src/jalview/json/binding/biojson/v1/ColourSchemeMapper.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import java.util.Locale;
  24
  25 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  26 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  27 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  28 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  29 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  30 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  31 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  32 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  33 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  34 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  35 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  36 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;
  37 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  38 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  39 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  40 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  41 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  42
  43 public class ColourSchemeMapper
  44 {
  45   private static ColourSchemeI csZappo, csTaylor, csNucleotide, csPurine,
  46           csHelix, csTurn, csStrand, csBuried, csHydro,
  47           csRNAInteractionType, csPID, csBlosum62 = null;
  48   static
  49   {
  50     csZappo = new ZappoColourScheme();
  51     csTaylor = new TaylorColourScheme();
  52     csNucleotide = new NucleotideColourScheme();
  53     csPurine = new PurinePyrimidineColourScheme();
  54     csHelix = new HelixColourScheme();
  55     csTurn = new TurnColourScheme();
  56     csStrand = new StrandColourScheme();
  57     csBuried = new BuriedColourScheme();
  58     csHydro = new HydrophobicColourScheme();
  59     csRNAInteractionType = new RNAInteractionColourScheme();
  60     csPID = new PIDColourScheme();
  61     csBlosum62 = new Blosum62ColourScheme();
  62   }
  63
  64   public static ColourSchemeI getJalviewColourScheme(
  65           String colourSchemeName, AnnotatedCollectionI annotCol)
  66   {
  67     switch (colourSchemeName.toUpperCase(Locale.ROOT))
  68     {
  69     case "ZAPPO":
  70       return csZappo;
  71     case "TAYLOR":
  72       return csTaylor;
  73     case "NUCLEOTIDE":
  74       return csNucleotide;
  75     case "PURINE":
  76     case "PURINE/PYRIMIDINE":
  77       return csPurine;
  78     case "HELIX":
  79     case "HELIX PROPENSITY":
  80       return csHelix;
  81     case "TURN":
  82     case "TURN PROPENSITY":
  83       return csTurn;
  84     case "STRAND":
  85     case "STRAND PROPENSITY":
  86       return csStrand;
  87     case "BURIED":
  88     case "BURIED INDEX":
  89       return csBuried;
  90     case "HYDRO":
  91     case "HYDROPHOBIC":
  92       return csHydro;
  93     case "RNA INTERACTION TYPE":
  94       return csRNAInteractionType;
  95     case "PID":
  96     case "% IDENTITY":
  97       return csPID;
  98     case "BLOSUM62":
  99       return csBlosum62;
 100     case "T-COFFEE SCORES":
 101       return (annotCol != null) ? new TCoffeeColourScheme(annotCol) : null;
 102     case "RNA HELICES":
 103       return (annotCol != null) ? new RNAHelicesColour(annotCol) : null;
 104     case "CLUSTAL":
 105       return (annotCol != null) ? new ClustalxColourScheme(annotCol, null)
 106               : null;
 107     case "USER DEFINED":
 108       return null;
 109     default:
 110       return null;
 111     }
 112   }
 113 }