src/jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentPojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Map;
   8
   9 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
  10
  11 @Attributes(title="BioJSON", description="A specification for the representation and exchange of bioinformatics data")
  12 public class AlignmentPojo
  13 {
  14   @Attributes(required = true, description = "Serial version identifier for <b>BioJSON</b> schema")
  15   private String svid = "1.0";
  16
  17   @Attributes(
  18     required = true,
  19     minItems = 1,
  20     maxItems = 2147483647,
  21     description = "A sequence group is a bracket of alignment residues spanning <br>across multiple columns and rows. These can be treated as a <br>sub-alignments.")
  22   private List<SequencePojo> seqs = new ArrayList<SequencePojo>();
  23
  24   @Attributes(
  25     required = false,
  26     minItems = 0,
  27     maxItems = 2147483647,
  28     exclusiveMaximum = true,
  29     description = "Alignment annotations stores symbols and graphs usually rendered </br>below the alignment.")
  30   private List<AlignmentAnnotationPojo> alignAnnotation = new ArrayList<AlignmentAnnotationPojo>();
  31
  32   @Attributes(
  33     required = false,
  34     minItems = 0,
  35     maxItems = 2147483647,
  36     description = "A sequence group is a bracket of alignment residues spanning <br>across multiple columns and rows. These can be treated as a <br>sub-alignments.")
  37   private List<SequenceGrpPojo> seqGroups = new ArrayList<SequenceGrpPojo>();
  38
  39   @Attributes(
  40     required = false,
  41     minItems = 0,
  42     maxItems = 2147483647,
  43     description = "Sequence features are associated with sequences rather than <br>alignments. A sequence feature can span across multiple <br>sequences in an alignment. They indicate features generated <br>by the same analysis process or retrieved from the same database <br>(such as Uniprot features).")
  44   private List<SequenceFeaturesPojo> seqFeatures = new ArrayList<SequenceFeaturesPojo>();
  45
  46   @Attributes(required = false, enums = { "None", "Custom", "Clustal",
  47       "Zappo", "Taylor", "Nucleotide", "Pyrimidine", "Purine", "Turn",
  48       "Strand", "Buried", "Hydro" })
  49   private String colourScheme;
  50
  51   @Attributes(required = true, maxItems = 1, description = "This is an array of key=value pairs for storing custom application <br>specific settings")
  52   Map<String, Object> appSettings = new HashMap<String, Object>();
  53
  54   public AlignmentPojo()
  55   {
  56   }
  57
  58   public List<SequencePojo> getSeqs()
  59   {
  60     return seqs;
  61   }
  62
  63   public void setSeqs(ArrayList<SequencePojo> seqs)
  64   {
  65     this.seqs = seqs;
  66   }
  67
  68   public Map<String, Object> getAppSettings()
  69   {
  70     return appSettings;
  71   }
  72
  73   public void setAppSettings(Map<String, Object> appSettings)
  74   {
  75     this.appSettings = appSettings;
  76   }
  77
  78   public List<AlignmentAnnotationPojo> getAlignAnnotation()
  79   {
  80     return alignAnnotation;
  81   }
  82
  83   public void setAlignAnnotation(
  84           List<AlignmentAnnotationPojo> alignAnnotation)
  85   {
  86     this.alignAnnotation = alignAnnotation;
  87   }
  88
  89   public List<SequenceGrpPojo> getSeqGroups()
  90   {
  91     return seqGroups;
  92   }
  93
  94   public void setSeqGroups(List<SequenceGrpPojo> seqGroups)
  95   {
  96     this.seqGroups = seqGroups;
  97   }
  98
  99   public List<SequenceFeaturesPojo> getSeqFeatures()
 100   {
 101     return seqFeatures;
 102   }
 103
 104   public void setSeqFeatures(List<SequenceFeaturesPojo> seqFeatures)
 105   {
 106     this.seqFeatures = seqFeatures;
 107   }
 108
 109   public String getSvid()
 110   {
 111     return svid;
 112   }
 113
 114   public void setGlobalColorScheme(String globalColorScheme)
 115   {
 116     this.appSettings.put("globalColorScheme", globalColorScheme);
 117   }
 118
 119   public String getColourScheme()
 120   {
 121     return colourScheme;
 122   }
 123
 124   public void setColourScheme(String colourScheme)
 125   {
 126     this.colourScheme = colourScheme;
 127   }
 128
 129 }