src/jalview/json/binding/biojson/v1/AppSettingsPojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3
   4 public class AppSettingsPojo
   5 {
   6   // private String globalColorScheme = "none";
   7
   8
   9
  10   public AppSettingsPojo()
  11   {
  12
  13   }
  14
  15   //
  16   //
  17   // public void setGlobalColorScheme(String globalColorScheme)
  18   // {
  19   // for (JalviewBioJsColorSchemeMapper cs : JalviewBioJsColorSchemeMapper
  20   // .values())
  21   // {
  22   // if (cs.getJalviewName().equals(globalColorScheme))
  23   // {
  24   // // this.globalColorScheme = cs.getBioJsName();
  25   // this.settings.put("globalColorScheme", cs.getBioJsName());
  26   // break;
  27   // }
  28   // }
  29   // }
  30   //
  31   // public enum JalviewBioJsColorSchemeMapper
  32   // {
  33   // USER_DEFINED("User Defined", "user defined", null), NONE("None", "foo",
  34   // null), CLUSTAL("Clustal", "clustal", null), ZAPPO("Zappo",
  35   // "zappo", new ZappoColourScheme()), TAYLOR("Taylor", "taylor",
  36   // new TaylorColourScheme()), NUCLEOTIDE("Nucleotide",
  37   // "nucleotide", new NucleotideColourScheme()), PURINE_PYRIMIDINE(
  38   // "Purine/Pyrimidine", "purine",
  39   // new PurinePyrimidineColourScheme()), HELIX_PROPENCITY(
  40   // "Helix Propensity", "helix", new HelixColourScheme()), TURN_PROPENSITY(
  41   // "Turn Propensity", "turn", new TurnColourScheme()), STRAND_PROPENSITY(
  42   // "Strand Propensity", "strand", new StrandColourScheme()), BURIED_INDEX(
  43   // "Buried Index", "buried", new BuriedColourScheme()), HYDROPHOBIC(
  44   // "Hydrophobic", "hydro", new HydrophobicColourScheme()),
  45   //
  46   // // The color types below are not yet supported by BioJs MSA viewer
  47   // T_COFFE_SCORES("T-Coffee Scores", "T-Coffee Scores", null), RNA_INT_TYPE(
  48   // "RNA Interaction type", "RNA Interaction type",
  49   // new RNAInteractionColourScheme()), BLOSUM62("Blosum62",
  50   // "Blosum62", new Blosum62ColourScheme()), RNA_HELICES(
  51   // "RNA Helices", "RNA Helices", null), PERCENTAGE_IDENTITY(
  52   // "% Identity", "pid", new PIDColourScheme());
  53   //
  54   // private String jalviewName;
  55   //
  56   // private String bioJsName;
  57   //
  58   // private ColourSchemeI jvColourScheme;
  59   //
  60   // private JalviewBioJsColorSchemeMapper(String jalviewName,
  61   // String bioJsName, ColourSchemeI jvColourScheme)
  62   // {
  63   // this.jalviewName = jalviewName;
  64   // this.bioJsName = bioJsName;
  65   // this.setJvColourScheme(jvColourScheme);
  66   // }
  67   //
  68   // public String getJalviewName()
  69   // {
  70   // return jalviewName;
  71   // }
  72   //
  73   // public String getBioJsName()
  74   // {
  75   // return bioJsName;
  76   // }
  77   //
  78   // public ColourSchemeI getJvColourScheme()
  79   // {
  80   // return jvColourScheme;
  81   // }
  82   //
  83   // public void setJvColourScheme(ColourSchemeI jvColourScheme)
  84   // {
  85   // this.jvColourScheme = jvColourScheme;
  86   // }
  87   //
  88   // }
  89
  90
  91 }