src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  32 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  33 import jalview.util.Platform;
  34
  35 import java.awt.BasicStroke;
  36 import java.awt.Color;
  37 import java.awt.Font;
  38 import java.awt.FontMetrics;
  39 import java.awt.Graphics;
  40 import java.awt.Graphics2D;
  41 import java.awt.Image;
  42 import java.awt.font.LineMetrics;
  43 import java.awt.geom.AffineTransform;
  44 import java.awt.image.ImageObserver;
  45 import java.util.BitSet;
  46 import java.util.Hashtable;
  47
  48 public class AnnotationRenderer
  49 {
  50   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  51
  52   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  53
  54   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  55
  56   /**
  57    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  58    */
  59   private final boolean debugRedraw;
  60
  61   private int charWidth, endRes, charHeight;
  62
  63   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  64
  65   private FontMetrics fm;
  66
  67   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  68
  69   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  70           av_normaliseProfile = false;
  71
  72   ColourSchemeI profcolour = null;
  73
  74   private ColumnSelection columnSelection;
  75
  76   private Hashtable[] hconsensus;
  77
  78   private Hashtable[] complementConsensus;
  79
  80   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  81
  82   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  83
  84   /**
  85    * attributes set from AwtRenderPanelI
  86    */
  87   /**
  88    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  89    * rendered
  90    */
  91   private Image fadedImage;
  92
  93   /**
  94    * panel being rendered into
  95    */
  96   private ImageObserver annotationPanel;
  97
  98   /**
  99    * width of image to render in panel
 100    */
 101   private int imgWidth;
 102
 103   /**
 104    * offset to beginning of visible area
 105    */
 106   private int sOffset;
 107
 108   /**
 109    * offset to end of visible area
 110    */
 111   private int visHeight;
 112
 113   /**
 114    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 115    * annotation given the current view settings
 116    */
 117   private boolean useClip = true;
 118
 119   /**
 120    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 121    * jalview 2.8.1
 122    */
 123   private boolean canClip = false;
 124
 125   public AnnotationRenderer()
 126   {
 127     this(false);
 128   }
 129
 130   /**
 131    * Create a new annotation Renderer
 132    *
 133    * @param debugRedraw
 134    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 135    *          output
 136    */
 137   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 138   {
 139     this.debugRedraw = debugRedraw;
 140   }
 141
 142   /**
 143    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 144    */
 145   public void dispose()
 146   {
 147     hconsensus = null;
 148     complementConsensus = null;
 149     hStrucConsensus = null;
 150     fadedImage = null;
 151     annotationPanel = null;
 152   }
 153
 154   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 155           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 156           boolean validRes, boolean validEnd)
 157   {
 158     g.setColor(STEM_COLOUR);
 159     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 160     int x1 = lastSSX;
 161     int x2 = (x * charWidth);
 162
 163     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 164             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 165
 166     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 167             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 168     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 169             || row_annotations[column] == null
 170             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 171
 172     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 173     {
 174       if (diffupstream)
 175       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 176       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 177       {
 178         /*
 179          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 180          * display a backward arrow
 181          */
 182         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 183                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 184                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 185         x1 += 5;
 186       }
 187       if (diffdownstream)
 188       {
 189         x2 -= 1;
 190       }
 191     }
 192     else
 193     {
 194       // display a forward arrow
 195       if (diffdownstream)
 196       {
 197         /*
 198          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 199          * display a forward arrow
 200          */
 201         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 202             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 203         x2 -= 5;
 204       }
 205       if (diffupstream)
 206       {
 207         x1 += 1;
 208       }
 209     }
 210     // draw arrow body
 211     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 212   }
 213
 214   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 215           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 216           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 217           boolean validEnd)
 218   {
 219     // System.out.println(nonCanColor);
 220
 221     g.setColor(nonCanColor);
 222     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 223     int x1 = lastSSX;
 224     int x2 = (x * charWidth);
 225
 226     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 227             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 228
 229     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 230             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 231     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 232             || row_annotations[column] == null
 233             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 234     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 235     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 236     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 237     {
 238
 239       if (diffupstream)
 240       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 241       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 242       {
 243         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 244                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 245                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 246         x1 += 5;
 247       }
 248       if (diffdownstream)
 249       {
 250         x2 -= 1;
 251       }
 252     }
 253     else
 254     {
 255
 256       // display a forward arrow
 257       if (diffdownstream)
 258       {
 259         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 260             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 261         x2 -= 5;
 262       }
 263       if (diffupstream)
 264       {
 265         x1 += 1;
 266       }
 267     }
 268     // draw arrow body
 269     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 270   }
 271
 272   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 273   // av)
 274   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 275           AlignViewportI av)
 276   {
 277     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 278     annotationPanel = annotPanel;
 279     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 280     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 281     // visible area for rendering
 282     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 283     if (bounds != null)
 284     {
 285       sOffset = bounds[0];
 286       visHeight = bounds[1];
 287       if (visHeight == 0)
 288       {
 289         useClip = false;
 290       }
 291       else
 292       {
 293         useClip = canClip;
 294       }
 295     }
 296     else
 297     {
 298       useClip = false;
 299     }
 300
 301     updateFromAlignViewport(av);
 302   }
 303
 304   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 305   {
 306     charWidth = av.getCharWidth();
 307     endRes = av.getEndRes();
 308     charHeight = av.getCharHeight();
 309     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 310     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 311     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 312     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 313     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 314     profcolour = av.getGlobalColourScheme();
 315     if (profcolour == null)
 316     {
 317       // Set the default colour for sequence logo if the alignnent has no
 318       // colourscheme set
 319       profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new jalview.schemes.NucleotideColourScheme()
 320               : new jalview.schemes.ZappoColourScheme();
 321     }
 322     columnSelection = av.getColumnSelection();
 323     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 324     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 325     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 326     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 327   }
 328
 329   /**
 330    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 331    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 332    * depend on the profile type.
 333    *
 334    * @param aa
 335    * @param column
 336    * @return
 337    */
 338   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 339   {
 340     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 341     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 342     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 343     //
 344     if (aa.autoCalculated
 345             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 346                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 347     {
 348       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 349       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 350               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 351       {
 352         // TODO? group consensus for cDNA complement
 353         return AAFrequency.extractProfile(
 354                 aa.groupRef.consensusData[column],
 355                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 356       }
 357       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 358       // be stored
 359       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 360       {
 361         if (forComplement)
 362         {
 363           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 364                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 365         }
 366         else
 367         {
 368           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus[column],
 369                   av_ignoreGapsConsensus);
 370         }
 371       }
 372     }
 373     else
 374     {
 375       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 376       {
 377         // TODO implement group structure consensus
 378         /*
 379          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 380          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 381          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 382          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 383          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 384          */
 385         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 386         // to
 387         // be stored
 388         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 389                 && hStrucConsensus != null
 390                 && hStrucConsensus.length > column)
 391         {
 392           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 393                   av_ignoreGapsConsensus);
 394         }
 395       }
 396     }
 397     return null;
 398   }
 399
 400   boolean rna = false;
 401
 402   /**
 403    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 404    *
 405    * @param annotPanel
 406    *          container frame
 407    * @param av
 408    *          data and view settings to render
 409    * @param g
 410    *          destination for graphics
 411    * @param activeRow
 412    *          row where a mouse event occured (or -1)
 413    * @param startRes
 414    *          first column that will be drawn
 415    * @param endRes
 416    *          last column that will be drawn
 417    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 418    *         currently being calculated
 419    */
 420   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 421           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 422           int endRes)
 423   {
 424     long stime = System.currentTimeMillis();
 425     boolean usedFaded = false;
 426     // NOTES:
 427     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 428     // AlignViewport
 429     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 430     fm = g.getFontMetrics();
 431     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 432     int temp = 0;
 433     if (aa == null)
 434     {
 435       return false;
 436     }
 437     int x = 0, y = 0;
 438     int column = 0;
 439     char lastSS;
 440     int lastSSX;
 441     int iconOffset = 0;
 442     boolean validRes = false;
 443     boolean validEnd = false;
 444     boolean labelAllCols = false;
 445     boolean centreColLabels;
 446     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 447     boolean scaleColLabel = false;
 448     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 449             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 450     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 451             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 452     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 453             .getComplementConsensusAnnotation();
 454     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 455
 456     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 457     int charOffset = 0; // offset for a label
 458     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 459     // column.
 460     Font ofont = g.getFont();
 461     // \u03B2 \u03B1
 462     // debug ints
 463     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 464     boolean clipst = false, clipend = false;
 465     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 466     {
 467       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 468       isRNA = row.isRNA();
 469       {
 470         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 471         // settings appropriately
 472         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 473         // data
 474         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 475         {
 476           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 477           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 478           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 479         }
 480         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 481                 || row == complementConsensusAnnot)
 482         {
 483           renderHistogram = av_renderHistogram;
 484           renderProfile = av_renderProfile;
 485           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 486         }
 487         else
 488         {
 489           renderHistogram = true;
 490           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 491           // currently used in any other annotation track renderer
 492         }
 493       }
 494       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 495       if (!row.visible)
 496       {
 497         continue;
 498       }
 499       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 500       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 501       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 502       lastSS = ' ';
 503       lastSSX = 0;
 504
 505       if (!useClip
 506               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 507       {// if_in_visible_region
 508         if (!clipst)
 509         {
 510           clipst = true;
 511           yfrom = y;
 512           f_i = i;
 513         }
 514         yto = y;
 515         f_to = i;
 516         if (row.graph > 0)
 517         {
 518           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 519           {
 520             continue;
 521           }
 522
 523           // this is so that we draw the characters below the graph
 524           y += row.height;
 525
 526           if (row.hasText)
 527           {
 528             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 529             y -= charHeight;
 530           }
 531         }
 532         else if (row.hasText)
 533         {
 534           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 535
 536         }
 537         else
 538         {
 539           iconOffset = 0;
 540         }
 541
 542         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 543         {
 544           y += charHeight;
 545           usedFaded = true;
 546           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 547                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 548           g.setColor(Color.black);
 549           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 550
 551           continue;
 552         }
 553
 554         /*
 555          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 556          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 557          *
 558          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 559          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 560          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 561          *
 562          * g.setColor(Color.black); //
 563          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 564          *
 565          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 566          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 567          *
 568          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 569          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 570          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 571          * g.setColor(Color.black); // /
 572          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 573          *
 574          * continue; }
 575          */
 576         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 577         // column
 578         // of startRes
 579         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 580         while (x < endRes - startRes)
 581         {
 582           if (hasHiddenColumns)
 583           {
 584             column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 585             if (column > row_annotations.length - 1)
 586             {
 587               break;
 588             }
 589           }
 590           else
 591           {
 592             column = startRes + x;
 593           }
 594
 595           if ((row_annotations == null)
 596                   || (row_annotations.length <= column)
 597                   || (row_annotations[column] == null))
 598           {
 599             validRes = false;
 600           }
 601           else
 602           {
 603             validRes = true;
 604           }
 605           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 606                   : null;
 607           if (x > -1)
 608           {
 609             if (activeRow == i)
 610             {
 611               g.setColor(Color.red);
 612
 613               if (columnSelection != null)
 614               {
 615                 if (columnSelection.contains(column))
 616                 {
 617                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 618                 }
 619               }
 620             }
 621             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 622             {
 623               g.setColor(Color.orange);
 624               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 625             }
 626             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 627             {
 628               g.setColor(Color.orange.darker());
 629               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 630             }
 631             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 632                     && (displayChar.length() > 0))
 633             {
 634
 635               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 636                       displayChar.length());
 637               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 638               {
 639                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 640                 // displayChar.length());
 641                 //
 642                 // if (scaleColLabel)
 643                 // {
 644                 // justify the label and scale to fit in column
 645                 if (fmWidth > charWidth)
 646                 {
 647                   // scale only if the current font isn't already small enough
 648                   fmScaling = charWidth;
 649                   fmScaling /= fmWidth;
 650                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 651                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 652                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 653                   fmWidth = charWidth;
 654                 }
 655                 // }
 656               }
 657               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 658               // else
 659               // {
 660               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 661               // }
 662               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 663
 664               if (row_annotations[column].colour == null)
 665               {
 666                 g.setColor(Color.black);
 667               }
 668               else
 669               {
 670                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 671               }
 672
 673               if (column == 0 || row.graph > 0)
 674               {
 675                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 676                         + iconOffset);
 677               }
 678               else if (row_annotations[column - 1] == null
 679                       || (labelAllCols
 680                               || !displayChar
 681                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 682                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 683               {
 684                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 685                         + iconOffset);
 686               }
 687               g.setFont(ofont);
 688             }
 689           }
 690           if (row.hasIcons)
 691           {
 692             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 693                     : '-';
 694
 695             if (ss == '(')
 696             {
 697               // distinguish between forward/backward base-pairing
 698               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 699               {
 700
 701                 ss = ')';
 702
 703               }
 704             }
 705             if (ss == '[')
 706             {
 707               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 708               {
 709                 ss = ']';
 710
 711               }
 712             }
 713             if (ss == '{')
 714             {
 715               // distinguish between forward/backward base-pairing
 716               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 717               {
 718                 ss = '}';
 719
 720               }
 721             }
 722             if (ss == '<')
 723             {
 724               // distinguish between forward/backward base-pairing
 725               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 726               {
 727                 ss = '>';
 728
 729               }
 730             }
 731             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 732             {
 733               // distinguish between forward/backward base-pairing
 734               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 735               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 736               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 737               {
 738                 ss = (char) ssLowerCase;
 739               }
 740             }
 741
 742             if (!validRes || (ss != lastSS))
 743             {
 744
 745               if (x > -1)
 746               {
 747
 748                 int nb_annot = x - temp;
 749                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 750                 switch (lastSS)
 751                 {
 752                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 753                 case ')': // and opposite direction
 754                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 755                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 756                   temp = x;
 757                   break;
 758
 759                 case 'H':
 760                   if (!isRNA)
 761                   {
 762                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 763                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 764                             validEnd);
 765                     break;
 766                   }
 767                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 768                 case 'E':
 769                   if (!isRNA)
 770                   {
 771                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 772                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 773                             validEnd);
 774                     break;
 775                   }
 776                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 777
 778                 case '{':
 779                 case '}':
 780                 case '[':
 781                 case ']':
 782                 case '>':
 783                 case '<':
 784                 case 'A':
 785                 case 'a':
 786                 case 'B':
 787                 case 'b':
 788                 case 'C':
 789                 case 'c':
 790                 case 'D':
 791                 case 'd':
 792                 case 'e':
 793                 case 'F':
 794                 case 'f':
 795                 case 'G':
 796                 case 'g':
 797                 case 'h':
 798                 case 'I':
 799                 case 'i':
 800                 case 'J':
 801                 case 'j':
 802                 case 'K':
 803                 case 'k':
 804                 case 'L':
 805                 case 'l':
 806                 case 'M':
 807                 case 'm':
 808                 case 'N':
 809                 case 'n':
 810                 case 'O':
 811                 case 'o':
 812                 case 'P':
 813                 case 'p':
 814                 case 'Q':
 815                 case 'q':
 816                 case 'R':
 817                 case 'r':
 818                 case 'S':
 819                 case 's':
 820                 case 'T':
 821                 case 't':
 822                 case 'U':
 823                 case 'u':
 824                 case 'V':
 825                 case 'v':
 826                 case 'W':
 827                 case 'w':
 828                 case 'X':
 829                 case 'x':
 830                 case 'Y':
 831                 case 'y':
 832                 case 'Z':
 833                 case 'z':
 834
 835                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 836                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 837                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 838                           validRes, validEnd);
 839                   temp = x;
 840                   break;
 841                 default:
 842                   g.setColor(Color.gray);
 843                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 844                           - lastSSX, 2);
 845                   temp = x;
 846                   break;
 847                 }
 848               }
 849               if (validRes)
 850               {
 851                 lastSS = ss;
 852               }
 853               else
 854               {
 855                 lastSS = ' ';
 856               }
 857               if (x > -1)
 858               {
 859                 lastSSX = (x * charWidth);
 860               }
 861             }
 862           }
 863           column++;
 864           x++;
 865         }
 866         if (column >= row_annotations.length)
 867         {
 868           column = row_annotations.length - 1;
 869           validEnd = false;
 870         }
 871         else
 872         {
 873           validEnd = true;
 874         }
 875         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 876                 || (row_annotations[column] == null))
 877         {
 878           validRes = false;
 879         }
 880         else
 881         {
 882           validRes = true;
 883         }
 884         // x ++;
 885
 886         if (row.hasIcons)
 887         {
 888           switch (lastSS)
 889           {
 890
 891           case 'H':
 892             if (!isRNA)
 893             {
 894               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 895                       startRes, column, validRes, validEnd);
 896               break;
 897             }
 898             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 899
 900           case 'E':
 901             if (!isRNA)
 902             {
 903               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 904                       startRes, column, validRes, validEnd);
 905               break;
 906             }
 907             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 908
 909           case '(':
 910           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 911
 912             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 913                     startRes, column, validRes, validEnd);
 914
 915             break;
 916           case '{':
 917           case '}':
 918           case '[':
 919           case ']':
 920           case '>':
 921           case '<':
 922           case 'A':
 923           case 'a':
 924           case 'B':
 925           case 'b':
 926           case 'C':
 927           case 'c':
 928           case 'D':
 929           case 'd':
 930           case 'e':
 931           case 'F':
 932           case 'f':
 933           case 'G':
 934           case 'g':
 935           case 'h':
 936           case 'I':
 937           case 'i':
 938           case 'J':
 939           case 'j':
 940           case 'K':
 941           case 'k':
 942           case 'L':
 943           case 'l':
 944           case 'M':
 945           case 'm':
 946           case 'N':
 947           case 'n':
 948           case 'O':
 949           case 'o':
 950           case 'P':
 951           case 'p':
 952           case 'Q':
 953           case 'q':
 954           case 'R':
 955           case 'r':
 956           case 'T':
 957           case 't':
 958           case 'U':
 959           case 'u':
 960           case 'V':
 961           case 'v':
 962           case 'W':
 963           case 'w':
 964           case 'X':
 965           case 'x':
 966           case 'Y':
 967           case 'y':
 968           case 'Z':
 969           case 'z':
 970             // System.out.println(lastSS);
 971             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 972             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 973                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 974             break;
 975           default:
 976             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 977                     startRes, column, validRes, validEnd);
 978             break;
 979           }
 980         }
 981
 982         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 983         {
 984           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 985           {
 986             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 987             {
 988               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
 989               // computed efficiently for all visible labels
 990               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 991               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 992               {
 993                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 994                 {
 995                   continue;
 996                 }
 997
 998                 if (aa[gg] != row)
 999                 {
1000                   aa[gg].visible = false;
1001                 }
1002                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1003                 {
1004                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1005                 }
1006                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1007                 {
1008                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1009                 }
1010               }
1011
1012               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1013               {
1014                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1015                 {
1016                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1017                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1018                 }
1019               }
1020
1021               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1022             }
1023             else
1024             {
1025               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1026                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1027             }
1028           }
1029           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1030           {
1031             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1032                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1033                     renderProfile, normaliseProfile);
1034           }
1035         }
1036       }
1037       else
1038       {
1039         if (clipst && !clipend)
1040         {
1041           clipend = true;
1042         }
1043       }// end if_in_visible_region
1044       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1045       {
1046         y += charHeight;
1047       }
1048
1049       if (row.graph == 0)
1050       {
1051         y += aa[i].height;
1052       }
1053     }
1054     if (debugRedraw)
1055     {
1056       if (canClip)
1057       {
1058         if (clipst)
1059         {
1060           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1061                   + ")");
1062         }
1063         if (clipend)
1064         {
1065           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1066                   + ")");
1067         }
1068       }
1069       ;
1070       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1071               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1072     }
1073     ;
1074
1075     return !usedFaded;
1076   }
1077
1078   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1079
1080   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1081
1082   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1083
1084   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1085
1086   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1087
1088   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1089           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1090           boolean validRes, boolean validEnd)
1091   {
1092     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1093     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1094   }
1095
1096   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1097
1098   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1099           boolean validRes, boolean validEnd)
1100   {
1101     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1102
1103     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1104             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1105     {
1106       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1107               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1108       g.fillPolygon(new int[] { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4,
1109           (x * charWidth) }, new int[] { y + iconOffset,
1110           y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset }, 3);
1111     }
1112     else
1113     {
1114       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1115               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1116     }
1117
1118   }
1119
1120   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1121           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1122           boolean validRes, boolean validEnd)
1123   {
1124     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1125
1126     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1127     int x1 = lastSSX;
1128     int x2 = (x * charWidth);
1129
1130     if (MAC)
1131     {
1132       int ofs = charWidth / 2;
1133       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1134       // to offscreen image on the MAC
1135       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1136       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1137               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1138       {
1139       }
1140       else
1141       {
1142         // g.setColor(Color.orange);
1143         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1144                 0, 0);
1145       }
1146       if (!validRes || row[column] == null
1147               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1148       {
1149
1150       }
1151       else
1152       {
1153         // g.setColor(Color.magenta);
1154         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1155                 + 1, 8, 0, 0);
1156
1157       }
1158
1159       return;
1160     }
1161
1162     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1163             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1164     {
1165       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1166       x1 += charWidth / 2;
1167     }
1168
1169     if (!validRes || row[column] == null
1170             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1171     {
1172       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1173               8, 270, 180);
1174       x2 -= charWidth / 2;
1175     }
1176
1177     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1178   }
1179
1180   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1181           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1182           float min, float max, int graphHeight)
1183   {
1184     if (sRes > aa_annotations.length)
1185     {
1186       return;
1187     }
1188
1189     int x = 0;
1190
1191     // Adjustment for fastpaint to left
1192     if (eRes < endRes)
1193     {
1194       eRes++;
1195     }
1196
1197     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1198
1199     if (sRes == 0)
1200     {
1201       x++;
1202     }
1203
1204     int y1 = y, y2 = y;
1205     float range = max - min;
1206
1207     // //Draw origin
1208     if (min < 0)
1209     {
1210       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1211     }
1212
1213     g.setColor(Color.gray);
1214     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1215
1216     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1217
1218     int column;
1219     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1220
1221     while (x < eRes - sRes)
1222     {
1223       column = sRes + x;
1224       if (hasHiddenColumns)
1225       {
1226         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1227       }
1228
1229       if (column > aaMax)
1230       {
1231         break;
1232       }
1233
1234       if (aa_annotations[column] == null
1235               || aa_annotations[column - 1] == null)
1236       {
1237         x++;
1238         continue;
1239       }
1240
1241       if (aa_annotations[column].colour == null)
1242       {
1243         g.setColor(Color.black);
1244       }
1245       else
1246       {
1247         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1248       }
1249
1250       y1 = y
1251               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1252       y2 = y
1253               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1254
1255       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1256               + charWidth / 2, y2);
1257       x++;
1258     }
1259
1260     if (_aa.threshold != null)
1261     {
1262       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1263       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1264       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1265               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1266
1267       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1268       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1269       g2.setStroke(new BasicStroke());
1270     }
1271   }
1272
1273   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1274           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1275           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1276           boolean normaliseProfile)
1277   {
1278     if (sRes > aa_annotations.length)
1279     {
1280       return;
1281     }
1282     Font ofont = g.getFont();
1283     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1284
1285     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1286
1287     float range = max - min;
1288
1289     if (min < 0)
1290     {
1291       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1292     }
1293
1294     g.setColor(Color.gray);
1295
1296     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1297
1298     int column;
1299     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1300     while (x < eRes - sRes)
1301     {
1302       column = sRes + x;
1303       if (hasHiddenColumns)
1304       {
1305         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1306       }
1307
1308       if (column > aaMax)
1309       {
1310         break;
1311       }
1312
1313       if (aa_annotations[column] == null)
1314       {
1315         x++;
1316         continue;
1317       }
1318       if (aa_annotations[column].colour == null)
1319       {
1320         g.setColor(Color.black);
1321       }
1322       else
1323       {
1324         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1325       }
1326
1327       y1 = y
1328               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1329
1330       if (renderHistogram)
1331       {
1332         if (y1 - y2 > 0)
1333         {
1334           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1335         }
1336         else
1337         {
1338           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1339         }
1340       }
1341       // draw profile if available
1342       if (renderProfile)
1343       {
1344
1345         /*
1346          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1347          */
1348         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1349
1350         // just try to draw the logo if profl is not null
1351         if (profl != null && profl[2] != 0)
1352         {
1353           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1354           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1355           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1356           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1357           double hght;
1358           float wdth;
1359           double ht2 = 0;
1360           char[] dc;
1361
1362           /**
1363            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1364            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1365            */
1366           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1367
1368           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1369           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1370           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1371           double scl = 0.0;
1372
1373           /*
1374            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1375            */
1376           int c = 3;
1377           int valuesProcessed = 0;
1378           // profl[1] is the number of values in the profile
1379           while (valuesProcessed < profl[1])
1380           {
1381             if (isStructureProfile)
1382             {
1383               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1384               dc[0] = (char) profl[c++];
1385               dc[1] = (char) profl[c++];
1386             }
1387             else if (isCdnaProfile)
1388             {
1389               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1390             }
1391             else
1392             {
1393               dc[0] = (char) profl[c++];
1394             }
1395
1396             wdth = charWidth;
1397             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1398
1399             ht += scl;
1400             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1401             scl = htn * scale * profl[c++];
1402             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1403                     .getFontRenderContext());
1404             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1405                     wdth, scl / lm.getAscent()));
1406             g.setFont(font);
1407             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1408
1409             // Debug - render boxes around characters
1410             // g.setColor(Color.red);
1411             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1412             // (int)(scl));
1413             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1414
1415             /*
1416              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1417              * codon translation if a cDNA profile
1418              */
1419             Color colour = null;
1420             if (isCdnaProfile)
1421             {
1422               final String codonTranslation = ResidueProperties
1423                       .codonTranslate(new String(dc));
1424               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1425                       column, null);
1426             }
1427             else
1428             {
1429               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1430             }
1431             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1432
1433             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1434                     .getBaselineIndex()]));
1435
1436             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1437             valuesProcessed++;
1438           }
1439           g.setFont(ofont);
1440         }
1441       }
1442       x++;
1443     }
1444     if (_aa.threshold != null)
1445     {
1446       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1447       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1448       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1449               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1450
1451       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1452               * _aa.graphHeight);
1453       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1454       g2.setStroke(new BasicStroke());
1455     }
1456   }
1457
1458   // used by overview window
1459   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1460           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1461   {
1462     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1463     g.setColor(Color.white);
1464     g.fillRect(0, 0, width, y);
1465     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1466
1467     int x = 0, height;
1468
1469     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1470     {
1471       if (aa_annotations[j] != null)
1472       {
1473         if (aa_annotations[j].colour == null)
1474         {
1475           g.setColor(Color.black);
1476         }
1477         else
1478         {
1479           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1480         }
1481
1482         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1483         if (height > y)
1484         {
1485           height = y;
1486         }
1487
1488         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1489       }
1490       x += charWidth;
1491     }
1492   }
1493
1494   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1495   {
1496     switch (lastss)
1497     {
1498     case '{':
1499     case '}':
1500       return new Color(255, 125, 5);
1501
1502     case '[':
1503     case ']':
1504       return new Color(245, 115, 10);
1505
1506     case '>':
1507     case '<':
1508       return new Color(235, 135, 15);
1509
1510     case 'A':
1511     case 'a':
1512       return new Color(225, 105, 20);
1513
1514     case 'B':
1515     case 'b':
1516       return new Color(215, 145, 30);
1517
1518     case 'C':
1519     case 'c':
1520       return new Color(205, 95, 35);
1521
1522     case 'D':
1523     case 'd':
1524       return new Color(195, 155, 45);
1525
1526     case 'E':
1527     case 'e':
1528       return new Color(185, 85, 55);
1529
1530     case 'F':
1531     case 'f':
1532       return new Color(175, 165, 65);
1533
1534     case 'G':
1535     case 'g':
1536       return new Color(170, 75, 75);
1537
1538     case 'H':
1539     case 'h':
1540       return new Color(160, 175, 85);
1541
1542     case 'I':
1543     case 'i':
1544       return new Color(150, 65, 95);
1545
1546     case 'J':
1547     case 'j':
1548       return new Color(140, 185, 105);
1549
1550     case 'K':
1551     case 'k':
1552       return new Color(130, 55, 110);
1553
1554     case 'L':
1555     case 'l':
1556       return new Color(120, 195, 120);
1557
1558     case 'M':
1559     case 'm':
1560       return new Color(110, 45, 130);
1561
1562     case 'N':
1563     case 'n':
1564       return new Color(100, 205, 140);
1565
1566     case 'O':
1567     case 'o':
1568       return new Color(90, 35, 150);
1569
1570     case 'P':
1571     case 'p':
1572       return new Color(85, 215, 160);
1573
1574     case 'Q':
1575     case 'q':
1576       return new Color(75, 25, 170);
1577
1578     case 'R':
1579     case 'r':
1580       return new Color(65, 225, 180);
1581
1582     case 'S':
1583     case 's':
1584       return new Color(55, 15, 185);
1585
1586     case 'T':
1587     case 't':
1588       return new Color(45, 235, 195);
1589
1590     case 'U':
1591     case 'u':
1592       return new Color(35, 5, 205);
1593
1594     case 'V':
1595     case 'v':
1596       return new Color(25, 245, 215);
1597
1598     case 'W':
1599     case 'w':
1600       return new Color(15, 0, 225);
1601
1602     case 'X':
1603     case 'x':
1604       return new Color(10, 255, 235);
1605
1606     case 'Y':
1607     case 'y':
1608       return new Color(5, 150, 245);
1609
1610     case 'Z':
1611     case 'z':
1612       return new Color(0, 80, 255);
1613
1614     default:
1615       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1616       return null;
1617
1618     }
1619   }
1620 }