src/jalview/jbgui/GPreferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.jbgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23 import javax.swing.*;
  24 import javax.swing.border.*;
  25 import javax.swing.event.*;
  26 import java.awt.Rectangle;
  27
  28 /**
  29  * DOCUMENT ME!
  30  *
  31  * @author $author$
  32  * @version $Revision$
  33  */
  34 public class GPreferences extends JPanel
  35 {
  36   JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();
  37
  38   JButton ok = new JButton();
  39
  40   JButton cancel = new JButton();
  41
  42   JPanel okCancelPanel = new JPanel();
  43
  44   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
  45
  46   protected JCheckBox quality = new JCheckBox();
  47
  48   JPanel visualTab = new JPanel();
  49
  50   protected JCheckBox fullScreen = new JCheckBox();
  51
  52   protected JCheckBox conservation = new JCheckBox();
  53
  54   protected JCheckBox identity = new JCheckBox();
  55
  56   protected JCheckBox annotations = new JCheckBox();
  57
  58   JLabel gapLabel = new JLabel();
  59
  60   protected JComboBox colour = new JComboBox();
  61
  62   JLabel colourLabel = new JLabel();
  63
  64   JLabel fontLabel = new JLabel();
  65
  66   protected JComboBox fontSizeCB = new JComboBox();
  67
  68   protected JComboBox fontStyleCB = new JComboBox();
  69
  70   protected JComboBox fontNameCB = new JComboBox();
  71
  72   protected JComboBox gapSymbolCB = new JComboBox();
  73
  74   protected JCheckBox startupCheckbox = new JCheckBox();
  75
  76   protected JTextField startupFileTextfield = new JTextField();
  77
  78   JPanel connectTab = new JPanel();
  79
  80   JLabel serverLabel = new JLabel();
  81
  82   protected JList linkURLList = new JList();
  83
  84   protected JTextField proxyServerTB = new JTextField();
  85
  86   protected JTextField proxyPortTB = new JTextField();
  87
  88   JLabel portLabel = new JLabel();
  89
  90   JLabel browserLabel = new JLabel();
  91
  92   protected JTextField defaultBrowser = new JTextField();
  93
  94   JButton newLink = new JButton();
  95
  96   JButton editLink = new JButton();
  97
  98   JButton deleteLink = new JButton();
  99
 100   JScrollPane linkScrollPane = new JScrollPane();
 101
 102   JPanel linkPanel = new JPanel();
 103
 104   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 105
 106   JPanel editLinkButtons = new JPanel();
 107
 108   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 109
 110   protected JList linkNameList = new JList();
 111
 112   JPanel linkPanel2 = new JPanel();
 113
 114   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 115
 116   protected JCheckBox useProxy = new JCheckBox();
 117
 118   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 119
 120   TitledBorder titledBorder1 = new TitledBorder("Proxy Server");
 121
 122   TitledBorder titledBorder2 = new TitledBorder("File Output");
 123
 124   GridBagLayout gridBagLayout2 = new GridBagLayout();
 125
 126   GridBagLayout gridBagLayout1 = new GridBagLayout();
 127
 128   GridBagLayout gridBagLayout3 = new GridBagLayout();
 129
 130   protected JComboBox sortby = new JComboBox();
 131
 132   JLabel sortLabel = new JLabel();
 133
 134   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 135
 136   GridLayout gridLayout2 = new GridLayout();
 137
 138   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 139
 140   JPanel exportTab = new JPanel();
 141
 142   JLabel epsLabel = new JLabel();
 143
 144   protected JComboBox epsRendering = new JComboBox();
 145
 146   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 147
 148   protected JCheckBox blcjv = new JCheckBox();
 149
 150   protected JCheckBox pileupjv = new JCheckBox();
 151
 152   protected JCheckBox clustaljv = new JCheckBox();
 153
 154   protected JCheckBox msfjv = new JCheckBox();
 155
 156   protected JCheckBox fastajv = new JCheckBox();
 157
 158   protected JCheckBox pfamjv = new JCheckBox();
 159
 160   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 161
 162   protected JCheckBox pirjv = new JCheckBox();
 163
 164   JPanel jPanel11 = new JPanel();
 165
 166   Font verdana11 = new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11);
 167
 168   protected JCheckBox seqLimit = new JCheckBox();
 169
 170   GridLayout gridLayout3 = new GridLayout();
 171
 172   protected JCheckBox smoothFont = new JCheckBox();
 173
 174   JPanel calcTab = new JPanel();
 175
 176   protected JCheckBox autoCalculateConsCheck = new JCheckBox();
 177
 178   protected JCheckBox padGaps = new JCheckBox();
 179
 180   protected JCheckBox modellerOutput = new JCheckBox();
 181
 182   protected JPanel dasPanel = new JPanel();
 183
 184   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();
 185
 186   protected JCheckBox wrap = new JCheckBox();
 187
 188   protected JCheckBox rightAlign = new JCheckBox();
 189
 190   protected JCheckBox idItalics = new JCheckBox();
 191
 192   protected JCheckBox openoverv = new JCheckBox();
 193
 194   /**
 195    * Creates a new GPreferences object.
 196    */
 197   public GPreferences()
 198   {
 199     try
 200     {
 201       jbInit();
 202     } catch (Exception ex)
 203     {
 204       ex.printStackTrace();
 205     }
 206   }
 207
 208   /**
 209    * DOCUMENT ME!
 210    *
 211    * @throws Exception
 212    *                 DOCUMENT ME!
 213    */
 214   private void jbInit() throws Exception
 215   {
 216     this.setLayout(borderLayout1);
 217     ok.setText("OK");
 218     ok.addActionListener(new ActionListener()
 219     {
 220       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 221       {
 222         ok_actionPerformed(e);
 223       }
 224     });
 225     cancel.setText("Cancel");
 226     cancel.addActionListener(new ActionListener()
 227     {
 228       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 229       {
 230         cancel_actionPerformed(e);
 231       }
 232     });
 233     quality.setEnabled(false);
 234     quality.setFont(verdana11);
 235     quality.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 236     quality.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 237     quality.setSelected(true);
 238     quality.setText("Quality");
 239     visualTab.setBorder(new TitledBorder("Open new alignment"));
 240     visualTab.setLayout(null);
 241     fullScreen.setFont(verdana11);
 242     fullScreen.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 243     fullScreen.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 244     fullScreen.setText("Maximise Window");
 245     conservation.setEnabled(false);
 246     conservation.setFont(verdana11);
 247     conservation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 248     conservation.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 249     conservation.setSelected(true);
 250     conservation.setText("Conservation");
 251     identity.setEnabled(false);
 252     identity.setFont(verdana11);
 253     identity.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 254     identity.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 255     identity.setSelected(true);
 256     identity.setText("Consensus");
 257     annotations.setFont(verdana11);
 258     annotations.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 259     annotations.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 260     annotations.setSelected(true);
 261     annotations.setText("Show Annotations");
 262     annotations.addActionListener(new ActionListener()
 263     {
 264       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 265       {
 266         annotations_actionPerformed(e);
 267       }
 268     });
 269     gapLabel.setFont(verdana11);
 270     gapLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 271     gapLabel.setText("Gap Symbol ");
 272     colour.setFont(verdana11);
 273     colour.setBounds(new Rectangle(172, 225, 155, 21));
 274     colourLabel.setFont(verdana11);
 275     colourLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 276     colourLabel.setText("Colour ");
 277     fontLabel.setFont(verdana11);
 278     fontLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 279     fontLabel.setText("Font ");
 280     fontSizeCB.setFont(verdana11);
 281     fontSizeCB.setBounds(new Rectangle(319, 111, 49, 21));
 282     fontStyleCB.setFont(verdana11);
 283     fontStyleCB.setBounds(new Rectangle(367, 111, 70, 21));
 284     fontNameCB.setFont(verdana11);
 285     fontNameCB.setBounds(new Rectangle(172, 111, 147, 21));
 286     gapSymbolCB.setFont(verdana11);
 287     gapSymbolCB.setBounds(new Rectangle(172, 204, 69, 21));
 288     startupCheckbox.setText("Open file");
 289     startupCheckbox.setFont(verdana11);
 290     startupCheckbox.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 291     startupCheckbox.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 292     startupCheckbox.setSelected(true);
 293     startupFileTextfield.setFont(verdana11);
 294     startupFileTextfield.setBounds(new Rectangle(172, 273, 270, 20));
 295     startupFileTextfield.addMouseListener(new MouseAdapter()
 296     {
 297       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 298       {
 299         if (e.getClickCount() > 1)
 300         {
 301           startupFileTextfield_mouseClicked();
 302         }
 303       }
 304     });
 305
 306     connectTab.setLayout(gridBagLayout3);
 307     serverLabel.setText("Address");
 308     serverLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 309     serverLabel.setFont(verdana11);
 310     proxyServerTB.setFont(verdana11);
 311     proxyPortTB.setFont(verdana11);
 312     portLabel.setFont(verdana11);
 313     portLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 314     portLabel.setText("Port");
 315     browserLabel.setFont(new java.awt.Font("SansSerif", 0, 11));
 316     browserLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);
 317     browserLabel.setText("Default Browser (Unix)");
 318     defaultBrowser.setFont(verdana11);
 319     defaultBrowser.setText("");
 320     newLink.setText("New");
 321     newLink.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 322     {
 323       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 324       {
 325         newLink_actionPerformed(e);
 326       }
 327     });
 328     editLink.setText("Edit");
 329     editLink.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 330     {
 331       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 332       {
 333         editLink_actionPerformed(e);
 334       }
 335     });
 336     deleteLink.setText("Delete");
 337     deleteLink.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 338     {
 339       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 340       {
 341         deleteLink_actionPerformed(e);
 342       }
 343     });
 344
 345     linkURLList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 346     {
 347       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
 348       {
 349         int index = linkURLList.getSelectedIndex();
 350         linkNameList.setSelectedIndex(index);
 351       }
 352     });
 353
 354     linkNameList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 355     {
 356       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
 357       {
 358         int index = linkNameList.getSelectedIndex();
 359         linkURLList.setSelectedIndex(index);
 360       }
 361     });
 362
 363     linkScrollPane.setBorder(null);
 364     linkPanel.setBorder(new TitledBorder("URL link from Sequence ID"));
 365     linkPanel.setLayout(borderLayout2);
 366     editLinkButtons.setLayout(gridLayout1);
 367     gridLayout1.setRows(3);
 368     linkNameList.setFont(verdana11);
 369     linkNameList.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 370     linkPanel2.setLayout(borderLayout3);
 371     linkURLList.setFont(verdana11);
 372     linkURLList.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 373
 374     defaultBrowser.addMouseListener(new MouseAdapter()
 375     {
 376       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 377       {
 378         if (e.getClickCount() > 1)
 379         {
 380           defaultBrowser_mouseClicked(e);
 381         }
 382       }
 383     });
 384     useProxy.setFont(verdana11);
 385     useProxy.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 386     useProxy.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 387     useProxy.setText("Use a proxy server");
 388     useProxy.addActionListener(new ActionListener()
 389     {
 390       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 391       {
 392         useProxy_actionPerformed();
 393       }
 394     });
 395     jPanel1.setBorder(titledBorder1);
 396     jPanel1.setLayout(gridBagLayout1);
 397     sortby.setFont(verdana11);
 398     sortby.setBounds(new Rectangle(172, 249, 155, 21));
 399     sortLabel.setFont(verdana11);
 400     sortLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 401     sortLabel.setText("Sort by ");
 402     jPanel2.setBounds(new Rectangle(7, 17, 158, 278));
 403     jPanel2.setLayout(gridLayout2);
 404     gridLayout2.setRows(12);
 405     jPanel3.setBounds(new Rectangle(173, 35, 274, 26));
 406     exportTab.setLayout(null);
 407     epsLabel.setFont(verdana11);
 408     epsLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 409     epsLabel.setText("EPS Rendering Style");
 410     epsLabel.setBounds(new Rectangle(9, 31, 140, 24));
 411     epsRendering.setFont(verdana11);
 412     epsRendering.setBounds(new Rectangle(154, 34, 187, 21));
 413     jLabel1.setFont(verdana11);
 414     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 415     jLabel1.setText("Append /start-end (/15-380)");
 416     jLabel1.setFont(verdana11);
 417     fastajv.setFont(verdana11);
 418     fastajv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 419     clustaljv.setText("Clustal     ");
 420     blcjv.setText("BLC     ");
 421     fastajv.setText("Fasta     ");
 422     msfjv.setText("MSF     ");
 423     pfamjv.setText("PFAM     ");
 424     pileupjv.setText("Pileup     ");
 425     msfjv.setFont(verdana11);
 426     msfjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 427     pirjv.setText("PIR     ");
 428     jPanel11.setFont(verdana11);
 429     jPanel11.setBorder(titledBorder2);
 430     jPanel11.setBounds(new Rectangle(30, 72, 196, 182));
 431     jPanel11.setLayout(gridLayout3);
 432     blcjv.setFont(verdana11);
 433     blcjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 434     clustaljv.setFont(verdana11);
 435     clustaljv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 436     pfamjv.setFont(verdana11);
 437     pfamjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 438     pileupjv.setFont(verdana11);
 439     pileupjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 440     pirjv.setFont(verdana11);
 441     pirjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 442     seqLimit.setFont(verdana11);
 443     seqLimit.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 444     seqLimit.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 445     seqLimit.setText("Full Sequence Id");
 446     gridLayout3.setRows(8);
 447     smoothFont.setFont(verdana11);
 448     smoothFont.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 449     smoothFont.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 450     smoothFont.setText("Smooth Font");
 451     calcTab.setLayout(null);
 452     autoCalculateConsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN,
 453             11));
 454     autoCalculateConsCheck.setText("AutoCalculate Consensus");
 455     autoCalculateConsCheck.setBounds(new Rectangle(21, 52, 209, 23));
 456     padGaps.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 457     padGaps.setText("Pad gaps when editing");
 458     padGaps.setBounds(new Rectangle(22, 94, 168, 23));
 459     modellerOutput.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 460     modellerOutput.setText("Use Modeller Output");
 461     modellerOutput.setBounds(new Rectangle(228, 226, 168, 23));
 462     dasPanel.setLayout(borderLayout4);
 463     wrap.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 464     wrap.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);
 465     wrap.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 466     wrap.setText("Wrap Alignment");
 467     rightAlign.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 468     rightAlign.setForeground(Color.black);
 469     rightAlign.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 470     rightAlign.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 471     rightAlign.setText("Right Align Ids");
 472     idItalics.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 473     idItalics.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 474     idItalics.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 475     idItalics.setText("Sequence Name Italics");
 476     openoverv.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 477     openoverv.setActionCommand("Open Overview");
 478     openoverv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 479     openoverv.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 480     openoverv.setText("Open Overview Window");
 481     openoverv.setBounds(new Rectangle(169, 17, 200, 23));
 482     jPanel2.add(fullScreen);
 483     jPanel2.add(annotations);
 484     jPanel2.add(seqLimit);
 485     jPanel2.add(rightAlign);
 486     jPanel2.add(fontLabel);
 487     jPanel2.add(idItalics);
 488     jPanel2.add(smoothFont);
 489     jPanel2.add(wrap);
 490     jPanel2.add(gapLabel);
 491     jPanel2.add(colourLabel);
 492     jPanel2.add(sortLabel);
 493     jPanel2.add(startupCheckbox);
 494     visualTab.add(openoverv);
 495     visualTab.add(startupFileTextfield);
 496     visualTab.add(sortby);
 497     visualTab.add(colour);
 498     visualTab.add(gapSymbolCB);
 499     visualTab.add(jPanel3);
 500     visualTab.add(fontNameCB);
 501     visualTab.add(fontSizeCB);
 502     visualTab.add(fontStyleCB);
 503     jPanel3.add(conservation);
 504     jPanel3.add(identity);
 505     jPanel3.add(quality);
 506     visualTab.add(jPanel2);
 507     linkPanel.add(editLinkButtons, BorderLayout.EAST);
 508     editLinkButtons.add(newLink, null);
 509     editLinkButtons.add(editLink, null);
 510     editLinkButtons.add(deleteLink, null);
 511     linkPanel.add(linkScrollPane, BorderLayout.CENTER);
 512     linkScrollPane.getViewport().add(linkPanel2, null);
 513     linkPanel2.add(linkURLList, BorderLayout.CENTER);
 514     linkPanel2.add(linkNameList, BorderLayout.WEST);
 515     okCancelPanel.add(ok);
 516     okCancelPanel.add(cancel);
 517     this.add(tabbedPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 518
 519     this.add(okCancelPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 520     jPanel1.add(serverLabel, new GridBagConstraints(0, 1, 1, 1, 0.0, 0.0,
 521             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,
 522                     2, 4, 0), 5, 0));
 523     jPanel1.add(portLabel, new GridBagConstraints(2, 1, 1, 1, 0.0, 0.0,
 524             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,
 525                     0, 4, 0), 11, 6));
 526     connectTab.add(linkPanel, new GridBagConstraints(0, 0, 2, 1, 1.0, 1.0,
 527             GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(
 528                     16, 0, 0, 12), 359, -17));
 529     connectTab.add(jPanel1, new GridBagConstraints(0, 2, 2, 1, 1.0, 1.0,
 530             GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(
 531                     21, 0, 35, 12), 4, 6));
 532     connectTab.add(browserLabel, new GridBagConstraints(0, 1, 1, 1, 0.0,
 533             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE,
 534             new Insets(16, 0, 0, 0), 5, 1));
 535     jPanel1.add(proxyPortTB, new GridBagConstraints(3, 1, 1, 1, 1.0, 0.0,
 536             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 537             new Insets(0, 2, 4, 2), 54, 1));
 538     jPanel1.add(proxyServerTB, new GridBagConstraints(1, 1, 1, 1, 1.0, 0.0,
 539             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 540             new Insets(0, 2, 4, 0), 263, 1));
 541     connectTab.add(defaultBrowser, new GridBagConstraints(1, 1, 1, 1, 1.0,
 542             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 543             new Insets(15, 0, 0, 15), 307, 1));
 544
 545     jPanel1.add(useProxy, new GridBagConstraints(0, 0, 2, 1, 0.0, 0.0,
 546             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,
 547                     2, 5, 185), 2, -4));
 548     DefaultListCellRenderer dlcr = new DefaultListCellRenderer();
 549     dlcr.setHorizontalAlignment(DefaultListCellRenderer.CENTER);
 550     gapSymbolCB.setRenderer(dlcr);
 551
 552     tabbedPane.add(visualTab, "Visual");
 553     tabbedPane.add(connectTab, "Connections");
 554     tabbedPane.add(exportTab, "Output");
 555     jPanel11.add(jLabel1);
 556     jPanel11.add(blcjv);
 557     jPanel11.add(clustaljv);
 558     jPanel11.add(fastajv);
 559     jPanel11.add(msfjv);
 560     jPanel11.add(pfamjv);
 561     jPanel11.add(pileupjv);
 562     jPanel11.add(pirjv);
 563     exportTab.add(modellerOutput);
 564     tabbedPane.add(calcTab, "Editing");
 565     calcTab.add(autoCalculateConsCheck);
 566     calcTab.add(padGaps);
 567     tabbedPane.add(dasPanel, "DAS Settings");
 568
 569     exportTab.add(epsLabel);
 570     exportTab.add(epsRendering);
 571     exportTab.add(jPanel11);
 572   }
 573
 574   /**
 575    * DOCUMENT ME!
 576    *
 577    * @param e
 578    *                DOCUMENT ME!
 579    */
 580   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 581   {
 582   }
 583
 584   /**
 585    * DOCUMENT ME!
 586    *
 587    * @param e
 588    *                DOCUMENT ME!
 589    */
 590   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 591   {
 592   }
 593
 594   /**
 595    * DOCUMENT ME!
 596    *
 597    * @param e
 598    *                DOCUMENT ME!
 599    */
 600   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 601   {
 602   }
 603
 604   /**
 605    * DOCUMENT ME!
 606    */
 607   public void startupFileTextfield_mouseClicked()
 608   {
 609   }
 610
 611   public void newLink_actionPerformed(ActionEvent e)
 612   {
 613
 614   }
 615
 616   public void editLink_actionPerformed(ActionEvent e)
 617   {
 618
 619   }
 620
 621   public void deleteLink_actionPerformed(ActionEvent e)
 622   {
 623
 624   }
 625
 626   public void defaultBrowser_mouseClicked(MouseEvent e)
 627   {
 628
 629   }
 630
 631   public void linkURLList_keyTyped(KeyEvent e)
 632   {
 633
 634   }
 635
 636   public void useProxy_actionPerformed()
 637   {
 638     proxyServerTB.setEnabled(useProxy.isSelected());
 639     proxyPortTB.setEnabled(useProxy.isSelected());
 640   }
 641
 642 }