src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import javax.swing.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.gui.*;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import uk.ac.ebi.www.*;
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class WSWUBlastClient
  38 {
  39   AlignmentPanel ap;
  40
  41   AlignmentI al;
  42
  43   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer();
  44
  45   int jobsRunning = 0;
  46
  47   Vector suggestedIds = new Vector();
  48
  49   /**
  50    * Creates a new WSWUBlastClient object.
  51    *
  52    * @param al
  53    *          DOCUMENT ME!
  54    * @param ids
  55    *          DOCUMENT ME!
  56    */
  57   public WSWUBlastClient(AlignmentPanel ap, AlignmentI al, ArrayList ids)
  58   {
  59     this.ap = ap;
  60     this.al = al;
  61     output.setText(MessageManager.getString("label.wswublast_client_credits"));
  62
  63     Desktop.addInternalFrame(output,
  64             MessageManager.getString("label.blasting_for_unidentified_sequence"), 800, 300);
  65
  66     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
  67     {
  68       Sequence sequence = (Sequence) ids.get(i);
  69       System.out.println(sequence.getName());
  70
  71       BlastThread thread = new BlastThread(sequence);
  72       thread.start();
  73       jobsRunning++;
  74     }
  75
  76     ImageTwirler thread = new ImageTwirler();
  77     thread.start();
  78   }
  79
  80   /**
  81    * DOCUMENT ME!
  82    *
  83    * @param id1
  84    *          DOCUMENT ME!
  85    * @param res
  86    *          DOCUMENT ME!
  87    */
  88   void parseResult(Sequence seq, String res)
  89   {
  90     StringTokenizer st = new StringTokenizer(res, "\n");
  91     String data;
  92     String id2;
  93     int maxFound = 90;
  94     StringBuffer buffer = new StringBuffer("\n\n" + seq.getName() + " :");
  95
  96     while (st.hasMoreTokens())
  97     {
  98       data = st.nextToken();
  99
 100       if (data.indexOf(">UNIPROT") > -1)
 101       {
 102         int index = data.indexOf(">UNIPROT") + 9;
 103         id2 = data.substring(index, data.indexOf(" ", index));
 104
 105         boolean identitiesFound = false;
 106         while (!identitiesFound)
 107         {
 108           data = st.nextToken();
 109
 110           if (data.indexOf("Identities") > -1)
 111           {
 112             identitiesFound = true;
 113
 114             int value = Integer.parseInt(data.substring(
 115                     data.indexOf("(") + 1, data.indexOf("%")));
 116
 117             if (value >= maxFound)
 118             {
 119               maxFound = value;
 120               buffer.append(" " + id2 + " " + value + "%; ");
 121               suggestedIds.addElement(new Object[]
 122               { seq, id2 });
 123             }
 124           }
 125         }
 126       }
 127     }
 128
 129     output.appendText(buffer.toString());
 130   }
 131
 132   void updateIds()
 133   {
 134     // This must be outside the run() body as java 1.5
 135     // will not return any value from the OptionPane to the expired thread.
 136     int reply = JOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
 137             "Automatically update suggested ids?",
 138             "Auto replace sequence ids", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 139
 140     if (reply == JOptionPane.YES_OPTION)
 141     {
 142       Enumeration keys = suggestedIds.elements();
 143       while (keys.hasMoreElements())
 144       {
 145         Object[] object = (Object[]) keys.nextElement();
 146
 147         Sequence oldseq = (Sequence) object[0];
 148
 149         oldseq.setName(object[1].toString());
 150
 151         // Oldseq is actually in the dataset, we must find the
 152         // Visible seq and change its name also.
 153         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 154         {
 155           if (al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence() == oldseq)
 156           {
 157             al.getSequenceAt(i).setName(oldseq.getName());
 158             break;
 159           }
 160         }
 161
 162         DBRefEntry[] entries = oldseq.getDBRef();
 163         if (entries != null)
 164         {
 165           oldseq.addDBRef(new jalview.datamodel.DBRefEntry(
 166                   jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT, "0", entries[0]
 167                           .getAccessionId()));
 168         }
 169       }
 170     }
 171     ap.paintAlignment(true);
 172
 173   }
 174
 175   class ImageTwirler extends Thread
 176   {
 177     ImageIcon[] imageIcon;
 178
 179     int imageIndex = 0;
 180
 181     public ImageTwirler()
 182     {
 183       imageIcon = new ImageIcon[9];
 184
 185       for (int i = 0; i < 9; i++)
 186       {
 187         java.net.URL url = getClass().getResource(
 188                 "/images/dna" + (i + 1) + ".gif");
 189
 190         if (url != null)
 191         {
 192           imageIcon[i] = new ImageIcon(url);
 193         }
 194       }
 195     }
 196
 197     public void run()
 198     {
 199       while (jobsRunning > 0)
 200       {
 201         try
 202         {
 203           Thread.sleep(100);
 204           imageIndex++;
 205           imageIndex %= 9;
 206           output.setFrameIcon(imageIcon[imageIndex]);
 207           output.setTitle("BLASTing for unidentified sequences - "
 208                   + jobsRunning + " jobs running.");
 209         } catch (Exception ex)
 210         {
 211         }
 212       }
 213
 214       if (jobsRunning == 0)
 215       {
 216         updateIds();
 217       }
 218     }
 219   }
 220
 221   class BlastThread extends Thread
 222   {
 223     Sequence sequence;
 224
 225     String jobid;
 226
 227     boolean jobComplete = false;
 228
 229     BlastThread(Sequence sequence)
 230     {
 231       System.out.println("blasting for: " + sequence.getName());
 232       this.sequence = sequence;
 233     }
 234
 235     public void run()
 236     {
 237       StartJob();
 238
 239       while (!jobComplete)
 240       {
 241         try
 242         {
 243           WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 244           WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 245           WSFile[] results = wublast.getResults(jobid);
 246
 247           if (results != null)
 248           {
 249             String result = new String(wublast.poll(jobid, "tooloutput"));
 250             parseResult(sequence, result);
 251             jobComplete = true;
 252             jobsRunning--;
 253           }
 254           else
 255           {
 256             Thread.sleep(10000);
 257             System.out.println("WSWuBlastClient: I'm alive "
 258                     + sequence.getName() + " " + jobid); // log.debug
 259           }
 260         } catch (Exception ex)
 261         {
 262         }
 263       }
 264     }
 265
 266     void StartJob()
 267     {
 268       InputParams params = new InputParams();
 269
 270       params.setProgram("blastp");
 271       params.setDatabase("uniprot");
 272       params.setMatrix("pam10");
 273
 274       params.setNumal(5);
 275       params.setSensitivity("low");
 276       params.setSort("totalscore");
 277       params.setOutformat("txt");
 278       params.setAsync(true);
 279
 280       try
 281       {
 282         Data inputs[] = new Data[1];
 283         Data input = new Data();
 284         input.setType("sequence");
 285         input.setContent(AlignSeq.extractGaps("-. ",
 286                 sequence.getSequenceAsString()));
 287         inputs[0] = input;
 288
 289         WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 290         WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 291         jobid = wublast.runWUBlast(params, inputs);
 292       } catch (Exception exp)
 293       {
 294         jobComplete = true;
 295         jobsRunning--;
 296         System.err.println("WSWUBlastClient error:\n" + exp.toString());
 297         exp.printStackTrace();
 298       }
 299     }
 300   }
 301 }