src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  37 import jalview.util.Platform;
  38
  39 import java.awt.BasicStroke;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.FontMetrics;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.Graphics2D;
  45 import java.awt.Image;
  46 import java.awt.font.LineMetrics;
  47 import java.awt.geom.AffineTransform;
  48 import java.awt.image.ImageObserver;
  49 import java.util.BitSet;
  50 import java.util.Hashtable;
  51
  52 public class AnnotationRenderer
  53 {
  54   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  55
  56   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  57
  58   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  59
  60   /**
  61    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  62    */
  63   private final boolean debugRedraw;
  64
  65   private int charWidth, endRes, charHeight;
  66
  67   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  68
  69   private FontMetrics fm;
  70
  71   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  72
  73   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  74           av_normaliseProfile = false;
  75
  76   ResidueShaderI profcolour = null;
  77
  78   private ColumnSelection columnSelection;
  79
  80   private HiddenColumns hiddenColumns;
  81
  82   private ProfilesI hconsensus;
  83
  84   private Hashtable[] complementConsensus;
  85
  86   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  87
  88   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  89
  90   /**
  91    * attributes set from AwtRenderPanelI
  92    */
  93   /**
  94    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  95    * rendered
  96    */
  97   private Image fadedImage;
  98
  99   /**
 100    * panel being rendered into
 101    */
 102   private ImageObserver annotationPanel;
 103
 104   /**
 105    * width of image to render in panel
 106    */
 107   private int imgWidth;
 108
 109   /**
 110    * offset to beginning of visible area
 111    */
 112   private int sOffset;
 113
 114   /**
 115    * offset to end of visible area
 116    */
 117   private int visHeight;
 118
 119   /**
 120    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 121    * annotation given the current view settings
 122    */
 123   private boolean useClip = true;
 124
 125   /**
 126    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 127    * jalview 2.8.1
 128    */
 129   private boolean canClip = false;
 130
 131   public AnnotationRenderer()
 132   {
 133     this(false);
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Create a new annotation Renderer
 138    *
 139    * @param debugRedraw
 140    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 141    *          output
 142    */
 143   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 144   {
 145     this.debugRedraw = debugRedraw;
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 150    */
 151   public void dispose()
 152   {
 153     hconsensus = null;
 154     complementConsensus = null;
 155     hStrucConsensus = null;
 156     fadedImage = null;
 157     annotationPanel = null;
 158   }
 159
 160   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 161           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 162           boolean validRes, boolean validEnd)
 163   {
 164     g.setColor(STEM_COLOUR);
 165     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 166     int x1 = lastSSX;
 167     int x2 = (x * charWidth);
 168
 169     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 170             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 171
 172     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 173             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 174     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 175             || row_annotations[column] == null
 176             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 177
 178     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 179     {
 180       if (diffupstream)
 181       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 182       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 183       {
 184         /*
 185          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 186          * display a backward arrow
 187          */
 188         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 189                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 190                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 191         x1 += 5;
 192       }
 193       if (diffdownstream)
 194       {
 195         x2 -= 1;
 196       }
 197     }
 198     else
 199     {
 200       // display a forward arrow
 201       if (diffdownstream)
 202       {
 203         /*
 204          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 205          * display a forward arrow
 206          */
 207         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 208             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 209         x2 -= 5;
 210       }
 211       if (diffupstream)
 212       {
 213         x1 += 1;
 214       }
 215     }
 216     // draw arrow body
 217     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 218   }
 219
 220   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 221           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 222           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 223           boolean validEnd)
 224   {
 225     // System.out.println(nonCanColor);
 226
 227     g.setColor(nonCanColor);
 228     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 229     int x1 = lastSSX;
 230     int x2 = (x * charWidth);
 231
 232     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 233             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 234
 235     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 236             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 237     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 238             || row_annotations[column] == null
 239             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 240     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 241     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 242     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 243     {
 244
 245       if (diffupstream)
 246       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 247       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 248       {
 249         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 250                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 251                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 252         x1 += 5;
 253       }
 254       if (diffdownstream)
 255       {
 256         x2 -= 1;
 257       }
 258     }
 259     else
 260     {
 261
 262       // display a forward arrow
 263       if (diffdownstream)
 264       {
 265         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 266             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 267         x2 -= 5;
 268       }
 269       if (diffupstream)
 270       {
 271         x1 += 1;
 272       }
 273     }
 274     // draw arrow body
 275     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 276   }
 277
 278   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 279   // av)
 280   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 281           AlignViewportI av)
 282   {
 283     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 284     annotationPanel = annotPanel;
 285     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 286     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 287     // visible area for rendering
 288     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 289     if (bounds != null)
 290     {
 291       sOffset = bounds[0];
 292       visHeight = bounds[1];
 293       if (visHeight == 0)
 294       {
 295         useClip = false;
 296       }
 297       else
 298       {
 299         useClip = canClip;
 300       }
 301     }
 302     else
 303     {
 304       useClip = false;
 305     }
 306
 307     updateFromAlignViewport(av);
 308   }
 309
 310   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 311   {
 312     charWidth = av.getCharWidth();
 313     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 314     charHeight = av.getCharHeight();
 315     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 316     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 317     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 318     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 319     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 320     profcolour = av.getResidueShading();
 321     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 322     {
 323       /*
 324        * Use default colour for sequence logo if
 325        * the alignment has no colourscheme set
 326        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 327        */
 328       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide() ? new NucleotideColourScheme()
 329               : new ZappoColourScheme();
 330       profcolour = new ResidueShader(col);
 331     }
 332     columnSelection = av.getColumnSelection();
 333     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 334     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 335     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 336     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 337     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 342    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 343    * depend on the profile type.
 344    *
 345    * @param aa
 346    * @param column
 347    * @return
 348    */
 349   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 350   {
 351     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 352     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 353     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 354     //
 355     if (aa.autoCalculated
 356             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 357                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 358     {
 359       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 360       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 361               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 362       {
 363         // TODO? group consensus for cDNA complement
 364         return AAFrequency.extractProfile(
 365                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 366                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 367       }
 368       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 369       // be stored
 370       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 371       {
 372         if (forComplement)
 373         {
 374           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 375                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 376         }
 377         else
 378         {
 379           return AAFrequency.extractProfile(
 380 hconsensus.get(column),
 381                   av_ignoreGapsConsensus);
 382         }
 383       }
 384     }
 385     else
 386     {
 387       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 388       {
 389         // TODO implement group structure consensus
 390         /*
 391          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 392          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 393          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 394          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 395          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 396          */
 397         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 398         // to
 399         // be stored
 400         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 401                 && hStrucConsensus != null
 402                 && hStrucConsensus.length > column)
 403         {
 404           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 405                   av_ignoreGapsConsensus);
 406         }
 407       }
 408     }
 409     return null;
 410   }
 411
 412   boolean rna = false;
 413
 414   /**
 415    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 416    *
 417    * @param annotPanel
 418    *          container frame
 419    * @param av
 420    *          data and view settings to render
 421    * @param g
 422    *          destination for graphics
 423    * @param activeRow
 424    *          row where a mouse event occured (or -1)
 425    * @param startRes
 426    *          first column that will be drawn
 427    * @param endRes
 428    *          last column that will be drawn
 429    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 430    *         currently being calculated
 431    */
 432   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 433           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 434           int endRes)
 435   {
 436     long stime = System.currentTimeMillis();
 437     boolean usedFaded = false;
 438     // NOTES:
 439     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 440     // AlignViewport
 441     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 442     fm = g.getFontMetrics();
 443     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 444     int temp = 0;
 445     if (aa == null)
 446     {
 447       return false;
 448     }
 449     int x = 0, y = 0;
 450     int column = 0;
 451     char lastSS;
 452     int lastSSX;
 453     int iconOffset = 0;
 454     boolean validRes = false;
 455     boolean validEnd = false;
 456     boolean labelAllCols = false;
 457     boolean centreColLabels;
 458     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 459     boolean scaleColLabel = false;
 460     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 461             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 462     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 463             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 464     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 465             .getComplementConsensusAnnotation();
 466     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 467
 468     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 469     int charOffset = 0; // offset for a label
 470     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 471     // column.
 472     Font ofont = g.getFont();
 473     // \u03B2 \u03B1
 474     // debug ints
 475     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 476     boolean clipst = false, clipend = false;
 477     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 478     {
 479       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 480       isRNA = row.isRNA();
 481       {
 482         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 483         // settings appropriately
 484         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 485         // data
 486         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 487         {
 488           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 489           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 490           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 491         }
 492         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 493                 || row == complementConsensusAnnot)
 494         {
 495           renderHistogram = av_renderHistogram;
 496           renderProfile = av_renderProfile;
 497           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 498         }
 499         else
 500         {
 501           renderHistogram = true;
 502           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 503           // currently used in any other annotation track renderer
 504         }
 505       }
 506       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 507       if (!row.visible)
 508       {
 509         continue;
 510       }
 511       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 512       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 513       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 514       lastSS = ' ';
 515       lastSSX = 0;
 516
 517       if (!useClip
 518               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 519       {// if_in_visible_region
 520         if (!clipst)
 521         {
 522           clipst = true;
 523           yfrom = y;
 524           f_i = i;
 525         }
 526         yto = y;
 527         f_to = i;
 528         if (row.graph > 0)
 529         {
 530           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 531           {
 532             continue;
 533           }
 534
 535           // this is so that we draw the characters below the graph
 536           y += row.height;
 537
 538           if (row.hasText)
 539           {
 540             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 541             y -= charHeight;
 542           }
 543         }
 544         else if (row.hasText)
 545         {
 546           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 547
 548         }
 549         else
 550         {
 551           iconOffset = 0;
 552         }
 553
 554         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 555         {
 556           y += charHeight;
 557           usedFaded = true;
 558           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 559                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 560           g.setColor(Color.black);
 561           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 562
 563           continue;
 564         }
 565
 566         /*
 567          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 568          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 569          *
 570          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 571          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 572          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 573          *
 574          * g.setColor(Color.black); //
 575          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 576          *
 577          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 578          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 579          *
 580          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 581          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 582          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 583          * g.setColor(Color.black); // /
 584          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 585          *
 586          * continue; }
 587          */
 588         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 589         // column
 590         // of startRes
 591         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 592         while (x < endRes - startRes)
 593         {
 594           if (hasHiddenColumns)
 595           {
 596             column = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 597             if (column > row_annotations.length - 1)
 598             {
 599               break;
 600             }
 601           }
 602           else
 603           {
 604             column = startRes + x;
 605           }
 606
 607           if ((row_annotations == null)
 608                   || (row_annotations.length <= column)
 609                   || (row_annotations[column] == null))
 610           {
 611             validRes = false;
 612           }
 613           else
 614           {
 615             validRes = true;
 616           }
 617           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 618                   : null;
 619           if (x > -1)
 620           {
 621             if (activeRow == i)
 622             {
 623               g.setColor(Color.red);
 624
 625               if (columnSelection != null)
 626               {
 627                 if (columnSelection.contains(column))
 628                 {
 629                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 630                 }
 631               }
 632             }
 633             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 634             {
 635               g.setColor(Color.orange);
 636               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 637             }
 638             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 639             {
 640               g.setColor(Color.orange.darker());
 641               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 642             }
 643             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 644                     && (displayChar.length() > 0))
 645             {
 646
 647               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 648                       displayChar.length());
 649               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 650               {
 651                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 652                 // displayChar.length());
 653                 //
 654                 // if (scaleColLabel)
 655                 // {
 656                 // justify the label and scale to fit in column
 657                 if (fmWidth > charWidth)
 658                 {
 659                   // scale only if the current font isn't already small enough
 660                   fmScaling = charWidth;
 661                   fmScaling /= fmWidth;
 662                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 663                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 664                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 665                   fmWidth = charWidth;
 666                 }
 667                 // }
 668               }
 669               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 670               // else
 671               // {
 672               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 673               // }
 674               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 675
 676               if (row_annotations[column].colour == null)
 677               {
 678                 g.setColor(Color.black);
 679               }
 680               else
 681               {
 682                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 683               }
 684
 685               if (column == 0 || row.graph > 0)
 686               {
 687                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 688                         + iconOffset);
 689               }
 690               else if (row_annotations[column - 1] == null
 691                       || (labelAllCols
 692                               || !displayChar
 693                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 694                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 695               {
 696                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 697                         + iconOffset);
 698               }
 699               g.setFont(ofont);
 700             }
 701           }
 702           if (row.hasIcons)
 703           {
 704             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 705                     : '-';
 706
 707             if (ss == '(')
 708             {
 709               // distinguish between forward/backward base-pairing
 710               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 711               {
 712
 713                 ss = ')';
 714
 715               }
 716             }
 717             if (ss == '[')
 718             {
 719               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 720               {
 721                 ss = ']';
 722
 723               }
 724             }
 725             if (ss == '{')
 726             {
 727               // distinguish between forward/backward base-pairing
 728               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 729               {
 730                 ss = '}';
 731
 732               }
 733             }
 734             if (ss == '<')
 735             {
 736               // distinguish between forward/backward base-pairing
 737               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 738               {
 739                 ss = '>';
 740
 741               }
 742             }
 743             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 744             {
 745               // distinguish between forward/backward base-pairing
 746               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 747               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 748               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 749               {
 750                 ss = (char) ssLowerCase;
 751               }
 752             }
 753
 754             if (!validRes || (ss != lastSS))
 755             {
 756
 757               if (x > -1)
 758               {
 759
 760                 int nb_annot = x - temp;
 761                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 762                 switch (lastSS)
 763                 {
 764                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 765                 case ')': // and opposite direction
 766                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 767                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 768                   temp = x;
 769                   break;
 770
 771                 case 'H':
 772                   if (!isRNA)
 773                   {
 774                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 775                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 776                             validEnd);
 777                     break;
 778                   }
 779                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 780                 case 'E':
 781                   if (!isRNA)
 782                   {
 783                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 784                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 785                             validEnd);
 786                     break;
 787                   }
 788                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 789
 790                 case '{':
 791                 case '}':
 792                 case '[':
 793                 case ']':
 794                 case '>':
 795                 case '<':
 796                 case 'A':
 797                 case 'a':
 798                 case 'B':
 799                 case 'b':
 800                 case 'C':
 801                 case 'c':
 802                 case 'D':
 803                 case 'd':
 804                 case 'e':
 805                 case 'F':
 806                 case 'f':
 807                 case 'G':
 808                 case 'g':
 809                 case 'h':
 810                 case 'I':
 811                 case 'i':
 812                 case 'J':
 813                 case 'j':
 814                 case 'K':
 815                 case 'k':
 816                 case 'L':
 817                 case 'l':
 818                 case 'M':
 819                 case 'm':
 820                 case 'N':
 821                 case 'n':
 822                 case 'O':
 823                 case 'o':
 824                 case 'P':
 825                 case 'p':
 826                 case 'Q':
 827                 case 'q':
 828                 case 'R':
 829                 case 'r':
 830                 case 'S':
 831                 case 's':
 832                 case 'T':
 833                 case 't':
 834                 case 'U':
 835                 case 'u':
 836                 case 'V':
 837                 case 'v':
 838                 case 'W':
 839                 case 'w':
 840                 case 'X':
 841                 case 'x':
 842                 case 'Y':
 843                 case 'y':
 844                 case 'Z':
 845                 case 'z':
 846
 847                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 848                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 849                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 850                           validRes, validEnd);
 851                   temp = x;
 852                   break;
 853                 default:
 854                   g.setColor(Color.gray);
 855                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 856                           - lastSSX, 2);
 857                   temp = x;
 858                   break;
 859                 }
 860               }
 861               if (validRes)
 862               {
 863                 lastSS = ss;
 864               }
 865               else
 866               {
 867                 lastSS = ' ';
 868               }
 869               if (x > -1)
 870               {
 871                 lastSSX = (x * charWidth);
 872               }
 873             }
 874           }
 875           column++;
 876           x++;
 877         }
 878         if (column >= row_annotations.length)
 879         {
 880           column = row_annotations.length - 1;
 881           validEnd = false;
 882         }
 883         else
 884         {
 885           validEnd = true;
 886         }
 887         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 888                 || (row_annotations[column] == null))
 889         {
 890           validRes = false;
 891         }
 892         else
 893         {
 894           validRes = true;
 895         }
 896         // x ++;
 897
 898         if (row.hasIcons)
 899         {
 900           switch (lastSS)
 901           {
 902
 903           case 'H':
 904             if (!isRNA)
 905             {
 906               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 907                       startRes, column, validRes, validEnd);
 908               break;
 909             }
 910             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 911
 912           case 'E':
 913             if (!isRNA)
 914             {
 915               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 916                       startRes, column, validRes, validEnd);
 917               break;
 918             }
 919             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 920
 921           case '(':
 922           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 923
 924             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 925                     startRes, column, validRes, validEnd);
 926
 927             break;
 928           case '{':
 929           case '}':
 930           case '[':
 931           case ']':
 932           case '>':
 933           case '<':
 934           case 'A':
 935           case 'a':
 936           case 'B':
 937           case 'b':
 938           case 'C':
 939           case 'c':
 940           case 'D':
 941           case 'd':
 942           case 'e':
 943           case 'F':
 944           case 'f':
 945           case 'G':
 946           case 'g':
 947           case 'h':
 948           case 'I':
 949           case 'i':
 950           case 'J':
 951           case 'j':
 952           case 'K':
 953           case 'k':
 954           case 'L':
 955           case 'l':
 956           case 'M':
 957           case 'm':
 958           case 'N':
 959           case 'n':
 960           case 'O':
 961           case 'o':
 962           case 'P':
 963           case 'p':
 964           case 'Q':
 965           case 'q':
 966           case 'R':
 967           case 'r':
 968           case 'T':
 969           case 't':
 970           case 'U':
 971           case 'u':
 972           case 'V':
 973           case 'v':
 974           case 'W':
 975           case 'w':
 976           case 'X':
 977           case 'x':
 978           case 'Y':
 979           case 'y':
 980           case 'Z':
 981           case 'z':
 982             // System.out.println(lastSS);
 983             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 984             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 985                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 986             break;
 987           default:
 988             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 989                     startRes, column, validRes, validEnd);
 990             break;
 991           }
 992         }
 993
 994         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 995         {
 996           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 997           {
 998             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 999             {
1000               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1001               // computed efficiently for all visible labels
1002               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1003               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1004               {
1005                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1006                 {
1007                   continue;
1008                 }
1009
1010                 if (aa[gg] != row)
1011                 {
1012                   aa[gg].visible = false;
1013                 }
1014                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1015                 {
1016                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1017                 }
1018                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1019                 {
1020                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1021                 }
1022               }
1023
1024               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1025               {
1026                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1027                 {
1028                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1029                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1030                 }
1031               }
1032
1033               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1034             }
1035             else
1036             {
1037               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1038                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1039             }
1040           }
1041           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1042           {
1043             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1044                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1045                     renderProfile, normaliseProfile);
1046           }
1047         }
1048       }
1049       else
1050       {
1051         if (clipst && !clipend)
1052         {
1053           clipend = true;
1054         }
1055       }// end if_in_visible_region
1056       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1057       {
1058         y += charHeight;
1059       }
1060
1061       if (row.graph == 0)
1062       {
1063         y += aa[i].height;
1064       }
1065     }
1066     if (debugRedraw)
1067     {
1068       if (canClip)
1069       {
1070         if (clipst)
1071         {
1072           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1073                   + ")");
1074         }
1075         if (clipend)
1076         {
1077           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1078                   + ")");
1079         }
1080       }
1081       ;
1082       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1083               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1084     }
1085     ;
1086
1087     return !usedFaded;
1088   }
1089
1090   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1091
1092   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1093
1094   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1095
1096   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1097
1098   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1099
1100   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1101           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1102           boolean validRes, boolean validEnd)
1103   {
1104     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1105     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1106   }
1107
1108   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1109
1110   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1111           boolean validRes, boolean validEnd)
1112   {
1113     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1114
1115     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1116             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1117     {
1118       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1119               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1120       g.fillPolygon(new int[] { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4,
1121           (x * charWidth) }, new int[] { y + iconOffset,
1122           y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset }, 3);
1123     }
1124     else
1125     {
1126       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1127               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1128     }
1129
1130   }
1131
1132   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1133           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1134           boolean validRes, boolean validEnd)
1135   {
1136     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1137
1138     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1139     int x1 = lastSSX;
1140     int x2 = (x * charWidth);
1141
1142     if (MAC)
1143     {
1144       int ofs = charWidth / 2;
1145       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1146       // to offscreen image on the MAC
1147       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1148       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1149               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1150       {
1151       }
1152       else
1153       {
1154         // g.setColor(Color.orange);
1155         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1156                 0, 0);
1157       }
1158       if (!validRes || row[column] == null
1159               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1160       {
1161
1162       }
1163       else
1164       {
1165         // g.setColor(Color.magenta);
1166         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1167                 + 1, 8, 0, 0);
1168
1169       }
1170
1171       return;
1172     }
1173
1174     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1175             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1176     {
1177       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1178       x1 += charWidth / 2;
1179     }
1180
1181     if (!validRes || row[column] == null
1182             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1183     {
1184       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1185               8, 270, 180);
1186       x2 -= charWidth / 2;
1187     }
1188
1189     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1190   }
1191
1192   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1193           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1194           float min, float max, int graphHeight)
1195   {
1196     if (sRes > aa_annotations.length)
1197     {
1198       return;
1199     }
1200
1201     int x = 0;
1202
1203     // Adjustment for fastpaint to left
1204     if (eRes < endRes)
1205     {
1206       eRes++;
1207     }
1208
1209     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1210
1211     if (sRes == 0)
1212     {
1213       x++;
1214     }
1215
1216     int y1 = y, y2 = y;
1217     float range = max - min;
1218
1219     // //Draw origin
1220     if (min < 0)
1221     {
1222       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1223     }
1224
1225     g.setColor(Color.gray);
1226     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1227
1228     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1229
1230     int column;
1231     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1232
1233     while (x < eRes - sRes)
1234     {
1235       column = sRes + x;
1236       if (hasHiddenColumns)
1237       {
1238         column = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(column);
1239       }
1240
1241       if (column > aaMax)
1242       {
1243         break;
1244       }
1245
1246       if (aa_annotations[column] == null
1247               || aa_annotations[column - 1] == null)
1248       {
1249         x++;
1250         continue;
1251       }
1252
1253       if (aa_annotations[column].colour == null)
1254       {
1255         g.setColor(Color.black);
1256       }
1257       else
1258       {
1259         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1260       }
1261
1262       y1 = y
1263               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1264       y2 = y
1265               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1266
1267       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1268               + charWidth / 2, y2);
1269       x++;
1270     }
1271
1272     if (_aa.threshold != null)
1273     {
1274       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1275       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1276       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1277               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1278
1279       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1280       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1281       g2.setStroke(new BasicStroke());
1282     }
1283   }
1284
1285   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1286           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1287           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1288           boolean normaliseProfile)
1289   {
1290     if (sRes > aa_annotations.length)
1291     {
1292       return;
1293     }
1294     Font ofont = g.getFont();
1295     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1296
1297     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1298
1299     float range = max - min;
1300
1301     if (min < 0)
1302     {
1303       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1304     }
1305
1306     g.setColor(Color.gray);
1307
1308     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1309
1310     int column;
1311     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1312     while (x < eRes - sRes)
1313     {
1314       column = sRes + x;
1315       if (hasHiddenColumns)
1316       {
1317         column = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(column);
1318       }
1319
1320       if (column > aaMax)
1321       {
1322         break;
1323       }
1324
1325       if (aa_annotations[column] == null)
1326       {
1327         x++;
1328         continue;
1329       }
1330       if (aa_annotations[column].colour == null)
1331       {
1332         g.setColor(Color.black);
1333       }
1334       else
1335       {
1336         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1337       }
1338
1339       y1 = y
1340               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1341
1342       if (renderHistogram)
1343       {
1344         if (y1 - y2 > 0)
1345         {
1346           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1347         }
1348         else
1349         {
1350           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1351         }
1352       }
1353       // draw profile if available
1354       if (renderProfile)
1355       {
1356
1357         /*
1358          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1359          */
1360         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1361
1362         // just try to draw the logo if profl is not null
1363         if (profl != null && profl[2] != 0)
1364         {
1365           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1366           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1367           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1368           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1369           double hght;
1370           float wdth;
1371           double ht2 = 0;
1372           char[] dc;
1373
1374           /**
1375            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1376            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1377            */
1378           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1379
1380           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1381           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1382           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1383           double scl = 0.0;
1384
1385           /*
1386            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1387            */
1388           int c = 3;
1389           int valuesProcessed = 0;
1390           // profl[1] is the number of values in the profile
1391           while (valuesProcessed < profl[1])
1392           {
1393             if (isStructureProfile)
1394             {
1395               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1396               dc[0] = (char) profl[c++];
1397               dc[1] = (char) profl[c++];
1398             }
1399             else if (isCdnaProfile)
1400             {
1401               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1402             }
1403             else
1404             {
1405               dc[0] = (char) profl[c++];
1406             }
1407
1408             wdth = charWidth;
1409             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1410
1411             ht += scl;
1412             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1413             scl = htn * scale * profl[c++];
1414             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1415                     .getFontRenderContext());
1416             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1417                     wdth, scl / lm.getAscent()));
1418             g.setFont(font);
1419             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1420
1421             // Debug - render boxes around characters
1422             // g.setColor(Color.red);
1423             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1424             // (int)(scl));
1425             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1426
1427             /*
1428              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1429              * codon translation if a cDNA profile
1430              */
1431             Color colour = null;
1432             if (isCdnaProfile)
1433             {
1434               final String codonTranslation = ResidueProperties
1435                       .codonTranslate(new String(dc));
1436               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1437                       column, null);
1438             }
1439             else
1440             {
1441               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1442             }
1443             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1444
1445             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1446                     .getBaselineIndex()]));
1447
1448             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1449             valuesProcessed++;
1450           }
1451           g.setFont(ofont);
1452         }
1453       }
1454       x++;
1455     }
1456     if (_aa.threshold != null)
1457     {
1458       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1459       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1460       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1461               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1462
1463       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1464               * _aa.graphHeight);
1465       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1466       g2.setStroke(new BasicStroke());
1467     }
1468   }
1469
1470   // used by overview window
1471   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1472           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1473   {
1474     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1475     g.setColor(Color.white);
1476     g.fillRect(0, 0, width, y);
1477     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1478
1479     int x = 0, height;
1480
1481     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1482     {
1483       if (aa_annotations[j] != null)
1484       {
1485         if (aa_annotations[j].colour == null)
1486         {
1487           g.setColor(Color.black);
1488         }
1489         else
1490         {
1491           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1492         }
1493
1494         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1495         if (height > y)
1496         {
1497           height = y;
1498         }
1499
1500         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1501       }
1502       x += charWidth;
1503     }
1504   }
1505
1506   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1507   {
1508     switch (lastss)
1509     {
1510     case '{':
1511     case '}':
1512       return new Color(255, 125, 5);
1513
1514     case '[':
1515     case ']':
1516       return new Color(245, 115, 10);
1517
1518     case '>':
1519     case '<':
1520       return new Color(235, 135, 15);
1521
1522     case 'A':
1523     case 'a':
1524       return new Color(225, 105, 20);
1525
1526     case 'B':
1527     case 'b':
1528       return new Color(215, 145, 30);
1529
1530     case 'C':
1531     case 'c':
1532       return new Color(205, 95, 35);
1533
1534     case 'D':
1535     case 'd':
1536       return new Color(195, 155, 45);
1537
1538     case 'E':
1539     case 'e':
1540       return new Color(185, 85, 55);
1541
1542     case 'F':
1543     case 'f':
1544       return new Color(175, 165, 65);
1545
1546     case 'G':
1547     case 'g':
1548       return new Color(170, 75, 75);
1549
1550     case 'H':
1551     case 'h':
1552       return new Color(160, 175, 85);
1553
1554     case 'I':
1555     case 'i':
1556       return new Color(150, 65, 95);
1557
1558     case 'J':
1559     case 'j':
1560       return new Color(140, 185, 105);
1561
1562     case 'K':
1563     case 'k':
1564       return new Color(130, 55, 110);
1565
1566     case 'L':
1567     case 'l':
1568       return new Color(120, 195, 120);
1569
1570     case 'M':
1571     case 'm':
1572       return new Color(110, 45, 130);
1573
1574     case 'N':
1575     case 'n':
1576       return new Color(100, 205, 140);
1577
1578     case 'O':
1579     case 'o':
1580       return new Color(90, 35, 150);
1581
1582     case 'P':
1583     case 'p':
1584       return new Color(85, 215, 160);
1585
1586     case 'Q':
1587     case 'q':
1588       return new Color(75, 25, 170);
1589
1590     case 'R':
1591     case 'r':
1592       return new Color(65, 225, 180);
1593
1594     case 'S':
1595     case 's':
1596       return new Color(55, 15, 185);
1597
1598     case 'T':
1599     case 't':
1600       return new Color(45, 235, 195);
1601
1602     case 'U':
1603     case 'u':
1604       return new Color(35, 5, 205);
1605
1606     case 'V':
1607     case 'v':
1608       return new Color(25, 245, 215);
1609
1610     case 'W':
1611     case 'w':
1612       return new Color(15, 0, 225);
1613
1614     case 'X':
1615     case 'x':
1616       return new Color(10, 255, 235);
1617
1618     case 'Y':
1619     case 'y':
1620       return new Color(5, 150, 245);
1621
1622     case 'Z':
1623     case 'z':
1624       return new Color(0, 80, 255);
1625
1626     default:
1627       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1628       return null;
1629
1630     }
1631   }
1632 }