src/jalview/io/gff/SequenceOntologyFactory.java

   1 package jalview.io.gff;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.ext.so.SequenceOntology;
   5
   6 /**
   7  * A factory class that returns a model of the Sequence Ontology. If the user's
   8  * Jalview properties file has the line <br>
   9  * USE_SO_LITE = true <br>
  10  * then a hard-coded subset will be used, otherwise the full ontology (as
  11  * downloaded at a point in time).
  12  *
  13  * @author gmcarstairs
  14  *
  15  */
  16 public class SequenceOntologyFactory
  17 {
  18   private static SequenceOntologyI instance;
  19
  20   public static synchronized SequenceOntologyI getInstance()
  21   {
  22     if (instance == null)
  23     {
  24       if (Cache.getDefault("USE_SO_LITE", false))
  25       {
  26         instance = new SequenceOntologyLite();
  27       }
  28       else
  29       {
  30         instance = new SequenceOntology();
  31       }
  32     }
  33     return instance;
  34   }
  35
  36   public static void setInstance(SequenceOntologyI so)
  37   {
  38     instance = so;
  39   }
  40 }