src/jalview/json/binding/v1/JalviewSettingsPojo.java

   1 package jalview.json.binding.v1;
   2
   3 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
   4 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
   5 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
   6 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
   7 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
   8 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
   9 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  10 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  11 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;
  12 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  13 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  14 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  15 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  16
  17 public class JalviewSettingsPojo
  18 {
  19   private String svid = "1.0";
  20
  21   private String globalColorScheme = "none";
  22
  23   private String jalviewVersion;
  24
  25   private String webStartUrl;
  26
  27   private boolean showSeqFeatures;
  28
  29   private boolean wrapModeEnabled;
  30
  31   public JalviewSettingsPojo()
  32   {
  33
  34   }
  35
  36   public String getGlobalColorScheme()
  37   {
  38     return globalColorScheme;
  39   }
  40
  41   public void setGlobalColorScheme(String globalColorScheme)
  42   {
  43     for (JalviewBioJsColorSchemeMapper cs : JalviewBioJsColorSchemeMapper
  44             .values())
  45     {
  46       if (cs.getJalviewName().equals(globalColorScheme))
  47       {
  48         this.globalColorScheme = cs.getBioJsName();
  49         break;
  50       }
  51     }
  52   }
  53
  54   public String getJalviewVersion()
  55   {
  56     return jalviewVersion;
  57   }
  58
  59   public void setJalviewVersion(String jalviewVersion)
  60   {
  61     this.jalviewVersion = jalviewVersion;
  62   }
  63
  64   public String getWebStartUrl()
  65   {
  66     return webStartUrl;
  67   }
  68
  69   public void setWebStartUrl(String webStartUrl)
  70   {
  71     this.webStartUrl = webStartUrl;
  72   }
  73
  74   public boolean isShowSeqFeatures()
  75   {
  76     return showSeqFeatures;
  77   }
  78
  79   public void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
  80   {
  81     this.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
  82   }
  83
  84   public boolean isWrapModeEnabled()
  85   {
  86     return wrapModeEnabled;
  87   }
  88
  89   public void setWrapModeEnabled(boolean wrapModeEnabled)
  90   {
  91     this.wrapModeEnabled = wrapModeEnabled;
  92   }
  93
  94   public enum JalviewBioJsColorSchemeMapper
  95   {
  96     USER_DEFINED("User Defined", "user defined", null), NONE("None", "foo",
  97             null), CLUSTAL("Clustal", "clustal", null), ZAPPO("Zappo",
  98             "zappo", new ZappoColourScheme()), TAYLOR("Taylor", "taylor",
  99             new TaylorColourScheme()), NUCLEOTIDE("Nucleotide",
 100             "nucleotide", new NucleotideColourScheme()), PURINE_PYRIMIDINE(
 101             "Purine/Pyrimidine", "purine",
 102             new PurinePyrimidineColourScheme()), HELIX_PROPENCITY(
 103             "Helix Propensity", "helix", new HelixColourScheme()), TURN_PROPENSITY(
 104             "Turn Propensity", "turn", new TurnColourScheme()), STRAND_PROPENSITY(
 105             "Strand Propensity", "strand", new StrandColourScheme()), BURIED_INDEX(
 106             "Buried Index", "buried", new BuriedColourScheme()), HYDROPHOBIC(
 107             "Hydrophobic", "hydro", new HydrophobicColourScheme()),
 108
 109     // The color types below are not yet supported by BioJs MSA viewer
 110     T_COFFE_SCORES("T-Coffee Scores", "T-Coffee Scores", null), RNA_INT_TYPE(
 111             "RNA Interaction type", "RNA Interaction type",
 112             new RNAInteractionColourScheme()), BLOSUM62("Blosum62",
 113             "Blosum62", new Blosum62ColourScheme()), RNA_HELICES(
 114             "RNA Helices", "RNA Helices", null), PERCENTAGE_IDENTITY(
 115             "% Identity", "pid", new PIDColourScheme());
 116
 117     private String jalviewName;
 118
 119     private String bioJsName;
 120
 121     private ColourSchemeI jvColourScheme;
 122
 123     private JalviewBioJsColorSchemeMapper(String jalviewName,
 124             String bioJsName, ColourSchemeI jvColourScheme)
 125     {
 126       this.jalviewName = jalviewName;
 127       this.bioJsName = bioJsName;
 128       this.setJvColourScheme(jvColourScheme);
 129     }
 130
 131     public String getJalviewName()
 132     {
 133       return jalviewName;
 134     }
 135
 136     public String getBioJsName()
 137     {
 138       return bioJsName;
 139     }
 140
 141     public ColourSchemeI getJvColourScheme()
 142     {
 143       return jvColourScheme;
 144     }
 145
 146     public void setJvColourScheme(ColourSchemeI jvColourScheme)
 147     {
 148       this.jvColourScheme = jvColourScheme;
 149     }
 150
 151   }
 152
 153   public String getSvid()
 154   {
 155     return svid;
 156   }
 157
 158 }