src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.bin.Jalview;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  30 import jalview.datamodel.Annotation;
  31 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  32 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  33 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  35 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  38 import jalview.util.Platform;
  39
  40 import java.awt.BasicStroke;
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.awt.Font;
  43 import java.awt.FontMetrics;
  44 import java.awt.Graphics;
  45 import java.awt.Graphics2D;
  46 import java.awt.Image;
  47 import java.awt.geom.AffineTransform;
  48 import java.awt.image.ImageObserver;
  49 import java.util.BitSet;
  50 import java.util.Hashtable;
  51
  52 public class AnnotationRenderer
  53 {
  54   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  55
  56   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  57
  58   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  59
  60   /**
  61    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  62    */
  63   private final boolean debugRedraw;
  64
  65   private int charWidth, endRes, charHeight;
  66
  67   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  68
  69   private FontMetrics fm;
  70
  71   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  72
  73   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  74           av_normaliseProfile = false;
  75
  76   ResidueShaderI profcolour = null;
  77
  78   private ColumnSelection columnSelection;
  79
  80   private HiddenColumns hiddenColumns;
  81
  82   private ProfilesI hconsensus;
  83
  84   private Hashtable[] complementConsensus;
  85
  86   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  87
  88   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  89
  90   /**
  91    * attributes set from AwtRenderPanelI
  92    */
  93   /**
  94    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  95    * rendered
  96    */
  97   private Image fadedImage;
  98
  99   /**
 100    * panel being rendered into
 101    */
 102   private ImageObserver annotationPanel;
 103
 104   /**
 105    * width of image to render in panel
 106    */
 107   private int imgWidth;
 108
 109   /**
 110    * offset to beginning of visible area
 111    */
 112   private int sOffset;
 113
 114   /**
 115    * offset to end of visible area
 116    */
 117   private int visHeight;
 118
 119   /**
 120    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 121    * annotation given the current view settings
 122    */
 123   private boolean useClip = true;
 124
 125   /**
 126    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 127    * jalview 2.8.1
 128    */
 129   private boolean canClip = false;
 130
 131   public AnnotationRenderer()
 132   {
 133     this(false);
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Create a new annotation Renderer
 138    *
 139    * @param debugRedraw
 140    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 141    *          output
 142    */
 143   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 144   {
 145     this.debugRedraw = debugRedraw;
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 150    */
 151   public void dispose()
 152   {
 153     hconsensus = null;
 154     complementConsensus = null;
 155     hStrucConsensus = null;
 156     fadedImage = null;
 157     annotationPanel = null;
 158   }
 159
 160   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 161           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 162           boolean validRes, boolean validEnd)
 163   {
 164     g.setColor(STEM_COLOUR);
 165     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 166             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 167     int x1 = lastSSX;
 168     int x2 = (x * charWidth);
 169
 170     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 171             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 172
 173     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 174             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 175     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 176             || row_annotations[column] == null
 177             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 178
 179     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 180     {
 181       if (diffupstream)
 182       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 183       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 184       {
 185         /*
 186          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 187          * display a backward arrow
 188          */
 189         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 190                 new int[]
 191                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 192                 3);
 193         x1 += 5;
 194       }
 195       if (diffdownstream)
 196       {
 197         x2 -= 1;
 198       }
 199     }
 200     else
 201     {
 202       // display a forward arrow
 203       if (diffdownstream)
 204       {
 205         /*
 206          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 207          * display a forward arrow
 208          */
 209         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 210                 new int[]
 211                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 212                 3);
 213         x2 -= 5;
 214       }
 215       if (diffupstream)
 216       {
 217         x1 += 1;
 218       }
 219     }
 220     // draw arrow body
 221     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 222   }
 223
 224   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 225           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 226           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 227           boolean validEnd)
 228   {
 229     // System.out.println(nonCanColor);
 230
 231     g.setColor(nonCanColor);
 232     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 233             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 234     int x1 = lastSSX;
 235     int x2 = (x * charWidth);
 236
 237     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 238             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 239
 240     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 241             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 242     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 243             || row_annotations[column] == null
 244             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 245     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+"
 246     // down:"+diffdownstream);
 247     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 248     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 249     {
 250
 251       if (diffupstream)
 252       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 253       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 254       {
 255         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 256                 new int[]
 257                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 258                 3);
 259         x1 += 5;
 260       }
 261       if (diffdownstream)
 262       {
 263         x2 -= 1;
 264       }
 265     }
 266     else
 267     {
 268
 269       // display a forward arrow
 270       if (diffdownstream)
 271       {
 272         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 273                 new int[]
 274                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 275                 3);
 276         x2 -= 5;
 277       }
 278       if (diffupstream)
 279       {
 280         x1 += 1;
 281       }
 282     }
 283     // draw arrow body
 284     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 285   }
 286
 287   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 288   // av)
 289   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 290           AlignViewportI av)
 291   {
 292     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 293     annotationPanel = annotPanel;
 294     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 295     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 296     // visible area for rendering
 297     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 298     if (bounds != null)
 299     {
 300       sOffset = bounds[0];
 301       visHeight = bounds[1];
 302       if (visHeight == 0)
 303       {
 304         useClip = false;
 305       }
 306       else
 307       {
 308         useClip = canClip;
 309       }
 310     }
 311     else
 312     {
 313       useClip = false;
 314     }
 315
 316     updateFromAlignViewport(av);
 317   }
 318
 319   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 320   {
 321     charWidth = av.getCharWidth();
 322     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 323     charHeight = av.getCharHeight();
 324     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 325     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 326     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 327     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 328     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 329     profcolour = av.getResidueShading();
 330     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 331     {
 332       /*
 333        * Use default colour for sequence logo if
 334        * the alignment has no colourscheme set
 335        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 336        */
 337       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
 338               ? new NucleotideColourScheme()
 339               : new ZappoColourScheme();
 340       profcolour = new ResidueShader(col);
 341     }
 342     columnSelection = av.getColumnSelection();
 343     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 344     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 345     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 346     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 347     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 348   }
 349
 350   /**
 351    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 352    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 353    * depend on the profile type.
 354    *
 355    * @param aa
 356    * @param column
 357    * @return
 358    */
 359   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 360   {
 361     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 362     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 363     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 364     //
 365     if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith("Consensus")
 366             || aa.label.startsWith("cDNA Consensus")))
 367     {
 368       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 369       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 370               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 371       {
 372         // TODO? group consensus for cDNA complement
 373         return AAFrequency.extractProfile(
 374                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 375                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 376       }
 377       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 378       // be stored
 379       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 380       {
 381         if (forComplement)
 382         {
 383           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
 384                   av_ignoreGapsConsensus);
 385         }
 386         else
 387         {
 388           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 389                   av_ignoreGapsConsensus);
 390         }
 391       }
 392     }
 393     else
 394     {
 395       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 396       {
 397         // TODO implement group structure consensus
 398         /*
 399          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 400          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 401          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 402          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 403          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 404          */
 405         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 406         // to
 407         // be stored
 408         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 409                 && hStrucConsensus != null
 410                 && hStrucConsensus.length > column)
 411         {
 412           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 413                   av_ignoreGapsConsensus);
 414         }
 415       }
 416     }
 417     return null;
 418   }
 419
 420   boolean rna = false;
 421
 422   /**
 423    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 424    *
 425    * @param annotPanel
 426    *          container frame
 427    * @param av
 428    *          data and view settings to render
 429    * @param g
 430    *          destination for graphics
 431    * @param activeRow
 432    *          row where a mouse event occured (or -1)
 433    * @param startRes
 434    *          first column that will be drawn
 435    * @param endRes
 436    *          last column that will be drawn
 437    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 438    *         currently being calculated
 439    */
 440   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 441           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 442           int endRes)
 443   {
 444     long stime = System.currentTimeMillis();
 445     boolean usedFaded = false;
 446     // NOTES:
 447     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 448     // AlignViewport
 449     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 450     fm = g.getFontMetrics();
 451     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 452     int temp = 0;
 453     if (aa == null)
 454     {
 455       return false;
 456     }
 457     int x = 0, y = 0;
 458     int column = 0;
 459     char lastSS;
 460     int lastSSX;
 461     int iconOffset = 0;
 462     boolean validRes = false;
 463     boolean validEnd = false;
 464     boolean labelAllCols = false;
 465     boolean centreColLabels;
 466     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 467     boolean scaleColLabel = false;
 468     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 469             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 470     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 471             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 472     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 473             .getComplementConsensusAnnotation();
 474     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true,
 475             normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 476
 477     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 478     int charOffset = 0; // offset for a label
 479     // \u03B2 \u03B1
 480     // debug ints
 481     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 482     boolean clipst = false, clipend = false;
 483     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 484     {
 485       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 486       isRNA = row.isRNA();
 487       {
 488         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 489         // settings appropriately
 490         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 491         // data
 492         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 493         {
 494           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 495           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 496           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 497         }
 498         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 499                 || row == complementConsensusAnnot)
 500         {
 501           renderHistogram = av_renderHistogram;
 502           renderProfile = av_renderProfile;
 503           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 504         }
 505         else
 506         {
 507           renderHistogram = true;
 508           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 509           // currently used in any other annotation track renderer
 510         }
 511       }
 512       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 513       if (!row.visible)
 514       {
 515         continue;
 516       }
 517       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 518       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 519       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 520       lastSS = ' ';
 521       lastSSX = 0;
 522
 523       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
 524               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 525       {// if_in_visible_region
 526         if (!clipst)
 527         {
 528           clipst = true;
 529           yfrom = y;
 530           f_i = i;
 531         }
 532         yto = y;
 533         f_to = i;
 534         if (row.graph > 0)
 535         {
 536           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 537           {
 538             continue;
 539           }
 540
 541           // this is so that we draw the characters below the graph
 542           y += row.height;
 543
 544           if (row.hasText)
 545           {
 546             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 547             y -= charHeight;
 548           }
 549         }
 550         else if (row.hasText)
 551         {
 552           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 553
 554         }
 555         else
 556         {
 557           iconOffset = 0;
 558         }
 559
 560         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 561         {
 562           y += charHeight;
 563           usedFaded = true;
 564           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
 565                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 566           g.setColor(Color.black);
 567           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 568
 569           continue;
 570         }
 571
 572         /*
 573          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 574          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 575          *
 576          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 577          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 578          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 579          *
 580          * g.setColor(Color.black); //
 581          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 582          *
 583          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 584          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 585          *
 586          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 587          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 588          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 589          * g.setColor(Color.black); // /
 590          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 591          *
 592          * continue; }
 593          */
 594         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 595         // column
 596         // of startRes
 597         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 598         while (x < endRes - startRes)
 599         {
 600           if (hasHiddenColumns)
 601           {
 602             column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes + x);
 603             if (column > row_annotations.length - 1)
 604             {
 605               break;
 606             }
 607           }
 608           else
 609           {
 610             column = startRes + x;
 611           }
 612
 613           if ((row_annotations == null)
 614                   || (row_annotations.length <= column)
 615                   || (row_annotations[column] == null))
 616           {
 617             validRes = false;
 618           }
 619           else
 620           {
 621             validRes = true;
 622           }
 623           final String displayChar = validRes
 624                   ? row_annotations[column].displayCharacter
 625                   : null;
 626           if (x > -1)
 627           {
 628             if (activeRow == i)
 629             {
 630               g.setColor(Color.red);
 631
 632               if (columnSelection != null)
 633               {
 634                 if (columnSelection.contains(column))
 635                 {
 636                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 637                 }
 638               }
 639             }
 640             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 641             {
 642               g.setColor(Color.orange);
 643               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 644             }
 645             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 646             {
 647               g.setColor(Color.orange.darker());
 648               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 649             }
 650             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 651                     && (displayChar.length() > 0))
 652             {
 653               Graphics2D gg = ((Graphics2D) g);
 654               AffineTransform oldTransform = gg.getTransform();
 655               float fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 656                       displayChar.length());
 657
 658               /*
 659                * shrink label width to fit in column, if that is
 660                * both configured and necessary
 661                */
 662               boolean scaledToFit = false;
 663               float fmScaling = 1f;
 664               if (scaleColLabel && fmWidth > charWidth)
 665               {
 666                 scaledToFit = true;
 667                 fmScaling = charWidth;
 668                 fmScaling /= fmWidth;
 669                 // and update the label's width to reflect the scaling.
 670                 fmWidth = charWidth;
 671               }
 672
 673               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 674
 675               if (row_annotations[column].colour == null)
 676               {
 677                 gg.setColor(Color.black);
 678               }
 679               else
 680               {
 681                 gg.setColor(row_annotations[column].colour);
 682               }
 683
 684               /*
 685                * draw the label, unless it is the same secondary structure
 686                * symbol (excluding RNA Helix) as the previous column
 687                */
 688               final int xPos = (x * charWidth) + charOffset;
 689               final int yPos = y + iconOffset;
 690               gg.translate(xPos, yPos);
 691               if (scaledToFit)
 692               {
 693                 /*
 694                  * use a scaling transform to make the label narrower
 695                  * (JalviewJS doesn't have Font.deriveFont(AffineTransform))
 696                  */
 697                 gg.transform(
 698                         AffineTransform.getScaleInstance(fmScaling, 1.0));
 699               }
 700               if (column == 0 || row.graph > 0)
 701               {
 702                 gg.drawString(displayChar, 0, 0);
 703               }
 704               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
 705                       || !displayChar.equals(
 706                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
 707                       || (displayChar.length() < 2
 708                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 709               {
 710                 gg.drawString(displayChar, 0, 0);
 711               }
 712               gg.translate(-xPos, -yPos);
 713               gg.setTransform(oldTransform);
 714             }
 715           }
 716           if (row.hasIcons)
 717           {
 718             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 719                     : '-';
 720
 721             if (ss == '(')
 722             {
 723               // distinguish between forward/backward base-pairing
 724               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 725               {
 726
 727                 ss = ')';
 728
 729               }
 730             }
 731             if (ss == '[')
 732             {
 733               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 734               {
 735                 ss = ']';
 736
 737               }
 738             }
 739             if (ss == '{')
 740             {
 741               // distinguish between forward/backward base-pairing
 742               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 743               {
 744                 ss = '}';
 745
 746               }
 747             }
 748             if (ss == '<')
 749             {
 750               // distinguish between forward/backward base-pairing
 751               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 752               {
 753                 ss = '>';
 754
 755               }
 756             }
 757             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 758             {
 759               // distinguish between forward/backward base-pairing
 760               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 761               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 762               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 763               {
 764                 ss = (char) ssLowerCase;
 765               }
 766             }
 767
 768             if (!validRes || (ss != lastSS))
 769             {
 770
 771               if (x > -1)
 772               {
 773
 774                 int nb_annot = x - temp;
 775                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre
 776                 // annot :"+nb_annot);
 777                 switch (lastSS)
 778                 {
 779                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 780                 case ')': // and opposite direction
 781                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 782                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 783                   temp = x;
 784                   break;
 785
 786                 case 'H':
 787                   if (!isRNA)
 788                   {
 789                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 790                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 791                             validEnd);
 792                     break;
 793                   }
 794                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 795                 case 'E':
 796                   if (!isRNA)
 797                   {
 798                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 799                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 800                             validEnd);
 801                     break;
 802                   }
 803                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 804
 805                 case '{':
 806                 case '}':
 807                 case '[':
 808                 case ']':
 809                 case '>':
 810                 case '<':
 811                 case 'A':
 812                 case 'a':
 813                 case 'B':
 814                 case 'b':
 815                 case 'C':
 816                 case 'c':
 817                 case 'D':
 818                 case 'd':
 819                 case 'e':
 820                 case 'F':
 821                 case 'f':
 822                 case 'G':
 823                 case 'g':
 824                 case 'h':
 825                 case 'I':
 826                 case 'i':
 827                 case 'J':
 828                 case 'j':
 829                 case 'K':
 830                 case 'k':
 831                 case 'L':
 832                 case 'l':
 833                 case 'M':
 834                 case 'm':
 835                 case 'N':
 836                 case 'n':
 837                 case 'O':
 838                 case 'o':
 839                 case 'P':
 840                 case 'p':
 841                 case 'Q':
 842                 case 'q':
 843                 case 'R':
 844                 case 'r':
 845                 case 'S':
 846                 case 's':
 847                 case 'T':
 848                 case 't':
 849                 case 'U':
 850                 case 'u':
 851                 case 'V':
 852                 case 'v':
 853                 case 'W':
 854                 case 'w':
 855                 case 'X':
 856                 case 'x':
 857                 case 'Y':
 858                 case 'y':
 859                 case 'Z':
 860                 case 'z':
 861
 862                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 863                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 864                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 865                           validRes, validEnd);
 866                   temp = x;
 867                   break;
 868                 default:
 869                   g.setColor(Color.gray);
 870                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 871                           (x * charWidth) - lastSSX, 2);
 872                   temp = x;
 873                   break;
 874                 }
 875               }
 876               if (validRes)
 877               {
 878                 lastSS = ss;
 879               }
 880               else
 881               {
 882                 lastSS = ' ';
 883               }
 884               if (x > -1)
 885               {
 886                 lastSSX = (x * charWidth);
 887               }
 888             }
 889           }
 890           column++;
 891           x++;
 892         }
 893         if (column >= row_annotations.length)
 894         {
 895           column = row_annotations.length - 1;
 896           validEnd = false;
 897         }
 898         else
 899         {
 900           validEnd = true;
 901         }
 902         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 903                 || (row_annotations[column] == null))
 904         {
 905           validRes = false;
 906         }
 907         else
 908         {
 909           validRes = true;
 910         }
 911         // x ++;
 912
 913         if (row.hasIcons)
 914         {
 915           switch (lastSS)
 916           {
 917
 918           case 'H':
 919             if (!isRNA)
 920             {
 921               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 922                       startRes, column, validRes, validEnd);
 923               break;
 924             }
 925             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 926
 927           case 'E':
 928             if (!isRNA)
 929             {
 930               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 931                       startRes, column, validRes, validEnd);
 932               break;
 933             }
 934             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 935
 936           case '(':
 937           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 938
 939             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 940                     startRes, column, validRes, validEnd);
 941
 942             break;
 943           case '{':
 944           case '}':
 945           case '[':
 946           case ']':
 947           case '>':
 948           case '<':
 949           case 'A':
 950           case 'a':
 951           case 'B':
 952           case 'b':
 953           case 'C':
 954           case 'c':
 955           case 'D':
 956           case 'd':
 957           case 'e':
 958           case 'F':
 959           case 'f':
 960           case 'G':
 961           case 'g':
 962           case 'h':
 963           case 'I':
 964           case 'i':
 965           case 'J':
 966           case 'j':
 967           case 'K':
 968           case 'k':
 969           case 'L':
 970           case 'l':
 971           case 'M':
 972           case 'm':
 973           case 'N':
 974           case 'n':
 975           case 'O':
 976           case 'o':
 977           case 'P':
 978           case 'p':
 979           case 'Q':
 980           case 'q':
 981           case 'R':
 982           case 'r':
 983           case 'T':
 984           case 't':
 985           case 'U':
 986           case 'u':
 987           case 'V':
 988           case 'v':
 989           case 'W':
 990           case 'w':
 991           case 'X':
 992           case 'x':
 993           case 'Y':
 994           case 'y':
 995           case 'Z':
 996           case 'z':
 997             // System.out.println(lastSS);
 998             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 999             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
1000                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
1001             break;
1002           default:
1003             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
1004                     startRes, column, validRes, validEnd);
1005             break;
1006           }
1007         }
1008
1009         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1010         {
1011           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1012           {
1013             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1014             {
1015               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1016               // computed efficiently for all visible labels
1017               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1018               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1019               {
1020                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1021                 {
1022                   continue;
1023                 }
1024
1025                 if (aa[gg] != row)
1026                 {
1027                   aa[gg].visible = false;
1028                 }
1029                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1030                 {
1031                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1032                 }
1033                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1034                 {
1035                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1036                 }
1037               }
1038
1039               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1040               {
1041                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1042                 {
1043                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1044                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1045                 }
1046               }
1047
1048               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1049             }
1050             else
1051             {
1052               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1053                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1054             }
1055           }
1056           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1057           {
1058             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1059                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1060                     renderProfile, normaliseProfile);
1061           }
1062         }
1063       }
1064       else
1065       {
1066         if (clipst && !clipend)
1067         {
1068           clipend = true;
1069         }
1070       } // end if_in_visible_region
1071       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1072       {
1073         y += charHeight;
1074       }
1075
1076       if (row.graph == 0)
1077       {
1078         y += aa[i].height;
1079       }
1080     }
1081     if (debugRedraw)
1082     {
1083       if (canClip)
1084       {
1085         if (clipst)
1086         {
1087           System.err.println(
1088                   "Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1089         }
1090         if (clipend)
1091         {
1092           System.err.println(
1093                   "End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1094         }
1095       }
1096       ;
1097       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1098               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1099     }
1100     ;
1101
1102     return !usedFaded;
1103   }
1104
1105   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1106
1107   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1108
1109   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1110
1111   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1112
1113   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1114
1115   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1116           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1117           boolean validEnd)
1118   {
1119     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1120     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1121   }
1122
1123   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1124
1125           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1126           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1127   {
1128     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1129
1130     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1131             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1132     {
1133       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX - 4,
1134               7);
1135       g.fillPolygon(
1136               new int[]
1137               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1138               new int[]
1139               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1140               3);
1141     }
1142     else
1143     {
1144       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth - lastSSX,
1145               7);
1146     }
1147
1148   }
1149
1150   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1151           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1152           boolean validEnd)
1153   {
1154     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1155
1156     int sCol = (lastSSX / charWidth)
1157             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
1158     int x1 = lastSSX;
1159     int x2 = (x * charWidth);
1160
1161     if (MAC)
1162     {
1163       int ofs = charWidth / 2;
1164       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1165       // to offscreen image on the MAC
1166       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1167       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1168               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1169       {
1170       }
1171       else
1172       {
1173         // g.setColor(Color.orange);
1174         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1175                 0, 0);
1176       }
1177       if (!validRes || row[column] == null
1178               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1179       {
1180
1181       }
1182       else
1183       {
1184         // g.setColor(Color.magenta);
1185         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset,
1186                 x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
1187
1188       }
1189
1190       return;
1191     }
1192
1193     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1194             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1195     {
1196       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1197       x1 += charWidth / 2;
1198     }
1199
1200     if (!validRes || row[column] == null
1201             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1202     {
1203       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1204               8, 270, 180);
1205       x2 -= charWidth / 2;
1206     }
1207
1208     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1209   }
1210
1211   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1212           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1213           float max, int graphHeight)
1214   {
1215     if (sRes > aa_annotations.length)
1216     {
1217       return;
1218     }
1219
1220     int x = 0;
1221
1222     // Adjustment for fastpaint to left
1223     if (eRes < endRes)
1224     {
1225       eRes++;
1226     }
1227
1228     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1229
1230     if (sRes == 0)
1231     {
1232       x++;
1233     }
1234
1235     int y1 = y, y2 = y;
1236     float range = max - min;
1237
1238     // //Draw origin
1239     if (min < 0)
1240     {
1241       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1242     }
1243
1244     g.setColor(Color.gray);
1245     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1246
1247     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1248
1249     int column;
1250     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1251
1252     while (x < eRes - sRes)
1253     {
1254       column = sRes + x;
1255       if (hasHiddenColumns)
1256       {
1257         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1258       }
1259
1260       if (column > aaMax)
1261       {
1262         break;
1263       }
1264
1265       if (aa_annotations[column] == null
1266               || aa_annotations[column - 1] == null)
1267       {
1268         x++;
1269         continue;
1270       }
1271
1272       if (aa_annotations[column].colour == null)
1273       {
1274         g.setColor(Color.black);
1275       }
1276       else
1277       {
1278         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1279       }
1280
1281       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range)
1282               * graphHeight);
1283       y2 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1284               * graphHeight);
1285
1286       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1,
1287               x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1288       x++;
1289     }
1290
1291     if (_aa.threshold != null)
1292     {
1293       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1294       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1295       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1296               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1297               { 5f, 3f }, 0f));
1298
1299       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1300       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1301       g2.setStroke(new BasicStroke());
1302     }
1303   }
1304
1305   @SuppressWarnings("unused")
1306   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1307           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1308           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1309           boolean normaliseProfile)
1310   {
1311     if (sRes > aa_annotations.length)
1312     {
1313       return;
1314     }
1315     Font ofont = g.getFont();
1316     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1317
1318     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1319
1320     float range = max - min;
1321
1322     if (min < 0)
1323     {
1324       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1325     }
1326
1327     g.setColor(Color.gray);
1328
1329     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1330
1331     int column;
1332     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1333     while (x < eRes - sRes)
1334     {
1335       column = sRes + x;
1336       if (hasHiddenColumns)
1337       {
1338         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1339       }
1340
1341       if (column > aaMax)
1342       {
1343         break;
1344       }
1345
1346       if (aa_annotations[column] == null)
1347       {
1348         x++;
1349         continue;
1350       }
1351       if (aa_annotations[column].colour == null)
1352       {
1353         g.setColor(Color.black);
1354       }
1355       else
1356       {
1357         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1358       }
1359
1360       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1361               * _aa.graphHeight);
1362
1363       if (renderHistogram)
1364       {
1365         if (y1 - y2 > 0)
1366         {
1367           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1368         }
1369         else
1370         {
1371           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1372         }
1373       }
1374       // draw profile if available
1375       if (renderProfile)
1376       {
1377
1378         /*
1379          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1380          */
1381         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1382
1383         // just try to draw the logo if profl is not null
1384         if (profl != null && profl[2] != 0)
1385         {
1386           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1387           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1388           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1389           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1390
1391           /**
1392            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1393            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1394            */
1395           char[] dc = new char[isStructureProfile ? 2
1396                   : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1397
1398           // lm is not necessary - we can just use fm - could be off by no more
1399           // than 0.5 px
1400           // LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1401           // System.out.println(asc + " " + dec + " " + (asc - lm.getAscent())
1402           // + " " + (dec - lm.getDescent()));
1403
1404           double asc = fm.getAscent();
1405           double dec = fm.getDescent();
1406           double fht = fm.getHeight();
1407
1408           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1409           // float ofontHeight = 1f / fm.getAscent();// magnify to fill box
1410
1411           /*
1412            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1413            */
1414
1415           float ht2 = ht;
1416
1417           // profl[1] is the number of values in the profile
1418           for (int i = 0, c = 3, last = profl[1]; i < last; i++)
1419           {
1420
1421             String s;
1422             if (isStructureProfile)
1423             {
1424               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1425               dc[0] = (char) profl[c++];
1426               dc[1] = (char) profl[c++];
1427               s = new String(dc);
1428             }
1429             else if (isCdnaProfile)
1430             {
1431               CodingUtils.decodeCodon2(profl[c++], dc);
1432               s = new String(dc);
1433             }
1434             else
1435             {
1436               dc[0] = (char) profl[c++];
1437               s = new String(dc);
1438             }
1439             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1440
1441             double newHeight = htn * scale * profl[c++];
1442
1443             /*
1444              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1445              * codon translation if a cDNA profile
1446              */
1447             Color colour = null;
1448             if (isCdnaProfile)
1449             {
1450               final String codonTranslation = ResidueProperties
1451                       .codonTranslate(s);
1452               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1453                       column, null);
1454             }
1455             else
1456             {
1457               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1458             }
1459             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1460
1461             // Debug - render boxes around characters
1462             // g.setColor(Color.red);
1463             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1464             // (int)(scl));
1465             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1466
1467             double sx = 1f * charWidth / fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1468             double sy = newHeight / asc;
1469             double newAsc = asc * sy;
1470             double newDec = dec * sy;
1471             // it is not necessary to recalculate lm for the new font.
1472             // note: lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]) must be 0
1473             // by definition. Was:
1474             // int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec);
1475             // - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1476
1477             if (Jalview.isJS())
1478             {
1479               /*
1480                * SwingJS does not implement font.deriveFont()
1481                * so use a scaling transform to draw instead,
1482                * this is off by a very small amount
1483                */
1484               final int hght = (int) (ht2 + (newAsc - newDec));
1485               Graphics2D gg = (Graphics2D) g.create();
1486               gg.setFont(ofont);
1487               int xShift = (int) (x * charWidth / sx);
1488               int yShift = (int) (hght / sy);
1489               gg.transform(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1490               gg.drawString(s, xShift, yShift);
1491               gg.dispose();
1492               ht2 += newHeight;
1493             }
1494             else
1495             {
1496               final int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec));
1497               Font font = ofont
1498                       .deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1499               g.setFont(font);
1500               g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, hght);
1501               ht += newHeight;
1502             }
1503           }
1504           g.setFont(ofont);
1505         }
1506       }
1507       x++;
1508     }
1509     if (_aa.threshold != null)
1510     {
1511       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1512       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1513       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1514               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1515       { 5f, 3f }, 0f));
1516
1517       y2 = (int) (y
1518               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1519       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1520       g2.setStroke(new BasicStroke());
1521     }
1522   }
1523
1524   // used by overview window
1525   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1526           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1527   {
1528     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1529     g.setColor(Color.white);
1530     g.fillRect(0, 0, width, y);
1531     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1532
1533     int x = 0, height;
1534
1535     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1536     {
1537       if (aa_annotations[j] != null)
1538       {
1539         if (aa_annotations[j].colour == null)
1540         {
1541           g.setColor(Color.black);
1542         }
1543         else
1544         {
1545           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1546         }
1547
1548         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1549         if (height > y)
1550         {
1551           height = y;
1552         }
1553
1554         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1555       }
1556       x += charWidth;
1557     }
1558   }
1559
1560   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1561   {
1562     switch (lastss)
1563     {
1564     case '{':
1565     case '}':
1566       return new Color(255, 125, 5);
1567
1568     case '[':
1569     case ']':
1570       return new Color(245, 115, 10);
1571
1572     case '>':
1573     case '<':
1574       return new Color(235, 135, 15);
1575
1576     case 'A':
1577     case 'a':
1578       return new Color(225, 105, 20);
1579
1580     case 'B':
1581     case 'b':
1582       return new Color(215, 145, 30);
1583
1584     case 'C':
1585     case 'c':
1586       return new Color(205, 95, 35);
1587
1588     case 'D':
1589     case 'd':
1590       return new Color(195, 155, 45);
1591
1592     case 'E':
1593     case 'e':
1594       return new Color(185, 85, 55);
1595
1596     case 'F':
1597     case 'f':
1598       return new Color(175, 165, 65);
1599
1600     case 'G':
1601     case 'g':
1602       return new Color(170, 75, 75);
1603
1604     case 'H':
1605     case 'h':
1606       return new Color(160, 175, 85);
1607
1608     case 'I':
1609     case 'i':
1610       return new Color(150, 65, 95);
1611
1612     case 'J':
1613     case 'j':
1614       return new Color(140, 185, 105);
1615
1616     case 'K':
1617     case 'k':
1618       return new Color(130, 55, 110);
1619
1620     case 'L':
1621     case 'l':
1622       return new Color(120, 195, 120);
1623
1624     case 'M':
1625     case 'm':
1626       return new Color(110, 45, 130);
1627
1628     case 'N':
1629     case 'n':
1630       return new Color(100, 205, 140);
1631
1632     case 'O':
1633     case 'o':
1634       return new Color(90, 35, 150);
1635
1636     case 'P':
1637     case 'p':
1638       return new Color(85, 215, 160);
1639
1640     case 'Q':
1641     case 'q':
1642       return new Color(75, 25, 170);
1643
1644     case 'R':
1645     case 'r':
1646       return new Color(65, 225, 180);
1647
1648     case 'S':
1649     case 's':
1650       return new Color(55, 15, 185);
1651
1652     case 'T':
1653     case 't':
1654       return new Color(45, 235, 195);
1655
1656     case 'U':
1657     case 'u':
1658       return new Color(35, 5, 205);
1659
1660     case 'V':
1661     case 'v':
1662       return new Color(25, 245, 215);
1663
1664     case 'W':
1665     case 'w':
1666       return new Color(15, 0, 225);
1667
1668     case 'X':
1669     case 'x':
1670       return new Color(10, 255, 235);
1671
1672     case 'Y':
1673     case 'y':
1674       return new Color(5, 150, 245);
1675
1676     case 'Z':
1677     case 'z':
1678       return new Color(0, 80, 255);
1679
1680     default:
1681       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1682       return null;
1683
1684     }
1685   }
1686 }