src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
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  17  */
  18 package jalview.javascript;
  19
  20 import jalview.appletgui.AlignFrame;
  21 import jalview.bin.JalviewLite;
  22 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.structure.SelectionSource;
  25
  26 public class JsSelectionSender extends JSFunctionExec implements
  27         jalview.structure.SelectionListener, JsCallBack
  28 {
  29
  30   AlignFrame _af;
  31
  32   String _listener;
  33
  34   public JsSelectionSender(JalviewLite jvlite, AlignFrame af,
  35           String listener)
  36   {
  37     super(jvlite);
  38     _af = af;
  39     _listener = listener;
  40   }
  41
  42   @Override
  43   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
  44           SelectionSource source)
  45   {
  46     // System.err.println("Testing selection event relay to jsfunction:"+_listener);
  47     try
  48     {
  49       String setid = "";
  50       String viewid = "";
  51       AlignFrame src = _af;
  52       if (source != null)
  53       {
  54         if (source instanceof jalview.appletgui.AlignViewport
  55                 && ((jalview.appletgui.AlignViewport) source).applet.currentAlignFrame.viewport == source)
  56         {
  57           // should be valid if it just generated an event!
  58           src = ((jalview.appletgui.AlignViewport) source).applet.currentAlignFrame;
  59
  60         }
  61       }
  62       String[] seqs = new String[]
  63       {};
  64       String[] cols = new String[]
  65       {};
  66       int strt = 0, end = (src == null) ? -1 : src.alignPanel.av
  67               .getAlignment().getWidth();
  68       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
  69       {
  70         seqs = new String[seqsel.getSize()];
  71         for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  72         {
  73           seqs[i] = seqsel.getSequenceAt(i).getName();
  74         }
  75         if (strt < seqsel.getStartRes())
  76         {
  77           strt = seqsel.getStartRes();
  78         }
  79         if (end == -1 || end > seqsel.getEndRes())
  80         {
  81           end = seqsel.getEndRes();
  82         }
  83       }
  84       if (colsel != null && colsel.size() > 0)
  85       {
  86         if (end == -1)
  87         {
  88           end = colsel.getMax() + 1;
  89         }
  90         cols = new String[colsel.getSelected().size()];
  91         int d = 0, r = -1;
  92         for (int i = 0; i < cols.length; i++)
  93         {
  94           cols[i] = ""
  95                   + (1 + ((Integer) colsel.getSelected().elementAt(i))
  96                           .intValue());
  97         }
  98       }
  99       else
 100       {
 101         if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
 102         {
 103           // send a valid range, otherwise we send the empty selection
 104           cols = new String[2];
 105           cols[0] = "" + (1 + strt) + "-" + (1 + end);
 106         }
 107         ;
 108
 109       }
 110       System.err.println("Relaying selection to jsfunction:" + _listener);
 111       executeJavascriptFunction(
 112               _listener,
 113               new Object[]
 114               { src, setid, jvlite.arrayToSeparatorList(seqs),
 115                   jvlite.arrayToSeparatorList(cols) });
 116     } catch (Exception ex)
 117     {
 118       System.err
 119               .println("Jalview Javascript exec error: Couldn't send selection message using function '"
 120                       + _listener + "'");
 121       ex.printStackTrace();
 122       if (ex instanceof netscape.javascript.JSException)
 123       {
 124         System.err.println("Javascript Exception: "
 125                 + ((netscape.javascript.JSException) ex).getCause()
 126                         .toString());
 127       }
 128
 129     }
 130   }
 131
 132   @Override
 133   public AlignFrame getAlignFrame()
 134   {
 135     return _af;
 136   }
 137
 138   @Override
 139   public String getListenerFunction()
 140   {
 141     return _listener;
 142   }
 143
 144 }