src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.jbgui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22
  23 import javax.swing.*;
  24 import javax.swing.event.*;
  25
  26 public class GPCAPanel extends JInternalFrame
  27 {
  28   JPanel jPanel2 = new JPanel();
  29
  30   JLabel jLabel1 = new JLabel();
  31
  32   JLabel jLabel2 = new JLabel();
  33
  34   JLabel jLabel3 = new JLabel();
  35
  36   protected JComboBox xCombobox = new JComboBox();
  37
  38   protected JComboBox yCombobox = new JComboBox();
  39
  40   protected JComboBox zCombobox = new JComboBox();
  41
  42   protected JButton resetButton = new JButton();
  43
  44   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
  45
  46   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
  47
  48   JMenuBar jMenuBar1 = new JMenuBar();
  49
  50   JMenu fileMenu = new JMenu();
  51
  52   JMenu saveMenu = new JMenu();
  53
  54   JMenuItem eps = new JMenuItem();
  55
  56   JMenuItem png = new JMenuItem();
  57
  58   JMenuItem print = new JMenuItem();
  59
  60   JMenuItem outputValues = new JMenuItem();
  61
  62   JMenuItem outputPoints = new JMenuItem();
  63
  64   JMenuItem outputProjPoints = new JMenuItem();
  65
  66   protected JMenu viewMenu = new JMenu();
  67
  68   protected JCheckBoxMenuItem showLabels = new JCheckBoxMenuItem();
  69
  70   JMenuItem bgcolour = new JMenuItem();
  71
  72   JMenuItem originalSeqData = new JMenuItem();
  73
  74   protected JMenu associateViewsMenu = new JMenu();
  75
  76   protected JMenu calcSettings = new JMenu();
  77
  78   protected JCheckBoxMenuItem nuclSetting = new JCheckBoxMenuItem();
  79
  80   protected JCheckBoxMenuItem protSetting = new JCheckBoxMenuItem();
  81
  82   protected JCheckBoxMenuItem jvVersionSetting = new JCheckBoxMenuItem();
  83
  84   protected JLabel statusBar = new JLabel();
  85
  86   protected GridLayout statusPanelLayout = new GridLayout();
  87
  88   protected JPanel statusPanel = new JPanel();
  89
  90   public GPCAPanel()
  91   {
  92     try
  93     {
  94       jbInit();
  95     } catch (Exception e)
  96     {
  97       e.printStackTrace();
  98     }
  99
 100     for (int i = 1; i < 8; i++)
 101     {
 102       xCombobox.addItem("dim " + i);
 103       yCombobox.addItem("dim " + i);
 104       zCombobox.addItem("dim " + i);
 105     }
 106
 107     setJMenuBar(jMenuBar1);
 108   }
 109
 110   private void jbInit() throws Exception
 111   {
 112     this.getContentPane().setLayout(borderLayout1);
 113     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 114     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 115     jLabel1.setText("x=");
 116     jLabel2.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 117     jLabel2.setText("y=");
 118     jLabel3.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 119     jLabel3.setText("z=");
 120     jPanel2.setBackground(Color.white);
 121     jPanel2.setBorder(null);
 122     zCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 123     zCombobox.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 124     {
 125       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 126       {
 127         zCombobox_actionPerformed(e);
 128       }
 129     });
 130     yCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 131     yCombobox.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 132     {
 133       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 134       {
 135         yCombobox_actionPerformed(e);
 136       }
 137     });
 138     xCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 139     xCombobox.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 140     {
 141       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 142       {
 143         xCombobox_actionPerformed(e);
 144       }
 145     });
 146     resetButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 147     resetButton.setText("Reset");
 148     resetButton.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 149     {
 150       @Override
 151       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 152       {
 153         resetButton_actionPerformed(e);
 154       }
 155     });
 156     fileMenu.setText("File");
 157     saveMenu.setText("Save as");
 158     eps.setText("EPS");
 159     eps.addActionListener(new ActionListener()
 160     {
 161       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 162       {
 163         eps_actionPerformed(e);
 164       }
 165     });
 166     png.setText("PNG");
 167     png.addActionListener(new ActionListener()
 168     {
 169       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 170       {
 171         png_actionPerformed(e);
 172       }
 173     });
 174     outputValues.setText("Output Values...");
 175     outputValues.addActionListener(new ActionListener()
 176     {
 177       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 178       {
 179         outputValues_actionPerformed(e);
 180       }
 181     });
 182     outputPoints.setText("Output points...");
 183     outputPoints.addActionListener(new ActionListener()
 184     {
 185       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 186       {
 187         outputPoints_actionPerformed(e);
 188       }
 189     });
 190     outputProjPoints.setText("Output transformed points...");
 191     outputProjPoints.addActionListener(new ActionListener()
 192     {
 193       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 194       {
 195         outputProjPoints_actionPerformed(e);
 196       }
 197     });
 198     print.addActionListener(new ActionListener()
 199     {
 200       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 201       {
 202         print_actionPerformed(e);
 203       }
 204     });
 205     viewMenu.setText("View");
 206     viewMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 207     {
 208       public void menuSelected(MenuEvent e)
 209       {
 210         viewMenu_menuSelected();
 211       }
 212
 213       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 214       {
 215       }
 216
 217       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 218       {
 219       }
 220     });
 221     showLabels.setText("Show Labels");
 222     showLabels.addActionListener(new ActionListener()
 223     {
 224       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 225       {
 226         showLabels_actionPerformed(e);
 227       }
 228     });
 229     print.setText("Print");
 230     bgcolour.setText("Background Colour...");
 231     bgcolour.addActionListener(new ActionListener()
 232     {
 233       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 234       {
 235         bgcolour_actionPerformed(e);
 236       }
 237     });
 238     originalSeqData.setText("Input Data...");
 239     originalSeqData.addActionListener(new ActionListener()
 240     {
 241       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 242       {
 243         originalSeqData_actionPerformed(e);
 244       }
 245     });
 246     associateViewsMenu.setText("Associate Nodes With");
 247     calcSettings.setText("Change Parameters");
 248     nuclSetting.setText("Nucleotide matrix");
 249     protSetting.setText("Protein matrix");
 250     nuclSetting.addActionListener(new ActionListener()
 251     {
 252
 253       @Override
 254       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 255       {
 256         nuclSetting_actionPerfomed(arg0);
 257       }
 258     });
 259     protSetting.addActionListener(new ActionListener()
 260     {
 261
 262       @Override
 263       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 264       {
 265         protSetting_actionPerfomed(arg0);
 266       }
 267     });
 268     jvVersionSetting.setText("Jalview PCA Calculation");
 269     jvVersionSetting.addActionListener(new ActionListener()
 270     {
 271       @Override
 272       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 273       {
 274         jvVersionSetting_actionPerfomed(arg0);
 275       }
 276     });
 277     calcSettings.add(jvVersionSetting);
 278     calcSettings.add(nuclSetting);
 279     calcSettings.add(protSetting);
 280     statusPanel.setLayout(statusPanelLayout);
 281     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 282     // statusPanel.setBackground(Color.lightGray);
 283     // statusBar.setBackground(Color.lightGray);
 284     // statusPanel.add(statusBar, null);
 285     JPanel panelBar = new JPanel(new BorderLayout());
 286     panelBar.add(jPanel2, BorderLayout.NORTH);
 287     panelBar.add(statusPanel, BorderLayout.SOUTH);
 288     this.getContentPane().add(panelBar, BorderLayout.SOUTH);
 289     jPanel2.add(jLabel1, null);
 290     jPanel2.add(xCombobox, null);
 291     jPanel2.add(jLabel2, null);
 292     jPanel2.add(yCombobox, null);
 293     jPanel2.add(jLabel3, null);
 294     jPanel2.add(zCombobox, null);
 295     jPanel2.add(resetButton, null);
 296     jMenuBar1.add(fileMenu);
 297     jMenuBar1.add(viewMenu);
 298     jMenuBar1.add(calcSettings);
 299     fileMenu.add(saveMenu);
 300     fileMenu.add(outputValues);
 301     fileMenu.add(print);
 302     fileMenu.add(originalSeqData);
 303     fileMenu.add(outputPoints);
 304     fileMenu.add(outputProjPoints);
 305     saveMenu.add(eps);
 306     saveMenu.add(png);
 307     viewMenu.add(showLabels);
 308     viewMenu.add(bgcolour);
 309     viewMenu.add(associateViewsMenu);
 310   }
 311
 312   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 313   {
 314     // TODO Auto-generated method stub
 315
 316   }
 317
 318   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 319   {
 320     // TODO Auto-generated method stub
 321
 322   }
 323
 324   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 325   {
 326     // TODO Auto-generated method stub
 327
 328   }
 329
 330   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 331   {
 332     // TODO Auto-generated method stub
 333
 334   }
 335
 336   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 337   {
 338     // TODO Auto-generated method stub
 339
 340   }
 341
 342   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 343   {
 344   }
 345
 346   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 347   {
 348   }
 349
 350   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 351   {
 352   }
 353
 354   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 355   {
 356
 357   }
 358
 359   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 360   {
 361
 362   }
 363
 364   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 365   {
 366
 367   }
 368
 369   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 370   {
 371
 372   }
 373
 374   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 375   {
 376
 377   }
 378
 379   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 380   {
 381
 382   }
 383
 384   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 385   {
 386
 387   }
 388
 389   public void viewMenu_menuSelected()
 390   {
 391
 392   }
 393
 394   protected void jvVersionSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 395   {
 396     // TODO Auto-generated method stub
 397
 398   }
 399 }