src/jalview/json/binding/biojson/v1/ColourSchemeMapper.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  24 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  25 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  26 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  27 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  28 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  29 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  30 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  31 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  32 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  33 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  34 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;
  35 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  36 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  37 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  38 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  39 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  40
  41 public class ColourSchemeMapper
  42 {
  43   public static ColourSchemeI getJalviewColourScheme(
  44           String colourSchemeName, AnnotatedCollectionI annotCol)
  45   {
  46     switch (colourSchemeName.toUpperCase())
  47     {
  48     case "ZAPPO":
  49       return new ZappoColourScheme();
  50     case "TAYLOR":
  51       return new TaylorColourScheme();
  52     case "NUCLEOTIDE":
  53       return new NucleotideColourScheme();
  54     case "PURINE":
  55     case "PURINE/PYRIMIDINE":
  56       return new PurinePyrimidineColourScheme();
  57     case "HELIX":
  58     case "HELIX PROPENSITY":
  59       return new HelixColourScheme();
  60     case "TURN":
  61     case "TURN PROPENSITY":
  62       return new TurnColourScheme();
  63     case "STRAND":
  64     case "STRAND PROPENSITY":
  65       return new StrandColourScheme();
  66     case "BURIED":
  67     case "BURIED INDEX":
  68       return new BuriedColourScheme();
  69     case "HYDRO":
  70     case "HYDROPHOBIC":
  71       return new HydrophobicColourScheme();
  72     case "RNA INTERACTION TYPE":
  73       return new RNAInteractionColourScheme();
  74     case "PID":
  75     case "% IDENTITY":
  76       return new PIDColourScheme();
  77     case "BLOSUM62":
  78       return new Blosum62ColourScheme();
  79     case "T-COFFEE SCORES":
  80       return (annotCol != null) ? new TCoffeeColourScheme(annotCol) : null;
  81     case "RNA HELICES":
  82       return (annotCol != null) ? new RNAHelicesColour(annotCol) : null;
  83     case "CLUSTAL":
  84       return (annotCol != null) ? new ClustalxColourScheme(annotCol, null)
  85               : null;
  86     case "USER DEFINED":
  87       return null;
  88     default:
  89       return null;
  90     }
  91   }
  92 }