src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.javascript;
  22
  23 import jalview.appletgui.AlignFrame;
  24 import jalview.appletgui.AlignViewport;
  25 import jalview.bin.JalviewLite;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.structure.SelectionListener;
  29 import jalview.structure.SelectionSource;
  30
  31 public class JsSelectionSender extends JSFunctionExec implements
  32         SelectionListener, JsCallBack
  33 {
  34
  35   AlignFrame _af;
  36
  37   String _listener;
  38
  39   public JsSelectionSender(JalviewLite jvlite, AlignFrame af,
  40           String listener)
  41   {
  42     super(jvlite);
  43     _af = af;
  44     _listener = listener;
  45   }
  46
  47   @Override
  48   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
  49           SelectionSource source)
  50   {
  51     // System.err.println("Testing selection event relay to jsfunction:"+_listener);
  52     try
  53     {
  54       String setid = "";
  55       String viewid = "";
  56       AlignFrame src = _af;
  57       if (source != null)
  58       {
  59         if (source instanceof AlignViewport
  60                 && ((AlignViewport) source).applet.currentAlignFrame.viewport == source)
  61         {
  62           // should be valid if it just generated an event!
  63           src = ((AlignViewport) source).applet.currentAlignFrame;
  64
  65         }
  66       }
  67       String[] seqs = new String[]
  68       {};
  69       String[] cols = new String[]
  70       {};
  71       int strt = 0, end = (src == null) ? -1 : src.alignPanel.av
  72               .getAlignment().getWidth();
  73       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
  74       {
  75         seqs = new String[seqsel.getSize()];
  76         for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  77         {
  78           seqs[i] = seqsel.getSequenceAt(i).getName();
  79         }
  80         if (strt < seqsel.getStartRes())
  81         {
  82           strt = seqsel.getStartRes();
  83         }
  84         if (end == -1 || end > seqsel.getEndRes())
  85         {
  86           end = seqsel.getEndRes();
  87         }
  88       }
  89       if (colsel != null && colsel.size() > 0)
  90       {
  91         if (end == -1)
  92         {
  93           end = colsel.getMax() + 1;
  94         }
  95         cols = new String[colsel.getSelected().size()];
  96         int d = 0, r = -1;
  97         for (int i = 0; i < cols.length; i++)
  98         {
  99           cols[i] = ""
 100                   + (1 + colsel.getSelected().elementAt(i)
 101                           .intValue());
 102         }
 103       }
 104       else
 105       {
 106         if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
 107         {
 108           // send a valid range, otherwise we send the empty selection
 109           cols = new String[2];
 110           cols[0] = "" + (1 + strt) + "-" + (1 + end);
 111         }
 112         ;
 113
 114       }
 115       System.err.println("Relaying selection to jsfunction:" + _listener);
 116       executeJavascriptFunction(
 117               _listener,
 118               new Object[]
 119               { src, setid, jvlite.arrayToSeparatorList(seqs),
 120                   jvlite.arrayToSeparatorList(cols) });
 121     } catch (Exception ex)
 122     {
 123       System.err
 124               .println("Jalview Javascript exec error: Couldn't send selection message using function '"
 125                       + _listener + "'");
 126       ex.printStackTrace();
 127       if (ex instanceof netscape.javascript.JSException)
 128       {
 129         System.err.println("Javascript Exception: "
 130                 + ((netscape.javascript.JSException) ex).getCause()
 131                         .toString());
 132       }
 133
 134     }
 135   }
 136
 137   @Override
 138   public AlignFrame getAlignFrame()
 139   {
 140     return _af;
 141   }
 142
 143   @Override
 144   public String getListenerFunction()
 145   {
 146     return _listener;
 147   }
 148
 149 }