src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  28 import jalview.gui.CutAndPasteTransfer;
  29 import jalview.gui.Desktop;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Enumeration;
  34 import java.util.StringTokenizer;
  35 import java.util.Vector;
  36
  37 import javax.swing.ImageIcon;
  38 import javax.swing.JOptionPane;
  39
  40 import uk.ac.ebi.www.Data;
  41 import uk.ac.ebi.www.InputParams;
  42 import uk.ac.ebi.www.WSFile;
  43 import uk.ac.ebi.www.WSWUBlast;
  44 import uk.ac.ebi.www.WSWUBlastService;
  45 import uk.ac.ebi.www.WSWUBlastServiceLocator;
  46
  47 /**
  48  * DOCUMENT ME!
  49  *
  50  * @author $author$
  51  * @version $Revision$
  52  */
  53 public class WSWUBlastClient
  54 {
  55   AlignmentPanel ap;
  56
  57   AlignmentI al;
  58
  59   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer();
  60
  61   int jobsRunning = 0;
  62
  63   Vector suggestedIds = new Vector();
  64
  65   /**
  66    * Creates a new WSWUBlastClient object.
  67    *
  68    * @param al
  69    *          DOCUMENT ME!
  70    * @param ids
  71    *          DOCUMENT ME!
  72    */
  73   public WSWUBlastClient(AlignmentPanel ap, AlignmentI al, ArrayList ids)
  74   {
  75     this.ap = ap;
  76     this.al = al;
  77     output.setText(MessageManager
  78             .getString("label.wswublast_client_credits"));
  79
  80     Desktop.addInternalFrame(output, MessageManager
  81             .getString("label.blasting_for_unidentified_sequence"), 800,
  82             300);
  83
  84     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
  85     {
  86       Sequence sequence = (Sequence) ids.get(i);
  87       System.out.println(sequence.getName());
  88
  89       BlastThread thread = new BlastThread(sequence);
  90       thread.start();
  91       jobsRunning++;
  92     }
  93
  94     ImageTwirler thread = new ImageTwirler();
  95     thread.start();
  96   }
  97
  98   /**
  99    * DOCUMENT ME!
 100    *
 101    * @param id1
 102    *          DOCUMENT ME!
 103    * @param res
 104    *          DOCUMENT ME!
 105    */
 106   void parseResult(Sequence seq, String res)
 107   {
 108     StringTokenizer st = new StringTokenizer(res, "\n");
 109     String data;
 110     String id2;
 111     int maxFound = 90;
 112     StringBuffer buffer = new StringBuffer("\n\n" + seq.getName() + " :");
 113
 114     while (st.hasMoreTokens())
 115     {
 116       data = st.nextToken();
 117
 118       if (data.indexOf(">UNIPROT") > -1)
 119       {
 120         int index = data.indexOf(">UNIPROT") + 9;
 121         id2 = data.substring(index, data.indexOf(" ", index));
 122
 123         boolean identitiesFound = false;
 124         while (!identitiesFound)
 125         {
 126           data = st.nextToken();
 127
 128           if (data.indexOf("Identities") > -1)
 129           {
 130             identitiesFound = true;
 131
 132             int value = Integer.parseInt(data.substring(
 133                     data.indexOf("(") + 1, data.indexOf("%")));
 134
 135             if (value >= maxFound)
 136             {
 137               maxFound = value;
 138               buffer.append(" " + id2 + " " + value + "%; ");
 139               suggestedIds.addElement(new Object[] { seq, id2 });
 140             }
 141           }
 142         }
 143       }
 144     }
 145
 146     output.appendText(buffer.toString());
 147   }
 148
 149   void updateIds()
 150   {
 151     // This must be outside the run() body as java 1.5
 152     // will not return any value from the OptionPane to the expired thread.
 153     int reply = JOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
 154             "Automatically update suggested ids?",
 155             "Auto replace sequence ids", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 156
 157     if (reply == JOptionPane.YES_OPTION)
 158     {
 159       Enumeration keys = suggestedIds.elements();
 160       while (keys.hasMoreElements())
 161       {
 162         Object[] object = (Object[]) keys.nextElement();
 163
 164         Sequence oldseq = (Sequence) object[0];
 165
 166         oldseq.setName(object[1].toString());
 167
 168         // Oldseq is actually in the dataset, we must find the
 169         // Visible seq and change its name also.
 170         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 171         {
 172           if (al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence() == oldseq)
 173           {
 174             al.getSequenceAt(i).setName(oldseq.getName());
 175             break;
 176           }
 177         }
 178
 179         DBRefEntry[] entries = oldseq.getDBRef();
 180         if (entries != null)
 181         {
 182           oldseq.addDBRef(new jalview.datamodel.DBRefEntry(
 183                   jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT, "0", entries[0]
 184                           .getAccessionId()));
 185         }
 186       }
 187     }
 188     ap.paintAlignment(true);
 189
 190   }
 191
 192   class ImageTwirler extends Thread
 193   {
 194     ImageIcon[] imageIcon;
 195
 196     int imageIndex = 0;
 197
 198     public ImageTwirler()
 199     {
 200       imageIcon = new ImageIcon[9];
 201
 202       for (int i = 0; i < 9; i++)
 203       {
 204         java.net.URL url = getClass().getResource(
 205                 "/images/dna" + (i + 1) + ".gif");
 206
 207         if (url != null)
 208         {
 209           imageIcon[i] = new ImageIcon(url);
 210         }
 211       }
 212     }
 213
 214     public void run()
 215     {
 216       while (jobsRunning > 0)
 217       {
 218         try
 219         {
 220           Thread.sleep(100);
 221           imageIndex++;
 222           imageIndex %= 9;
 223           output.setFrameIcon(imageIcon[imageIndex]);
 224           output.setTitle(MessageManager.formatMessage(
 225                   "label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running",
 226                   new String[] { Integer.valueOf(jobsRunning).toString() }));
 227         } catch (Exception ex)
 228         {
 229         }
 230       }
 231
 232       if (jobsRunning == 0)
 233       {
 234         updateIds();
 235       }
 236     }
 237   }
 238
 239   class BlastThread extends Thread
 240   {
 241     Sequence sequence;
 242
 243     String jobid;
 244
 245     boolean jobComplete = false;
 246
 247     BlastThread(Sequence sequence)
 248     {
 249       System.out.println("blasting for: " + sequence.getName());
 250       this.sequence = sequence;
 251     }
 252
 253     public void run()
 254     {
 255       StartJob();
 256
 257       while (!jobComplete)
 258       {
 259         try
 260         {
 261           WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 262           WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 263           WSFile[] results = wublast.getResults(jobid);
 264
 265           if (results != null)
 266           {
 267             String result = new String(wublast.poll(jobid, "tooloutput"));
 268             parseResult(sequence, result);
 269             jobComplete = true;
 270             jobsRunning--;
 271           }
 272           else
 273           {
 274             Thread.sleep(10000);
 275             System.out.println("WSWuBlastClient: I'm alive "
 276                     + sequence.getName() + " " + jobid); // log.debug
 277           }
 278         } catch (Exception ex)
 279         {
 280         }
 281       }
 282     }
 283
 284     void StartJob()
 285     {
 286       InputParams params = new InputParams();
 287
 288       params.setProgram("blastp");
 289       params.setDatabase("uniprot");
 290       params.setMatrix("pam10");
 291
 292       params.setNumal(5);
 293       params.setSensitivity("low");
 294       params.setSort("totalscore");
 295       params.setOutformat("txt");
 296       params.setAsync(true);
 297
 298       try
 299       {
 300         Data inputs[] = new Data[1];
 301         Data input = new Data();
 302         input.setType("sequence");
 303         input.setContent(AlignSeq.extractGaps("-. ",
 304                 sequence.getSequenceAsString()));
 305         inputs[0] = input;
 306
 307         WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 308         WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 309         jobid = wublast.runWUBlast(params, inputs);
 310       } catch (Exception exp)
 311       {
 312         jobComplete = true;
 313         jobsRunning--;
 314         System.err.println("WSWUBlastClient error:\n" + exp.toString());
 315         exp.printStackTrace();
 316       }
 317     }
 318   }
 319 }