src/jalview/json/binding/biojson/v1/ColourSchemeMapper.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  11  *
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  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  24 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  25 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  26 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  27 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  28 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  29 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  30 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  31 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  32 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  33 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  34 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;
  35 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  36 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  37 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  38 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  39 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  40
  41 public class ColourSchemeMapper
  42 {
  43   private static ColourSchemeI csZappo, csTaylor, csNucleotide, csPurine,
  44           csHelix, csTurn, csStrand, csBuried, csHydro,
  45           csRNAInteractionType, csPID, csBlosum62 = null;
  46   static
  47   {
  48     csZappo = new ZappoColourScheme();
  49     csTaylor = new TaylorColourScheme();
  50     csNucleotide = new NucleotideColourScheme();
  51     csPurine = new PurinePyrimidineColourScheme();
  52     csHelix = new HelixColourScheme();
  53     csTurn = new TurnColourScheme();
  54     csStrand = new StrandColourScheme();
  55     csBuried = new BuriedColourScheme();
  56     csHydro = new HydrophobicColourScheme();
  57     csRNAInteractionType = new RNAInteractionColourScheme();
  58     csPID = new PIDColourScheme();
  59     csBlosum62 = new Blosum62ColourScheme();
  60   }
  61
  62   public static ColourSchemeI getJalviewColourScheme(
  63           String colourSchemeName, AnnotatedCollectionI annotCol)
  64   {
  65     switch (colourSchemeName.toUpperCase())
  66     {
  67     case "ZAPPO":
  68       return csZappo;
  69     case "TAYLOR":
  70       return csTaylor;
  71     case "NUCLEOTIDE":
  72       return csNucleotide;
  73     case "PURINE":
  74     case "PURINE/PYRIMIDINE":
  75       return csPurine;
  76     case "HELIX":
  77     case "HELIX PROPENSITY":
  78       return csHelix;
  79     case "TURN":
  80     case "TURN PROPENSITY":
  81       return csTurn;
  82     case "STRAND":
  83     case "STRAND PROPENSITY":
  84       return csStrand;
  85     case "BURIED":
  86     case "BURIED INDEX":
  87       return csBuried;
  88     case "HYDRO":
  89     case "HYDROPHOBIC":
  90       return csHydro;
  91     case "RNA INTERACTION TYPE":
  92       return csRNAInteractionType;
  93     case "PID":
  94     case "% IDENTITY":
  95       return csPID;
  96     case "BLOSUM62":
  97       return csBlosum62;
  98     case "T-COFFEE SCORES":
  99       return (annotCol != null) ? new TCoffeeColourScheme(annotCol) : null;
 100     case "RNA HELICES":
 101       return (annotCol != null) ? new RNAHelicesColour(annotCol) : null;
 102     case "CLUSTAL":
 103       return (annotCol != null) ? new ClustalxColourScheme(annotCol, null)
 104               : null;
 105     case "USER DEFINED":
 106       return null;
 107     default:
 108       return null;
 109     }
 110   }
 111 }