src/jalview/io/StockholmFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 /*
  22  * This extension was written by Benjamin Schuster-Boeckler at sanger.ac.uk
  23  */
  24 package jalview.io;
  25
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  31 import jalview.datamodel.Mapping;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.util.Format;
  36
  37 import java.io.BufferedReader;
  38 import java.io.FileReader;
  39 import java.io.IOException;
  40 import java.util.ArrayList;
  41 import java.util.Enumeration;
  42 import java.util.Hashtable;
  43 import java.util.List;
  44 import java.util.StringTokenizer;
  45 import java.util.Vector;
  46
  47 import com.stevesoft.pat.Regex;
  48
  49 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  50 import fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory;
  51 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  52
  53 // import org.apache.log4j.*;
  54
  55 /**
  56  * This class is supposed to parse a Stockholm format file into Jalview There
  57  * are TODOs in this class: we do not know what the database source and version
  58  * is for the file when parsing the #GS= AC tag which associates accessions with
  59  * sequences. Database references are also not parsed correctly: a separate
  60  * reference string parser must be added to parse the database reference form
  61  * into Jalview's local representation.
  62  *
  63  * @author bsb at sanger.ac.uk
  64  * @author Natasha Shersnev (Dundee, UK) (Stockholm file writer)
  65  * @author Lauren Lui (UCSC, USA) (RNA secondary structure annotation import as
  66  *         stockholm)
  67  * @author Anne Menard (Paris, FR) (VARNA parsing of Stockholm file data)
  68  * @version 0.3 + jalview mods
  69  *
  70  */
  71 public class StockholmFile extends AlignFile
  72 {
  73   // static Logger logger = Logger.getLogger("jalview.io.StockholmFile");
  74   protected ArrayList<RNA> result;
  75
  76   StringBuffer out; // output buffer
  77
  78   AlignmentI al;
  79
  80   public StockholmFile()
  81   {
  82   }
  83
  84   /**
  85    * Creates a new StockholmFile object for output.
  86    */
  87   public StockholmFile(AlignmentI al)
  88   {
  89     this.al = al;
  90   }
  91
  92   public StockholmFile(String inFile, String type) throws IOException
  93   {
  94     super(inFile, type);
  95   }
  96
  97   public StockholmFile(FileParse source) throws IOException
  98   {
  99     super(source);
 100   }
 101
 102   public void initData()
 103   {
 104     super.initData();
 105   }
 106
 107   /**
 108    * Parse a file in Stockholm format into Jalview's data model using VARNA
 109    *
 110    * @throws IOException
 111    *           If there is an error with the input file
 112    */
 113   public void parse_with_VARNA(java.io.File inFile) throws IOException
 114   {
 115     FileReader fr = null;
 116     fr = new FileReader(inFile);
 117
 118     BufferedReader r = new BufferedReader(fr);
 119     result = null;
 120     try
 121     {
 122       result = RNAFactory.loadSecStrStockholm(r);
 123     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses umcp)
 124     {
 125       errormessage = "Unmatched parentheses in annotation. Aborting ("
 126               + umcp.getMessage() + ")";
 127       throw new IOException(umcp);
 128     }
 129     // DEBUG System.out.println("this is the secondary scructure:"
 130     // +result.size());
 131     SequenceI[] seqs = new SequenceI[result.size()];
 132     String id = null;
 133     for (int i = 0; i < result.size(); i++)
 134     {
 135       // DEBUG System.err.println("Processing i'th sequence in Stockholm file")
 136       RNA current = result.get(i);
 137
 138       String seq = current.getSeq();
 139       String rna = current.getStructDBN(true);
 140       // DEBUG System.out.println(seq);
 141       // DEBUG System.err.println(rna);
 142       int begin = 0;
 143       int end = seq.length() - 1;
 144       id = safeName(getDataName());
 145       seqs[i] = new Sequence(id, seq, begin, end);
 146       String[] annot = new String[rna.length()];
 147       Annotation[] ann = new Annotation[rna.length()];
 148       for (int j = 0; j < rna.length(); j++)
 149       {
 150         annot[j] = rna.substring(j, j + 1);
 151
 152       }
 153
 154       for (int k = 0; k < rna.length(); k++)
 155       {
 156         ann[k] = new Annotation(annot[k], "",
 157                 jalview.schemes.ResidueProperties.getRNASecStrucState(
 158                         annot[k]).charAt(0), 0f);
 159
 160       }
 161       AlignmentAnnotation align = new AlignmentAnnotation("Sec. str.",
 162               current.getID(), ann);
 163
 164       seqs[i].addAlignmentAnnotation(align);
 165       seqs[i].setRNA(result.get(i));
 166       this.annotations.addElement(align);
 167     }
 168     this.setSeqs(seqs);
 169
 170   }
 171
 172   /**
 173    * Parse a file in Stockholm format into Jalview's data model. The file has to
 174    * be passed at construction time
 175    *
 176    * @throws IOException
 177    *           If there is an error with the input file
 178    */
 179   public void parse() throws IOException
 180   {
 181     StringBuffer treeString = new StringBuffer();
 182     String treeName = null;
 183     // --------------- Variable Definitions -------------------
 184     String line;
 185     String version;
 186     // String id;
 187     Hashtable seqAnn = new Hashtable(); // Sequence related annotations
 188     Hashtable seqs = new Hashtable();
 189     Regex p, r, rend, s, x;
 190     // Temporary line for processing RNA annotation
 191     // String RNAannot = "";
 192
 193     // ------------------ Parsing File ----------------------
 194     // First, we have to check that this file has STOCKHOLM format, i.e. the
 195     // first line must match
 196
 197     r = new Regex("# STOCKHOLM ([\\d\\.]+)");
 198     if (!r.search(nextLine()))
 199     {
 200       throw new IOException(
 201               "This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'");
 202     }
 203     else
 204     {
 205       version = r.stringMatched(1);
 206
 207       // logger.debug("Stockholm version: " + version);
 208     }
 209
 210     // We define some Regexes here that will be used regularily later
 211     rend = new Regex("^\\s*\\/\\/"); // Find the end of an alignment
 212     p = new Regex("(\\S+)\\/(\\d+)\\-(\\d+)"); // split sequence id in
 213     // id/from/to
 214     s = new Regex("(\\S+)\\s+(\\S*)\\s+(.*)"); // Parses annotation subtype
 215     r = new Regex("#=(G[FSRC]?)\\s+(.*)"); // Finds any annotation line
 216     x = new Regex("(\\S+)\\s+(\\S+)"); // split id from sequence
 217
 218     // Convert all bracket types to parentheses (necessary for passing to VARNA)
 219     Regex openparen = new Regex("(<|\\[)", "(");
 220     Regex closeparen = new Regex("(>|\\])", ")");
 221
 222     // Detect if file is RNA by looking for bracket types
 223     Regex detectbrackets = new Regex("(<|>|\\[|\\]|\\(|\\))");
 224
 225     rend.optimize();
 226     p.optimize();
 227     s.optimize();
 228     r.optimize();
 229     x.optimize();
 230     openparen.optimize();
 231     closeparen.optimize();
 232
 233     while ((line = nextLine()) != null)
 234     {
 235       if (line.length() == 0)
 236       {
 237         continue;
 238       }
 239       if (rend.search(line))
 240       {
 241         // End of the alignment, pass stuff back
 242         this.noSeqs = seqs.size();
 243
 244         String seqdb, dbsource = null;
 245         Regex pf = new Regex("PF[0-9]{5}(.*)"); // Finds AC for Pfam
 246         Regex rf = new Regex("RF[0-9]{5}(.*)"); // Finds AC for Rfam
 247         if (getAlignmentProperty("AC") != null)
 248         {
 249           String dbType = getAlignmentProperty("AC").toString();
 250           if (pf.search(dbType))
 251           {
 252             // PFAM Alignment - so references are typically from Uniprot
 253             dbsource = "PFAM";
 254           }
 255           else if (rf.search(dbType))
 256           {
 257             dbsource = "RFAM";
 258           }
 259         }
 260         // logger.debug("Number of sequences: " + this.noSeqs);
 261         Enumeration accs = seqs.keys();
 262         while (accs.hasMoreElements())
 263         {
 264           String acc = (String) accs.nextElement();
 265           // logger.debug("Processing sequence " + acc);
 266           String seq = (String) seqs.remove(acc);
 267           if (maxLength < seq.length())
 268           {
 269             maxLength = seq.length();
 270           }
 271           int start = 1;
 272           int end = -1;
 273           String sid = acc;
 274           /*
 275            * Retrieve hash of annotations for this accession Associate
 276            * Annotation with accession
 277            */
 278           Hashtable accAnnotations = null;
 279
 280           if (seqAnn != null && seqAnn.containsKey(acc))
 281           {
 282             accAnnotations = (Hashtable) seqAnn.remove(acc);
 283             // TODO: add structures to sequence
 284           }
 285
 286           // Split accession in id and from/to
 287           if (p.search(acc))
 288           {
 289             sid = p.stringMatched(1);
 290             start = Integer.parseInt(p.stringMatched(2));
 291             end = Integer.parseInt(p.stringMatched(3));
 292           }
 293           // logger.debug(sid + ", " + start + ", " + end);
 294
 295           Sequence seqO = new Sequence(sid, seq, start, end);
 296           // Add Description (if any)
 297           if (accAnnotations != null && accAnnotations.containsKey("DE"))
 298           {
 299             String desc = (String) accAnnotations.get("DE");
 300             seqO.setDescription((desc == null) ? "" : desc);
 301           }
 302           // Add DB References (if any)
 303           if (accAnnotations != null && accAnnotations.containsKey("DR"))
 304           {
 305             String dbr = (String) accAnnotations.get("DR");
 306             if (dbr != null && dbr.indexOf(";") > -1)
 307             {
 308               String src = dbr.substring(0, dbr.indexOf(";"));
 309               String acn = dbr.substring(dbr.indexOf(";") + 1);
 310               jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef(seqO, src, "0", acn);
 311             }
 312           }
 313
 314           if (accAnnotations != null && accAnnotations.containsKey("AC"))
 315           {
 316             if (dbsource != null)
 317             {
 318               String dbr = (String) accAnnotations.get("AC");
 319               if (dbr != null)
 320               {
 321                 // we could get very clever here - but for now - just try to
 322                 // guess accession type from source of alignment plus structure
 323                 // of accession
 324                 guessDatabaseFor(seqO, dbr, dbsource);
 325
 326               }
 327             }
 328             // else - do what ? add the data anyway and prompt the user to
 329             // specify what references these are ?
 330           }
 331
 332           Hashtable features = null;
 333           // We need to adjust the positions of all features to account for gaps
 334           try
 335           {
 336             features = (Hashtable) accAnnotations.remove("features");
 337           } catch (java.lang.NullPointerException e)
 338           {
 339             // loggerwarn("Getting Features for " + acc + ": " +
 340             // e.getMessage());
 341             // continue;
 342           }
 343           // if we have features
 344           if (features != null)
 345           {
 346             int posmap[] = seqO.findPositionMap();
 347             Enumeration i = features.keys();
 348             while (i.hasMoreElements())
 349             {
 350               // TODO: parse out secondary structure annotation as annotation
 351               // row
 352               // TODO: parse out scores as annotation row
 353               // TODO: map coding region to core jalview feature types
 354               String type = i.nextElement().toString();
 355               Hashtable content = (Hashtable) features.remove(type);
 356
 357               // add alignment annotation for this feature
 358               String key = type2id(type);
 359               if (key != null)
 360               {
 361                 if (accAnnotations != null
 362                         && accAnnotations.containsKey(key))
 363                 {
 364                   Vector vv = (Vector) accAnnotations.get(key);
 365                   for (int ii = 0; ii < vv.size(); ii++)
 366                   {
 367                     AlignmentAnnotation an = (AlignmentAnnotation) vv
 368                             .elementAt(ii);
 369                     seqO.addAlignmentAnnotation(an);
 370                   }
 371                 }
 372               }
 373
 374               Enumeration j = content.keys();
 375               while (j.hasMoreElements())
 376               {
 377                 String desc = j.nextElement().toString();
 378                 String ns = content.get(desc).toString();
 379                 char[] byChar = ns.toCharArray();
 380                 for (int k = 0; k < byChar.length; k++)
 381                 {
 382                   char c = byChar[k];
 383                   if (!(c == ' ' || c == '_' || c == '-' || c == '.')) // PFAM
 384                   // uses
 385                   // '.'
 386                   // for
 387                   // feature
 388                   // background
 389                   {
 390                     int new_pos = posmap[k]; // look up nearest seqeunce
 391                     // position to this column
 392                     SequenceFeature feat = new SequenceFeature(type, desc,
 393                             new_pos, new_pos, 0f, null);
 394
 395                     seqO.addSequenceFeature(feat);
 396                   }
 397                 }
 398               }
 399
 400             }
 401
 402           }
 403           // garbage collect
 404
 405           // logger.debug("Adding seq " + acc + " from " + start + " to " + end
 406           // + ": " + seq);
 407           this.seqs.addElement(seqO);
 408         }
 409         return; // finished parsing this segment of source
 410       }
 411       else if (!r.search(line))
 412       {
 413         // System.err.println("Found sequence line: " + line);
 414
 415         // Split sequence in sequence and accession parts
 416         if (!x.search(line))
 417         {
 418           // logger.error("Could not parse sequence line: " + line);
 419           throw new IOException("Could not parse sequence line: " + line);
 420         }
 421         String ns = (String) seqs.get(x.stringMatched(1));
 422         if (ns == null)
 423         {
 424           ns = "";
 425         }
 426         ns += x.stringMatched(2);
 427
 428         seqs.put(x.stringMatched(1), ns);
 429       }
 430       else
 431       {
 432         String annType = r.stringMatched(1);
 433         String annContent = r.stringMatched(2);
 434
 435         // System.err.println("type:" + annType + " content: " + annContent);
 436
 437         if (annType.equals("GF"))
 438         {
 439           /*
 440            * Generic per-File annotation, free text Magic features: #=GF NH
 441            * <tree in New Hampshire eXtended format> #=GF TN <Unique identifier
 442            * for the next tree> Pfam descriptions: 7. DESCRIPTION OF FIELDS
 443            *
 444            * Compulsory fields: ------------------
 445            *
 446            * AC Accession number: Accession number in form PFxxxxx.version or
 447            * PBxxxxxx. ID Identification: One word name for family. DE
 448            * Definition: Short description of family. AU Author: Authors of the
 449            * entry. SE Source of seed: The source suggesting the seed members
 450            * belong to one family. GA Gathering method: Search threshold to
 451            * build the full alignment. TC Trusted Cutoff: Lowest sequence score
 452            * and domain score of match in the full alignment. NC Noise Cutoff:
 453            * Highest sequence score and domain score of match not in full
 454            * alignment. TP Type: Type of family -- presently Family, Domain,
 455            * Motif or Repeat. SQ Sequence: Number of sequences in alignment. AM
 456            * Alignment Method The order ls and fs hits are aligned to the model
 457            * to build the full align. // End of alignment.
 458            *
 459            * Optional fields: ----------------
 460            *
 461            * DC Database Comment: Comment about database reference. DR Database
 462            * Reference: Reference to external database. RC Reference Comment:
 463            * Comment about literature reference. RN Reference Number: Reference
 464            * Number. RM Reference Medline: Eight digit medline UI number. RT
 465            * Reference Title: Reference Title. RA Reference Author: Reference
 466            * Author RL Reference Location: Journal location. PI Previous
 467            * identifier: Record of all previous ID lines. KW Keywords: Keywords.
 468            * CC Comment: Comments. NE Pfam accession: Indicates a nested domain.
 469            * NL Location: Location of nested domains - sequence ID, start and
 470            * end of insert.
 471            *
 472            * Obsolete fields: ----------- AL Alignment method of seed: The
 473            * method used to align the seed members.
 474            */
 475           // Let's save the annotations, maybe we'll be able to do something
 476           // with them later...
 477           Regex an = new Regex("(\\w+)\\s*(.*)");
 478           if (an.search(annContent))
 479           {
 480             if (an.stringMatched(1).equals("NH"))
 481             {
 482               treeString.append(an.stringMatched(2));
 483             }
 484             else if (an.stringMatched(1).equals("TN"))
 485             {
 486               if (treeString.length() > 0)
 487               {
 488                 if (treeName == null)
 489                 {
 490                   treeName = "Tree " + (getTreeCount() + 1);
 491                 }
 492                 addNewickTree(treeName, treeString.toString());
 493               }
 494               treeName = an.stringMatched(2);
 495               treeString = new StringBuffer();
 496             }
 497             setAlignmentProperty(an.stringMatched(1), an.stringMatched(2));
 498           }
 499         }
 500         else if (annType.equals("GS"))
 501         {
 502           // Generic per-Sequence annotation, free text
 503           /*
 504            * Pfam uses these features: Feature Description ---------------------
 505            * ----------- AC <accession> ACcession number DE <freetext>
 506            * DEscription DR <db>; <accession>; Database Reference OS <organism>
 507            * OrganiSm (species) OC <clade> Organism Classification (clade, etc.)
 508            * LO <look> Look (Color, etc.)
 509            */
 510           if (s.search(annContent))
 511           {
 512             String acc = s.stringMatched(1);
 513             String type = s.stringMatched(2);
 514             String content = s.stringMatched(3);
 515             // TODO: store DR in a vector.
 516             // TODO: store AC according to generic file db annotation.
 517             Hashtable ann;
 518             if (seqAnn.containsKey(acc))
 519             {
 520               ann = (Hashtable) seqAnn.get(acc);
 521             }
 522             else
 523             {
 524               ann = new Hashtable();
 525             }
 526             ann.put(type, content);
 527             seqAnn.put(acc, ann);
 528           }
 529           else
 530           {
 531             throw new IOException("Error parsing " + line);
 532           }
 533         }
 534         else if (annType.equals("GC"))
 535         {
 536           // Generic per-Column annotation, exactly 1 char per column
 537           // always need a label.
 538           if (x.search(annContent))
 539           {
 540             // parse out and create alignment annotation directly.
 541             parseAnnotationRow(annotations, x.stringMatched(1),
 542                     x.stringMatched(2));
 543           }
 544         }
 545         else if (annType.equals("GR"))
 546         {
 547           // Generic per-Sequence AND per-Column markup, exactly 1 char per
 548           // column
 549           /*
 550            * Feature Description Markup letters ------- -----------
 551            * -------------- SS Secondary Structure [HGIEBTSCX] SA Surface
 552            * Accessibility [0-9X] (0=0%-10%; ...; 9=90%-100%) TM TransMembrane
 553            * [Mio] PP Posterior Probability [0-9*] (0=0.00-0.05; 1=0.05-0.15;
 554            * *=0.95-1.00) LI LIgand binding [*] AS Active Site [*] IN INtron (in
 555            * or after) [0-2]
 556            */
 557           if (s.search(annContent))
 558           {
 559             String acc = s.stringMatched(1);
 560             String type = s.stringMatched(2);
 561             String seq = new String(s.stringMatched(3));
 562             String description = null;
 563             // Check for additional information about the current annotation
 564             // We use a simple string tokenizer here for speed
 565             StringTokenizer sep = new StringTokenizer(seq, " \t");
 566             description = sep.nextToken();
 567             if (sep.hasMoreTokens())
 568             {
 569               seq = sep.nextToken();
 570             }
 571             else
 572             {
 573               seq = description;
 574               description = new String();
 575             }
 576             // sequence id with from-to fields
 577
 578             Hashtable ann;
 579             // Get an object with all the annotations for this sequence
 580             if (seqAnn.containsKey(acc))
 581             {
 582               // logger.debug("Found annotations for " + acc);
 583               ann = (Hashtable) seqAnn.get(acc);
 584             }
 585             else
 586             {
 587               // logger.debug("Creating new annotations holder for " + acc);
 588               ann = new Hashtable();
 589               seqAnn.put(acc, ann);
 590             }
 591             // TODO test structure, call parseAnnotationRow with vector from
 592             // hashtable for specific sequence
 593             Hashtable features;
 594             // Get an object with all the content for an annotation
 595             if (ann.containsKey("features"))
 596             {
 597               // logger.debug("Found features for " + acc);
 598               features = (Hashtable) ann.get("features");
 599             }
 600             else
 601             {
 602               // logger.debug("Creating new features holder for " + acc);
 603               features = new Hashtable();
 604               ann.put("features", features);
 605             }
 606
 607             Hashtable content;
 608             if (features.containsKey(this.id2type(type)))
 609             {
 610               // logger.debug("Found content for " + this.id2type(type));
 611               content = (Hashtable) features.get(this.id2type(type));
 612             }
 613             else
 614             {
 615               // logger.debug("Creating new content holder for " +
 616               // this.id2type(type));
 617               content = new Hashtable();
 618               features.put(this.id2type(type), content);
 619             }
 620             String ns = (String) content.get(description);
 621             if (ns == null)
 622             {
 623               ns = "";
 624             }
 625             ns += seq;
 626             content.put(description, ns);
 627
 628             // if(type.equals("SS")){
 629             Hashtable strucAnn;
 630             if (seqAnn.containsKey(acc))
 631             {
 632               strucAnn = (Hashtable) seqAnn.get(acc);
 633             }
 634             else
 635             {
 636               strucAnn = new Hashtable();
 637             }
 638
 639             Vector newStruc = new Vector();
 640             parseAnnotationRow(newStruc, type, ns);
 641
 642             strucAnn.put(type, newStruc);
 643             seqAnn.put(acc, strucAnn);
 644           }
 645           // }
 646           else
 647           {
 648             System.err
 649                     .println("Warning - couldn't parse sequence annotation row line:\n"
 650                             + line);
 651             // throw new IOException("Error parsing " + line);
 652           }
 653         }
 654         else
 655         {
 656           throw new IOException("Unknown annotation detected: " + annType
 657                   + " " + annContent);
 658         }
 659       }
 660     }
 661     if (treeString.length() > 0)
 662     {
 663       if (treeName == null)
 664       {
 665         treeName = "Tree " + (1 + getTreeCount());
 666       }
 667       addNewickTree(treeName, treeString.toString());
 668     }
 669   }
 670
 671   /**
 672    * Demangle an accession string and guess the originating sequence database
 673    * for a given sequence
 674    *
 675    * @param seqO
 676    *          sequence to be annotated
 677    * @param dbr
 678    *          Accession string for sequence
 679    * @param dbsource
 680    *          source database for alignment (PFAM or RFAM)
 681    */
 682   private void guessDatabaseFor(Sequence seqO, String dbr, String dbsource)
 683   {
 684     DBRefEntry dbrf = null;
 685     List<DBRefEntry> dbrs = new ArrayList<DBRefEntry>();
 686     String seqdb = "Unknown", sdbac = "" + dbr;
 687     int st = -1, en = -1, p;
 688     if ((st = sdbac.indexOf("/")) > -1)
 689     {
 690       String num, range = sdbac.substring(st + 1);
 691       sdbac = sdbac.substring(0, st);
 692       if ((p = range.indexOf("-")) > -1)
 693       {
 694         p++;
 695         if (p < range.length())
 696         {
 697           num = range.substring(p).trim();
 698           try
 699           {
 700             en = Integer.parseInt(num);
 701           } catch (NumberFormatException x)
 702           {
 703             // could warn here that index is invalid
 704             en = -1;
 705           }
 706         }
 707       }
 708       else
 709       {
 710         p = range.length();
 711       }
 712       num = range.substring(0, p).trim();
 713       try
 714       {
 715         st = Integer.parseInt(num);
 716       } catch (NumberFormatException x)
 717       {
 718         // could warn here that index is invalid
 719         st = -1;
 720       }
 721     }
 722     if (dbsource.equals("PFAM"))
 723     {
 724       seqdb = "UNIPROT";
 725       if (sdbac.indexOf(".") > -1)
 726       {
 727         // strip of last subdomain
 728         sdbac = sdbac.substring(0, sdbac.indexOf("."));
 729         dbrf = jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef(seqO, seqdb, dbsource,
 730                 sdbac);
 731         if (dbrf != null)
 732         {
 733           dbrs.add(dbrf);
 734         }
 735       }
 736       dbrf = jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef(seqO, dbsource, dbsource,
 737               dbr);
 738       if (dbr != null)
 739       {
 740         dbrs.add(dbrf);
 741       }
 742     }
 743     else
 744     {
 745       seqdb = "EMBL"; // total guess - could be ENA, or something else these
 746                       // days
 747       if (sdbac.indexOf(".") > -1)
 748       {
 749         // strip off last subdomain
 750         sdbac = sdbac.substring(0, sdbac.indexOf("."));
 751         dbrf = jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef(seqO, seqdb, dbsource,
 752                 sdbac);
 753         if (dbrf != null)
 754         {
 755           dbrs.add(dbrf);
 756         }
 757       }
 758
 759       dbrf = jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef(seqO, dbsource, dbsource,
 760               dbr);
 761       if (dbrf != null)
 762       {
 763         dbrs.add(dbrf);
 764       }
 765     }
 766     if (st != -1 && en != -1)
 767     {
 768       for (DBRefEntry d : dbrs)
 769       {
 770         jalview.util.MapList mp = new jalview.util.MapList(new int[]
 771         { seqO.getStart(), seqO.getEnd() }, new int[]
 772         { st, en }, 1, 1);
 773         jalview.datamodel.Mapping mping = new Mapping(mp);
 774         d.setMap(mping);
 775       }
 776     }
 777   }
 778
 779   protected static AlignmentAnnotation parseAnnotationRow(
 780           Vector annotation, String label, String annots)
 781   {
 782     String convert1, convert2 = null;
 783
 784     // Convert all bracket types to parentheses
 785     Regex openparen = new Regex("(<|\\[)", "(");
 786     Regex closeparen = new Regex("(>|\\])", ")");
 787
 788     // Detect if file is RNA by looking for bracket types
 789     Regex detectbrackets = new Regex("(<|>|\\[|\\]|\\(|\\))");
 790
 791     convert1 = openparen.replaceAll(annots);
 792     convert2 = closeparen.replaceAll(convert1);
 793     annots = convert2;
 794
 795     String type = label;
 796     if (label.contains("_cons"))
 797     {
 798       type = (label.indexOf("_cons") == label.length() - 5) ? label
 799               .substring(0, label.length() - 5) : label;
 800     }
 801     boolean ss = false;
 802     type = id2type(type);
 803     if (type.equals("secondary structure"))
 804     {
 805       ss = true;
 806     }
 807     // decide on secondary structure or not.
 808     Annotation[] els = new Annotation[annots.length()];
 809     for (int i = 0; i < annots.length(); i++)
 810     {
 811       String pos = annots.substring(i, i + 1);
 812       Annotation ann;
 813       ann = new Annotation(pos, "", ' ', 0f); // 0f is 'valid' null - will not
 814       // be written out
 815       if (ss)
 816       {
 817         if (detectbrackets.search(pos))
 818         {
 819           ann.secondaryStructure = jalview.schemes.ResidueProperties
 820                   .getRNASecStrucState(pos).charAt(0);
 821         }
 822         else
 823         {
 824           ann.secondaryStructure = jalview.schemes.ResidueProperties
 825                   .getDssp3state(pos).charAt(0);
 826         }
 827
 828         if (ann.secondaryStructure == pos.charAt(0) || pos.charAt(0) == 'C')
 829         {
 830           ann.displayCharacter = ""; // null; // " ";
 831         }
 832         else
 833         {
 834           ann.displayCharacter = " " + ann.displayCharacter;
 835         }
 836       }
 837
 838       els[i] = ann;
 839     }
 840     AlignmentAnnotation annot = null;
 841     Enumeration e = annotation.elements();
 842     while (e.hasMoreElements())
 843     {
 844       annot = (AlignmentAnnotation) e.nextElement();
 845       if (annot.label.equals(type))
 846         break;
 847       annot = null;
 848     }
 849     if (annot == null)
 850     {
 851       annot = new AlignmentAnnotation(type, type, els);
 852       annotation.addElement(annot);
 853     }
 854     else
 855     {
 856       Annotation[] anns = new Annotation[annot.annotations.length
 857               + els.length];
 858       System.arraycopy(annot.annotations, 0, anns, 0,
 859               annot.annotations.length);
 860       System.arraycopy(els, 0, anns, annot.annotations.length, els.length);
 861       annot.annotations = anns;
 862       // System.out.println("else: ");
 863     }
 864     return annot;
 865   }
 866
 867   public String print(SequenceI[] s)
 868   {
 869     // find max length of id
 870     int max = 0;
 871     int maxid = 0;
 872     int in = 0;
 873     Hashtable dataRef = null;
 874     while ((in < s.length) && (s[in] != null))
 875     {
 876       String tmp = printId(s[in]);
 877       if (s[in].getSequence().length > max)
 878       {
 879         max = s[in].getSequence().length;
 880       }
 881
 882       if (tmp.length() > maxid)
 883       {
 884         maxid = tmp.length();
 885       }
 886       if (s[in].getDBRef() != null)
 887       {
 888         for (int idb = 0; idb < s[in].getDBRef().length; idb++)
 889         {
 890           if (dataRef == null)
 891             dataRef = new Hashtable();
 892
 893           String datAs1 = s[in].getDBRef()[idb].getSource().toString()
 894                   + " ; "
 895                   + s[in].getDBRef()[idb].getAccessionId().toString();
 896           dataRef.put(tmp, datAs1);
 897         }
 898       }
 899       in++;
 900     }
 901     maxid += 9;
 902     int i = 0;
 903
 904     // output database type
 905     if (al.getProperties() != null)
 906     {
 907       if (!al.getProperties().isEmpty())
 908       {
 909         Enumeration key = al.getProperties().keys();
 910         Enumeration val = al.getProperties().elements();
 911         while (key.hasMoreElements())
 912         {
 913           out.append("#=GF " + key.nextElement() + " " + val.nextElement());
 914           out.append(newline);
 915         }
 916       }
 917     }
 918
 919     // output database accessions
 920     if (dataRef != null)
 921     {
 922       Enumeration en = dataRef.keys();
 923       while (en.hasMoreElements())
 924       {
 925         Object idd = en.nextElement();
 926         String type = (String) dataRef.remove(idd);
 927         out.append(new Format("%-" + (maxid - 2) + "s").form("#=GS "
 928                 + idd.toString() + " "));
 929         if (type.contains("PFAM") || type.contains("RFAM"))
 930         {
 931
 932           out.append(" AC " + type.substring(type.indexOf(";") + 1));
 933         }
 934         else
 935         {
 936           out.append(" DR " + type + " ");
 937         }
 938         out.append(newline);
 939       }
 940     }
 941
 942     // output annotations
 943     while (i < s.length && s[i] != null)
 944     {
 945       if (s[i].getDatasetSequence() != null)
 946       {
 947         SequenceI ds = s[i].getDatasetSequence();
 948         AlignmentAnnotation[] alAnot;
 949         Annotation[] ann;
 950         Annotation annot;
 951         alAnot = s[i].getAnnotation();
 952         String feature = "";
 953         if (alAnot != null)
 954         {
 955           for (int j = 0; j < alAnot.length; j++)
 956           {
 957             if (ds.getSequenceFeatures() != null)
 958             {
 959               feature = ds.getSequenceFeatures()[0].type;
 960             }
 961             String key = type2id(feature);
 962
 963             if (key == null)
 964               continue;
 965
 966             // out.append("#=GR ");
 967             out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form("#=GR "
 968                     + printId(s[i]) + " " + key + " "));
 969             ann = alAnot[j].annotations;
 970             String seq = "";
 971             for (int k = 0; k < ann.length; k++)
 972             {
 973               annot = ann[k];
 974               String ch = (annot == null) ? Character.toString(s[i]
 975                       .getCharAt(k)) : annot.displayCharacter;
 976               if (ch.length() == 0)
 977               {
 978                 if (key.equals("SS"))
 979                 {
 980                   char ll = annot.secondaryStructure;
 981                   seq = (Character.toString(ll).equals(" ")) ? seq + "C"
 982                           : seq + ll;
 983                 }
 984                 else
 985                 {
 986                   seq += ".";
 987                 }
 988               }
 989               else if (ch.length() == 1)
 990               {
 991                 seq += ch;
 992               }
 993               else if (ch.length() > 1)
 994               {
 995                 seq += ch.charAt(1);
 996               }
 997             }
 998             out.append(seq);
 999             out.append(newline);
1000           }
1001         }
1002       }
1003
1004       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[i]) + " "));
1005       out.append(s[i].getSequenceAsString());
1006       out.append(newline);
1007       i++;
1008     }
1009
1010     // alignment annotation
1011     AlignmentAnnotation aa;
1012     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
1013     {
1014       for (int ia = 0; ia < al.getAlignmentAnnotation().length; ia++)
1015       {
1016         aa = al.getAlignmentAnnotation()[ia];
1017         if (aa.autoCalculated || !aa.visible)
1018         {
1019           continue;
1020         }
1021         String seq = "";
1022         String label;
1023
1024         if (aa.label.equals("seq"))
1025           label = "seq_cons";
1026         else
1027           label = type2id(aa.label.toLowerCase()) + "_cons";
1028
1029         if (label == null)
1030           label = aa.label;
1031
1032         out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form("#=GC " + label
1033                 + " "));
1034         for (int j = 0; j < aa.annotations.length; j++)
1035         {
1036           String ch = (aa.annotations[j] == null) ? "-"
1037                   : aa.annotations[j].displayCharacter;
1038           if (ch.length() == 0)
1039           {
1040             char ll = aa.annotations[j].secondaryStructure;
1041             if (Character.toString(ll).equals(" "))
1042               seq += "C";
1043             else
1044               seq += ll;
1045           }
1046           else if (ch.length() == 1)
1047           {
1048             seq += ch;
1049           }
1050           else if (ch.length() > 1)
1051           {
1052             seq += ch.charAt(1);
1053           }
1054         }
1055         out.append(seq);
1056         out.append(newline);
1057       }
1058     }
1059     return out.toString();
1060   }
1061
1062   public String print()
1063   {
1064     out = new StringBuffer();
1065     out.append("# STOCKHOLM 1.0");
1066     out.append(newline);
1067     print(getSeqsAsArray());
1068
1069     out.append("//");
1070     out.append(newline);
1071     return out.toString();
1072   }
1073
1074   private static Hashtable typeIds = null;
1075   static
1076   {
1077     if (typeIds == null)
1078     {
1079       typeIds = new Hashtable();
1080       typeIds.put("SS", "secondary structure");
1081       typeIds.put("SA", "surface accessibility");
1082       typeIds.put("TM", "transmembrane");
1083       typeIds.put("PP", "posterior probability");
1084       typeIds.put("LI", "ligand binding");
1085       typeIds.put("AS", "active site");
1086       typeIds.put("IN", "intron");
1087       typeIds.put("IR", "interacting residue");
1088       typeIds.put("AC", "accession");
1089       typeIds.put("OS", "organism");
1090       typeIds.put("CL", "class");
1091       typeIds.put("DE", "description");
1092       typeIds.put("DR", "reference");
1093       typeIds.put("LO", "look");
1094       typeIds.put("RF", "reference positions");
1095
1096     }
1097   }
1098
1099   protected static String id2type(String id)
1100   {
1101     if (typeIds.containsKey(id))
1102     {
1103       return (String) typeIds.get(id);
1104     }
1105     System.err.println("Warning : Unknown Stockholm annotation type code "
1106             + id);
1107     return id;
1108   }
1109
1110   protected static String type2id(String type)
1111   {
1112     String key = null;
1113     Enumeration e = typeIds.keys();
1114     while (e.hasMoreElements())
1115     {
1116       Object ll = e.nextElement();
1117       if (typeIds.get(ll).toString().equals(type))
1118       {
1119         key = (String) ll;
1120         break;
1121       }
1122     }
1123     if (key != null)
1124     {
1125       return (String) key;
1126     }
1127     System.err.println("Warning : Unknown Stockholm annotation type: "
1128             + type);
1129     return key;
1130   }
1131
1132   /**
1133    * make a friendly ID string.
1134    *
1135    * @param dataName
1136    * @return truncated dataName to after last '/'
1137    */
1138   private String safeName(String dataName)
1139   {
1140     int b = 0;
1141     while ((b = dataName.indexOf("/")) > -1 && b < dataName.length())
1142     {
1143       dataName = dataName.substring(b + 1).trim();
1144
1145     }
1146     int e = (dataName.length() - dataName.indexOf(".")) + 1;
1147     dataName = dataName.substring(1, e).trim();
1148     return dataName;
1149   }
1150 }