src/jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentAnnotationPojo.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
  27
  28 public class AlignmentAnnotationPojo
  29 {
  30
  31   @Attributes(
  32     required = false,
  33     description = "Label for the alignment annotation")
  34   private String label;
  35
  36   @Attributes(
  37     required = false,
  38     description = "Description for the alignment annotation")
  39   private String description;
  40
  41   @Attributes(required = false)
  42   private List<AnnotationPojo> annotations = new ArrayList<AnnotationPojo>();
  43
  44   @Attributes(
  45     required = false,
  46     enums =
  47     { "0", "1", "2" },
  48     description = "Determines the rendering for the annotation<br><ul><li>0 - No graph</li><li>1 - Bar Graph</li><li>2 - Line graph</li></ul>")
  49   private int graphType;
  50
  51   @Attributes(
  52     required = false,
  53     description = "Reference to the sequence in the alignment<br> if per-sequence annotation")
  54   private String sequenceRef;
  55
  56   @Attributes(
  57     required = false,
  58     description = "Stores display settings for an annotation")
  59   private AnnotationDisplaySettingPojo annotationSettings;
  60
  61   @Attributes(required = false, description = "Score of the annotation")
  62   private double score;
  63
  64   @Attributes(
  65     required = false,
  66     description = "The annotation generation source")
  67   private String calcId;
  68
  69   public String getLabel()
  70   {
  71     return label;
  72   }
  73
  74   public void setLabel(String label)
  75   {
  76     this.label = label;
  77   }
  78
  79   public String getDescription()
  80   {
  81     return description;
  82   }
  83
  84   public void setDescription(String annotationId)
  85   {
  86     this.description = annotationId;
  87   }
  88
  89   public List<AnnotationPojo> getAnnotations()
  90   {
  91     return annotations;
  92   }
  93
  94   public void setAnnotations(List<AnnotationPojo> annotations)
  95   {
  96     this.annotations = annotations;
  97   }
  98
  99   public String getSequenceRef()
 100   {
 101     return sequenceRef;
 102   }
 103
 104   public void setSequenceRef(String sequenceRef)
 105   {
 106     this.sequenceRef = sequenceRef;
 107   }
 108
 109   public int getGraphType()
 110   {
 111     return graphType;
 112   }
 113
 114   public void setGraphType(int graphType)
 115   {
 116     this.graphType = graphType;
 117   }
 118
 119   public AnnotationDisplaySettingPojo getAnnotationSettings()
 120   {
 121     return annotationSettings;
 122   }
 123
 124   public void setAnnotationSettings(
 125           AnnotationDisplaySettingPojo annotationSettings)
 126   {
 127     this.annotationSettings = annotationSettings;
 128   }
 129
 130   public double getScore()
 131   {
 132     return score;
 133   }
 134
 135   public void setScore(double score)
 136   {
 137     this.score = score;
 138   }
 139
 140   public String getCalcId()
 141   {
 142     return calcId;
 143   }
 144
 145   public void setCalcId(String calcId)
 146   {
 147     this.calcId = calcId;
 148   }
 149
 150 }