 169   /**
 170    * Appends text for mapped features (e.g. CDS feature for peptide or vice
 171    * versa) Returns number of features left if maxlength limit is (or would have
 172    * been) reached.
 173    *
 174    * @param sb
 175    * @param residuePos
 176    * @param mf
 177    * @param fr
 178    * @param maxlength
 179    */
 180   public int appendFeatures(StringBuilder sb, int residuePos,
 181           MappedFeatures mf, FeatureRendererModel fr, int maxlength)
 182   {
 183     for (int i = 0; i < mf.features.size(); i++)
 184     {
 185       SequenceFeature feature = mf.features.get(i);
 186       if (appendFeature(sb, residuePos, fr, feature, mf, maxlength))
 187       {
 188         return mf.features.size() - i;
 189       }
 190     }
 191     return 0;
 192   }
 193
 194   /**
 195    * Appends the feature at rpos to the given buffer
 196    *
 197    * @param sb
 198    * @param rpos
 199    * @param minmax
 200    * @param feature
 201    */
 202   boolean appendFeature(final StringBuilder sb0, int rpos,
 203           FeatureRendererModel fr, SequenceFeature feature,
 204           MappedFeatures mf, int maxlength)
 205   {
 206     int begin = feature.getBegin();
 207     int end = feature.getEnd();
 208
 209     /*
 210      * if this is a virtual features, convert begin/end to the
 211      * coordinates of the sequence it is mapped to
 212      */
 213     int[] beginRange = null;
 214     int[] endRange = null;
 215     if (mf != null)
 216     {
 217       beginRange = mf.getMappedPositions(begin, begin);
 218       endRange = mf.getMappedPositions(end, end);
 219       if (beginRange == null || endRange == null)
 220       {
 221         // something went wrong
 222         return false;
 223       }
 224       begin = beginRange[0];
 225       end = endRange[endRange.length - 1];
 226     }
 227
 228     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 229     if (feature.isContactFeature())
 230     {
 231       /*
 232        * include if rpos is at start or end position of [mapped] feature
 233        */
 234       boolean showContact = (mf == null) && (rpos == begin || rpos == end);
 235       boolean showMappedContact = (mf != null) && ((rpos >= beginRange[0]
 236               && rpos <= beginRange[beginRange.length - 1])
 237               || (rpos >= endRange[0]
 238                       && rpos <= endRange[endRange.length - 1]));
 239       if (showContact || showMappedContact)
 240       {
 241         if (sb0.length() > 6)
 242         {
 243           sb.append("<br/>");
 244         }
 245         sb.append(feature.getType()).append(" ").append(begin).append(":")
 246                 .append(end);
 247       }
 248       return appendText(sb0, sb, maxlength);
 249     }
 250
 251     if (sb0.length() > 6)
 252     {
 253       sb.append("<br/>");
 254     }
 255     // TODO: remove this hack to display link only features
 256     boolean linkOnly = feature.getValue("linkonly") != null;
 257     if (!linkOnly)
 258     {
 259       sb.append(feature.getType()).append(" ");
 260       if (rpos != 0)
 261       {
 262         // we are marking a positional feature
 263         sb.append(begin);
 264         if (begin != end)
 265         {
 266           sb.append(" ").append(end);
 267         }
 268       }
 269
 270       String description = feature.getDescription();
 271       if (description != null && !description.equals(feature.getType()))
 272       {
 273         description = StringUtils.stripHtmlTags(description);
 274
 275         /*
 276          * truncate overlong descriptions unless they contain an href
 277          * before the truncation point (as truncation could leave corrupted html)
 278          */
 279         int linkindex = description.toLowerCase().indexOf("<a ");
 280         boolean hasLink = linkindex > -1
 281                 && linkindex < MAX_DESCRIPTION_LENGTH;
 282         if (description.length() > MAX_DESCRIPTION_LENGTH && !hasLink)
 283         {
 284           description = description.substring(0, MAX_DESCRIPTION_LENGTH)
 285                   + ELLIPSIS;
 286         }
 287
 288         sb.append("; ").append(description);
 289       }
 290
 291       if (showScore(feature, fr))
 292       {
 293         sb.append(" Score=").append(String.valueOf(feature.getScore()));
 294       }
 295       String status = (String) feature.getValue("status");
 296       if (status != null && status.length() > 0)
 297       {
 298         sb.append("; (").append(status).append(")");
 299       }
 300
 301       /*
 302        * add attribute value if coloured by attribute
 303        */
 304       if (fr != null)
 305       {
 306         FeatureColourI fc = fr.getFeatureColours().get(feature.getType());
 307         if (fc != null && fc.isColourByAttribute())
 308         {
 309           String[] attName = fc.getAttributeName();
 310           String attVal = feature.getValueAsString(attName);
 311           if (attVal != null)
 312           {
 313             sb.append("; ").append(String.join(":", attName)).append("=")
 314                     .append(attVal);
 315           }
 316         }
 317       }
 318
 319       if (mf != null)
 320       {
 321         String variants = mf.findProteinVariants(feature);
 322         if (!variants.isEmpty())
 323         {
 324           sb.append(" ").append(variants);
 325         }
 326       }
 327     }
 328     return appendText(sb0, sb, maxlength);
 329   }
 330
 331   /**
 332    * Appends sb to sb0, and returns false, unless maxlength is not zero and
 333    * appending would make the result longer than or equal to maxlength, in which
 334    * case the append is not done and returns true
 335    *
 336    * @param sb0
 337    * @param sb
 338    * @param maxlength
 339    * @return
 340    */
 341   private static boolean appendText(StringBuilder sb0, StringBuilder sb,
 342           int maxlength)
 343   {
 344     if (maxlength == 0 || sb0.length() + sb.length() < maxlength)
 345     {
 346       sb0.append(sb);
 347       return false;
 348     }
 349     return true;
 350   }
 351
 352   /**
 353    * Answers true if score should be shown, else false. Score is shown if it is
 354    * not NaN, and the feature type has a non-trivial min-max score range
 355    */
 356   boolean showScore(SequenceFeature feature, FeatureRendererModel fr)
 357   {
 358     if (Float.isNaN(feature.getScore()))
 359     {
 360       return false;
 361     }
 362     if (fr == null)
 363     {
 364       return true;
 365     }
 366     float[][] minMax = fr.getMinMax().get(feature.getType());
 367
 368     /*
 369      * minMax[0] is the [min, max] score range for positional features
 370      */
 371     if (minMax == null || minMax[0] == null || minMax[0][0] == minMax[0][1])
 372     {
 373       return false;
 374     }
 375     return true;
 376   }
 377
 378   /**
 379    * Format and appends any hyperlinks for the sequence feature to the string
 380    * buffer
 381    *
 382    * @param sb
 383    * @param feature
 384    */
 385   void appendLinks(final StringBuffer sb, SequenceFeature feature)
 386   {
 387     if (feature.links != null)
 388     {
 389       if (linkImageURL != null)
 390       {
 391         sb.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");
 392       }
 393       else
 394       {
 395         for (String urlstring : feature.links)
 396         {
 397           try
 398           {
 399             for (List<String> urllink : createLinksFrom(null, urlstring))
 400             {
 401               sb.append("<br/> <a href=\""
 402                       + urllink.get(3)
 403                       + "\" target=\""
 404                       + urllink.get(0)
 405                       + "\">"
 406                       + (urllink.get(0).toLowerCase()
 407                               .equals(urllink.get(1).toLowerCase()) ? urllink
 408                               .get(0) : (urllink.get(0) + ":" + urllink
 409                                               .get(1)))
 410                       + "</a><br/>");
 411             }
 412           } catch (Exception x)
 413           {
 414             System.err.println("problem when creating links from "
 415                     + urlstring);
 416             x.printStackTrace();
 417           }
 418         }
 419       }
 420
 421     }
 422   }
 423
 424   /**
 425    *
 426    * @param seq
 427    * @param link
 428    * @return Collection< List<String> > { List<String> { link target, link
 429    *         label, dynamic component inserted (if any), url }}
 430    */
 431   Collection<List<String>> createLinksFrom(SequenceI seq, String link)
 432   {
 433     Map<String, List<String>> urlSets = new LinkedHashMap<>();
 434     UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 435     if (!urlLink.isValid())
 436     {
 437       System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 438       return null;
 439     }
 440
 441     urlLink.createLinksFromSeq(seq, urlSets);
 442
 443     return urlSets.values();
 444   }
 445
 446   public void createSequenceAnnotationReport(final StringBuilder tip,
 447           SequenceI sequence, boolean showDbRefs, boolean showNpFeats,
 448           FeatureRendererModel fr)
 449   {
 450     createSequenceAnnotationReport(tip, sequence, showDbRefs, showNpFeats,
 451             fr, false);
 452   }
 453
 454   /**
 455    * Builds an html formatted report of sequence details and appends it to the
 456    * provided buffer.
 457    *
 458    * @param sb
 459    *          buffer to append report to
 460    * @param sequence
 461    *          the sequence the report is for
 462    * @param showDbRefs
 463    *          whether to include database references for the sequence
 464    * @param showNpFeats
 465    *          whether to include non-positional sequence features
 466    * @param fr
 467    * @param summary
 468    * @return
 469    */
 470   int createSequenceAnnotationReport(final StringBuilder sb,
 471           SequenceI sequence, boolean showDbRefs, boolean showNpFeats,
 472           FeatureRendererModel fr, boolean summary)
 473   {
 474     String tmp;
 475     sb.append("<i>");
 476
 477     int maxWidth = 0;
 478     if (sequence.getDescription() != null)
 479     {
 480       tmp = sequence.getDescription();
 481       sb.append(tmp);
 482       maxWidth = Math.max(maxWidth, tmp.length());
 483     }
 484     SequenceI ds = sequence;
 485     while (ds.getDatasetSequence() != null)
 486     {
 487       ds = ds.getDatasetSequence();
 488     }
 489
 490     if (showDbRefs)
 491     {
 492       maxWidth = Math.max(maxWidth, appendDbRefs(sb, ds, summary));
 493     }
 494
 495     /*
 496      * add non-positional features if wanted
 497      */
 498     if (showNpFeats)
 499     {
 500       for (SequenceFeature sf : sequence.getFeatures()
 501               .getNonPositionalFeatures())
 502       {
 503         int sz = -sb.length();
 504         appendFeature(sb, 0, fr, sf, null, 0);
 505         sz += sb.length();
 506         maxWidth = Math.max(maxWidth, sz);
 507       }
 508     }
 509     sb.append("</i>");
 510     return maxWidth;
 511   }
 512
 513   /**
 514    * A helper method that appends any DBRefs, returning the maximum line length
 515    * added
 516    *
 517    * @param sb
 518    * @param ds
 519    * @param summary
 520    * @return
 521    */
 522   protected int appendDbRefs(final StringBuilder sb, SequenceI ds,
 523           boolean summary)
 524   {
 525     DBRefEntry[] dbrefs = ds.getDBRefs();
 526     if (dbrefs == null)
 527     {
 528       return 0;
 529     }
 530
 531     // note this sorts the refs held on the sequence!
 532     Arrays.sort(dbrefs, comparator);
 533     boolean ellipsis = false;
 534     String source = null;
 535     String lastSource = null;
 536     int countForSource = 0;
 537     int sourceCount = 0;
 538     boolean moreSources = false;
 539     int maxLineLength = 0;
 540     int lineLength = 0;
 541
 542     for (DBRefEntry ref : dbrefs)
 543     {
 544       source = ref.getSource();
 545       if (source == null)
 546       {
 547         // shouldn't happen
 548         continue;
 549       }
 550       boolean sourceChanged = !source.equals(lastSource);
 551       if (sourceChanged)
 552       {
 553         lineLength = 0;
 554         countForSource = 0;
 555         sourceCount++;
 556       }
 557       if (sourceCount > MAX_SOURCES && summary)
 558       {
 559         ellipsis = true;
 560         moreSources = true;
 561         break;
 562       }
 563       lastSource = source;
 564       countForSource++;
 565       if (countForSource == 1 || !summary)
 566       {
 567         sb.append("<br/>");
 568       }
 569       if (countForSource <= MAX_REFS_PER_SOURCE || !summary)
 570       {
 571         String accessionId = ref.getAccessionId();
 572         lineLength += accessionId.length() + 1;
 573         if (countForSource > 1 && summary)
 574         {
 575           sb.append(", ").append(accessionId);
 576           lineLength++;
 577         }
 578         else
 579         {
 580           sb.append(source).append(" ").append(accessionId);
 581           lineLength += source.length();
 582         }
 583         maxLineLength = Math.max(maxLineLength, lineLength);
 584       }
 585       if (countForSource == MAX_REFS_PER_SOURCE && summary)
 586       {
 587         sb.append(COMMA).append(ELLIPSIS);
 588         ellipsis = true;
 589       }
 590     }
 591     if (moreSources)
 592     {
 593       sb.append("<br/>").append(source).append(COMMA).append(ELLIPSIS);
 594     }
 595     if (ellipsis)
 596     {
 597       sb.append("<br/>(");
 598       sb.append(MessageManager.getString("label.output_seq_details"));
 599       sb.append(")");
 600     }
 601
 602     return maxLineLength;
 603   }
 604
 605   public void createTooltipAnnotationReport(final StringBuilder tip,
 606           SequenceI sequence, boolean showDbRefs, boolean showNpFeats,
 607           FeatureRendererModel fr)
 608   {
 609     int maxWidth = createSequenceAnnotationReport(tip, sequence,
 610             showDbRefs, showNpFeats, fr, true);
 611
 612     if (maxWidth > 60)
 613     {
 614       // ? not sure this serves any useful purpose
 615       // tip.insert(0, "<table width=350 border=0><tr><td>");
 616       // tip.append("</td></tr></table>");
 617     }
 618   }
 619 }