src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.jbgui;
  22
  23 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25
  26 import java.awt.BorderLayout;
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.FlowLayout;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.GridLayout;
  31 import java.awt.event.ActionEvent;
  32 import java.awt.event.ActionListener;
  33
  34 import javax.swing.JButton;
  35 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  36 import javax.swing.JComboBox;
  37 import javax.swing.JInternalFrame;
  38 import javax.swing.JLabel;
  39 import javax.swing.JMenu;
  40 import javax.swing.JMenuBar;
  41 import javax.swing.JMenuItem;
  42 import javax.swing.JPanel;
  43 import javax.swing.event.MenuEvent;
  44 import javax.swing.event.MenuListener;
  45
  46 public class GPCAPanel extends JInternalFrame
  47 {
  48   private static final Font VERDANA_12 = new Font("Verdana", 0, 12);
  49
  50   protected JComboBox<String> xCombobox = new JComboBox<String>();
  51
  52   protected JComboBox<String> yCombobox = new JComboBox<String>();
  53
  54   protected JComboBox<String> zCombobox = new JComboBox<String>();
  55
  56   protected JMenu scoreModelMenu = new JMenu();
  57
  58   protected JMenu viewMenu = new JMenu();
  59
  60   protected JCheckBoxMenuItem showLabels = new JCheckBoxMenuItem();
  61
  62   protected JMenu associateViewsMenu = new JMenu();
  63
  64   protected JMenu calcSettings = new JMenu();
  65
  66   protected JCheckBoxMenuItem nuclSetting = new JCheckBoxMenuItem();
  67
  68   protected JCheckBoxMenuItem protSetting = new JCheckBoxMenuItem();
  69
  70   protected JLabel statusBar = new JLabel();
  71
  72   protected JPanel statusPanel = new JPanel();
  73
  74   public GPCAPanel()
  75   {
  76     try
  77     {
  78       jbInit();
  79     } catch (Exception e)
  80     {
  81       e.printStackTrace();
  82     }
  83
  84     for (int i = 1; i < 8; i++)
  85     {
  86       xCombobox.addItem("dim " + i);
  87       yCombobox.addItem("dim " + i);
  88       zCombobox.addItem("dim " + i);
  89     }
  90   }
  91
  92   private void jbInit() throws Exception
  93   {
  94     this.getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  95     JPanel jPanel2 = new JPanel();
  96     jPanel2.setLayout(new FlowLayout());
  97     JLabel jLabel1 = new JLabel();
  98     jLabel1.setFont(VERDANA_12);
  99     jLabel1.setText("x=");
 100     JLabel jLabel2 = new JLabel();
 101     jLabel2.setFont(VERDANA_12);
 102     jLabel2.setText("y=");
 103     JLabel jLabel3 = new JLabel();
 104     jLabel3.setFont(VERDANA_12);
 105     jLabel3.setText("z=");
 106     jPanel2.setBackground(Color.white);
 107     jPanel2.setBorder(null);
 108     zCombobox.setFont(VERDANA_12);
 109     zCombobox.addActionListener(new ActionListener()
 110     {
 111       @Override
 112       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 113       {
 114         zCombobox_actionPerformed(e);
 115       }
 116     });
 117     yCombobox.setFont(VERDANA_12);
 118     yCombobox.addActionListener(new ActionListener()
 119     {
 120       @Override
 121       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 122       {
 123         yCombobox_actionPerformed(e);
 124       }
 125     });
 126     xCombobox.setFont(VERDANA_12);
 127     xCombobox.addActionListener(new ActionListener()
 128     {
 129       @Override
 130       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 131       {
 132         xCombobox_actionPerformed(e);
 133       }
 134     });
 135     JButton resetButton = new JButton();
 136     resetButton.setFont(VERDANA_12);
 137     resetButton.setText(MessageManager.getString("action.reset"));
 138     resetButton.addActionListener(new ActionListener()
 139     {
 140       @Override
 141       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 142       {
 143         resetButton_actionPerformed(e);
 144       }
 145     });
 146     JMenu fileMenu = new JMenu();
 147     fileMenu.setText(MessageManager.getString("action.file"));
 148     JMenu saveMenu = new JMenu();
 149     saveMenu.setText(MessageManager.getString("action.save_as"));
 150     JMenuItem eps = new JMenuItem("EPS");
 151     eps.addActionListener(new ActionListener()
 152     {
 153       @Override
 154       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 155       {
 156         makePCAImage(TYPE.EPS);
 157       }
 158     });
 159     JMenuItem png = new JMenuItem("PNG");
 160     png.addActionListener(new ActionListener()
 161     {
 162       @Override
 163       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 164       {
 165         makePCAImage(TYPE.PNG);
 166       }
 167     });
 168     JMenuItem outputValues = new JMenuItem();
 169     outputValues.setText(MessageManager.getString("label.output_values"));
 170     outputValues.addActionListener(new ActionListener()
 171     {
 172       @Override
 173       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 174       {
 175         outputValues_actionPerformed(e);
 176       }
 177     });
 178     JMenuItem outputPoints = new JMenuItem();
 179     outputPoints.setText(MessageManager.getString("label.output_points"));
 180     outputPoints.addActionListener(new ActionListener()
 181     {
 182       @Override
 183       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 184       {
 185         outputPoints_actionPerformed(e);
 186       }
 187     });
 188     JMenuItem outputProjPoints = new JMenuItem();
 189     outputProjPoints.setText(
 190             MessageManager.getString("label.output_transformed_points"));
 191     outputProjPoints.addActionListener(new ActionListener()
 192     {
 193       @Override
 194       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 195       {
 196         outputProjPoints_actionPerformed(e);
 197       }
 198     });
 199     JMenuItem print = new JMenuItem();
 200     print.setText(MessageManager.getString("action.print"));
 201     print.addActionListener(new ActionListener()
 202     {
 203       @Override
 204       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 205       {
 206         print_actionPerformed(e);
 207       }
 208     });
 209     viewMenu.setText(MessageManager.getString("action.view"));
 210     viewMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 211     {
 212       @Override
 213       public void menuSelected(MenuEvent e)
 214       {
 215         viewMenu_menuSelected();
 216       }
 217
 218       @Override
 219       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 220       {
 221       }
 222
 223       @Override
 224       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 225       {
 226       }
 227     });
 228     scoreModelMenu
 229             .setText(MessageManager.getString("label.select_score_model"));
 230     scoreModelMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 231     {
 232       @Override
 233       public void menuSelected(MenuEvent e)
 234       {
 235         scoreModel_menuSelected();
 236       }
 237
 238       @Override
 239       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 240       {
 241       }
 242
 243       @Override
 244       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 245       {
 246       }
 247     });
 248     showLabels.setText(MessageManager.getString("label.show_labels"));
 249     showLabels.addActionListener(new ActionListener()
 250     {
 251       @Override
 252       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 253       {
 254         showLabels_actionPerformed(e);
 255       }
 256     });
 257     JMenuItem bgcolour = new JMenuItem();
 258     bgcolour.setText(MessageManager.getString("action.background_colour"));
 259     bgcolour.addActionListener(new ActionListener()
 260     {
 261       @Override
 262       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 263       {
 264         bgcolour_actionPerformed(e);
 265       }
 266     });
 267     JMenuItem originalSeqData = new JMenuItem();
 268     originalSeqData.setText(MessageManager.getString("label.input_data"));
 269     originalSeqData.addActionListener(new ActionListener()
 270     {
 271       @Override
 272       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 273       {
 274         originalSeqData_actionPerformed(e);
 275       }
 276     });
 277     associateViewsMenu.setText(
 278             MessageManager.getString("label.associate_nodes_with"));
 279     calcSettings.setText(MessageManager.getString("action.change_params"));
 280     nuclSetting
 281             .setText(MessageManager.getString("label.nucleotide_matrix"));
 282     protSetting.setText(MessageManager.getString("label.protein_matrix"));
 283     nuclSetting.addActionListener(new ActionListener()
 284     {
 285
 286       @Override
 287       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 288       {
 289         nuclSetting_actionPerfomed(arg0);
 290       }
 291     });
 292     protSetting.addActionListener(new ActionListener()
 293     {
 294
 295       @Override
 296       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 297       {
 298         protSetting_actionPerfomed(arg0);
 299       }
 300     });
 301
 302     calcSettings.add(nuclSetting);
 303     calcSettings.add(protSetting);
 304     calcSettings.add(scoreModelMenu);
 305     statusPanel.setLayout(new GridLayout());
 306     statusBar.setFont(VERDANA_12);
 307     // statusPanel.setBackground(Color.lightGray);
 308     // statusBar.setBackground(Color.lightGray);
 309     // statusPanel.add(statusBar, null);
 310     JPanel panelBar = new JPanel(new BorderLayout());
 311     panelBar.add(jPanel2, BorderLayout.NORTH);
 312     panelBar.add(statusPanel, BorderLayout.SOUTH);
 313     this.getContentPane().add(panelBar, BorderLayout.SOUTH);
 314     jPanel2.add(jLabel1, null);
 315     jPanel2.add(xCombobox, null);
 316     jPanel2.add(jLabel2, null);
 317     jPanel2.add(yCombobox, null);
 318     jPanel2.add(jLabel3, null);
 319     jPanel2.add(zCombobox, null);
 320     jPanel2.add(resetButton, null);
 321
 322     JMenuBar jMenuBar1 = new JMenuBar();
 323     jMenuBar1.add(fileMenu);
 324     jMenuBar1.add(viewMenu);
 325     jMenuBar1.add(calcSettings);
 326     setJMenuBar(jMenuBar1);
 327     fileMenu.add(saveMenu);
 328     fileMenu.add(outputValues);
 329     fileMenu.add(print);
 330     fileMenu.add(originalSeqData);
 331     fileMenu.add(outputPoints);
 332     fileMenu.add(outputProjPoints);
 333     saveMenu.add(eps);
 334     saveMenu.add(png);
 335     viewMenu.add(showLabels);
 336     viewMenu.add(bgcolour);
 337     viewMenu.add(associateViewsMenu);
 338   }
 339
 340   protected void scoreModel_menuSelected()
 341   {
 342     // TODO Auto-generated method stub
 343
 344   }
 345
 346   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 347   {
 348     // TODO Auto-generated method stub
 349
 350   }
 351
 352   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 353   {
 354     // TODO Auto-generated method stub
 355
 356   }
 357
 358   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 359   {
 360     // TODO Auto-generated method stub
 361
 362   }
 363
 364   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 365   {
 366     // TODO Auto-generated method stub
 367
 368   }
 369
 370   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 371   {
 372     // TODO Auto-generated method stub
 373
 374   }
 375
 376   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 377   {
 378   }
 379
 380   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 381   {
 382   }
 383
 384   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 385   {
 386   }
 387
 388   public void makePCAImage(TYPE imageType)
 389   {
 390   }
 391
 392   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 393   {
 394
 395   }
 396
 397   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 398   {
 399
 400   }
 401
 402   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 403   {
 404
 405   }
 406
 407   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 408   {
 409
 410   }
 411
 412   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 413   {
 414
 415   }
 416
 417   public void viewMenu_menuSelected()
 418   {
 419
 420   }
 421 }