src/jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentAnnotationPojo.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
  27
  28 public class AlignmentAnnotationPojo
  29 {
  30
  31   @Attributes(
  32     required = false,
  33     description = "Label for the Alignment Annotation")
  34   private String label;
  35
  36   @Attributes(
  37     required = false,
  38     description = "Description for the Alignment Annotation")
  39   private String description;
  40
  41   @Attributes(required = false)
  42   private List<AnnotationPojo> annotations = new ArrayList<AnnotationPojo>();
  43
  44   @Attributes(
  45     required = false,
  46     enums = { "0", "1", "2" },
  47     description = "Determines the rendered for the annotation<br><ul><li>0 - No graph</li><li>1 - Bar Graph</li><li>2 - Line graph</li></ul>")
  48   private int graphType;
  49
  50   @Attributes(
  51     required = false,
  52     description = "Reference to the sequence in the alignment<br> if per-sequence annotation")
  53   private String sequenceRef;
  54
  55   @Attributes(
  56     required = false,
  57     description = "Stores display settings for an annotation")
  58   private AnnotationDisplaySettingPojo annotationSettings;
  59
  60   @Attributes(required = false, description = "Score of the annotation")
  61   private double score;
  62
  63   @Attributes(required = false, description = "Annotation generation source")
  64   private String calcId;
  65
  66   public String getLabel()
  67   {
  68     return label;
  69   }
  70
  71   public void setLabel(String label)
  72   {
  73     this.label = label;
  74   }
  75
  76   public String getDescription()
  77   {
  78     return description;
  79   }
  80
  81   public void setDescription(String annotationId)
  82   {
  83     this.description = annotationId;
  84   }
  85
  86   public List<AnnotationPojo> getAnnotations()
  87   {
  88     return annotations;
  89   }
  90
  91   public void setAnnotations(List<AnnotationPojo> annotations)
  92   {
  93     this.annotations = annotations;
  94   }
  95
  96   public String getSequenceRef()
  97   {
  98     return sequenceRef;
  99   }
 100
 101   public void setSequenceRef(String sequenceRef)
 102   {
 103     this.sequenceRef = sequenceRef;
 104   }
 105
 106   public int getGraphType()
 107   {
 108     return graphType;
 109   }
 110
 111   public void setGraphType(int graphType)
 112   {
 113     this.graphType = graphType;
 114   }
 115
 116   public AnnotationDisplaySettingPojo getAnnotationSettings()
 117   {
 118     return annotationSettings;
 119   }
 120
 121   public void setAnnotationSettings(
 122           AnnotationDisplaySettingPojo annotationSettings)
 123   {
 124     this.annotationSettings = annotationSettings;
 125   }
 126
 127   public double getScore()
 128   {
 129     return score;
 130   }
 131
 132   public void setScore(double score)
 133   {
 134     this.score = score;
 135   }
 136
 137   public String getCalcId()
 138   {
 139     return calcId;
 140   }
 141
 142   public void setCalcId(String calcId)
 143   {
 144     this.calcId = calcId;
 145   }
 146
 147 }