src/jalview/json/binding/biojson/v1/AnnotationPojo.java

   1 /*
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
  24
  25 public class AnnotationPojo
  26 {
  27   @Attributes(
  28     required = false,
  29     description = "Display character for the given annotation")
  30   private String displayCharacter;
  31
  32   @Attributes(
  33     required = false,
  34     description = "Description for the annotation")
  35   private String description;
  36
  37   @Attributes(
  38     required = true,
  39     enums = { "E", "H", "\u0000", ")", "(" },
  40     description = "Determines what is rendered for the secondary </br>structure <ul><li>’E’ - indicates Beta Sheet/Strand <li>’H’ - indicates alpha helix </li><li> ‘\\u0000’ - indicates blank</li></ul></br>For RNA Helix (only shown when working with</br> nucleotide sequences): <ul><li> ‘(’ - indicates bases pair with columns upstream</br> (to right) </li><li> ’(’ - indicate region pairs with bases to the left</li></ul>")
  41   private char secondaryStructure;
  42
  43   @Attributes(required = false, description = "Value of the annotation")
  44   private float value;
  45
  46   @Attributes(
  47     required = false,
  48     description = "Colour of the annotation position in hex string.")
  49   private String colour;
  50
  51   public String getDisplayCharacter()
  52   {
  53     return displayCharacter;
  54   }
  55
  56   public void setDisplayCharacter(String displayCharacter)
  57   {
  58     this.displayCharacter = displayCharacter;
  59   }
  60
  61   public String getDescription()
  62   {
  63     return description;
  64   }
  65
  66   public void setDescription(String description)
  67   {
  68     this.description = description;
  69   }
  70
  71   public char getSecondaryStructure()
  72   {
  73     return secondaryStructure;
  74   }
  75
  76   public void setSecondaryStructure(char secondaryStructure)
  77   {
  78     this.secondaryStructure = secondaryStructure;
  79   }
  80
  81   public float getValue()
  82   {
  83     return value;
  84   }
  85
  86   public void setValue(float value)
  87   {
  88     this.value = value;
  89   }
  90
  91   public String getColour()
  92   {
  93     return colour;
  94   }
  95
  96   public void setColour(String colour)
  97   {
  98     this.colour = colour;
  99   }
 100
 101 }