src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceFeaturesPojo.java

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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import java.util.Map;
  24 import java.util.Vector;
  25
  26 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
  27
  28 public class SequenceFeaturesPojo
  29 {
  30   @Attributes(
  31     required = true,
  32     description = "Start residue position for the sequence feature")
  33   private int xStart;
  34
  35   @Attributes(
  36     required = true,
  37     description = "End residue position for the sequence feature")
  38   private int xEnd;
  39
  40   @Attributes(
  41     required = true,
  42     minItems = 1,
  43     maxItems = 2147483647,
  44     description = "Reference to the sequence in the alignment<br> (more like a foreign key)")
  45   private String sequenceRef;
  46
  47   @Attributes(
  48     required = true,
  49     description = "The name or type of the SequenceFeature")
  50   private String type;
  51
  52   @Attributes(required = false, description = "Score")
  53   private Float score;
  54
  55   @Attributes(required = false, description = "Description for the feature")
  56   private String description;
  57
  58   @Attributes(
  59     required = false,
  60     description = "Additional metadata for the feature")
  61   private Map<String, Object> otherDetails;
  62
  63   @Attributes(required = false, description = "Fill colour")
  64   private String fillColor;
  65
  66   @Attributes(required = true, description = "Feature group")
  67   private String featureGroup;
  68
  69   @Attributes(
  70     required = false,
  71     description = "URL links associated to the feature")
  72   private Vector<String> links;
  73
  74   public SequenceFeaturesPojo()
  75   {
  76   }
  77
  78   public SequenceFeaturesPojo(String sequenceRef)
  79   {
  80     this.sequenceRef = sequenceRef;
  81   }
  82
  83   public String getFillColor()
  84   {
  85     return "#" + fillColor;
  86   }
  87
  88   public void setFillColor(String fillColor)
  89   {
  90     this.fillColor = fillColor;
  91   }
  92
  93   public int getXstart()
  94   {
  95     return xStart;
  96   }
  97
  98   public void setXstart(int xStart)
  99   {
 100     this.xStart = xStart;
 101   }
 102
 103   public int getXend()
 104   {
 105     return xEnd;
 106   }
 107
 108   public void setXend(int xend)
 109   {
 110     this.xEnd = xend;
 111   }
 112
 113   public String getType()
 114   {
 115     return type;
 116   }
 117
 118   public void setType(String type)
 119   {
 120     this.type = type;
 121   }
 122
 123   public Float getScore()
 124   {
 125     return score;
 126   }
 127
 128   public void setScore(Float score)
 129   {
 130     this.score = score;
 131   }
 132
 133   public String getDescription()
 134   {
 135     return description;
 136   }
 137
 138   public void setDescription(String description)
 139   {
 140     this.description = description;
 141   }
 142
 143   public Map<String, Object> getOtherDetails()
 144   {
 145     return otherDetails;
 146   }
 147
 148   public void setOtherDetails(Map<String, Object> otherDetails)
 149   {
 150     this.otherDetails = otherDetails;
 151   }
 152
 153   public Vector<String> getLinks()
 154   {
 155     return links;
 156   }
 157
 158   public void setLinks(Vector<String> links)
 159   {
 160     this.links = links;
 161   }
 162
 163   public String getFeatureGroup()
 164   {
 165     return featureGroup;
 166   }
 167
 168   public void setFeatureGroup(String featureGroup)
 169   {
 170     this.featureGroup = featureGroup;
 171   }
 172
 173   public String getSequenceRef()
 174   {
 175     return sequenceRef;
 176   }
 177
 178   public void setSequenceRef(String sequenceRef)
 179   {
 180     this.sequenceRef = sequenceRef;
 181   }
 182
 183 }