src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceGrpPojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4
   5 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
   6
   7 public class SequenceGrpPojo
   8 {
   9   @Attributes(
  10     required = false,
  11     description = "The <a href=\"colour_schemes.html\">Colour Scheme</a> applied to the Sequence Group")
  12   private String colourScheme;
  13
  14   @Attributes(required = true, description = "The name assigned to the seqGroup")
  15   private String groupName;
  16
  17   @Attributes(required = false, description = "Serial version identifier for the <b>seqGroup</b> object model")
  18   private String description;
  19
  20   @Attributes(required = false, description = "Determines if the seqGroup border should be visible or not")
  21   private boolean displayBoxes;
  22
  23   @Attributes(required = false, description = "Determines if the texts of the group is displayed or not")
  24   private boolean displayText;
  25
  26   @Attributes(required = false, description = "Determines if the residues text for the group is coloured")
  27   private boolean colourText;
  28
  29   @Attributes(required = false, description = "Boolean value indicating whether residues should only be shown <br/>that are different from current reference or consensus sequence")
  30   private boolean showNonconserved;
  31
  32   @Attributes(required = true, description = "The index of the group’s first residue in the alignment space")
  33   private int startRes;
  34
  35   @Attributes(required = true, description = "The index of the group’s last residue in the alignment space")
  36   private int endRes;
  37
  38   @Attributes(
  39     required = true,
  40     minItems = 1,
  41     maxItems = 2147483647,
  42     uniqueItems = true,
  43     description = "An array of the unique id's for the sequences belonging to the group")
  44   private ArrayList<String> sequenceRefs = new ArrayList<String>();
  45
  46   public String getColourScheme()
  47   {
  48     return colourScheme;
  49   }
  50
  51   public void setColourScheme(String colourScheme)
  52   {
  53     this.colourScheme = colourScheme;
  54   }
  55
  56   public String getGroupName()
  57   {
  58     return groupName;
  59   }
  60
  61   public void setGroupName(String groupName)
  62   {
  63     this.groupName = groupName;
  64   }
  65
  66   public String getDescription()
  67   {
  68     return description;
  69   }
  70
  71   public void setDescription(String description)
  72   {
  73     this.description = description;
  74   }
  75
  76   public boolean isDisplayBoxes()
  77   {
  78     return displayBoxes;
  79   }
  80
  81   public void setDisplayBoxes(boolean displayBoxes)
  82   {
  83     this.displayBoxes = displayBoxes;
  84   }
  85
  86   public boolean isDisplayText()
  87   {
  88     return displayText;
  89   }
  90
  91   public void setDisplayText(boolean displayText)
  92   {
  93     this.displayText = displayText;
  94   }
  95
  96   public boolean isColourText()
  97   {
  98     return colourText;
  99   }
 100
 101   public void setColourText(boolean colourText)
 102   {
 103     this.colourText = colourText;
 104   }
 105
 106   public boolean isShowNonconserved()
 107   {
 108     return showNonconserved;
 109   }
 110
 111   public void setShowNonconserved(boolean showNonconserved)
 112   {
 113     this.showNonconserved = showNonconserved;
 114   }
 115
 116   public int getStartRes()
 117   {
 118     return startRes;
 119   }
 120
 121   public void setStartRes(int startRes)
 122   {
 123     this.startRes = startRes;
 124   }
 125
 126   public int getEndRes()
 127   {
 128     return endRes;
 129   }
 130
 131   public void setEndRes(int endRes)
 132   {
 133     this.endRes = endRes;
 134   }
 135
 136   public ArrayList<String> getSequenceRefs()
 137   {
 138     return sequenceRefs;
 139   }
 140
 141   public void setSequenceRefs(ArrayList<String> sequenceRefs)
 142   {
 143     this.sequenceRefs = sequenceRefs;
 144   }
 145
 146
 147 }