src/jalview/jbgui/GTreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.jbgui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22 import javax.swing.*;
  23 import javax.swing.event.*;
  24
  25 public class GTreePanel extends JInternalFrame
  26 {
  27   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
  28
  29   public JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
  30
  31   JMenuBar jMenuBar1 = new JMenuBar();
  32
  33   JMenu fileMenu = new JMenu();
  34
  35   JMenuItem saveAsNewick = new JMenuItem();
  36
  37   JMenuItem printMenu = new JMenuItem();
  38
  39   protected JMenu viewMenu = new JMenu();
  40
  41   public JMenuItem font = new JMenuItem();
  42
  43   public JMenuItem sortAssocViews = new JMenuItem();
  44
  45   public JCheckBoxMenuItem bootstrapMenu = new JCheckBoxMenuItem();
  46
  47   public JCheckBoxMenuItem distanceMenu = new JCheckBoxMenuItem();
  48
  49   public JCheckBoxMenuItem fitToWindow = new JCheckBoxMenuItem();
  50
  51   public JCheckBoxMenuItem placeholdersMenu = new JCheckBoxMenuItem();
  52
  53   JMenuItem pngTree = new JMenuItem();
  54
  55   JMenuItem epsTree = new JMenuItem();
  56
  57   JMenu saveAsMenu = new JMenu();
  58
  59   JMenuItem textbox = new JMenuItem();
  60
  61   public JMenuItem originalSeqData = new JMenuItem();
  62
  63   protected JMenu associateLeavesMenu = new JMenu();
  64
  65   public GTreePanel()
  66   {
  67     try
  68     {
  69       jbInit();
  70       this.setJMenuBar(jMenuBar1);
  71     } catch (Exception e)
  72     {
  73       e.printStackTrace();
  74     }
  75   }
  76
  77   private void jbInit() throws Exception
  78   {
  79     this.getContentPane().setLayout(borderLayout1);
  80     this.setBackground(Color.white);
  81     this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
  82     scrollPane.setOpaque(false);
  83     fileMenu.setText("File");
  84     saveAsNewick.setText("Newick Format");
  85     saveAsNewick.addActionListener(new ActionListener()
  86     {
  87       public void actionPerformed(ActionEvent e)
  88       {
  89         saveAsNewick_actionPerformed(e);
  90       }
  91     });
  92     printMenu.setText("Print");
  93     printMenu.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
  94     {
  95       public void actionPerformed(ActionEvent e)
  96       {
  97         printMenu_actionPerformed(e);
  98       }
  99     });
 100     viewMenu.setText("View");
 101     viewMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 102     {
 103       public void menuSelected(MenuEvent e)
 104       {
 105         viewMenu_menuSelected();
 106       }
 107
 108       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 109       {
 110       }
 111
 112       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 113       {
 114       }
 115     });
 116     sortAssocViews.setText("Sort Alignment By Tree");
 117     sortAssocViews.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 118     {
 119       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 120       {
 121         sortByTree_actionPerformed(e);
 122       }
 123     });
 124     font.setText("Font...");
 125     font.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 126     {
 127       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 128       {
 129         font_actionPerformed(e);
 130       }
 131     });
 132     bootstrapMenu.setText("Show Bootstrap Values");
 133     bootstrapMenu.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 134     {
 135       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 136       {
 137         bootstrapMenu_actionPerformed(e);
 138       }
 139     });
 140     distanceMenu.setText("Show Distances");
 141     distanceMenu.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 142     {
 143       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 144       {
 145         distanceMenu_actionPerformed(e);
 146       }
 147     });
 148     fitToWindow.setSelected(true);
 149     fitToWindow.setText("Fit To Window");
 150     fitToWindow.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 151     {
 152       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 153       {
 154         fitToWindow_actionPerformed(e);
 155       }
 156     });
 157     epsTree.setText("EPS");
 158     epsTree.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 159     {
 160       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 161       {
 162         epsTree_actionPerformed(e);
 163       }
 164     });
 165     pngTree.setText("PNG");
 166     pngTree.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 167     {
 168       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 169       {
 170         pngTree_actionPerformed(e);
 171       }
 172     });
 173     saveAsMenu.setText("Save as");
 174     placeholdersMenu
 175             .setToolTipText("Marks leaves of tree not associated with a sequence");
 176     placeholdersMenu.setText("Mark Unlinked Leaves");
 177     placeholdersMenu.addActionListener(new ActionListener()
 178     {
 179       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 180       {
 181         placeholdersMenu_actionPerformed(e);
 182       }
 183     });
 184     textbox.setText("Output to Textbox...");
 185     textbox.addActionListener(new ActionListener()
 186     {
 187       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 188       {
 189         textbox_actionPerformed(e);
 190       }
 191     });
 192     originalSeqData.setText("Input Data...");
 193     originalSeqData.addActionListener(new ActionListener()
 194     {
 195       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 196       {
 197         originalSeqData_actionPerformed(e);
 198       }
 199     });
 200     associateLeavesMenu.setText("Associate Leaves With");
 201     this.getContentPane().add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 202     jMenuBar1.add(fileMenu);
 203     jMenuBar1.add(viewMenu);
 204     fileMenu.add(saveAsMenu);
 205     fileMenu.add(textbox);
 206     fileMenu.add(printMenu);
 207     fileMenu.add(originalSeqData);
 208     viewMenu.add(fitToWindow);
 209     viewMenu.add(font);
 210     viewMenu.add(distanceMenu);
 211     viewMenu.add(bootstrapMenu);
 212     viewMenu.add(placeholdersMenu);
 213     viewMenu.add(sortAssocViews);
 214     viewMenu.add(associateLeavesMenu);
 215     saveAsMenu.add(saveAsNewick);
 216     saveAsMenu.add(epsTree);
 217     saveAsMenu.add(pngTree);
 218   }
 219
 220   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 221   {
 222   }
 223
 224   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)
 225   {
 226   }
 227
 228   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 229   {
 230   }
 231
 232   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 233   {
 234   }
 235
 236   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
 237   {
 238   }
 239
 240   public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 241   {
 242   }
 243
 244   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 245   {
 246   }
 247
 248   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)
 249   {
 250   }
 251
 252   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 253   {
 254   }
 255
 256   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 257   {
 258   }
 259
 260   public void fullid_actionPerformed(ActionEvent e)
 261   {
 262
 263   }
 264
 265   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 266   {
 267
 268   }
 269
 270   public void viewMenu_menuSelected()
 271   {
 272   }
 273   public void sortByTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 274   {
 275
 276   }
 277
 278 }