src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceFeaturesPojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3 import java.util.Map;
   4 import java.util.Vector;
   5
   6 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
   7
   8 public class SequenceFeaturesPojo
   9 {
  10   @Attributes(required = true, description = "Serial version id for the <b>SeqFeature</b> object")
  11   private String svid = "1.0";
  12
  13   @Attributes(required = true, description = "Start residue position for the sequence feature")
  14   private int xStart;
  15
  16   @Attributes(required = true, description = "End residue position for the sequence feature")
  17   private int xEnd;
  18
  19   @Attributes(
  20     required = true,
  21     minItems = 1,
  22     maxItems = 2147483647,
  23     description = "Reference to the sequence in the alignment<br> (more like a foreign key)")
  24   private String sequenceRef;
  25
  26   @Attributes(required = true, description = "The name or type of the SequenceFeature")
  27   private String type;
  28
  29   @Attributes(required = false, description = "Score")
  30   private Float score;
  31
  32   @Attributes(required = false, description = "Description for the feature")
  33   private String description;
  34
  35   @Attributes(required = false, description = "Additional metadata for the feature")
  36   private Map<String, Object> otherDetails;
  37
  38   @Attributes(required = false, description = "Fill colour")
  39   private String fillColor;
  40
  41   @Attributes(required = true, description = "Feature group")
  42   private String featureGroup;
  43
  44   @Attributes(required = false, description = "URL links associated to the feature")
  45   private Vector<String> links;
  46
  47   public SequenceFeaturesPojo()
  48   {
  49   }
  50
  51   public SequenceFeaturesPojo(String sequenceRef)
  52   {
  53     this.sequenceRef = sequenceRef;
  54   }
  55
  56   public String getFillColor()
  57   {
  58     return "#" + fillColor;
  59   }
  60
  61   public void setFillColor(String fillColor)
  62   {
  63     this.fillColor = fillColor;
  64   }
  65
  66   public int getXstart()
  67   {
  68     return xStart;
  69   }
  70
  71   public void setXstart(int xStart)
  72   {
  73     this.xStart = xStart;
  74   }
  75
  76   public int getXend()
  77   {
  78     return xEnd;
  79   }
  80
  81   public void setXend(int xend)
  82   {
  83     this.xEnd = xend;
  84   }
  85
  86   public String getType()
  87   {
  88     return type;
  89   }
  90
  91   public void setType(String type)
  92   {
  93     this.type = type;
  94   }
  95
  96   public Float getScore()
  97   {
  98     return score;
  99   }
 100
 101   public void setScore(Float score)
 102   {
 103     this.score = score;
 104   }
 105
 106   public String getDescription()
 107   {
 108     return description;
 109   }
 110
 111   public void setDescription(String description)
 112   {
 113     this.description = description;
 114   }
 115
 116   public Map<String, Object> getOtherDetails()
 117   {
 118     return otherDetails;
 119   }
 120
 121   public void setOtherDetails(Map<String, Object> otherDetails)
 122   {
 123     this.otherDetails = otherDetails;
 124   }
 125
 126   public Vector<String> getLinks()
 127   {
 128     return links;
 129   }
 130
 131   public void setLinks(Vector<String> links)
 132   {
 133     this.links = links;
 134   }
 135
 136   public String getFeatureGroup()
 137   {
 138     return featureGroup;
 139   }
 140
 141   public void setFeatureGroup(String featureGroup)
 142   {
 143     this.featureGroup = featureGroup;
 144   }
 145
 146   public String getSequenceRef()
 147   {
 148     return sequenceRef;
 149   }
 150
 151   public void setSequenceRef(String sequenceRef)
 152   {
 153     this.sequenceRef = sequenceRef;
 154   }
 155
 156   public String getSvid()
 157   {
 158     return svid;
 159   }
 160
 161 //public Map<String, Object> getOtherDetails() {
 162 //      return otherDetails;
 163 //}
 164 //
 165 //public void setOtherDetails(Map<String, Object> otherDetails) {
 166 //      this.otherDetails = otherDetails;
 167 //}
 168
 169 }