src/jalview/jbgui/PDBDocFieldPreferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.jbgui;
  22
  23 import jalview.ws.dbsources.PDBRestClient.PDBDocField;
  24
  25 import java.util.Collection;
  26 import java.util.HashMap;
  27 import java.util.LinkedHashSet;
  28
  29 import javax.swing.JScrollPane;
  30 import javax.swing.JTable;
  31 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  32
  33 @SuppressWarnings("serial")
  34 public class PDBDocFieldPreferences extends JScrollPane
  35 {
  36   protected JTable tbl_pdbDocFieldConfig = new JTable();
  37
  38   protected JScrollPane scrl_pdbDocFieldConfig = new JScrollPane(
  39           tbl_pdbDocFieldConfig);
  40
  41   private HashMap<String, PDBDocField> map = new HashMap<String, PDBDocField>();
  42
  43   private static Collection<PDBDocField> searchSummaryFields = new LinkedHashSet<PDBDocField>();
  44
  45   private static Collection<PDBDocField> structureSummaryFields = new LinkedHashSet<PDBDocField>();
  46
  47   public enum PreferenceSource
  48   {
  49     SEARCH_SUMMARY, STRUCTURE_CHOOSER, PREFERENCES;
  50   }
  51
  52   private PreferenceSource currentSource;
  53
  54   static
  55   {
  56     searchSummaryFields.add(PDBDocField.PDB_ID);
  57     searchSummaryFields.add(PDBDocField.TITLE);
  58
  59     structureSummaryFields.add(PDBDocField.PDB_ID);
  60     structureSummaryFields.add(PDBDocField.TITLE);
  61   }
  62
  63   public PDBDocFieldPreferences(PreferenceSource source)
  64   {
  65     tbl_pdbDocFieldConfig.setAutoCreateRowSorter(true);
  66     this.getViewport().add(tbl_pdbDocFieldConfig);
  67     this.currentSource = source;
  68
  69     String[] columnNames = null;
  70     switch (source)
  71     {
  72     case SEARCH_SUMMARY:
  73       columnNames = new String[] { "PDB Field", "Show in search summary" };
  74       break;
  75     case STRUCTURE_CHOOSER:
  76       columnNames = new String[] { "PDB Field", "Show in structure summary" };
  77       break;
  78     case PREFERENCES:
  79       columnNames = new String[] { "PDB Field", "Show in search summary",
  80           "Show in structure summary" };
  81       break;
  82     default:
  83       break;
  84     }
  85
  86     Object[][] data = new Object[PDBDocField.values().length - 1][3];
  87     int x = 0;
  88     for (PDBDocField field : PDBDocField.values())
  89     {
  90       if (field.getName().equalsIgnoreCase("all"))
  91       {
  92         continue;
  93       }
  94
  95       switch (source)
  96       {
  97       case SEARCH_SUMMARY:
  98         data[x++] = new Object[] { field.getName(),
  99             searchSummaryFields.contains(field) };
 100         break;
 101       case STRUCTURE_CHOOSER:
 102         data[x++] = new Object[] { field.getName(),
 103             structureSummaryFields.contains(field) };
 104         break;
 105       case PREFERENCES:
 106         data[x++] = new Object[] { field.getName(),
 107             searchSummaryFields.contains(field),
 108             structureSummaryFields.contains(field) };
 109         break;
 110       default:
 111         break;
 112       }
 113       map.put(field.getName(), field);
 114     }
 115
 116     PDBFieldTableModel model = new PDBFieldTableModel(columnNames, data);
 117     tbl_pdbDocFieldConfig.setModel(model);
 118   }
 119
 120   public static Collection<PDBDocField> getSearchSummaryFields()
 121   {
 122     return searchSummaryFields;
 123   }
 124
 125   public static void setSearchSummaryFields(
 126           Collection<PDBDocField> searchSummaryFields)
 127   {
 128     PDBDocFieldPreferences.searchSummaryFields = searchSummaryFields;
 129   }
 130
 131   public static Collection<PDBDocField> getStructureSummaryFields()
 132   {
 133     return structureSummaryFields;
 134   }
 135
 136   public static void setStructureSummaryFields(
 137           Collection<PDBDocField> structureSummaryFields)
 138   {
 139     PDBDocFieldPreferences.structureSummaryFields = structureSummaryFields;
 140   }
 141
 142   class PDBFieldTableModel extends AbstractTableModel
 143   {
 144
 145     public PDBFieldTableModel(String[] columnNames, Object[][] data)
 146     {
 147       this.data = data;
 148       this.columnNames = columnNames;
 149     }
 150
 151     private Object[][] data;
 152
 153     private String[] columnNames;
 154
 155     public int getColumnCount()
 156     {
 157       return columnNames.length;
 158     }
 159
 160     public int getRowCount()
 161     {
 162       return data.length;
 163     }
 164
 165     public String getColumnName(int col)
 166     {
 167       return columnNames[col];
 168     }
 169
 170     public Object getValueAt(int row, int col)
 171     {
 172       return data[row][col];
 173     }
 174
 175     /*
 176      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for
 177      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would
 178      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.
 179      */
 180     public Class getColumnClass(int c)
 181     {
 182       return getValueAt(0, c).getClass();
 183     }
 184
 185     /*
 186      * Don't need to implement this method unless your table's editable.
 187      */
 188     public boolean isCellEditable(int row, int col)
 189     {
 190       // Note that the data/cell address is constant,
 191       // no matter where the cell appears onscreen.
 192       // !isPDBID(row, col) ensures the PDB_Id cell is never editable as it
 193       // serves as a unique id for each row.
 194       return (col == 1 || col == 2) && !isPDBID(row, col);
 195
 196     }
 197
 198     /**
 199      * Determines whether the data in a given cell is a PDB ID.
 200      *
 201      * @param row
 202      * @param col
 203      * @return
 204      */
 205
 206     public boolean isPDBID(int row, int col)
 207     {
 208       boolean matched = false;
 209       String name = getValueAt(row, 0).toString();
 210       PDBDocField pdbField = map.get(name);
 211       if (pdbField == PDBDocField.PDB_ID)
 212       {
 213         matched = true;
 214       }
 215       return matched;
 216     }
 217
 218     /*
 219      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.
 220      */
 221     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
 222     {
 223       data[row][col] = value;
 224       fireTableCellUpdated(row, col);
 225
 226       String name = getValueAt(row, 0).toString();
 227       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();
 228
 229       PDBDocField pdbField = map.get(name);
 230
 231       if (currentSource == PreferenceSource.SEARCH_SUMMARY)
 232       {
 233         updatePrefs(searchSummaryFields, pdbField, selected);
 234       }
 235       else if (currentSource == PreferenceSource.STRUCTURE_CHOOSER)
 236       {
 237         updatePrefs(structureSummaryFields, pdbField, selected);
 238       }
 239       else if (currentSource == PreferenceSource.PREFERENCES)
 240       {
 241         if (col == 1)
 242         {
 243           updatePrefs(searchSummaryFields, pdbField, selected);
 244         }
 245         else if (col == 2)
 246         {
 247           updatePrefs(structureSummaryFields, pdbField, selected);
 248         }
 249       }
 250     }
 251
 252     private void updatePrefs(Collection<PDBDocField> prefConfig,
 253             PDBDocField pdbField, boolean selected)
 254     {
 255       if (prefConfig.contains(pdbField) && !selected)
 256       {
 257         prefConfig.remove(pdbField);
 258       }
 259
 260       if (!prefConfig.contains(pdbField) && selected)
 261       {
 262         prefConfig.add(pdbField);
 263       }
 264     }
 265
 266   }
 267 }