src/jalview/io/vamsas/Dbref.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io.vamsas;
  22
  23 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.io.VamsasAppDatastore;
  26
  27 import uk.ac.vamsas.objects.core.DataSet;
  28 import uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef;
  29 import uk.ac.vamsas.objects.core.Map;
  30 import uk.ac.vamsas.objects.core.Sequence;
  31
  32 public class Dbref extends Rangetype
  33 {
  34   jalview.datamodel.SequenceI sq = null;
  35
  36   uk.ac.vamsas.objects.core.Sequence sequence = null;
  37
  38   DataSet ds;
  39
  40   public Dbref(VamsasAppDatastore datastore, DBRefEntry dbentry,
  41           jalview.datamodel.SequenceI sq2,
  42           uk.ac.vamsas.objects.core.Sequence sequence2, DataSet dataset)
  43   {
  44     super(datastore, dbentry, DbRef.class);
  45     // initialise object specific attributes
  46     sq = sq2;
  47     sequence = sequence2;
  48     this.jvobj = dbentry;
  49     ds = dataset;
  50     // call the accessors
  51     doSync();
  52   }
  53
  54   public Dbref(VamsasAppDatastore datastore, DbRef ref, Sequence vdseq,
  55           SequenceI dsseq)
  56   {
  57     super(datastore, ref, jalview.datamodel.DBRefEntry.class);
  58     sequence = vdseq;
  59     sq = dsseq;
  60     ds = (DataSet) vdseq.getV_parent();
  61     doJvUpdate();
  62   }
  63
  64   public void updateToDoc()
  65   {
  66     DbRef dbref = (DbRef) this.vobj;
  67     DBRefEntry jvobj = (DBRefEntry) this.jvobj;
  68     dbref.setAccessionId(jvobj.getAccessionId());
  69     dbref.setSource(jvobj.getSource());
  70     dbref.setVersion(jvobj.getVersion());
  71     if (jvobj.getMap() != null)
  72     {
  73       // Record mapping to external database coordinate system.
  74       jalview.datamodel.Mapping mp = jvobj.getMap();
  75       if (mp.getMap() != null)
  76       {
  77         Map vMap = null;
  78         if (dbref.getMapCount() == 0)
  79         {
  80           vMap = new Map();
  81           initMapType(vMap, mp.getMap(), true);
  82           dbref.addMap(vMap);
  83         }
  84         else
  85         {
  86           // we just update the data anyway.
  87           vMap = dbref.getMap(0);
  88           initMapType(vMap, mp.getMap(), true);
  89         }
  90         updateMapTo(mp);
  91       }
  92     }
  93     else
  94     {
  95       jalview.bin.Cache.log.debug("Ignoring mapless DbRef.Map "
  96               + jvobj.getSrcAccString());
  97     }
  98
  99   }
 100
 101   /**
 102    * ugly hack to try to get the embedded sequences within a database reference
 103    * to be stored in the document's dataset.
 104    *
 105    * @param mp
 106    */
 107   private void updateMapTo(jalview.datamodel.Mapping mp)
 108   {
 109     log.info("Performing updateMapTo remove this message when we know what we're doing.");
 110     // TODO determine how sequences associated with database mappings are stored
 111     // in the document
 112     if (mp != null && mp.getTo() != null)
 113     {
 114       if (mp.getTo().getDatasetSequence() == null)
 115       {
 116         // TODO: fix this hinky sh!t
 117         DatastoreItem dssync = dsReg.getDatastoreItemFor(mp.getTo());
 118         if (dssync == null)
 119         {
 120           // sync the dataset sequence, if it hasn't been done already.
 121           // TODO: ensure real dataset sequence corresponding to getTo is
 122           // recovered
 123           dssync = new Datasetsequence(
 124                   datastore,
 125                   mp.getTo(),
 126                   (mp.getMappedWidth() == mp.getWidth()) ? sequence
 127                           .getDictionary()
 128                           : ((mp.getMappedWidth() == 3) ? uk.ac.vamsas.objects.utils.SymbolDictionary.STANDARD_NA
 129                                   : uk.ac.vamsas.objects.utils.SymbolDictionary.STANDARD_AA),
 130                   ds);
 131         }
 132         //
 133         // TODO: NOW add a mapping between new dataset sequence and sequence
 134         // associated with the database reference
 135
 136         // dna mappings only...
 137         // new jalview.io.vamsas.Sequencemapping(datastore, mp, sequence, ds);
 138
 139       }
 140
 141     }
 142     else
 143     {
 144       log.debug("Ignoring non-dataset sequence mapping.");
 145     }
 146   }
 147
 148   public void updateFromDoc()
 149   {
 150     DbRef vobj = (DbRef) this.vobj;
 151     DBRefEntry jvobj = (DBRefEntry) this.jvobj;
 152     jvobj.setAccessionId(vobj.getAccessionId());
 153     jvobj.setSource(vobj.getSource());
 154     jvobj.setVersion(vobj.getVersion());
 155     // add new dbref
 156     if (vobj.getMapCount() > 0)
 157     {
 158       // TODO: Jalview ignores all the other maps
 159       if (vobj.getMapCount() > 1)
 160       {
 161         jalview.bin.Cache.log
 162                 .debug("Ignoring additional mappings on DbRef: "
 163                         + jvobj.getSource() + ":" + jvobj.getAccessionId());
 164       }
 165       jalview.datamodel.Mapping mp = new jalview.datamodel.Mapping(
 166               parsemapType(vobj.getMap(0)));
 167       if (jvobj.getMap() == null || !mp.equals(jvobj.getMap()))
 168       {
 169         jvobj.setMap(mp);
 170       }
 171     }
 172   }
 173
 174   public void conflict()
 175   {
 176     DbRef vobj = (DbRef) this.vobj;
 177     DBRefEntry jvobj = (DBRefEntry) this.jvobj;
 178     jalview.bin.Cache.log.debug("Conflict in dbentry update for "
 179             + vobj.getAccessionId() + vobj.getSource() + " "
 180             + vobj.getVorbaId());
 181     // TODO Auto-generated method stub
 182
 183   }
 184
 185   public void addFromDocument()
 186   {
 187     DbRef vobj = (DbRef) this.vobj;
 188     DBRefEntry jvobj = (DBRefEntry) this.jvobj;
 189     // add new dbref
 190     sq.addDBRef(jvobj = new jalview.datamodel.DBRefEntry(vobj.getSource()
 191             .toString(), vobj.getVersion().toString(), vobj
 192             .getAccessionId().toString()));
 193     if (vobj.getMapCount() > 0)
 194     {
 195       // TODO: Jalview ignores all the other maps
 196       if (vobj.getMapCount() > 1)
 197       {
 198         jalview.bin.Cache.log
 199                 .debug("Ignoring additional mappings on DbRef: "
 200                         + jvobj.getSource() + ":" + jvobj.getAccessionId());
 201       }
 202       jalview.datamodel.Mapping mp = new jalview.datamodel.Mapping(
 203               parsemapType(vobj.getMap(0)));
 204       jvobj.setMap(mp);
 205     }
 206     // TODO: jalview ignores links and properties because it doesn't know what
 207     // to do with them.
 208
 209     bindjvvobj(jvobj, vobj);
 210   }
 211
 212   public void addToDocument()
 213   {
 214     DBRefEntry jvobj = (DBRefEntry) this.jvobj;
 215     DbRef dbref = new DbRef();
 216     bindjvvobj(jvobj, dbref);
 217     dbref.setAccessionId(jvobj.getAccessionId());
 218     dbref.setSource(jvobj.getSource());
 219     dbref.setVersion(jvobj.getVersion());
 220     sequence.addDbRef(dbref);
 221     if (jvobj.getMap() != null)
 222     {
 223       jalview.datamodel.Mapping mp = jvobj.getMap();
 224       if (mp.getMap() != null)
 225       {
 226         Map vMap = new Map();
 227         initMapType(vMap, mp.getMap(), true);
 228         dbref.addMap(vMap);
 229         updateMapTo(mp);
 230       }
 231       else
 232       {
 233         jalview.bin.Cache.log.debug("Ignoring mapless DbRef.Map "
 234                 + jvobj.getSrcAccString());
 235       }
 236     }
 237   }
 238
 239 }