src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequencePojo.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
  24
  25 public class SequencePojo
  26 {
  27   @Attributes(
  28     required = true,
  29     minLength = 3,
  30     maxLength = 2147483647,
  31     description = "Sequence residue characters. An aligned sequence may contain <br>one of the following gap characters â\80\9c.â\80?, â\80\9c-â\80? or â\80\9c â\80?")
  32   private String seq;
  33
  34   @Attributes(required = true, description = "Sequence name")
  35   private String name;
  36
  37   @Attributes(required = false, description = "Sequence type", enums = {
  38       "DNA", "RNA", "Protein" })
  39   private String type;
  40
  41   @Attributes(
  42     required = true,
  43     description = "Unique identifier for a given Sequence")
  44   private String id;
  45
  46   @Attributes(
  47     required = false,
  48     description = "The order/position of a sequence in the alignment space")
  49   private int order;
  50
  51   @Attributes(
  52     required = true,
  53     description = "The index of the sequence’s first residue in its source database, <br>using a one-based numbering index system")
  54   private int start;
  55
  56   @Attributes(
  57     required = true,
  58     description = "The index of the sequence’s last residue in its source database, <br>using a one-based numbering index system")
  59   private int end;
  60
  61   public SequencePojo()
  62   {
  63   }
  64
  65   public SequencePojo(int start, int end, String id, String name, String seq)
  66   {
  67     this.id = id;
  68     this.name = name;
  69     this.seq = seq;
  70   }
  71
  72   public String getSeq()
  73   {
  74     return seq;
  75   }
  76
  77   public void setSeq(String seq)
  78   {
  79     this.seq = seq;
  80   }
  81
  82   public String getName()
  83   {
  84
  85     return name;
  86   }
  87
  88   public void setName(String name)
  89   {
  90     this.name = name;
  91   }
  92
  93   public String getId()
  94   {
  95     return id;
  96   }
  97
  98   public void setId(String id)
  99   {
 100     this.id = id;
 101   }
 102
 103   public int getStart()
 104   {
 105     return start;
 106   }
 107
 108   public void setStart(int start)
 109   {
 110     this.start = start;
 111   }
 112
 113   public int getEnd()
 114   {
 115     return end;
 116   }
 117
 118   public void setEnd(int end)
 119   {
 120     this.end = end;
 121   }
 122
 123   public int getOrder()
 124   {
 125     return order;
 126   }
 127
 128   public void setOrder(int order)
 129   {
 130     this.order = order;
 131   }
 132
 133   public String getType()
 134   {
 135     return type;
 136   }
 137
 138   public void setType(String type)
 139   {
 140     this.type = type;
 141   }
 142
 143 }