src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  26 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  29 import jalview.gui.CutAndPasteTransfer;
  30 import jalview.gui.Desktop;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Enumeration;
  35 import java.util.StringTokenizer;
  36 import java.util.Vector;
  37
  38 import javax.swing.ImageIcon;
  39 import javax.swing.JOptionPane;
  40
  41 import uk.ac.ebi.www.Data;
  42 import uk.ac.ebi.www.InputParams;
  43 import uk.ac.ebi.www.WSFile;
  44 import uk.ac.ebi.www.WSWUBlast;
  45 import uk.ac.ebi.www.WSWUBlastService;
  46 import uk.ac.ebi.www.WSWUBlastServiceLocator;
  47
  48 /**
  49  * DOCUMENT ME!
  50  *
  51  * @author $author$
  52  * @version $Revision$
  53  */
  54 public class WSWUBlastClient
  55 {
  56   AlignmentPanel ap;
  57
  58   AlignmentI al;
  59
  60   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer();
  61
  62   int jobsRunning = 0;
  63
  64   Vector suggestedIds = new Vector();
  65
  66   /**
  67    * Creates a new WSWUBlastClient object.
  68    *
  69    * @param al
  70    *          DOCUMENT ME!
  71    * @param ids
  72    *          DOCUMENT ME!
  73    */
  74   public WSWUBlastClient(AlignmentPanel ap, AlignmentI al, ArrayList ids)
  75   {
  76     this.ap = ap;
  77     this.al = al;
  78     output.setText(MessageManager
  79             .getString("label.wswublast_client_credits"));
  80
  81     Desktop.addInternalFrame(output, MessageManager
  82             .getString("label.blasting_for_unidentified_sequence"), 800,
  83             300);
  84
  85     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
  86     {
  87       Sequence sequence = (Sequence) ids.get(i);
  88       System.out.println(sequence.getName());
  89
  90       BlastThread thread = new BlastThread(sequence);
  91       thread.start();
  92       jobsRunning++;
  93     }
  94
  95     ImageTwirler thread = new ImageTwirler();
  96     thread.start();
  97   }
  98
  99   /**
 100    * DOCUMENT ME!
 101    *
 102    * @param id1
 103    *          DOCUMENT ME!
 104    * @param res
 105    *          DOCUMENT ME!
 106    */
 107   void parseResult(Sequence seq, String res)
 108   {
 109     StringTokenizer st = new StringTokenizer(res, "\n");
 110     String data;
 111     String id2;
 112     int maxFound = 90;
 113     StringBuffer buffer = new StringBuffer("\n\n" + seq.getName() + " :");
 114
 115     while (st.hasMoreTokens())
 116     {
 117       data = st.nextToken();
 118
 119       if (data.indexOf(">UNIPROT") > -1)
 120       {
 121         int index = data.indexOf(">UNIPROT") + 9;
 122         id2 = data.substring(index, data.indexOf(" ", index));
 123
 124         boolean identitiesFound = false;
 125         while (!identitiesFound)
 126         {
 127           data = st.nextToken();
 128
 129           if (data.indexOf("Identities") > -1)
 130           {
 131             identitiesFound = true;
 132
 133             int value = Integer.parseInt(data.substring(
 134                     data.indexOf("(") + 1, data.indexOf("%")));
 135
 136             if (value >= maxFound)
 137             {
 138               maxFound = value;
 139               buffer.append(" " + id2 + " " + value + "%; ");
 140               suggestedIds.addElement(new Object[]
 141               { seq, id2 });
 142             }
 143           }
 144         }
 145       }
 146     }
 147
 148     output.appendText(buffer.toString());
 149   }
 150
 151   void updateIds()
 152   {
 153     // This must be outside the run() body as java 1.5
 154     // will not return any value from the OptionPane to the expired thread.
 155     int reply = JOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
 156             "Automatically update suggested ids?",
 157             "Auto replace sequence ids", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 158
 159     if (reply == JOptionPane.YES_OPTION)
 160     {
 161       Enumeration keys = suggestedIds.elements();
 162       while (keys.hasMoreElements())
 163       {
 164         Object[] object = (Object[]) keys.nextElement();
 165
 166         Sequence oldseq = (Sequence) object[0];
 167
 168         oldseq.setName(object[1].toString());
 169
 170         // Oldseq is actually in the dataset, we must find the
 171         // Visible seq and change its name also.
 172         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 173         {
 174           if (al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence() == oldseq)
 175           {
 176             al.getSequenceAt(i).setName(oldseq.getName());
 177             break;
 178           }
 179         }
 180
 181         DBRefEntry[] entries = oldseq.getDBRef();
 182         if (entries != null)
 183         {
 184           oldseq.addDBRef(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "0",
 185                   entries[0].getAccessionId()));
 186         }
 187       }
 188     }
 189     ap.paintAlignment(true);
 190
 191   }
 192
 193   class ImageTwirler extends Thread
 194   {
 195     ImageIcon[] imageIcon;
 196
 197     int imageIndex = 0;
 198
 199     public ImageTwirler()
 200     {
 201       imageIcon = new ImageIcon[9];
 202
 203       for (int i = 0; i < 9; i++)
 204       {
 205         java.net.URL url = getClass().getResource(
 206                 "/images/dna" + (i + 1) + ".gif");
 207
 208         if (url != null)
 209         {
 210           imageIcon[i] = new ImageIcon(url);
 211         }
 212       }
 213     }
 214
 215     public void run()
 216     {
 217       while (jobsRunning > 0)
 218       {
 219         try
 220         {
 221           Thread.sleep(100);
 222           imageIndex++;
 223           imageIndex %= 9;
 224           output.setFrameIcon(imageIcon[imageIndex]);
 225           output.setTitle(MessageManager.formatMessage("label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running", new String[]{Integer.valueOf(jobsRunning).toString()}));
 226         } catch (Exception ex)
 227         {
 228         }
 229       }
 230
 231       if (jobsRunning == 0)
 232       {
 233         updateIds();
 234       }
 235     }
 236   }
 237
 238   class BlastThread extends Thread
 239   {
 240     Sequence sequence;
 241
 242     String jobid;
 243
 244     boolean jobComplete = false;
 245
 246     BlastThread(Sequence sequence)
 247     {
 248       System.out.println("blasting for: " + sequence.getName());
 249       this.sequence = sequence;
 250     }
 251
 252     public void run()
 253     {
 254       StartJob();
 255
 256       while (!jobComplete)
 257       {
 258         try
 259         {
 260           WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 261           WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 262           WSFile[] results = wublast.getResults(jobid);
 263
 264           if (results != null)
 265           {
 266             String result = new String(wublast.poll(jobid, "tooloutput"));
 267             parseResult(sequence, result);
 268             jobComplete = true;
 269             jobsRunning--;
 270           }
 271           else
 272           {
 273             Thread.sleep(10000);
 274             System.out.println("WSWuBlastClient: I'm alive "
 275                     + sequence.getName() + " " + jobid); // log.debug
 276           }
 277         } catch (Exception ex)
 278         {
 279         }
 280       }
 281     }
 282
 283     void StartJob()
 284     {
 285       InputParams params = new InputParams();
 286
 287       params.setProgram("blastp");
 288       params.setDatabase("uniprot");
 289       params.setMatrix("pam10");
 290
 291       params.setNumal(5);
 292       params.setSensitivity("low");
 293       params.setSort("totalscore");
 294       params.setOutformat("txt");
 295       params.setAsync(true);
 296
 297       try
 298       {
 299         Data inputs[] = new Data[1];
 300         Data input = new Data();
 301         input.setType("sequence");
 302         input.setContent(AlignSeq.extractGaps("-. ",
 303                 sequence.getSequenceAsString()));
 304         inputs[0] = input;
 305
 306         WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 307         WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 308         jobid = wublast.runWUBlast(params, inputs);
 309       } catch (Exception exp)
 310       {
 311         jobComplete = true;
 312         jobsRunning--;
 313         System.err.println("WSWUBlastClient error:\n" + exp.toString());
 314         exp.printStackTrace();
 315       }
 316     }
 317   }
 318 }