src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java

   1 package jalview.io.vamsas;\r
   2 \r
   3 import jalview.bin.Cache;\r
   4 import jalview.gui.TreePanel;\r
   5 import jalview.io.VamsasAppDatastore;\r
   6 \r
   7 import java.util.Enumeration;\r
   8 import java.util.Hashtable;\r
   9 import java.util.IdentityHashMap;\r
  10 import java.util.Vector;\r
  11 \r
  12 import uk.ac.vamsas.client.IClientDocument;\r
  13 import uk.ac.vamsas.client.Vobject;\r
  14 import uk.ac.vamsas.client.VorbaId;\r
  15 import uk.ac.vamsas.objects.core.Entry;\r
  16 import uk.ac.vamsas.objects.core.Provenance;\r
  17 import uk.ac.vamsas.objects.core.Seg;\r
  18 \r
  19 /**\r
  20  * Holds all the common machinery for binding objects to vamsas objects\r
  21  * @author JimP\r
  22  *\r
  23  */\r
  24 public class DatastoreItem\r
  25 {\r
  26   /**\r
  27    * \r
  28    */\r
  29   Entry provEntry = null;\r
  30 \r
  31   IClientDocument cdoc;\r
  32 \r
  33   Hashtable vobj2jv;\r
  34 \r
  35   IdentityHashMap jv2vobj;\r
  36   /**\r
  37    * @return the Vobject bound to Jalview datamodel object\r
  38    */\r
  39   protected Vobject getjv2vObj(Object jvobj)\r
  40   {\r
  41     if (jv2vobj.containsKey(jvobj))\r
  42     {\r
  43       return cdoc.getObject( (VorbaId) jv2vobj.get(jvobj));\r
  44     }\r
  45     if (Cache.log.isDebugEnabled())\r
  46     {\r
  47       Cache.log.debug("Returning null VorbaID binding for jalview object "+jvobj);\r
  48     }\r
  49     return null;\r
  50   }\r
  51 \r
  52   /**\r
  53    *\r
  54    * @param vobj\r
  55    * @return Jalview datamodel object bound to the vamsas document object\r
  56    */\r
  57   protected Object getvObj2jv(uk.ac.vamsas.client.Vobject vobj)\r
  58   {\r
  59     if (vobj2jv==null)\r
  60       return null;\r
  61     VorbaId id = vobj.getVorbaId();\r
  62     if (id == null)\r
  63     {\r
  64       id = cdoc.registerObject(vobj);\r
  65       Cache.log\r
  66           .debug("Registering new object and returning null for getvObj2jv");\r
  67       return null;\r
  68     }\r
  69     if (vobj2jv.containsKey(vobj.getVorbaId()))\r
  70     {\r
  71       return vobj2jv.get(vobj.getVorbaId());\r
  72     }\r
  73     return null;\r
  74   }\r
  75 \r
  76   protected void bindjvvobj(Object jvobj, uk.ac.vamsas.client.Vobject vobj)\r
  77   {\r
  78     VorbaId id = vobj.getVorbaId();\r
  79     if (id == null)\r
  80     {\r
  81       id = cdoc.registerObject(vobj);\r
  82       if (id == null || vobj.getVorbaId() == null || cdoc.getObject(id)!=vobj)\r
  83       {\r
  84         Cache.log.error("Failed to get id for " +\r
  85                         (vobj.isRegisterable() ? "registerable" :\r
  86                          "unregisterable") + " object " + vobj);\r
  87       }\r
  88     }\r
  89 \r
  90     if (vobj2jv.containsKey(vobj.getVorbaId()) &&\r
  91         ! ( (VorbaId) vobj2jv.get(vobj.getVorbaId())).equals(jvobj))\r
  92     {\r
  93       Cache.log.debug("Warning? Overwriting existing vamsas id binding for " +\r
  94                       vobj.getVorbaId(),\r
  95                       new Exception("Overwriting vamsas id binding."));\r
  96     }\r
  97     else if (jv2vobj.containsKey(jvobj) &&\r
  98              ! ( (VorbaId) jv2vobj.get(jvobj)).equals(vobj.getVorbaId()))\r
  99     {\r
 100       Cache.log.debug(\r
 101           "Warning? Overwriting existing jalview object binding for " + jvobj,\r
 102           new Exception("Overwriting jalview object binding."));\r
 103     }\r
 104     /* Cache.log.error("Attempt to make conflicting object binding! "+vobj+" id " +vobj.getVorbaId()+" already bound to "+getvObj2jv(vobj)+" and "+jvobj+" already bound to "+getjv2vObj(jvobj),new Exception("Excessive call to bindjvvobj"));\r
 105          }*/\r
 106     // we just update the hash's regardless!\r
 107     Cache.log.debug("Binding "+vobj.getVorbaId()+" to "+jvobj);\r
 108     vobj2jv.put(vobj.getVorbaId(), jvobj);\r
 109     // JBPNote - better implementing a hybrid invertible hash.\r
 110     jv2vobj.put(jvobj, vobj.getVorbaId());\r
 111   }\r
 112 \r
 113   public DatastoreItem() {\r
 114     super();\r
 115   }\r
 116   public DatastoreItem(VamsasAppDatastore datastore)\r
 117   {\r
 118     this();\r
 119     initDatastoreItem(datastore);\r
 120     // TODO Auto-generated constructor stub\r
 121   }\r
 122   VamsasAppDatastore datastore = null;\r
 123   public void initDatastoreItem(VamsasAppDatastore ds)\r
 124   {\r
 125     datastore = ds;\r
 126     initDatastoreItem(ds.getProvEntry(), ds.getClientDocument(), ds.getVamsasObjectBinding(), ds.getJvObjectBinding());\r
 127   }\r
 128   public void initDatastoreItem(Entry provEntry, IClientDocument cdoc, Hashtable vobj2jv, IdentityHashMap jv2vobj)\r
 129   {\r
 130     this.provEntry = provEntry;\r
 131     this.cdoc = cdoc;\r
 132     this.vobj2jv = vobj2jv;\r
 133     this.jv2vobj = jv2vobj;\r
 134   }\r
 135 \r
 136   protected boolean isModifiable(String modifiable)\r
 137   {\r
 138     return modifiable==null; // TODO: USE VAMSAS LIBRARY OBJECT LOCK METHODS)\r
 139   }\r
 140 \r
 141   protected Vector getjv2vObjs(Vector alsq)\r
 142   {\r
 143     Vector vObjs = new Vector();\r
 144     Enumeration elm = alsq.elements();\r
 145     while (elm.hasMoreElements())\r
 146     {\r
 147       vObjs.addElement(getjv2vObj(elm.nextElement()));\r
 148     }\r
 149     return vObjs;\r
 150   }\r
 151   // utility functions\r
 152   /**\r
 153    * get start<end range of segment, adjusting for inclusivity flag and\r
 154    * polarity.\r
 155    *\r
 156    * @param visSeg\r
 157    * @param ensureDirection when true - always ensure start is less than end.\r
 158    * @return int[] { start, end, direction} where direction==1 for range running from end to start.\r
 159    */\r
 160   public int[] getSegRange(Seg visSeg, boolean ensureDirection)\r
 161   {\r
 162     boolean incl = visSeg.getInclusive();\r
 163     // adjust for inclusive flag.\r
 164     int pol = (visSeg.getStart() <= visSeg.getEnd()) ? 1 : -1; // polarity of\r
 165     // region.\r
 166     int start = visSeg.getStart() + (incl ? 0 : pol);\r
 167     int end = visSeg.getEnd() + (incl ? 0 : -pol);\r
 168     if (ensureDirection && pol == -1)\r
 169     {\r
 170       // jalview doesn't deal with inverted ranges, yet.\r
 171       int t = end;\r
 172       end = start;\r
 173       start = t;\r
 174     }\r
 175     return new int[]\r
 176         {\r
 177         start, end, pol < 0 ? 1 : 0};\r
 178   }\r
 179   /**\r
 180    * provenance bits\r
 181    */\r
 182   protected jalview.datamodel.Provenance getJalviewProvenance(Provenance prov)\r
 183   {\r
 184     // TODO: fix App and Action entries and check use of provenance in jalview.\r
 185     jalview.datamodel.Provenance jprov = new jalview.datamodel.Provenance();\r
 186     for (int i = 0; i < prov.getEntryCount(); i++)\r
 187     {\r
 188       jprov.addEntry(prov.getEntry(i).getUser(), prov.getEntry(i).getAction(),\r
 189                      prov.getEntry(i).getDate(),\r
 190                      prov.getEntry(i).getId());\r
 191     }\r
 192 \r
 193     return jprov;\r
 194   }\r
 195 \r
 196   /**\r
 197    *\r
 198    * @return default initial provenance list for a Jalview created vamsas\r
 199    *         object.\r
 200    */\r
 201   Provenance dummyProvenance()\r
 202   {\r
 203     return dummyProvenance(null);\r
 204   }\r
 205 \r
 206   protected Entry dummyPEntry(String action)\r
 207   {\r
 208     Entry entry = new Entry();\r
 209     entry.setApp(this.provEntry.getApp());\r
 210     if (action != null)\r
 211     {\r
 212       entry.setAction(action);\r
 213     }\r
 214     else\r
 215     {\r
 216       entry.setAction("created.");\r
 217     }\r
 218     entry.setDate(new java.util.Date());\r
 219     entry.setUser(this.provEntry.getUser());\r
 220     return entry;\r
 221   }\r
 222 \r
 223   protected Provenance dummyProvenance(String action)\r
 224   {\r
 225     Provenance prov = new Provenance();\r
 226     prov.addEntry(dummyPEntry(action));\r
 227     return prov;\r
 228   }\r
 229 \r
 230   protected void addProvenance(Provenance p, String action)\r
 231   {\r
 232     p.addEntry(dummyPEntry(action));\r
 233   }\r
 234 \r
 235 }\r