src/jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentAnnotationPojo.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
  27
  28 public class AlignmentAnnotationPojo
  29 {
  30
  31   @Attributes(
  32     required = false,
  33     description = "Label for the alignment annotation")
  34   private String label;
  35
  36   @Attributes(
  37     required = false,
  38     description = "Description for the alignment annotation")
  39   private String description;
  40
  41   @Attributes(required = false)
  42   private List<AnnotationPojo> annotations = new ArrayList<AnnotationPojo>();
  43
  44   @Attributes(
  45     required = false,
  46     enums = { "0", "1", "2" },
  47     description = "Determines the rendering for the annotation<br><ul><li>0 - No graph</li><li>1 - Bar Graph</li><li>2 - Line graph</li></ul>")
  48   private int graphType;
  49
  50   @Attributes(
  51     required = false,
  52     description = "Reference to the sequence in the alignment<br> if per-sequence annotation")
  53   private String sequenceRef;
  54
  55   @Attributes(
  56     required = false,
  57     description = "Stores display settings for an annotation")
  58   private AnnotationDisplaySettingPojo annotationSettings;
  59
  60   @Attributes(required = false, description = "Score of the annotation")
  61   private double score;
  62
  63   @Attributes(
  64     required = false,
  65     description = "The annotation generation source")
  66   private String calcId;
  67
  68   public String getLabel()
  69   {
  70     return label;
  71   }
  72
  73   public void setLabel(String label)
  74   {
  75     this.label = label;
  76   }
  77
  78   public String getDescription()
  79   {
  80     return description;
  81   }
  82
  83   public void setDescription(String annotationId)
  84   {
  85     this.description = annotationId;
  86   }
  87
  88   public List<AnnotationPojo> getAnnotations()
  89   {
  90     return annotations;
  91   }
  92
  93   public void setAnnotations(List<AnnotationPojo> annotations)
  94   {
  95     this.annotations = annotations;
  96   }
  97
  98   public String getSequenceRef()
  99   {
 100     return sequenceRef;
 101   }
 102
 103   public void setSequenceRef(String sequenceRef)
 104   {
 105     this.sequenceRef = sequenceRef;
 106   }
 107
 108   public int getGraphType()
 109   {
 110     return graphType;
 111   }
 112
 113   public void setGraphType(int graphType)
 114   {
 115     this.graphType = graphType;
 116   }
 117
 118   public AnnotationDisplaySettingPojo getAnnotationSettings()
 119   {
 120     return annotationSettings;
 121   }
 122
 123   public void setAnnotationSettings(
 124           AnnotationDisplaySettingPojo annotationSettings)
 125   {
 126     this.annotationSettings = annotationSettings;
 127   }
 128
 129   public double getScore()
 130   {
 131     return score;
 132   }
 133
 134   public void setScore(double score)
 135   {
 136     this.score = score;
 137   }
 138
 139   public String getCalcId()
 140   {
 141     return calcId;
 142   }
 143
 144   public void setCalcId(String calcId)
 145   {
 146     this.calcId = calcId;
 147   }
 148
 149 }