src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import jalview.analysis.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.gui.*;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31 import uk.ac.ebi.www.*;
  32
  33 /**
  34  * DOCUMENT ME!
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class WSWUBlastClient
  40 {
  41   AlignmentPanel ap;
  42
  43   AlignmentI al;
  44
  45   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer();
  46
  47   int jobsRunning = 0;
  48
  49   Vector suggestedIds = new Vector();
  50
  51   /**
  52    * Creates a new WSWUBlastClient object.
  53    *
  54    * @param al
  55    *          DOCUMENT ME!
  56    * @param ids
  57    *          DOCUMENT ME!
  58    */
  59   public WSWUBlastClient(AlignmentPanel ap, AlignmentI al, ArrayList ids)
  60   {
  61     this.ap = ap;
  62     this.al = al;
  63     output.setText(MessageManager
  64             .getString("label.wswublast_client_credits"));
  65
  66     Desktop.addInternalFrame(output, MessageManager
  67             .getString("label.blasting_for_unidentified_sequence"), 800,
  68             300);
  69
  70     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
  71     {
  72       Sequence sequence = (Sequence) ids.get(i);
  73       System.out.println(sequence.getName());
  74
  75       BlastThread thread = new BlastThread(sequence);
  76       thread.start();
  77       jobsRunning++;
  78     }
  79
  80     ImageTwirler thread = new ImageTwirler();
  81     thread.start();
  82   }
  83
  84   /**
  85    * DOCUMENT ME!
  86    *
  87    * @param id1
  88    *          DOCUMENT ME!
  89    * @param res
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    */
  92   void parseResult(Sequence seq, String res)
  93   {
  94     StringTokenizer st = new StringTokenizer(res, "\n");
  95     String data;
  96     String id2;
  97     int maxFound = 90;
  98     StringBuffer buffer = new StringBuffer("\n\n" + seq.getName() + " :");
  99
 100     while (st.hasMoreTokens())
 101     {
 102       data = st.nextToken();
 103
 104       if (data.indexOf(">UNIPROT") > -1)
 105       {
 106         int index = data.indexOf(">UNIPROT") + 9;
 107         id2 = data.substring(index, data.indexOf(" ", index));
 108
 109         boolean identitiesFound = false;
 110         while (!identitiesFound)
 111         {
 112           data = st.nextToken();
 113
 114           if (data.indexOf("Identities") > -1)
 115           {
 116             identitiesFound = true;
 117
 118             int value = Integer.parseInt(data.substring(
 119                     data.indexOf("(") + 1, data.indexOf("%")));
 120
 121             if (value >= maxFound)
 122             {
 123               maxFound = value;
 124               buffer.append(" " + id2 + " " + value + "%; ");
 125               suggestedIds.addElement(new Object[]
 126               { seq, id2 });
 127             }
 128           }
 129         }
 130       }
 131     }
 132
 133     output.appendText(buffer.toString());
 134   }
 135
 136   void updateIds()
 137   {
 138     // This must be outside the run() body as java 1.5
 139     // will not return any value from the OptionPane to the expired thread.
 140     int reply = JOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
 141             "Automatically update suggested ids?",
 142             "Auto replace sequence ids", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 143
 144     if (reply == JOptionPane.YES_OPTION)
 145     {
 146       Enumeration keys = suggestedIds.elements();
 147       while (keys.hasMoreElements())
 148       {
 149         Object[] object = (Object[]) keys.nextElement();
 150
 151         Sequence oldseq = (Sequence) object[0];
 152
 153         oldseq.setName(object[1].toString());
 154
 155         // Oldseq is actually in the dataset, we must find the
 156         // Visible seq and change its name also.
 157         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 158         {
 159           if (al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence() == oldseq)
 160           {
 161             al.getSequenceAt(i).setName(oldseq.getName());
 162             break;
 163           }
 164         }
 165
 166         DBRefEntry[] entries = oldseq.getDBRef();
 167         if (entries != null)
 168         {
 169           oldseq.addDBRef(new jalview.datamodel.DBRefEntry(
 170                   jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT, "0", entries[0]
 171                           .getAccessionId()));
 172         }
 173       }
 174     }
 175     ap.paintAlignment(true);
 176
 177   }
 178
 179   class ImageTwirler extends Thread
 180   {
 181     ImageIcon[] imageIcon;
 182
 183     int imageIndex = 0;
 184
 185     public ImageTwirler()
 186     {
 187       imageIcon = new ImageIcon[9];
 188
 189       for (int i = 0; i < 9; i++)
 190       {
 191         java.net.URL url = getClass().getResource(
 192                 "/images/dna" + (i + 1) + ".gif");
 193
 194         if (url != null)
 195         {
 196           imageIcon[i] = new ImageIcon(url);
 197         }
 198       }
 199     }
 200
 201     public void run()
 202     {
 203       while (jobsRunning > 0)
 204       {
 205         try
 206         {
 207           Thread.sleep(100);
 208           imageIndex++;
 209           imageIndex %= 9;
 210           output.setFrameIcon(imageIcon[imageIndex]);
 211           output.setTitle(MessageManager.formatMessage("label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running", new String[]{Integer.valueOf(jobsRunning).toString()}));
 212         } catch (Exception ex)
 213         {
 214         }
 215       }
 216
 217       if (jobsRunning == 0)
 218       {
 219         updateIds();
 220       }
 221     }
 222   }
 223
 224   class BlastThread extends Thread
 225   {
 226     Sequence sequence;
 227
 228     String jobid;
 229
 230     boolean jobComplete = false;
 231
 232     BlastThread(Sequence sequence)
 233     {
 234       System.out.println("blasting for: " + sequence.getName());
 235       this.sequence = sequence;
 236     }
 237
 238     public void run()
 239     {
 240       StartJob();
 241
 242       while (!jobComplete)
 243       {
 244         try
 245         {
 246           WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 247           WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 248           WSFile[] results = wublast.getResults(jobid);
 249
 250           if (results != null)
 251           {
 252             String result = new String(wublast.poll(jobid, "tooloutput"));
 253             parseResult(sequence, result);
 254             jobComplete = true;
 255             jobsRunning--;
 256           }
 257           else
 258           {
 259             Thread.sleep(10000);
 260             System.out.println("WSWuBlastClient: I'm alive "
 261                     + sequence.getName() + " " + jobid); // log.debug
 262           }
 263         } catch (Exception ex)
 264         {
 265         }
 266       }
 267     }
 268
 269     void StartJob()
 270     {
 271       InputParams params = new InputParams();
 272
 273       params.setProgram("blastp");
 274       params.setDatabase("uniprot");
 275       params.setMatrix("pam10");
 276
 277       params.setNumal(5);
 278       params.setSensitivity("low");
 279       params.setSort("totalscore");
 280       params.setOutformat("txt");
 281       params.setAsync(true);
 282
 283       try
 284       {
 285         Data inputs[] = new Data[1];
 286         Data input = new Data();
 287         input.setType("sequence");
 288         input.setContent(AlignSeq.extractGaps("-. ",
 289                 sequence.getSequenceAsString()));
 290         inputs[0] = input;
 291
 292         WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 293         WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 294         jobid = wublast.runWUBlast(params, inputs);
 295       } catch (Exception exp)
 296       {
 297         jobComplete = true;
 298         jobsRunning--;
 299         System.err.println("WSWUBlastClient error:\n" + exp.toString());
 300         exp.printStackTrace();
 301       }
 302     }
 303   }
 304 }