src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io.packed;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.io.NewickFile;
  27
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.HashMap;
  30 import java.util.Hashtable;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33
  34 public class JalviewDataset
  35 {
  36   /**
  37    * dataset that new data (sequences, alignments) will be added to
  38    */
  39   AlignmentI parentDataset;
  40
  41   /**
  42    * @return the parentDataset
  43    */
  44   public AlignmentI getParentDataset()
  45   {
  46     return parentDataset;
  47   }
  48
  49   /**
  50    * @param parentDataset
  51    *          the parentDataset to set
  52    */
  53   public void setParentDataset(AlignmentI parentDataset)
  54   {
  55     this.parentDataset = parentDataset;
  56   }
  57
  58   /**
  59    * @return the featureColours
  60    */
  61   public Map<String, FeatureColourI> getFeatureColours()
  62   {
  63     return featureColours;
  64   }
  65
  66   /**
  67    * @param featureColours
  68    *          the featureColours to set
  69    */
  70   public void setFeatureColours(Map<String, FeatureColourI> featureColours)
  71   {
  72     this.featureColours = featureColours;
  73   }
  74
  75   /**
  76    * @return the seqDetails
  77    */
  78   public Hashtable getSeqDetails()
  79   {
  80     return seqDetails;
  81   }
  82
  83   /**
  84    * @param seqDetails
  85    *          the seqDetails to set
  86    */
  87   public void setSeqDetails(Hashtable seqDetails)
  88   {
  89     this.seqDetails = seqDetails;
  90   }
  91
  92   /**
  93    * @return the al
  94    */
  95   public List<AlignmentSet> getAl()
  96   {
  97     return (al == null) ? new ArrayList<AlignmentSet>() : al;
  98   }
  99
 100   /**
 101    * current alignment being worked on.
 102    */
 103   List<AlignmentSet> al;
 104
 105   public class AlignmentSet
 106   {
 107     public AlignmentI al;
 108
 109     public List<jalview.io.NewickFile> trees;
 110
 111     AlignmentSet(AlignmentI a)
 112     {
 113       al = a;
 114       trees = new ArrayList<jalview.io.NewickFile>();
 115     }
 116
 117     /**
 118      * deuniquify the current alignment in the context, merging any new
 119      * annotation/features with the existing set
 120      *
 121      * @param context
 122      */
 123     void deuniquifyAlignment()
 124     {
 125       if (seqDetails == null || seqDetails.size() == 0)
 126       {
 127         // nothing to do
 128         return;
 129       }
 130       // 1. recover correct names and attributes for each sequence in alignment.
 131       /*
 132        * TODO: housekeeping w.r.t. recovery of dataset and annotation references
 133        * for input sequences, and then dataset sequence creation for new
 134        * sequences retrieved from service // finally, attempt to de-uniquify to
 135        * recover input sequence identity, and try to map back onto dataset Note:
 136        * this jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs, true);
 137        * will NOT WORK - the returned alignment may contain multiple versions of
 138        * the input sequence, each being a subsequence of the original.
 139        * deuniquify also removes existing annotation and features added in the
 140        * previous step... al.setDataset(dataset); // add in new sequences
 141        * retrieved from sequence search which are not already in dataset. //
 142        * trigger a 'fetchDBids' to annotate sequences with database ids...
 143        */
 144       // jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquifyAndMerge(parentDataset,
 145       // seqDetails, al,true);
 146
 147       jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(seqDetails,
 148               al.getSequencesArray(), true);
 149       // 2. Update names of associated nodes in any trees
 150       for (NewickFile nf : trees)
 151       {
 152         // the following works because all trees are already had node/SequenceI
 153         // associations created.
 154         jalview.analysis.NJTree njt = new jalview.analysis.NJTree(
 155                 al.getSequencesArray(), nf);
 156         // this just updates the displayed leaf name on the tree according to
 157         // the SequenceIs.
 158         njt.renameAssociatedNodes();
 159       }
 160
 161     }
 162
 163     /**
 164      * set modification flag. If anything modifies the alignment in the current
 165      * set, this flag should be true
 166      */
 167     private boolean modified = false;
 168
 169     /**
 170      * @return the modified
 171      */
 172     public boolean isModified()
 173     {
 174       return modified;
 175     }
 176
 177     /**
 178      * or the modification state with the given state
 179      *
 180      * @param modifiedFromAction
 181      */
 182     public void updateSetModified(boolean modifiedFromAction)
 183     {
 184       modified |= modifiedFromAction;
 185     }
 186   }
 187
 188   /**
 189    * current set of feature colours
 190    */
 191   Map<String, FeatureColourI> featureColours;
 192
 193   /**
 194    * original identity of each sequence in results
 195    */
 196   Hashtable seqDetails;
 197
 198   public boolean relaxedIdMatching = false;
 199
 200   public JalviewDataset()
 201   {
 202     seqDetails = new Hashtable();
 203     al = new ArrayList<AlignmentSet>();
 204     parentDataset = null;
 205     featureColours = new HashMap<String, FeatureColourI>();
 206   }
 207
 208   /**
 209    * context created from an existing alignment.
 210    *
 211    * @param parentAlignment
 212    */
 213   public JalviewDataset(AlignmentI aldataset,
 214           Map<String, FeatureColourI> fc, Hashtable seqDets)
 215   {
 216     // TODO not used - remove?
 217     this(aldataset, fc, seqDets, null);
 218   }
 219
 220   /**
 221    *
 222    * @param aldataset
 223    *          - parent dataset for any new alignment/sequence data (must not be
 224    *          null)
 225    * @param fc
 226    *          (may be null) feature settings for the alignment where new feature
 227    *          renderstyles are stored
 228    * @param seqDets
 229    *          - (may be null) anonymised sequence information created by
 230    *          Sequence uniquifier
 231    * @param parentAlignment
 232    *          (may be null) alignment to associate new annotation and trees
 233    *          with.
 234    */
 235   public JalviewDataset(AlignmentI aldataset,
 236           Map<String, FeatureColourI> fc, Hashtable seqDets,
 237           AlignmentI parentAlignment)
 238   {
 239     this();
 240     parentDataset = aldataset;
 241     if (parentAlignment != null)
 242     {
 243       parentDataset = parentAlignment.getDataset();
 244       if (parentDataset == null)
 245       {
 246         parentDataset = parentAlignment;
 247       }
 248       else
 249       {
 250         addAlignment(parentAlignment);
 251       }
 252     }
 253     if (seqDets != null)
 254     {
 255       seqDetails = seqDets;
 256     }
 257     if (fc != null)
 258     {
 259       featureColours = fc;
 260     }
 261
 262   }
 263
 264   public boolean hasAlignments()
 265   {
 266     return al != null && al.size() > 0;
 267   }
 268
 269   public AlignmentI getLastAlignment()
 270   {
 271     return (al == null || al.size() < 1) ? null : al.get(al.size() - 1).al;
 272   }
 273
 274   public AlignmentSet getLastAlignmentSet()
 275   {
 276     return (al == null || al.size() < 1) ? null : al.get(al.size() - 1);
 277   }
 278
 279   /**
 280    * post process (deuniquify) the current alignment and its dependent data, and
 281    * then add newal to the dataset.
 282    *
 283    * @param newal
 284    */
 285   public void addAlignment(AlignmentI newal)
 286   {
 287     if (!hasAlignments())
 288     {
 289       al = new ArrayList<AlignmentSet>();
 290     }
 291     AlignmentSet last = getLastAlignmentSet();
 292     if (last != null)
 293     {
 294       System.err.println("Deuniquifying last alignment set.");
 295       last.deuniquifyAlignment();
 296     }
 297     al.add(new AlignmentSet(newal));
 298   }
 299
 300   public void addTreeFromFile(NewickFile nf)
 301   {
 302     AlignmentSet lal = getLastAlignmentSet();
 303     lal.trees.add(nf);
 304   }
 305
 306   public boolean hasSequenceAssoc()
 307   {
 308     // TODO: discover where sequence associated data should be put.
 309     return false;
 310   }
 311
 312   public SequenceI getLastAssociatedSequence()
 313   {
 314     // TODO: delineate semantics for associating uniquified data with
 315     // potentially de-uniquified sequence.
 316     return null;
 317   }
 318
 319   /**
 320    * update the modified state flag for the current set with the given
 321    * modification state
 322    *
 323    * @param modified
 324    *          - this will be ored with current modification state
 325    */
 326   public void updateSetModified(boolean modified)
 327   {
 328     getLastAlignmentSet().updateSetModified(modified);
 329   }
 330 }