src/jalview/json/binding/biojson/v1/JalviewBioJsColorSchemeMapper.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  24 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  25 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  26 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  27 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  28 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  29 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  30 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  31 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;
  32 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  33 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  34 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  35 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  36
  37 public enum JalviewBioJsColorSchemeMapper
  38 {
  39
  40   USER_DEFINED("User Defined", "user defined", null), NONE("None", "foo",
  41           null), CLUSTAL("Clustal", "clustal", null), ZAPPO("Zappo",
  42           "zappo", new ZappoColourScheme()), TAYLOR("Taylor", "taylor",
  43           new TaylorColourScheme()), NUCLEOTIDE("Nucleotide", "nucleotide",
  44           new NucleotideColourScheme()), PURINE_PYRIMIDINE(
  45           "Purine/Pyrimidine", "purine", new PurinePyrimidineColourScheme()), HELIX_PROPENSITY(
  46           "Helix Propensity", "helix", new HelixColourScheme()), TURN_PROPENSITY(
  47           "Turn Propensity", "turn", new TurnColourScheme()), STRAND_PROPENSITY(
  48           "Strand Propensity", "strand", new StrandColourScheme()), BURIED_INDEX(
  49           "Buried Index", "buried", new BuriedColourScheme()), HYDROPHOBIC(
  50           "Hydrophobic", "hydro", new HydrophobicColourScheme()),
  51
  52   // The color types below are not yet supported by BioJs MSA viewer
  53   T_COFFE_SCORES("T-Coffee Scores", "T-Coffee Scores", null), RNA_INT_TYPE(
  54           "RNA Interaction type", "RNA Interaction type",
  55           new RNAInteractionColourScheme()), BLOSUM62("Blosum62",
  56           "Blosum62", new Blosum62ColourScheme()), RNA_HELICES(
  57           "RNA Helices", "RNA Helices", null), PERCENTAGE_IDENTITY(
  58           "% Identity", "pid", new PIDColourScheme());
  59
  60   private String jalviewName;
  61
  62   private String bioJsName;
  63
  64   private ColourSchemeI jvColourScheme;
  65
  66   private JalviewBioJsColorSchemeMapper(String jalviewName,
  67           String bioJsName, ColourSchemeI jvColourScheme)
  68   {
  69     this.jalviewName = jalviewName;
  70     this.bioJsName = bioJsName;
  71     this.setJvColourScheme(jvColourScheme);
  72   }
  73
  74   public String getJalviewName()
  75   {
  76     return jalviewName;
  77   }
  78
  79   public String getBioJsName()
  80   {
  81     return bioJsName;
  82   }
  83
  84   public ColourSchemeI getJvColourScheme()
  85   {
  86     return jvColourScheme;
  87   }
  88
  89   public void setJvColourScheme(ColourSchemeI jvColourScheme)
  90   {
  91     this.jvColourScheme = jvColourScheme;
  92   }
  93
  94 }