src/jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentPojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.HashMap;
   5 import java.util.List;
   6 import java.util.Map;
   7
   8 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
   9
  10 @Attributes(
  11   title = "BioJSON",
  12   description = "A specification for the representation and exchange of bioinformatics data")
  13 public class AlignmentPojo
  14 {
  15   @Attributes(
  16     required = true,
  17     description = "Serial version identifier for <b>BioJSON</b> schema")
  18   private String svid = "1.0";
  19
  20   @Attributes(
  21     required = true,
  22     minItems = 1,
  23     description = "An array of Sequences which makes up the Alignment")
  24   private List<SequencePojo> seqs = new ArrayList<SequencePojo>();
  25
  26   @Attributes(
  27     required = false,
  28     minItems = 0,
  29     exclusiveMaximum = true,
  30     description = "Alignment annotations stores symbols and graphs usually rendered </br>"
  31             + "below the alignment and often reflect properties of the alignment </br>as a whole.")
  32   private List<AlignmentAnnotationPojo> alignAnnotation = new ArrayList<AlignmentAnnotationPojo>();
  33
  34   @Attributes(
  35     required = false,
  36     minItems = 0,
  37     description = "A sequence group is a rectangular region of an alignment <br>bounded by startRes and endRes positions in the alignment <br>coordinate system for a set of sequences")
  38   private List<SequenceGrpPojo> seqGroups = new ArrayList<SequenceGrpPojo>();
  39
  40   @Attributes(
  41     required = false,
  42     minItems = 0,
  43     description = "Sequence features are properties of the individual sequences, <br>they do not change with the alignment, but are shown mapped<br> on to specific residues within the alignment")
  44   private List<SequenceFeaturesPojo> seqFeatures = new ArrayList<SequenceFeaturesPojo>();
  45
  46   @Attributes(
  47     required = false,
  48     enums = { "None", "User Defined", "Clustal", "Zappo", "Taylor",
  49         "Nucleotide", "Pyrimidine", "Purine", "Turn", "Helix", "Strand",
  50         "Buried", "Hydro", "T-Coffee Scores", "RNA Interaction type",
  51         "Blosum62", "RNA Helices", "% Identity" },
  52     description = "The <a href=\"#colourScheme\">Colour Scheme</a> applied to the alignment")
  53   private String colourScheme;
  54
  55   @Attributes(
  56     required = true,
  57     maxItems = 0,
  58     description = "AppSettings stores key=value pairs of custom application specific <br>"
  59             + "settings (i.e visualisation settings, etc) for different applications<br>"
  60             + "that consume or generate BioJSON")
  61   Map<String, Object> appSettings = new HashMap<String, Object>();
  62
  63   public AlignmentPojo()
  64   {
  65   }
  66
  67   public List<SequencePojo> getSeqs()
  68   {
  69     return seqs;
  70   }
  71
  72   public void setSeqs(ArrayList<SequencePojo> seqs)
  73   {
  74     this.seqs = seqs;
  75   }
  76
  77   public Map<String, Object> getAppSettings()
  78   {
  79     return appSettings;
  80   }
  81
  82   public void setAppSettings(Map<String, Object> appSettings)
  83   {
  84     this.appSettings = appSettings;
  85   }
  86
  87   public List<AlignmentAnnotationPojo> getAlignAnnotation()
  88   {
  89     return alignAnnotation;
  90   }
  91
  92   public void setAlignAnnotation(
  93           List<AlignmentAnnotationPojo> alignAnnotation)
  94   {
  95     this.alignAnnotation = alignAnnotation;
  96   }
  97
  98   public List<SequenceGrpPojo> getSeqGroups()
  99   {
 100     return seqGroups;
 101   }
 102
 103   public void setSeqGroups(List<SequenceGrpPojo> seqGroups)
 104   {
 105     this.seqGroups = seqGroups;
 106   }
 107
 108   public List<SequenceFeaturesPojo> getSeqFeatures()
 109   {
 110     return seqFeatures;
 111   }
 112
 113   public void setSeqFeatures(List<SequenceFeaturesPojo> seqFeatures)
 114   {
 115     this.seqFeatures = seqFeatures;
 116   }
 117
 118   public String getSvid()
 119   {
 120     return svid;
 121   }
 122
 123   public void setGlobalColorScheme(String globalColorScheme)
 124   {
 125     this.appSettings.put("globalColorScheme", globalColorScheme);
 126   }
 127
 128   public String getColourScheme()
 129   {
 130     return colourScheme;
 131   }
 132
 133   public void setColourScheme(String colourScheme)
 134   {
 135     this.colourScheme = colourScheme;
 136   }
 137
 138 }