src/jalview/jbgui/GPreferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.jbgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import javax.swing.*;
  25 import javax.swing.border.*;
  26 import javax.swing.event.*;
  27 import java.awt.Rectangle;
  28
  29 /**
  30  * DOCUMENT ME!
  31  *
  32  * @author $author$
  33  * @version $Revision$
  34  */
  35 public class GPreferences extends JPanel
  36 {
  37   JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();
  38
  39   JButton ok = new JButton();
  40
  41   JButton cancel = new JButton();
  42
  43   JPanel okCancelPanel = new JPanel();
  44
  45   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
  46
  47   protected JCheckBox quality = new JCheckBox();
  48
  49   JPanel visualTab = new JPanel();
  50
  51   protected JCheckBox fullScreen = new JCheckBox();
  52
  53   protected JCheckBox conservation = new JCheckBox();
  54
  55   protected JCheckBox identity = new JCheckBox();
  56
  57   protected JCheckBox annotations = new JCheckBox();
  58
  59   JLabel gapLabel = new JLabel();
  60
  61   protected JComboBox colour = new JComboBox();
  62
  63   JLabel colourLabel = new JLabel();
  64
  65   JLabel fontLabel = new JLabel();
  66
  67   protected JComboBox fontSizeCB = new JComboBox();
  68
  69   protected JComboBox fontStyleCB = new JComboBox();
  70
  71   protected JComboBox fontNameCB = new JComboBox();
  72
  73   protected JComboBox gapSymbolCB = new JComboBox();
  74
  75   protected JCheckBox startupCheckbox = new JCheckBox();
  76
  77   protected JTextField startupFileTextfield = new JTextField();
  78
  79   JPanel connectTab = new JPanel();
  80
  81   JLabel serverLabel = new JLabel();
  82
  83   protected JList linkURLList = new JList();
  84
  85   protected JTextField proxyServerTB = new JTextField();
  86
  87   protected JTextField proxyPortTB = new JTextField();
  88
  89   JLabel portLabel = new JLabel();
  90
  91   JLabel browserLabel = new JLabel();
  92
  93   protected JTextField defaultBrowser = new JTextField();
  94
  95   JButton newLink = new JButton();
  96
  97   JButton editLink = new JButton();
  98
  99   JButton deleteLink = new JButton();
 100
 101   JScrollPane linkScrollPane = new JScrollPane();
 102
 103   JPanel linkPanel = new JPanel();
 104
 105   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 106
 107   JPanel editLinkButtons = new JPanel();
 108
 109   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 110
 111   protected JList linkNameList = new JList();
 112
 113   JPanel linkPanel2 = new JPanel();
 114
 115   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 116
 117   protected JCheckBox useProxy = new JCheckBox();
 118
 119   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 120
 121   TitledBorder titledBorder1 = new TitledBorder("Proxy Server");
 122
 123   TitledBorder titledBorder2 = new TitledBorder("File Output");
 124
 125   GridBagLayout gridBagLayout2 = new GridBagLayout();
 126
 127   GridBagLayout gridBagLayout1 = new GridBagLayout();
 128
 129   GridBagLayout gridBagLayout3 = new GridBagLayout();
 130
 131   protected JComboBox sortby = new JComboBox();
 132
 133   JLabel sortLabel = new JLabel();
 134
 135   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 136
 137   GridLayout gridLayout2 = new GridLayout();
 138
 139   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 140
 141   JPanel exportTab = new JPanel();
 142
 143   JLabel epsLabel = new JLabel();
 144
 145   protected JComboBox epsRendering = new JComboBox();
 146
 147   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 148
 149   protected JCheckBox blcjv = new JCheckBox();
 150
 151   protected JCheckBox pileupjv = new JCheckBox();
 152
 153   protected JCheckBox clustaljv = new JCheckBox();
 154
 155   protected JCheckBox msfjv = new JCheckBox();
 156
 157   protected JCheckBox fastajv = new JCheckBox();
 158
 159   protected JCheckBox pfamjv = new JCheckBox();
 160
 161   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 162
 163   protected JCheckBox pirjv = new JCheckBox();
 164
 165   JPanel jPanel11 = new JPanel();
 166
 167   Font verdana11 = new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11);
 168
 169   protected JCheckBox seqLimit = new JCheckBox();
 170
 171   GridLayout gridLayout3 = new GridLayout();
 172
 173   protected JCheckBox smoothFont = new JCheckBox();
 174
 175   JPanel calcTab = new JPanel();
 176
 177   protected JCheckBox autoCalculateConsCheck = new JCheckBox();
 178
 179   protected JCheckBox padGaps = new JCheckBox();
 180
 181   protected JCheckBox modellerOutput = new JCheckBox();
 182
 183   protected JPanel dasPanel = new JPanel();
 184
 185   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();
 186
 187   protected JCheckBox wrap = new JCheckBox();
 188
 189   protected JCheckBox rightAlign = new JCheckBox();
 190
 191   protected JCheckBox showUnconserved = new JCheckBox();
 192
 193   protected JCheckBox idItalics = new JCheckBox();
 194
 195   protected JCheckBox openoverv = new JCheckBox();
 196   protected JCheckBox usagestats = new JCheckBox();
 197   protected JCheckBox questionnaire = new JCheckBox();
 198   protected JCheckBox versioncheck = new JCheckBox();
 199
 200   /**
 201    * Creates a new GPreferences object.
 202    */
 203   public GPreferences()
 204   {
 205     try
 206     {
 207       jbInit();
 208     } catch (Exception ex)
 209     {
 210       ex.printStackTrace();
 211     }
 212   }
 213
 214   /**
 215    * DOCUMENT ME!
 216    *
 217    * @throws Exception
 218    *                 DOCUMENT ME!
 219    */
 220   private void jbInit() throws Exception
 221   {
 222     this.setLayout(borderLayout1);
 223     ok.setText("OK");
 224     ok.addActionListener(new ActionListener()
 225     {
 226       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 227       {
 228         ok_actionPerformed(e);
 229       }
 230     });
 231     cancel.setText("Cancel");
 232     cancel.addActionListener(new ActionListener()
 233     {
 234       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 235       {
 236         cancel_actionPerformed(e);
 237       }
 238     });
 239     quality.setEnabled(false);
 240     quality.setFont(verdana11);
 241     quality.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 242     quality.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 243     quality.setSelected(true);
 244     quality.setText("Quality");
 245     visualTab.setBorder(new TitledBorder("Open new alignment"));
 246     visualTab.setLayout(null);
 247     fullScreen.setFont(verdana11);
 248     fullScreen.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 249     fullScreen.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 250     fullScreen.setText("Maximise Window");
 251     conservation.setEnabled(false);
 252     conservation.setFont(verdana11);
 253     conservation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 254     conservation.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 255     conservation.setSelected(true);
 256     conservation.setText("Conservation");
 257     identity.setEnabled(false);
 258     identity.setFont(verdana11);
 259     identity.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 260     identity.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 261     identity.setSelected(true);
 262     identity.setText("Consensus");
 263     annotations.setFont(verdana11);
 264     annotations.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 265     annotations.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 266     annotations.setSelected(true);
 267     annotations.setText("Show Annotations");
 268     annotations.addActionListener(new ActionListener()
 269     {
 270       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 271       {
 272         annotations_actionPerformed(e);
 273       }
 274     });
 275     showUnconserved.setFont(verdana11);
 276     showUnconserved.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 277     showUnconserved.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 278     //showUnconserved.setBounds(new Rectangle(169, 40, 200, 23));
 279     showUnconserved.setSelected(true);
 280     showUnconserved.setText("Show Unconserved");
 281     showUnconserved.addActionListener(new ActionListener()
 282     {
 283       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 284       {
 285         showunconserved_actionPerformed(e);
 286       }
 287     });
 288
 289     gapLabel.setFont(verdana11);
 290     gapLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 291     gapLabel.setText("Gap Symbol ");
 292     colour.setFont(verdana11);
 293     colour.setBounds(new Rectangle(172, 225, 155, 21));
 294     colourLabel.setFont(verdana11);
 295     colourLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 296     colourLabel.setText("Colour ");
 297     fontLabel.setFont(verdana11);
 298     fontLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 299     fontLabel.setText("Font ");
 300     fontSizeCB.setFont(verdana11);
 301     fontSizeCB.setBounds(new Rectangle(319, 101, 49, 21));
 302     fontStyleCB.setFont(verdana11);
 303     fontStyleCB.setBounds(new Rectangle(367, 101, 70, 21));
 304     fontNameCB.setFont(verdana11);
 305     fontNameCB.setBounds(new Rectangle(172, 101, 147, 21));
 306     gapSymbolCB.setFont(verdana11);
 307     gapSymbolCB.setBounds(new Rectangle(172, 204, 69, 21));
 308     startupCheckbox.setText("Open file");
 309     startupCheckbox.setFont(verdana11);
 310     startupCheckbox.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 311     startupCheckbox.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 312     startupCheckbox.setSelected(true);
 313     startupFileTextfield.setFont(verdana11);
 314     startupFileTextfield.setBounds(new Rectangle(172, 273, 270, 20));
 315     startupFileTextfield.addMouseListener(new MouseAdapter()
 316     {
 317       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 318       {
 319         if (e.getClickCount() > 1)
 320         {
 321           startupFileTextfield_mouseClicked();
 322         }
 323       }
 324     });
 325
 326     connectTab.setLayout(gridBagLayout3);
 327     serverLabel.setText("Address");
 328     serverLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 329     serverLabel.setFont(verdana11);
 330     proxyServerTB.setFont(verdana11);
 331     proxyPortTB.setFont(verdana11);
 332     portLabel.setFont(verdana11);
 333     portLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 334     portLabel.setText("Port");
 335     browserLabel.setFont(new java.awt.Font("SansSerif", 0, 11));
 336     browserLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);
 337     browserLabel.setText("Default Browser (Unix)");
 338     defaultBrowser.setFont(verdana11);
 339     defaultBrowser.setText("");
 340     usagestats.setText("Send usage statistics");
 341     usagestats.setFont(verdana11);
 342     usagestats.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 343     usagestats.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 344     questionnaire.setText("Check for questionnaires");
 345     questionnaire.setFont(verdana11);
 346     questionnaire.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 347     questionnaire.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 348     versioncheck.setText("Check for latest version");
 349     versioncheck.setFont(verdana11);
 350     versioncheck.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 351     versioncheck.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 352     newLink.setText("New");
 353     newLink.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 354     {
 355       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 356       {
 357         newLink_actionPerformed(e);
 358       }
 359     });
 360     editLink.setText("Edit");
 361     editLink.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 362     {
 363       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 364       {
 365         editLink_actionPerformed(e);
 366       }
 367     });
 368     deleteLink.setText("Delete");
 369     deleteLink.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 370     {
 371       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 372       {
 373         deleteLink_actionPerformed(e);
 374       }
 375     });
 376
 377     linkURLList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 378     {
 379       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
 380       {
 381         int index = linkURLList.getSelectedIndex();
 382         linkNameList.setSelectedIndex(index);
 383       }
 384     });
 385
 386     linkNameList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 387     {
 388       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
 389       {
 390         int index = linkNameList.getSelectedIndex();
 391         linkURLList.setSelectedIndex(index);
 392       }
 393     });
 394
 395     linkScrollPane.setBorder(null);
 396     linkPanel.setBorder(new TitledBorder("URL link from Sequence ID"));
 397     linkPanel.setLayout(borderLayout2);
 398     editLinkButtons.setLayout(gridLayout1);
 399     gridLayout1.setRows(3);
 400     linkNameList.setFont(verdana11);
 401     linkNameList.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 402     linkPanel2.setLayout(borderLayout3);
 403     linkURLList.setFont(verdana11);
 404     linkURLList.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 405
 406     defaultBrowser.addMouseListener(new MouseAdapter()
 407     {
 408       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 409       {
 410         if (e.getClickCount() > 1)
 411         {
 412           defaultBrowser_mouseClicked(e);
 413         }
 414       }
 415     });
 416     useProxy.setFont(verdana11);
 417     useProxy.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 418     useProxy.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 419     useProxy.setText("Use a proxy server");
 420     useProxy.addActionListener(new ActionListener()
 421     {
 422       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 423       {
 424         useProxy_actionPerformed();
 425       }
 426     });
 427     jPanel1.setBorder(titledBorder1);
 428     jPanel1.setLayout(gridBagLayout1);
 429     sortby.setFont(verdana11);
 430     sortby.setBounds(new Rectangle(172, 249, 155, 21));
 431     sortLabel.setFont(verdana11);
 432     sortLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 433     sortLabel.setText("Sort by ");
 434     jPanel2.setBounds(new Rectangle(7, 17, 158, 278));
 435     jPanel2.setLayout(gridLayout2);
 436     gridLayout2.setRows(13);
 437     jPanel3.setBounds(new Rectangle(173, 35, 274, 26));
 438     exportTab.setLayout(null);
 439     epsLabel.setFont(verdana11);
 440     epsLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 441     epsLabel.setText("EPS Rendering Style");
 442     epsLabel.setBounds(new Rectangle(9, 31, 140, 24));
 443     epsRendering.setFont(verdana11);
 444     epsRendering.setBounds(new Rectangle(154, 34, 187, 21));
 445     jLabel1.setFont(verdana11);
 446     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 447     jLabel1.setText("Append /start-end (/15-380)");
 448     jLabel1.setFont(verdana11);
 449     fastajv.setFont(verdana11);
 450     fastajv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 451     clustaljv.setText("Clustal     ");
 452     blcjv.setText("BLC     ");
 453     fastajv.setText("Fasta     ");
 454     msfjv.setText("MSF     ");
 455     pfamjv.setText("PFAM     ");
 456     pileupjv.setText("Pileup     ");
 457     msfjv.setFont(verdana11);
 458     msfjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 459     pirjv.setText("PIR     ");
 460     jPanel11.setFont(verdana11);
 461     jPanel11.setBorder(titledBorder2);
 462     jPanel11.setBounds(new Rectangle(30, 72, 196, 182));
 463     jPanel11.setLayout(gridLayout3);
 464     blcjv.setFont(verdana11);
 465     blcjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 466     clustaljv.setFont(verdana11);
 467     clustaljv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 468     pfamjv.setFont(verdana11);
 469     pfamjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 470     pileupjv.setFont(verdana11);
 471     pileupjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 472     pirjv.setFont(verdana11);
 473     pirjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 474     seqLimit.setFont(verdana11);
 475     seqLimit.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 476     seqLimit.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 477     seqLimit.setText("Full Sequence Id");
 478     gridLayout3.setRows(8);
 479     smoothFont.setFont(verdana11);
 480     smoothFont.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 481     smoothFont.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 482     smoothFont.setText("Smooth Font");
 483     calcTab.setLayout(null);
 484     autoCalculateConsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN,
 485             11));
 486     autoCalculateConsCheck.setText("AutoCalculate Consensus");
 487     autoCalculateConsCheck.setBounds(new Rectangle(21, 52, 209, 23));
 488     padGaps.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 489     padGaps.setText("Pad gaps when editing");
 490     padGaps.setBounds(new Rectangle(22, 94, 168, 23));
 491     modellerOutput.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 492     modellerOutput.setText("Use Modeller Output");
 493     modellerOutput.setBounds(new Rectangle(228, 226, 168, 23));
 494     dasPanel.setLayout(borderLayout4);
 495     wrap.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 496     wrap.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);
 497     wrap.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 498     wrap.setText("Wrap Alignment");
 499     rightAlign.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 500     rightAlign.setForeground(Color.black);
 501     rightAlign.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 502     rightAlign.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 503     rightAlign.setText("Right Align Ids");
 504     idItalics.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 505     idItalics.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 506     idItalics.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 507     idItalics.setText("Sequence Name Italics");
 508     openoverv.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 509     openoverv.setActionCommand("Open Overview");
 510     openoverv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 511     openoverv.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 512     openoverv.setText("Open Overview Window");
 513     openoverv.setBounds(new Rectangle(169, 17, 200, 23));
 514     jPanel2.add(fullScreen);
 515     jPanel2.add(annotations);
 516     jPanel2.add(seqLimit);
 517     jPanel2.add(rightAlign);
 518     jPanel2.add(fontLabel);
 519     jPanel2.add(showUnconserved);
 520     jPanel2.add(idItalics);
 521     jPanel2.add(smoothFont);
 522     jPanel2.add(wrap);
 523     jPanel2.add(gapLabel);
 524     jPanel2.add(colourLabel);
 525     jPanel2.add(sortLabel);
 526     jPanel2.add(startupCheckbox);
 527     visualTab.add(openoverv);
 528     visualTab.add(startupFileTextfield);
 529     visualTab.add(sortby);
 530     visualTab.add(colour);
 531     visualTab.add(gapSymbolCB);
 532     visualTab.add(jPanel3);
 533     visualTab.add(fontNameCB);
 534     visualTab.add(fontSizeCB);
 535     visualTab.add(fontStyleCB);
 536     jPanel3.add(conservation);
 537     jPanel3.add(identity);
 538     jPanel3.add(quality);
 539     visualTab.add(jPanel2);
 540
 541     linkPanel.add(editLinkButtons, BorderLayout.EAST);
 542     editLinkButtons.add(newLink, null);
 543     editLinkButtons.add(editLink, null);
 544     editLinkButtons.add(deleteLink, null);
 545     linkPanel.add(linkScrollPane, BorderLayout.CENTER);
 546     linkScrollPane.getViewport().add(linkPanel2, null);
 547     linkPanel2.add(linkURLList, BorderLayout.CENTER);
 548     linkPanel2.add(linkNameList, BorderLayout.WEST);
 549     okCancelPanel.add(ok);
 550     okCancelPanel.add(cancel);
 551     this.add(tabbedPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 552
 553     this.add(okCancelPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 554     jPanel1.add(serverLabel, new GridBagConstraints(0, 1, 1, 1, 0.0, 0.0,
 555             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,
 556                     2, 4, 0), 5, 0));
 557     jPanel1.add(portLabel, new GridBagConstraints(2, 1, 1, 1, 0.0, 0.0,
 558             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,
 559                     0, 4, 0), 11, 6));
 560     connectTab.add(linkPanel, new GridBagConstraints(0, 0, 2, 1, 1.0, 1.0,
 561             GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(
 562                     16, 0, 0, 12), 359, -17));
 563     connectTab.add(jPanel1, new GridBagConstraints(0, 2, 2, 1, 1.0, 1.0,
 564             GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(
 565                     21, 0, 35, 12), 4, 6));
 566     connectTab.add(browserLabel, new GridBagConstraints(0, 1, 1, 1, 0.0,
 567             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE,
 568             new Insets(16, 0, 0, 0), 5, 1));
 569     jPanel1.add(proxyPortTB, new GridBagConstraints(3, 1, 1, 1, 1.0, 0.0,
 570             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 571             new Insets(0, 2, 4, 2), 54, 1));
 572     jPanel1.add(proxyServerTB, new GridBagConstraints(1, 1, 1, 1, 1.0, 0.0,
 573             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 574             new Insets(0, 2, 4, 0), 263, 1));
 575     connectTab.add(defaultBrowser, new GridBagConstraints(1, 1, 1, 1, 1.0,
 576             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 577             new Insets(15, 0, 0, 15), 307, 1));
 578     connectTab.add(usagestats, new GridBagConstraints(0, 4, 1, 1, 1.0,
 579             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 580             new Insets(0, 2, 4,2), 70, 1));
 581     connectTab.add(questionnaire, new GridBagConstraints(1, 4, 1, 1, 1.0,
 582             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 583             new Insets(0, 2, 4,2), 70, 1));
 584     connectTab.add(versioncheck, new GridBagConstraints(0, 5, 1, 1, 1.0,
 585             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 586             new Insets(0, 2, 4,2), 70, 1));
 587
 588     jPanel1.add(useProxy, new GridBagConstraints(0, 0, 2, 1, 0.0, 0.0,
 589             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,
 590                     2, 5, 185), 2, -4));
 591     DefaultListCellRenderer dlcr = new DefaultListCellRenderer();
 592     dlcr.setHorizontalAlignment(DefaultListCellRenderer.CENTER);
 593     gapSymbolCB.setRenderer(dlcr);
 594
 595     tabbedPane.add(visualTab, "Visual");
 596     tabbedPane.add(connectTab, "Connections");
 597     tabbedPane.add(exportTab, "Output");
 598     jPanel11.add(jLabel1);
 599     jPanel11.add(blcjv);
 600     jPanel11.add(clustaljv);
 601     jPanel11.add(fastajv);
 602     jPanel11.add(msfjv);
 603     jPanel11.add(pfamjv);
 604     jPanel11.add(pileupjv);
 605     jPanel11.add(pirjv);
 606     exportTab.add(modellerOutput);
 607     tabbedPane.add(calcTab, "Editing");
 608     calcTab.add(autoCalculateConsCheck);
 609     calcTab.add(padGaps);
 610     tabbedPane.add(dasPanel, "DAS Settings");
 611
 612     exportTab.add(epsLabel);
 613     exportTab.add(epsRendering);
 614     exportTab.add(jPanel11);
 615   }
 616
 617   protected void showunconserved_actionPerformed(ActionEvent e)
 618   {
 619     // TODO Auto-generated method stub
 620
 621   }
 622
 623   /**
 624    * DOCUMENT ME!
 625    *
 626    * @param e
 627    *                DOCUMENT ME!
 628    */
 629   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 630   {
 631   }
 632
 633   /**
 634    * DOCUMENT ME!
 635    *
 636    * @param e
 637    *                DOCUMENT ME!
 638    */
 639   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 640   {
 641   }
 642
 643   /**
 644    * DOCUMENT ME!
 645    *
 646    * @param e
 647    *                DOCUMENT ME!
 648    */
 649   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 650   {
 651   }
 652
 653   /**
 654    * DOCUMENT ME!
 655    */
 656   public void startupFileTextfield_mouseClicked()
 657   {
 658   }
 659
 660   public void newLink_actionPerformed(ActionEvent e)
 661   {
 662
 663   }
 664
 665   public void editLink_actionPerformed(ActionEvent e)
 666   {
 667
 668   }
 669
 670   public void deleteLink_actionPerformed(ActionEvent e)
 671   {
 672
 673   }
 674
 675   public void defaultBrowser_mouseClicked(MouseEvent e)
 676   {
 677
 678   }
 679
 680   public void linkURLList_keyTyped(KeyEvent e)
 681   {
 682
 683   }
 684
 685   public void useProxy_actionPerformed()
 686   {
 687     proxyServerTB.setEnabled(useProxy.isSelected());
 688     proxyPortTB.setEnabled(useProxy.isSelected());
 689   }
 690
 691 }