src/jalview/jbgui/GStructureChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.jbgui;
  23
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  26 import jalview.gui.Desktop;
  27 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  28 import jalview.jbgui.PDBDocFieldPreferences.PreferenceSource;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.ws.dbsources.PDBRestClient;
  31 import jalview.ws.dbsources.PDBRestClient.PDBDocField;
  32
  33 import java.awt.BorderLayout;
  34 import java.awt.CardLayout;
  35 import java.awt.Dimension;
  36 import java.awt.FlowLayout;
  37 import java.awt.event.ActionEvent;
  38 import java.awt.event.ItemEvent;
  39 import java.awt.event.ItemListener;
  40 import java.awt.event.MouseAdapter;
  41 import java.awt.event.MouseEvent;
  42 import java.util.Arrays;
  43
  44 import javax.swing.ImageIcon;
  45 import javax.swing.JButton;
  46 import javax.swing.JCheckBox;
  47 import javax.swing.JComboBox;
  48 import javax.swing.JFrame;
  49 import javax.swing.JInternalFrame;
  50 import javax.swing.JLabel;
  51 import javax.swing.JPanel;
  52 import javax.swing.JScrollPane;
  53 import javax.swing.JTabbedPane;
  54 import javax.swing.JTable;
  55 import javax.swing.JTextField;
  56 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  57 import javax.swing.event.ChangeListener;
  58 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  59 import javax.swing.event.DocumentListener;
  60
  61 @SuppressWarnings("serial")
  62 /**
  63  * GUI layout for structure chooser
  64  * @author tcnofoegbu
  65  *
  66  */
  67 public abstract class GStructureChooser extends JPanel implements
  68         ItemListener
  69 {
  70   protected String frameTitle = MessageManager
  71           .getString("label.structure_chooser");
  72
  73   protected JInternalFrame mainFrame = new JInternalFrame(frameTitle);
  74
  75   protected JComboBox<FilterOption> cmb_filterOption = new JComboBox<FilterOption>();
  76
  77   protected AlignmentPanel ap;
  78
  79   protected StringBuilder errorWarning = new StringBuilder();
  80
  81   protected JLabel lbl_result = new JLabel(
  82           MessageManager.getString("label.select"));
  83
  84   protected JButton btn_view = new JButton();
  85
  86   protected JButton btn_cancel = new JButton();
  87
  88   protected JButton btn_pdbFromFile = new JButton();
  89
  90   protected JTextField txt_search = new JTextField(14);
  91
  92   private JPanel pnl_actions = new JPanel();
  93
  94   private JPanel pnl_main = new JPanel();
  95
  96   private JPanel pnl_idInput = new JPanel(new FlowLayout());
  97
  98   private JPanel pnl_fileChooser = new JPanel(new FlowLayout());
  99
 100   private JPanel pnl_idInputBL = new JPanel(new BorderLayout());
 101
 102   private JPanel pnl_fileChooserBL = new JPanel(new BorderLayout());
 103
 104   private JPanel pnl_locPDB = new JPanel(new BorderLayout());
 105
 106   protected JPanel pnl_switchableViews = new JPanel(new CardLayout());
 107
 108   protected CardLayout layout_switchableViews = (CardLayout) (pnl_switchableViews
 109           .getLayout());
 110
 111   private BorderLayout mainLayout = new BorderLayout();
 112
 113   protected JCheckBox chk_rememberSettings = new JCheckBox(
 114           MessageManager.getString("label.dont_ask_me_again"));
 115
 116   protected JCheckBox chk_invertFilter = new JCheckBox(
 117           MessageManager.getString("label.invert"));
 118
 119   protected ImageIcon loadingImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 120           "/images/loading.gif"));
 121
 122   protected ImageIcon goodImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 123           "/images/good.png"));
 124
 125   protected ImageIcon errorImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 126           "/images/error.png"));
 127
 128   protected ImageIcon warningImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 129           "/images/warning.gif"));
 130
 131   protected JLabel lbl_warning = new JLabel(warningImage);
 132
 133   protected JLabel lbl_loading = new JLabel(loadingImage);
 134
 135   protected JLabel lbl_pdbManualFetchStatus = new JLabel(errorImage);
 136
 137   protected JLabel lbl_fromFileStatus = new JLabel(errorImage);
 138
 139
 140   protected AssciateSeqPanel idInputAssSeqPanel = new AssciateSeqPanel();
 141
 142   protected AssciateSeqPanel fileChooserAssSeqPanel = new AssciateSeqPanel();
 143
 144   protected static final String VIEWS_FILTER = "VIEWS_FILTER";
 145
 146   protected static final String VIEWS_FROM_FILE = "VIEWS_FROM_FILE";
 147
 148   protected static final String VIEWS_ENTER_ID = "VIEWS_ENTER_ID";
 149
 150   protected static final String VIEWS_LOCAL_PDB = "VIEWS_LOCAL_PDB";
 151
 152   protected JTable tbl_summary = new JTable()
 153   {
 154     public String getToolTipText(MouseEvent evt)
 155     {
 156       String toolTipText = null;
 157       java.awt.Point pnt = evt.getPoint();
 158       int rowIndex = rowAtPoint(pnt);
 159       int colIndex = columnAtPoint(pnt);
 160
 161       try
 162       {
 163         toolTipText = getValueAt(rowIndex, colIndex).toString();
 164       } catch (Exception e)
 165       {
 166         e.printStackTrace();
 167       }
 168       toolTipText = (toolTipText == null ? null : JvSwingUtils.wrapTooltip(
 169               true, toolTipText));
 170       return toolTipText;
 171     }
 172   };
 173
 174   protected JScrollPane scrl_foundStructures = new JScrollPane(
 175           tbl_summary);
 176
 177   protected JTable tbl_local_pdb = new JTable();
 178
 179   protected JScrollPane scrl_localPDB = new JScrollPane(tbl_local_pdb);
 180
 181   private JTabbedPane pnl_filter = new JTabbedPane();
 182
 183   private PDBDocFieldPreferences pdbDocFieldPrefs = new PDBDocFieldPreferences(
 184           PreferenceSource.STRUCTURE_CHOOSER);
 185
 186   protected PDBDocField[] previousWantedFields;
 187   public GStructureChooser()
 188   {
 189     try
 190     {
 191       jbInit();
 192       mainFrame.setVisible(false);
 193       mainFrame.invalidate();
 194       mainFrame.pack();
 195     } catch (Exception e)
 196     {
 197       e.printStackTrace();
 198     }
 199   }
 200
 201   /**
 202    * Initializes the GUI default properties
 203    *
 204    * @throws Exception
 205    */
 206   private void jbInit() throws Exception
 207   {
 208     tbl_summary.setAutoCreateRowSorter(true);
 209     tbl_summary.getTableHeader().setReorderingAllowed(false);
 210     tbl_local_pdb.setAutoCreateRowSorter(true);
 211     tbl_local_pdb.getTableHeader().setReorderingAllowed(false);
 212     tbl_local_pdb.addMouseListener(new MouseAdapter()
 213     {
 214       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 215       {
 216         updateCurrentView();
 217       }
 218
 219       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 220       {
 221         updateCurrentView();
 222       }
 223     });
 224
 225     btn_view.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 226     btn_view.setText(MessageManager.getString("action.view"));
 227     btn_view.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 228     {
 229       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 230       {
 231         ok_ActionPerformed();
 232       }
 233     });
 234     btn_cancel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 235     btn_cancel.setText(MessageManager.getString("action.cancel"));
 236     btn_cancel.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 237     {
 238       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 239       {
 240         mainFrame.dispose();
 241       }
 242     });
 243
 244     btn_pdbFromFile.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 245     String btn_title = MessageManager.getString("label.select_pdb_file");
 246     btn_pdbFromFile.setText(btn_title + "              ");
 247     btn_pdbFromFile.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 248     {
 249       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 250       {
 251         pdbFromFile_actionPerformed();
 252       }
 253     });
 254
 255     scrl_foundStructures.setPreferredSize(new Dimension(500, 300));
 256     scrl_foundStructures
 257             .setHorizontalScrollBarPolicy(JScrollPane.HORIZONTAL_SCROLLBAR_NEVER);
 258
 259     scrl_localPDB.setPreferredSize(new Dimension(500, 300));
 260     scrl_localPDB
 261             .setHorizontalScrollBarPolicy(JScrollPane.HORIZONTAL_SCROLLBAR_NEVER);
 262
 263     cmb_filterOption.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 264     chk_invertFilter.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 265     chk_rememberSettings.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 266     chk_rememberSettings.setVisible(false);
 267
 268     txt_search.setToolTipText(MessageManager
 269             .getString("label.enter_pdb_id"));
 270     cmb_filterOption.setToolTipText(MessageManager
 271             .getString("info.select_filter_option"));
 272     txt_search.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 273     {
 274       @Override
 275       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 276       {
 277         txt_search_ActionPerformed();
 278       }
 279
 280       @Override
 281       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 282       {
 283         txt_search_ActionPerformed();
 284       }
 285
 286       @Override
 287       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 288       {
 289         txt_search_ActionPerformed();
 290       }
 291     });
 292
 293     cmb_filterOption.addItemListener(this);
 294     chk_invertFilter.addItemListener(this);
 295
 296     pnl_actions.add(chk_rememberSettings);
 297     pnl_actions.add(btn_view);
 298     pnl_actions.add(btn_cancel);
 299
 300     // pnl_filter.add(lbl_result);
 301     pnl_main.add(cmb_filterOption);
 302     pnl_main.add(lbl_loading);
 303     pnl_main.add(chk_invertFilter);
 304     lbl_loading.setVisible(false);
 305
 306
 307     pnl_fileChooser.add(btn_pdbFromFile);
 308     pnl_fileChooser.add(lbl_fromFileStatus);
 309     pnl_fileChooserBL.add(fileChooserAssSeqPanel, BorderLayout.NORTH);
 310     pnl_fileChooserBL.add(pnl_fileChooser, BorderLayout.CENTER);
 311
 312     pnl_idInput.add(txt_search);
 313     pnl_idInput.add(lbl_pdbManualFetchStatus);
 314     pnl_idInputBL.add(idInputAssSeqPanel, BorderLayout.NORTH);
 315     pnl_idInputBL.add(pnl_idInput, BorderLayout.CENTER);
 316
 317     final String foundStructureSummary = MessageManager
 318             .getString("label.found_structures_summary");
 319     final String configureCols = MessageManager
 320             .getString("label.configure_displayed_columns");
 321     ChangeListener changeListener = new ChangeListener()
 322     {
 323       public void stateChanged(ChangeEvent changeEvent)
 324       {
 325         JTabbedPane sourceTabbedPane = (JTabbedPane) changeEvent
 326                 .getSource();
 327         btn_view.setEnabled(false);
 328         int index = sourceTabbedPane.getSelectedIndex();
 329         if (sourceTabbedPane.getTitleAt(index)
 330 .equals(configureCols))
 331         {
 332           previousWantedFields = PDBDocFieldPreferences
 333                   .getStructureSummaryFields().toArray(
 334                           new PDBRestClient.PDBDocField[0]);
 335         }
 336         if (sourceTabbedPane.getTitleAt(index)
 337                 .equals(foundStructureSummary))
 338         {
 339           if (wantedFieldsUpdated())
 340           {
 341             tabRefresh();
 342           }
 343           else
 344           {
 345             validateSelections();
 346           }
 347         }
 348       }
 349     };
 350     pnl_filter.addChangeListener(changeListener);
 351     pnl_filter.setPreferredSize(new Dimension(500, 300));
 352     pnl_filter.add(foundStructureSummary, scrl_foundStructures);
 353     pnl_filter.add(configureCols, pdbDocFieldPrefs);
 354
 355     pnl_locPDB.add(scrl_localPDB);
 356
 357     pnl_switchableViews.add(pnl_fileChooserBL, VIEWS_FROM_FILE);
 358     pnl_switchableViews.add(pnl_idInputBL, VIEWS_ENTER_ID);
 359     pnl_switchableViews.add(pnl_filter, VIEWS_FILTER);
 360     pnl_switchableViews.add(pnl_locPDB, VIEWS_LOCAL_PDB);
 361
 362     this.setLayout(mainLayout);
 363     this.add(pnl_main, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 364     this.add(pnl_switchableViews, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 365     this.add(pnl_actions, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 366
 367     mainFrame.setVisible(true);
 368     mainFrame.setContentPane(this);
 369     mainFrame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
 370     Desktop.addInternalFrame(mainFrame, frameTitle, 800, 400);
 371   }
 372
 373   public boolean wantedFieldsUpdated()
 374   {
 375     if (previousWantedFields == null)
 376     {
 377       return true;
 378     }
 379
 380     return Arrays.equals(PDBDocFieldPreferences.getStructureSummaryFields()
 381             .toArray(new PDBRestClient.PDBDocField[0]),
 382             previousWantedFields) ? false : true;
 383
 384   }
 385
 386   @Override
 387   /**
 388    * Event listener for the 'filter' combo-box and 'invert' check-box
 389    */
 390   public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 391   {
 392     stateChanged(e);
 393   }
 394
 395   /**
 396    * This inner class provides the data model for the structure filter combo-box
 397    *
 398    * @author tcnofoegbu
 399    *
 400    */
 401   public class FilterOption
 402   {
 403     private String name;
 404
 405     private String value;
 406
 407     private String view;
 408
 409     public FilterOption(String name, String value, String view)
 410     {
 411       this.name = name;
 412       this.value = value;
 413       this.view = view;
 414     }
 415
 416     public String getName()
 417     {
 418       return name;
 419     }
 420
 421     public void setName(String name)
 422     {
 423       this.name = name;
 424     }
 425
 426     public String getValue()
 427     {
 428       return value;
 429     }
 430
 431     public void setValue(String value)
 432     {
 433       this.value = value;
 434     }
 435
 436     public String getView()
 437     {
 438       return view;
 439     }
 440
 441     public void setView(String view)
 442     {
 443       this.view = view;
 444     }
 445
 446     public String toString()
 447     {
 448       return this.name;
 449     }
 450   }
 451
 452   /**
 453    * This inner class provides the provides the data model for associate
 454    * sequence combo-box - cmb_assSeq
 455    *
 456    * @author tcnofoegbu
 457    *
 458    */
 459   public class AssociateSeqOptions
 460   {
 461     private SequenceI sequence;
 462     private String name;
 463
 464     public AssociateSeqOptions(SequenceI seq)
 465     {
 466       this.sequence = seq;
 467       this.name = (seq.getName().length() >= 23) ? seq.getName().substring(
 468               0, 23) : seq.getName();
 469     }
 470
 471     public AssociateSeqOptions(String name, SequenceI seq)
 472     {
 473       this.name = name;
 474       this.sequence = seq;
 475     }
 476
 477     public String toString()
 478     {
 479       return name;
 480     }
 481
 482     public String getName()
 483     {
 484       return name;
 485     }
 486
 487     public void setName(String name)
 488     {
 489       this.name = name;
 490     }
 491
 492     public SequenceI getSequence()
 493     {
 494       return sequence;
 495     }
 496
 497     public void setSequence(SequenceI sequence)
 498     {
 499       this.sequence = sequence;
 500     }
 501
 502   }
 503
 504   /**
 505    * This inner class holds the Layout and configuration of the panel which
 506    * handles association of manually fetched structures to a unique sequence
 507    * when more than one sequence selection is made
 508    *
 509    * @author tcnofoegbu
 510    *
 511    */
 512   public class AssciateSeqPanel extends JPanel implements ItemListener
 513   {
 514     private JComboBox<AssociateSeqOptions> cmb_assSeq = new JComboBox<AssociateSeqOptions>();
 515
 516     private JLabel lbl_associateSeq = new JLabel();
 517
 518     public AssciateSeqPanel()
 519     {
 520       this.setLayout(new FlowLayout());
 521       this.add(cmb_assSeq);
 522       this.add(lbl_associateSeq);
 523       cmb_assSeq.setToolTipText(MessageManager
 524               .getString("info.associate_wit_sequence"));
 525       cmb_assSeq.addItemListener(this);
 526     }
 527
 528     public void loadCmbAssSeq()
 529     {
 530       populateCmbAssociateSeqOptions(cmb_assSeq, lbl_associateSeq);
 531     }
 532
 533     public JComboBox<AssociateSeqOptions> getCmb_assSeq()
 534     {
 535       return cmb_assSeq;
 536     }
 537
 538     public void setCmb_assSeq(JComboBox<AssociateSeqOptions> cmb_assSeq)
 539     {
 540       this.cmb_assSeq = cmb_assSeq;
 541     }
 542
 543     @Override
 544     public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 545     {
 546       if (e.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED)
 547       {
 548         cmbAssSeqStateChanged();
 549       }
 550     }
 551   }
 552
 553   public JComboBox<FilterOption> getCmbFilterOption()
 554   {
 555     return cmb_filterOption;
 556   }
 557
 558   protected abstract void stateChanged(ItemEvent e);
 559
 560   protected abstract void updateCurrentView();
 561
 562   protected abstract void populateFilterComboBox();
 563
 564   protected abstract void ok_ActionPerformed();
 565
 566   protected abstract void pdbFromFile_actionPerformed();
 567
 568   protected abstract void txt_search_ActionPerformed();
 569
 570   public abstract void populateCmbAssociateSeqOptions(
 571           JComboBox<AssociateSeqOptions> cmb_assSeq, JLabel lbl_associateSeq);
 572
 573   public abstract void cmbAssSeqStateChanged();
 574
 575   public abstract void tabRefresh();
 576
 577   public abstract void validateSelections();
 578 }