src/jalview/io/xdb/genbank/GenBankLocations.java

   1 package jalview.io.xdb.genbank;
   2
   3 /**
   4  *
   5  * @author Dieval Guizelini
   6  */
   7 public class GenBankLocations extends GenBankLocation {
   8     public static final int NONE = 1; // default
   9     public static final int COMPLEMENT = 2;
  10     public static final int JOIN = 3;
  11     public static final int ORDER = 4; // conj com ordem desconhecida
  12     private int operator = NONE;
  13     private java.util.List<GenBankLocation> units;
  14
  15     public GenBankLocations() {
  16         units = new java.util.ArrayList<GenBankLocation>();
  17     }
  18
  19     @Override
  20     public void setComplement(boolean complement){
  21         super.setComplement(complement);
  22         this.operator = COMPLEMENT;
  23         if (units != null) {
  24             for (GenBankLocation o : units) {
  25                 o.setComplement(complement);
  26             }
  27         }
  28     }
  29
  30     @Override
  31     public String toString() {
  32         StringBuilder sb = new StringBuilder();
  33         if (getOperator() == COMPLEMENT) {
  34             sb.append("complement(");
  35         } else if (getOperator() == JOIN) {
  36             sb.append("join(");
  37         } else if (getOperator() == ORDER) {
  38             sb.append("order(");
  39         }
  40         if (units.size() > 0) {
  41             sb.append(units.get(0).toString());
  42             for (int i = 1; i < units.size(); i++) {
  43                 sb.append(",");
  44                 sb.append(units.get(i).toString());
  45             }
  46         }
  47         if (getOperator() != NONE) {
  48             sb.append(")");
  49         }
  50         return sb.toString();
  51     }
  52
  53     /**
  54      * @return the units
  55      */
  56     public java.util.List<GenBankLocation> getUnits() {
  57         return units;
  58     }
  59
  60     /**
  61      * @param units the units to set
  62      */
  63     public void setUnits(java.util.List<GenBankLocation> units) {
  64         this.units = units;
  65     }
  66
  67     @Override
  68     public int getMinor() {
  69         if( units.size() > 0 ) {
  70             return units.get(0).getMinor();
  71         }
  72         return 0;
  73     }
  74
  75     @Override
  76     public int getMajor() {
  77         int ind = units.size();
  78         if( ind > 0 ) {
  79             return units.get(ind-1).getMajor();
  80         }
  81         return 0;
  82     }
  83
  84     /**
  85      * @return the operator
  86      */
  87     public int getOperator() {
  88         return operator;
  89     }
  90
  91     /**
  92      * @param operator the operator to set
  93      */
  94     public void setOperator(int operator) {
  95         this.operator = operator;
  96     }
  97
  98 }