src/jalview/jbgui/GStructureChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.jbgui;
  23
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  26 import jalview.fts.core.FTSDataColumnPreferences;
  27 import jalview.fts.core.FTSDataColumnPreferences.PreferenceSource;
  28 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSRestClient;
  29 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  30 import jalview.gui.Desktop;
  31 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  32 import jalview.util.MessageManager;
  33
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.CardLayout;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.FlowLayout;
  38 import java.awt.GridLayout;
  39 import java.awt.event.ActionEvent;
  40 import java.awt.event.ItemEvent;
  41 import java.awt.event.ItemListener;
  42 import java.awt.event.KeyAdapter;
  43 import java.awt.event.KeyEvent;
  44 import java.awt.event.MouseAdapter;
  45 import java.awt.event.MouseEvent;
  46 import java.util.Arrays;
  47
  48 import javax.swing.ImageIcon;
  49 import javax.swing.JButton;
  50 import javax.swing.JCheckBox;
  51 import javax.swing.JComboBox;
  52 import javax.swing.JFrame;
  53 import javax.swing.JInternalFrame;
  54 import javax.swing.JLabel;
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.JScrollPane;
  57 import javax.swing.JTabbedPane;
  58 import javax.swing.JTable;
  59 import javax.swing.JTextField;
  60 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  61 import javax.swing.event.ChangeListener;
  62 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  63 import javax.swing.event.DocumentListener;
  64 import javax.swing.table.TableColumn;
  65
  66 @SuppressWarnings("serial")
  67 /**
  68  * GUI layout for structure chooser
  69  * @author tcnofoegbu
  70  *
  71  */
  72 public abstract class GStructureChooser extends JPanel implements
  73         ItemListener
  74 {
  75   protected JPanel statusPanel = new JPanel();
  76
  77   public JLabel statusBar = new JLabel();
  78
  79   private JPanel pnl_actionsAndStatus = new JPanel(new BorderLayout());
  80
  81   protected String frameTitle = MessageManager
  82           .getString("label.structure_chooser");
  83
  84   protected JInternalFrame mainFrame = new JInternalFrame(frameTitle);
  85
  86   protected JComboBox<FilterOption> cmb_filterOption = new JComboBox<FilterOption>();
  87
  88   protected AlignmentPanel ap;
  89
  90   protected StringBuilder errorWarning = new StringBuilder();
  91
  92   protected JLabel lbl_result = new JLabel(
  93           MessageManager.getString("label.select"));
  94
  95   protected JButton btn_view = new JButton();
  96
  97   protected JButton btn_cancel = new JButton();
  98
  99   protected JButton btn_pdbFromFile = new JButton();
 100
 101   protected JTextField txt_search = new JTextField(14);
 102
 103   private JPanel pnl_actions = new JPanel();
 104
 105   private JPanel pnl_main = new JPanel();
 106
 107   private JPanel pnl_idInput = new JPanel(new FlowLayout());
 108
 109   private JPanel pnl_fileChooser = new JPanel(new FlowLayout());
 110
 111   private JPanel pnl_idInputBL = new JPanel(new BorderLayout());
 112
 113   private JPanel pnl_fileChooserBL = new JPanel(new BorderLayout());
 114
 115   private JPanel pnl_locPDB = new JPanel(new BorderLayout());
 116
 117   protected JPanel pnl_switchableViews = new JPanel(new CardLayout());
 118
 119   protected CardLayout layout_switchableViews = (CardLayout) (pnl_switchableViews
 120           .getLayout());
 121
 122   private BorderLayout mainLayout = new BorderLayout();
 123
 124   protected JCheckBox chk_rememberSettings = new JCheckBox(
 125           MessageManager.getString("label.dont_ask_me_again"));
 126
 127   protected JCheckBox chk_invertFilter = new JCheckBox(
 128           MessageManager.getString("label.invert"));
 129
 130   protected ImageIcon loadingImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 131           "/images/loading.gif"));
 132
 133   protected ImageIcon goodImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 134           "/images/good.png"));
 135
 136   protected ImageIcon errorImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 137           "/images/error.png"));
 138
 139   protected ImageIcon warningImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 140           "/images/warning.gif"));
 141
 142   protected JLabel lbl_warning = new JLabel(warningImage);
 143
 144   protected JLabel lbl_loading = new JLabel(loadingImage);
 145
 146   protected JLabel lbl_pdbManualFetchStatus = new JLabel(errorImage);
 147
 148   protected JLabel lbl_fromFileStatus = new JLabel(errorImage);
 149
 150   protected AssciateSeqPanel idInputAssSeqPanel = new AssciateSeqPanel();
 151
 152   protected AssciateSeqPanel fileChooserAssSeqPanel = new AssciateSeqPanel();
 153
 154   protected static final String VIEWS_FILTER = "VIEWS_FILTER";
 155
 156   protected static final String VIEWS_FROM_FILE = "VIEWS_FROM_FILE";
 157
 158   protected static final String VIEWS_ENTER_ID = "VIEWS_ENTER_ID";
 159
 160   protected static final String VIEWS_LOCAL_PDB = "VIEWS_LOCAL_PDB";
 161
 162   protected JTable tbl_local_pdb = new JTable();
 163
 164   protected JScrollPane scrl_localPDB = new JScrollPane(tbl_local_pdb);
 165
 166   private JTabbedPane pnl_filter = new JTabbedPane();
 167
 168   protected FTSDataColumnPreferences pdbDocFieldPrefs = new FTSDataColumnPreferences(
 169           PreferenceSource.STRUCTURE_CHOOSER,
 170           PDBFTSRestClient.getInstance());
 171
 172   protected FTSDataColumnI[] previousWantedFields;
 173
 174   private JTable tbl_summary = new JTable()
 175   {
 176     private boolean inLayout;
 177
 178     @Override
 179     public boolean getScrollableTracksViewportWidth()
 180     {
 181       return hasExcessWidth();
 182
 183     }
 184
 185     @Override
 186     public void doLayout()
 187     {
 188       if (hasExcessWidth())
 189       {
 190         autoResizeMode = AUTO_RESIZE_SUBSEQUENT_COLUMNS;
 191       }
 192       inLayout = true;
 193       super.doLayout();
 194       inLayout = false;
 195       autoResizeMode = AUTO_RESIZE_OFF;
 196     }
 197
 198     protected boolean hasExcessWidth()
 199     {
 200       return getPreferredSize().width < getParent().getWidth();
 201     }
 202
 203     @Override
 204     public void columnMarginChanged(ChangeEvent e)
 205     {
 206       if (isEditing())
 207       {
 208         removeEditor();
 209       }
 210       TableColumn resizingColumn = getTableHeader().getResizingColumn();
 211       // Need to do this here, before the parent's
 212       // layout manager calls getPreferredSize().
 213       if (resizingColumn != null && autoResizeMode == AUTO_RESIZE_OFF
 214               && !inLayout)
 215       {
 216         resizingColumn.setPreferredWidth(resizingColumn.getWidth());
 217       }
 218       resizeAndRepaint();
 219     }
 220
 221     @Override
 222     public String getToolTipText(MouseEvent evt)
 223     {
 224       String toolTipText = null;
 225       java.awt.Point pnt = evt.getPoint();
 226       int rowIndex = rowAtPoint(pnt);
 227       int colIndex = columnAtPoint(pnt);
 228
 229       try
 230       {
 231         if (getValueAt(rowIndex, colIndex) == null)
 232         {
 233           return null;
 234         }
 235         toolTipText = getValueAt(rowIndex, colIndex).toString();
 236       } catch (Exception e)
 237       {
 238         // e.printStackTrace();
 239       }
 240       toolTipText = (toolTipText == null ? null
 241               : (toolTipText.length() > 500 ? JvSwingUtils.wrapTooltip(
 242                       true, "\"" + toolTipText.subSequence(0, 500)
 243                               + "...\"") : JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 244                       toolTipText)));
 245       return toolTipText;
 246     }
 247   };
 248
 249   protected JScrollPane scrl_foundStructures = new JScrollPane(tbl_summary);
 250
 251   public GStructureChooser()
 252   {
 253     try
 254     {
 255       jbInit();
 256       mainFrame.setVisible(false);
 257       mainFrame.invalidate();
 258       mainFrame.pack();
 259     } catch (Exception e)
 260     {
 261       e.printStackTrace();
 262     }
 263   }
 264
 265   /**
 266    * Initializes the GUI default properties
 267    *
 268    * @throws Exception
 269    */
 270   private void jbInit() throws Exception
 271   {
 272     tbl_summary.setAutoCreateRowSorter(true);
 273     tbl_summary.getTableHeader().setReorderingAllowed(false);
 274     tbl_summary.addMouseListener(new MouseAdapter()
 275     {
 276       @Override
 277       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 278       {
 279         validateSelections();
 280       }
 281
 282       @Override
 283       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 284       {
 285         validateSelections();
 286       }
 287     });
 288     tbl_summary.addKeyListener(new KeyAdapter()
 289     {
 290       @Override
 291       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 292       {
 293         validateSelections();
 294         switch (evt.getKeyCode())
 295         {
 296         case KeyEvent.VK_ESCAPE: // escape key
 297           mainFrame.dispose();
 298           break;
 299         case KeyEvent.VK_ENTER: // enter key
 300           if (btn_view.isEnabled())
 301           {
 302             ok_ActionPerformed();
 303           }
 304           break;
 305         case KeyEvent.VK_TAB: // tab key
 306           if (evt.isShiftDown())
 307           {
 308             pnl_filter.requestFocus();
 309           }
 310           else
 311           {
 312             btn_view.requestFocus();
 313           }
 314           evt.consume();
 315           break;
 316         default:
 317           return;
 318         }
 319       }
 320     });
 321     tbl_local_pdb.setAutoCreateRowSorter(true);
 322     tbl_local_pdb.getTableHeader().setReorderingAllowed(false);
 323     tbl_local_pdb.addMouseListener(new MouseAdapter()
 324     {
 325       @Override
 326       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 327       {
 328         validateSelections();
 329       }
 330
 331       @Override
 332       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 333       {
 334         validateSelections();
 335       }
 336     });
 337     tbl_local_pdb.addKeyListener(new KeyAdapter()
 338     {
 339       @Override
 340       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 341       {
 342         validateSelections();
 343         switch (evt.getKeyCode())
 344         {
 345         case KeyEvent.VK_ESCAPE: // escape key
 346           mainFrame.dispose();
 347           break;
 348         case KeyEvent.VK_ENTER: // enter key
 349           if (btn_view.isEnabled())
 350           {
 351             ok_ActionPerformed();
 352           }
 353           break;
 354         case KeyEvent.VK_TAB: // tab key
 355           if (evt.isShiftDown())
 356           {
 357             cmb_filterOption.requestFocus();
 358           }
 359           else
 360           {
 361             if (btn_view.isEnabled())
 362             {
 363               btn_view.requestFocus();
 364             }
 365             else
 366             {
 367               btn_cancel.requestFocus();
 368             }
 369           }
 370           evt.consume();
 371         default:
 372           return;
 373         }
 374       }
 375     });
 376     btn_view.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 377     btn_view.setText(MessageManager.getString("action.view"));
 378     btn_view.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 379     {
 380       @Override
 381       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 382       {
 383         ok_ActionPerformed();
 384       }
 385     });
 386     btn_view.addKeyListener(new KeyAdapter()
 387     {
 388       @Override
 389       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 390       {
 391         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 392         {
 393           ok_ActionPerformed();
 394         }
 395       }
 396     });
 397
 398     btn_cancel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 399     btn_cancel.setText(MessageManager.getString("action.cancel"));
 400     btn_cancel.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 401     {
 402       @Override
 403       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 404       {
 405         mainFrame.dispose();
 406       }
 407     });
 408     btn_cancel.addKeyListener(new KeyAdapter()
 409     {
 410       @Override
 411       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 412       {
 413         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 414         {
 415           mainFrame.dispose();
 416         }
 417       }
 418     });
 419
 420     btn_pdbFromFile.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 421     String btn_title = MessageManager.getString("label.select_pdb_file");
 422     btn_pdbFromFile.setText(btn_title + "              ");
 423     btn_pdbFromFile.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 424     {
 425       @Override
 426       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 427       {
 428         pdbFromFile_actionPerformed();
 429       }
 430     });
 431     btn_pdbFromFile.addKeyListener(new KeyAdapter()
 432     {
 433       @Override
 434       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 435       {
 436         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 437         {
 438           pdbFromFile_actionPerformed();
 439         }
 440       }
 441     });
 442
 443     scrl_foundStructures.setPreferredSize(new Dimension(800, 400));
 444
 445     scrl_localPDB.setPreferredSize(new Dimension(800, 400));
 446     scrl_localPDB
 447             .setHorizontalScrollBarPolicy(JScrollPane.HORIZONTAL_SCROLLBAR_NEVER);
 448
 449     cmb_filterOption.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 450     chk_invertFilter.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 451     chk_rememberSettings.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 452     chk_rememberSettings.setVisible(false);
 453
 454     txt_search.setToolTipText(MessageManager
 455             .getString("label.enter_pdb_id"));
 456     cmb_filterOption.setToolTipText(MessageManager
 457             .getString("info.select_filter_option"));
 458     txt_search.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 459     {
 460       @Override
 461       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 462       {
 463         txt_search_ActionPerformed();
 464       }
 465
 466       @Override
 467       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 468       {
 469         txt_search_ActionPerformed();
 470       }
 471
 472       @Override
 473       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 474       {
 475         txt_search_ActionPerformed();
 476       }
 477     });
 478
 479     cmb_filterOption.addItemListener(this);
 480     chk_invertFilter.addItemListener(this);
 481
 482     pnl_actions.add(chk_rememberSettings);
 483     pnl_actions.add(btn_view);
 484     pnl_actions.add(btn_cancel);
 485
 486     // pnl_filter.add(lbl_result);
 487     pnl_main.add(cmb_filterOption);
 488     pnl_main.add(lbl_loading);
 489     pnl_main.add(chk_invertFilter);
 490     lbl_loading.setVisible(false);
 491
 492     pnl_fileChooser.add(btn_pdbFromFile);
 493     pnl_fileChooser.add(lbl_fromFileStatus);
 494     pnl_fileChooserBL.add(fileChooserAssSeqPanel, BorderLayout.NORTH);
 495     pnl_fileChooserBL.add(pnl_fileChooser, BorderLayout.CENTER);
 496
 497     pnl_idInput.add(txt_search);
 498     pnl_idInput.add(lbl_pdbManualFetchStatus);
 499     pnl_idInputBL.add(idInputAssSeqPanel, BorderLayout.NORTH);
 500     pnl_idInputBL.add(pnl_idInput, BorderLayout.CENTER);
 501
 502     final String foundStructureSummary = MessageManager
 503             .getString("label.found_structures_summary");
 504     final String configureCols = MessageManager
 505             .getString("label.configure_displayed_columns");
 506     ChangeListener changeListener = new ChangeListener()
 507     {
 508       @Override
 509       public void stateChanged(ChangeEvent changeEvent)
 510       {
 511         JTabbedPane sourceTabbedPane = (JTabbedPane) changeEvent
 512                 .getSource();
 513         int index = sourceTabbedPane.getSelectedIndex();
 514         btn_view.setVisible(true);
 515         btn_cancel.setVisible(true);
 516         if (sourceTabbedPane.getTitleAt(index).equals(configureCols))
 517         {
 518           btn_view.setEnabled(false);
 519           btn_cancel.setEnabled(false);
 520           btn_view.setVisible(false);
 521           btn_cancel.setVisible(false);
 522           previousWantedFields = pdbDocFieldPrefs
 523                   .getStructureSummaryFields().toArray(
 524                           new FTSDataColumnI[0]);
 525         }
 526         if (sourceTabbedPane.getTitleAt(index)
 527                 .equals(foundStructureSummary))
 528         {
 529           btn_cancel.setEnabled(true);
 530           if (wantedFieldsUpdated())
 531           {
 532             tabRefresh();
 533           }
 534           else
 535           {
 536             validateSelections();
 537           }
 538         }
 539       }
 540     };
 541     pnl_filter.addChangeListener(changeListener);
 542     pnl_filter.setPreferredSize(new Dimension(800, 400));
 543     pnl_filter.add(foundStructureSummary, scrl_foundStructures);
 544     pnl_filter.add(configureCols, pdbDocFieldPrefs);
 545
 546     pnl_locPDB.add(scrl_localPDB);
 547
 548     pnl_switchableViews.add(pnl_fileChooserBL, VIEWS_FROM_FILE);
 549     pnl_switchableViews.add(pnl_idInputBL, VIEWS_ENTER_ID);
 550     pnl_switchableViews.add(pnl_filter, VIEWS_FILTER);
 551     pnl_switchableViews.add(pnl_locPDB, VIEWS_LOCAL_PDB);
 552
 553     this.setLayout(mainLayout);
 554     this.add(pnl_main, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 555     this.add(pnl_switchableViews, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 556     // this.add(pnl_actions, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 557     statusPanel.setLayout(new GridLayout());
 558     pnl_actionsAndStatus.add(pnl_actions, BorderLayout.CENTER);
 559     pnl_actionsAndStatus.add(statusPanel, BorderLayout.SOUTH);
 560     statusPanel.add(statusBar, null);
 561     this.add(pnl_actionsAndStatus, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 562
 563     mainFrame.setVisible(true);
 564     mainFrame.setContentPane(this);
 565     mainFrame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
 566     Desktop.addInternalFrame(mainFrame, frameTitle, 900, 500);
 567   }
 568
 569   public boolean wantedFieldsUpdated()
 570   {
 571     if (previousWantedFields == null)
 572     {
 573       return true;
 574     }
 575
 576     FTSDataColumnI[] currentWantedFields = pdbDocFieldPrefs
 577             .getStructureSummaryFields()
 578             .toArray(new FTSDataColumnI[0]);
 579     return Arrays.equals(currentWantedFields, previousWantedFields) ? false
 580             : true;
 581
 582   }
 583
 584   @Override
 585   /**
 586    * Event listener for the 'filter' combo-box and 'invert' check-box
 587    */
 588   public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 589   {
 590     stateChanged(e);
 591   }
 592
 593   /**
 594    * This inner class provides the data model for the structure filter combo-box
 595    *
 596    * @author tcnofoegbu
 597    *
 598    */
 599   public class FilterOption
 600   {
 601     private String name;
 602
 603     private String value;
 604
 605     private String view;
 606
 607     public FilterOption(String name, String value, String view)
 608     {
 609       this.name = name;
 610       this.value = value;
 611       this.view = view;
 612     }
 613
 614     public String getName()
 615     {
 616       return name;
 617     }
 618
 619     public void setName(String name)
 620     {
 621       this.name = name;
 622     }
 623
 624     public String getValue()
 625     {
 626       return value;
 627     }
 628
 629     public void setValue(String value)
 630     {
 631       this.value = value;
 632     }
 633
 634     public String getView()
 635     {
 636       return view;
 637     }
 638
 639     public void setView(String view)
 640     {
 641       this.view = view;
 642     }
 643
 644     @Override
 645     public String toString()
 646     {
 647       return this.name;
 648     }
 649   }
 650
 651   /**
 652    * This inner class provides the provides the data model for associate
 653    * sequence combo-box - cmb_assSeq
 654    *
 655    * @author tcnofoegbu
 656    *
 657    */
 658   public class AssociateSeqOptions
 659   {
 660     private SequenceI sequence;
 661
 662     private String name;
 663
 664     public AssociateSeqOptions(SequenceI seq)
 665     {
 666       this.sequence = seq;
 667       this.name = (seq.getName().length() >= 23) ? seq.getName().substring(
 668               0, 23) : seq.getName();
 669     }
 670
 671     public AssociateSeqOptions(String name, SequenceI seq)
 672     {
 673       this.name = name;
 674       this.sequence = seq;
 675     }
 676
 677     @Override
 678     public String toString()
 679     {
 680       return name;
 681     }
 682
 683     public String getName()
 684     {
 685       return name;
 686     }
 687
 688     public void setName(String name)
 689     {
 690       this.name = name;
 691     }
 692
 693     public SequenceI getSequence()
 694     {
 695       return sequence;
 696     }
 697
 698     public void setSequence(SequenceI sequence)
 699     {
 700       this.sequence = sequence;
 701     }
 702
 703   }
 704
 705   /**
 706    * This inner class holds the Layout and configuration of the panel which
 707    * handles association of manually fetched structures to a unique sequence
 708    * when more than one sequence selection is made
 709    *
 710    * @author tcnofoegbu
 711    *
 712    */
 713   public class AssciateSeqPanel extends JPanel implements ItemListener
 714   {
 715     private JComboBox<AssociateSeqOptions> cmb_assSeq = new JComboBox<AssociateSeqOptions>();
 716
 717     private JLabel lbl_associateSeq = new JLabel();
 718
 719     public AssciateSeqPanel()
 720     {
 721       this.setLayout(new FlowLayout());
 722       this.add(cmb_assSeq);
 723       this.add(lbl_associateSeq);
 724       cmb_assSeq.setToolTipText(MessageManager
 725               .getString("info.associate_wit_sequence"));
 726       cmb_assSeq.addItemListener(this);
 727     }
 728
 729     public void loadCmbAssSeq()
 730     {
 731       populateCmbAssociateSeqOptions(cmb_assSeq, lbl_associateSeq);
 732     }
 733
 734     public JComboBox<AssociateSeqOptions> getCmb_assSeq()
 735     {
 736       return cmb_assSeq;
 737     }
 738
 739     public void setCmb_assSeq(JComboBox<AssociateSeqOptions> cmb_assSeq)
 740     {
 741       this.cmb_assSeq = cmb_assSeq;
 742     }
 743
 744     @Override
 745     public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 746     {
 747       if (e.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED)
 748       {
 749         cmbAssSeqStateChanged();
 750       }
 751     }
 752   }
 753
 754   public JTable getResultTable()
 755   {
 756     return tbl_summary;
 757   }
 758   public JComboBox<FilterOption> getCmbFilterOption()
 759   {
 760     return cmb_filterOption;
 761   }
 762
 763   protected abstract void stateChanged(ItemEvent e);
 764
 765   protected abstract void updateCurrentView();
 766
 767   protected abstract void populateFilterComboBox();
 768
 769   protected abstract void ok_ActionPerformed();
 770
 771   protected abstract void pdbFromFile_actionPerformed();
 772
 773   protected abstract void txt_search_ActionPerformed();
 774
 775   public abstract void populateCmbAssociateSeqOptions(
 776           JComboBox<AssociateSeqOptions> cmb_assSeq, JLabel lbl_associateSeq);
 777
 778   public abstract void cmbAssSeqStateChanged();
 779
 780   public abstract void tabRefresh();
 781
 782   public abstract void validateSelections();
 783 }