src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.Annotation;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  31 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  32
  33 import java.awt.BasicStroke;
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.awt.Font;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Graphics2D;
  39 import java.awt.Image;
  40 import java.awt.font.LineMetrics;
  41 import java.awt.geom.AffineTransform;
  42 import java.awt.image.ImageObserver;
  43 import java.util.BitSet;
  44 import java.util.Hashtable;
  45
  46 import com.stevesoft.pat.Regex;
  47
  48 public class AnnotationRenderer
  49 {
  50   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  51
  52   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  53
  54   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  55
  56   /**
  57    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  58    */
  59   private final boolean debugRedraw;
  60
  61   public AnnotationRenderer()
  62   {
  63     this(false);
  64   }
  65
  66   /**
  67    * Create a new annotation Renderer
  68    *
  69    * @param debugRedraw
  70    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
  71    *          output
  72    */
  73   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
  74   {
  75     this.debugRedraw = debugRedraw;
  76   }
  77
  78   public void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations,
  79           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
  80           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
  81   {
  82     g.setColor(STEM_COLOUR);
  83     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
  84     int x1 = lastSSX;
  85     int x2 = (x * charWidth);
  86     Regex closeparen = new Regex("(\\))");
  87
  88     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
  89             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
  90
  91     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
  92             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
  93     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
  94             || row_annotations[column] == null
  95             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
  96     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
  97     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
  98     if (column > 0 && ResidueProperties.isCloseParenRNA(dc))
  99     {
 100
 101       if (diffupstream)
 102       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 103       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 104       {
 105         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 106                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 107                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 108         x1 += 5;
 109       }
 110       if (diffdownstream)
 111       {
 112         x2 -= 1;
 113       }
 114     }
 115     else
 116     {
 117
 118       // display a forward arrow
 119       if (diffdownstream)
 120       {
 121         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 122             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 123         x2 -= 5;
 124       }
 125       if (diffupstream)
 126       {
 127         x1 += 1;
 128       }
 129     }
 130     // draw arrow body
 131     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 132   }
 133
 134   private int charWidth, endRes, charHeight;
 135
 136   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
 137
 138   private FontMetrics fm;
 139
 140   private final boolean MAC = jalview.util.Platform.isAMac();
 141
 142   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
 143           av_normaliseProfile = false;
 144
 145   ColourSchemeI profcolour = null;
 146
 147   private ColumnSelection columnSelection;
 148
 149   private Hashtable[] hconsensus;
 150
 151   private Hashtable[] complementConsensus;
 152
 153   private Hashtable[] hStrucConsensus;
 154
 155   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
 156
 157   /**
 158    * attributes set from AwtRenderPanelI
 159    */
 160   /**
 161    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
 162    * rendered
 163    */
 164   private Image fadedImage;
 165
 166   /**
 167    * panel being rendered into
 168    */
 169   private ImageObserver annotationPanel;
 170
 171   /**
 172    * width of image to render in panel
 173    */
 174   private int imgWidth;
 175
 176   /**
 177    * offset to beginning of visible area
 178    */
 179   private int sOffset;
 180
 181   /**
 182    * offset to end of visible area
 183    */
 184   private int visHeight;
 185
 186   /**
 187    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 188    * annotation given the current view settings
 189    */
 190   private boolean useClip = true;
 191
 192   /**
 193    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 194    * jalview 2.8.1
 195    */
 196   private boolean canClip = false;
 197
 198   public void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 199           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 200           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 201           boolean validEnd)
 202   {
 203     // System.out.println(nonCanColor);
 204
 205     g.setColor(nonCanColor);
 206     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 207     int x1 = lastSSX;
 208     int x2 = (x * charWidth);
 209     Regex closeparen = new Regex("}|]|<|[a-z]");
 210
 211     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 212             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 213
 214     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 215             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 216     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 217             || row_annotations[column] == null
 218             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 219     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 220     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 221     if (column > 0 && closeparen.search(dc))// closeletter_b.search(dc)||closeletter_c.search(dc)||closeletter_d.search(dc)||closecrochet.search(dc))
 222                                             // )
 223     {
 224
 225       if (diffupstream)
 226       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 227       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 228       {
 229         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 230                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 231                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 232         x1 += 5;
 233       }
 234       if (diffdownstream)
 235       {
 236         x2 -= 1;
 237       }
 238     }
 239     else
 240     {
 241
 242       // display a forward arrow
 243       if (diffdownstream)
 244       {
 245         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 246             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 247         x2 -= 5;
 248       }
 249       if (diffupstream)
 250       {
 251         x1 += 1;
 252       }
 253     }
 254     // draw arrow body
 255     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 256   }
 257
 258   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 259   // av)
 260   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 261           AlignViewportI av)
 262   {
 263     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 264     annotationPanel = annotPanel;
 265     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 266     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 267     // visible area for rendering
 268     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 269     if (bounds != null)
 270     {
 271       sOffset = bounds[0];
 272       visHeight = bounds[1];
 273       if (visHeight == 0)
 274       {
 275         useClip = false;
 276       }
 277       else
 278       {
 279         useClip = canClip;
 280       }
 281     }
 282     else
 283     {
 284       useClip = false;
 285     }
 286
 287     updateFromAlignViewport(av);
 288   }
 289
 290   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 291   {
 292     charWidth = av.getCharWidth();
 293     endRes = av.getEndRes();
 294     charHeight = av.getCharHeight();
 295     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 296     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 297     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 298     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 299     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 300     profcolour = av.getGlobalColourScheme();
 301     if (profcolour == null)
 302     {
 303       // Set the default colour for sequence logo if the alignnent has no
 304       // colourscheme set
 305       profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new jalview.schemes.NucleotideColourScheme()
 306               : new jalview.schemes.ZappoColourScheme();
 307     }
 308     columnSelection = av.getColumnSelection();
 309     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 310     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 311     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 312     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 313   }
 314
 315   /**
 316    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 317    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 318    * depend on the profile type.
 319    *
 320    * @param aa
 321    * @param column
 322    * @return
 323    */
 324   public int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 325   {
 326     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 327     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 328     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 329     //
 330     if (aa.autoCalculated
 331             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 332                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 333     {
 334       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 335       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 336               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 337       {
 338         // TODO? group consensus for cDNA complement
 339         return AAFrequency.extractProfile(
 340                 aa.groupRef.consensusData[column],
 341                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 342       }
 343       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 344       // be stored
 345       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 346       {
 347         if (forComplement)
 348         {
 349           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 350                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 351         }
 352         else
 353         {
 354           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus[column],
 355                   av_ignoreGapsConsensus);
 356         }
 357       }
 358     }
 359     else
 360     {
 361       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 362       {
 363         // TODO implement group structure consensus
 364         /*
 365          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 366          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 367          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 368          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 369          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 370          */
 371         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 372         // to
 373         // be stored
 374         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 375                 && hStrucConsensus != null
 376                 && hStrucConsensus.length > column)
 377         {
 378           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 379                   av_ignoreGapsConsensus);
 380         }
 381       }
 382     }
 383     return null;
 384   }
 385
 386   boolean rna = false;
 387
 388   /**
 389    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 390    *
 391    * @param annotPanel
 392    *          container frame
 393    * @param av
 394    *          data and view settings to render
 395    * @param g
 396    *          destination for graphics
 397    * @param activeRow
 398    *          row where a mouse event occured (or -1)
 399    * @param startRes
 400    *          first column that will be drawn
 401    * @param endRes
 402    *          last column that will be drawn
 403    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 404    *         currently being calculated
 405    */
 406   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 407           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 408           int endRes)
 409   {
 410     long stime = System.currentTimeMillis();
 411     boolean usedFaded = false;
 412     // NOTES:
 413     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 414     // AlignViewport
 415     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 416     fm = g.getFontMetrics();
 417     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 418     int temp = 0;
 419     if (aa == null)
 420     {
 421       return false;
 422     }
 423     int x = 0, y = 0;
 424     int column = 0;
 425     char lastSS;
 426     int lastSSX;
 427     int iconOffset = 0;
 428     boolean validRes = false;
 429     boolean validEnd = false;
 430     boolean labelAllCols = false;
 431     boolean centreColLabels;
 432     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 433     boolean scaleColLabel = false;
 434     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 435             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 436     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 437             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 438     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 439             .getComplementConsensusAnnotation();
 440     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 441
 442     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 443     int charOffset = 0; // offset for a label
 444     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 445     // column.
 446     Font ofont = g.getFont();
 447     // \u03B2 \u03B1
 448     // debug ints
 449     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 450     boolean clipst = false, clipend = false;
 451     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 452     {
 453       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 454       isRNA = row.isRNA();
 455       {
 456         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 457         // settings appropriately
 458         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 459         // data
 460         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 461         {
 462           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 463           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 464           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 465         }
 466         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 467                 || row == complementConsensusAnnot)
 468         {
 469           renderHistogram = av_renderHistogram;
 470           renderProfile = av_renderProfile;
 471           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 472         }
 473         else
 474         {
 475           renderHistogram = true;
 476           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 477           // currently used in any other annotation track renderer
 478         }
 479       }
 480       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 481       if (!row.visible)
 482       {
 483         continue;
 484       }
 485       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 486       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 487       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 488       lastSS = ' ';
 489       lastSSX = 0;
 490
 491       if (!useClip
 492               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 493       {// if_in_visible_region
 494         if (!clipst)
 495         {
 496           clipst = true;
 497           yfrom = y;
 498           f_i = i;
 499         }
 500         yto = y;
 501         f_to = i;
 502         if (row.graph > 0)
 503         {
 504           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 505           {
 506             continue;
 507           }
 508
 509           // this is so that we draw the characters below the graph
 510           y += row.height;
 511
 512           if (row.hasText)
 513           {
 514             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 515             y -= charHeight;
 516           }
 517         }
 518         else if (row.hasText)
 519         {
 520           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 521
 522         }
 523         else
 524         {
 525           iconOffset = 0;
 526         }
 527
 528         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 529         {
 530           y += charHeight;
 531           usedFaded = true;
 532           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 533                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 534           g.setColor(Color.black);
 535           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 536
 537           continue;
 538         }
 539
 540         /*
 541          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 542          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 543          *
 544          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 545          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 546          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 547          *
 548          * g.setColor(Color.black); //
 549          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 550          *
 551          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 552          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 553          *
 554          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 555          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 556          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 557          * g.setColor(Color.black); // /
 558          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 559          *
 560          * continue; }
 561          */
 562         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 563         // column
 564         // of startRes
 565         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 566         while (x < endRes - startRes)
 567         {
 568           if (hasHiddenColumns)
 569           {
 570             column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 571             if (column > row_annotations.length - 1)
 572             {
 573               break;
 574             }
 575           }
 576           else
 577           {
 578             column = startRes + x;
 579           }
 580
 581           if ((row_annotations == null)
 582                   || (row_annotations.length <= column)
 583                   || (row_annotations[column] == null))
 584           {
 585             validRes = false;
 586           }
 587           else
 588           {
 589             validRes = true;
 590           }
 591           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 592                   : null;
 593           if (x > -1)
 594           {
 595             if (activeRow == i)
 596             {
 597               g.setColor(Color.red);
 598
 599               if (columnSelection != null)
 600               {
 601                 if (columnSelection.contains(column))
 602                 {
 603                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 604                 }
 605               }
 606             }
 607             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 608             {
 609               g.setColor(Color.orange);
 610               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 611             }
 612             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 613             {
 614               g.setColor(Color.orange.darker());
 615               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 616             }
 617             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 618                     && (displayChar.length() > 0))
 619             {
 620
 621               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 622                       displayChar.length());
 623               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 624               {
 625                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 626                 // displayChar.length());
 627                 //
 628                 // if (scaleColLabel)
 629                 // {
 630                 // justify the label and scale to fit in column
 631                 if (fmWidth > charWidth)
 632                 {
 633                   // scale only if the current font isn't already small enough
 634                   fmScaling = charWidth;
 635                   fmScaling /= fmWidth;
 636                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 637                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 638                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 639                   fmWidth = charWidth;
 640                 }
 641                 // }
 642               }
 643               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 644               // else
 645               // {
 646               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 647               // }
 648               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 649
 650               if (row_annotations[column].colour == null)
 651               {
 652                 g.setColor(Color.black);
 653               }
 654               else
 655               {
 656                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 657               }
 658
 659               if (column == 0 || row.graph > 0)
 660               {
 661                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 662                         + iconOffset);
 663               }
 664               else if (row_annotations[column - 1] == null
 665                       || (labelAllCols
 666                               || !displayChar
 667                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 668                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 669               {
 670                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 671                         + iconOffset);
 672               }
 673               g.setFont(ofont);
 674             }
 675           }
 676           if (row.hasIcons)
 677           {
 678             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 679                     : '-';
 680
 681             if (ss == '(')
 682             {
 683               // distinguish between forward/backward base-pairing
 684               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 685               {
 686
 687                 ss = ')';
 688
 689               }
 690             }
 691             if (ss == '[')
 692             {
 693               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 694               {
 695                 ss = ']';
 696
 697               }
 698             }
 699             if (ss == '{')
 700             {
 701               // distinguish between forward/backward base-pairing
 702               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 703               {
 704                 ss = '}';
 705
 706               }
 707             }
 708             if (ss == '<')
 709             {
 710               // distinguish between forward/backward base-pairing
 711               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 712               {
 713                 ss = '>';
 714
 715               }
 716             }
 717             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 718             {
 719               // distinguish between forward/backward base-pairing
 720               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 721               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 722               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 723               {
 724                 ss = (char) ssLowerCase;
 725               }
 726             }
 727
 728             if (!validRes || (ss != lastSS))
 729             {
 730
 731               if (x > -1)
 732               {
 733
 734                 int nb_annot = x - temp;
 735                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 736                 switch (lastSS)
 737                 {
 738                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 739                 case ')': // and opposite direction
 740                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 741                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 742                   temp = x;
 743                   break;
 744
 745                 case 'H':
 746                   if (!isRNA)
 747                   {
 748                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 749                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 750                             validEnd);
 751                     break;
 752                   }
 753
 754                 case 'E':
 755                   if (!isRNA)
 756                   {
 757                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 758                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 759                             validEnd);
 760                     break;
 761                   }
 762
 763                 case '{':
 764                 case '}':
 765                 case '[':
 766                 case ']':
 767                 case '>':
 768                 case '<':
 769                 case 'A':
 770                 case 'a':
 771                 case 'B':
 772                 case 'b':
 773                 case 'C':
 774                 case 'c':
 775                 case 'D':
 776                 case 'd':
 777                 case 'e':
 778                 case 'F':
 779                 case 'f':
 780                 case 'G':
 781                 case 'g':
 782                 case 'h':
 783                 case 'I':
 784                 case 'i':
 785                 case 'J':
 786                 case 'j':
 787                 case 'K':
 788                 case 'k':
 789                 case 'L':
 790                 case 'l':
 791                 case 'M':
 792                 case 'm':
 793                 case 'N':
 794                 case 'n':
 795                 case 'O':
 796                 case 'o':
 797                 case 'P':
 798                 case 'p':
 799                 case 'Q':
 800                 case 'q':
 801                 case 'R':
 802                 case 'r':
 803                 case 'S':
 804                 case 's':
 805                 case 'T':
 806                 case 't':
 807                 case 'U':
 808                 case 'u':
 809                 case 'V':
 810                 case 'v':
 811                 case 'W':
 812                 case 'w':
 813                 case 'X':
 814                 case 'x':
 815                 case 'Y':
 816                 case 'y':
 817                 case 'Z':
 818                 case 'z':
 819
 820                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 821                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 822                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 823                           validRes, validEnd);
 824                   temp = x;
 825                   break;
 826                 default:
 827                   g.setColor(Color.gray);
 828                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 829                           - lastSSX, 2);
 830                   temp = x;
 831                   break;
 832                 }
 833               }
 834               if (validRes)
 835               {
 836                 lastSS = ss;
 837               }
 838               else
 839               {
 840                 lastSS = ' ';
 841               }
 842               if (x > -1)
 843               {
 844                 lastSSX = (x * charWidth);
 845               }
 846             }
 847           }
 848           column++;
 849           x++;
 850         }
 851         if (column >= row_annotations.length)
 852         {
 853           column = row_annotations.length - 1;
 854           validEnd = false;
 855         }
 856         else
 857         {
 858           validEnd = true;
 859         }
 860         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 861                 || (row_annotations[column] == null))
 862         {
 863           validRes = false;
 864         }
 865         else
 866         {
 867           validRes = true;
 868         }
 869
 870         // x ++;
 871
 872         if (row.hasIcons)
 873         {
 874           switch (lastSS)
 875           {
 876
 877           case 'H':
 878             if (!isRNA)
 879             {
 880               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 881                       startRes, column, validRes, validEnd);
 882               break;
 883             }
 884
 885           case 'E':
 886             if (!isRNA)
 887             {
 888               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 889                       startRes, column, validRes, validEnd);
 890               break;
 891             }
 892
 893           case '(':
 894           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 895
 896             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 897                     startRes, column, validRes, validEnd);
 898
 899             break;
 900           case '{':
 901           case '}':
 902           case '[':
 903           case ']':
 904           case '>':
 905           case '<':
 906           case 'A':
 907           case 'a':
 908           case 'B':
 909           case 'b':
 910           case 'C':
 911           case 'c':
 912           case 'D':
 913           case 'd':
 914           case 'e':
 915           case 'F':
 916           case 'f':
 917           case 'G':
 918           case 'g':
 919           case 'h':
 920           case 'I':
 921           case 'i':
 922           case 'J':
 923           case 'j':
 924           case 'K':
 925           case 'k':
 926           case 'L':
 927           case 'l':
 928           case 'M':
 929           case 'm':
 930           case 'N':
 931           case 'n':
 932           case 'O':
 933           case 'o':
 934           case 'P':
 935           case 'p':
 936           case 'Q':
 937           case 'q':
 938           case 'R':
 939           case 'r':
 940           case 'T':
 941           case 't':
 942           case 'U':
 943           case 'u':
 944           case 'V':
 945           case 'v':
 946           case 'W':
 947           case 'w':
 948           case 'X':
 949           case 'x':
 950           case 'Y':
 951           case 'y':
 952           case 'Z':
 953           case 'z':
 954             // System.out.println(lastSS);
 955             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 956             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 957                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 958             break;
 959           default:
 960             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 961                     startRes, column, validRes, validEnd);
 962             break;
 963           }
 964         }
 965
 966         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 967         {
 968           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 969           {
 970             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 971             {
 972               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
 973               // computed efficiently for all visible labels
 974               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 975               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 976               {
 977                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 978                 {
 979                   continue;
 980                 }
 981
 982                 if (aa[gg] != row)
 983                 {
 984                   aa[gg].visible = false;
 985                 }
 986                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
 987                 {
 988                   groupmax = aa[gg].graphMax;
 989                 }
 990                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
 991                 {
 992                   groupmin = aa[gg].graphMin;
 993                 }
 994               }
 995
 996               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 997               {
 998                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
 999                 {
1000                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1001                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1002                 }
1003               }
1004
1005               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1006             }
1007             else
1008             {
1009               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1010                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1011             }
1012           }
1013           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1014           {
1015             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1016                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1017                     renderProfile, normaliseProfile);
1018           }
1019         }
1020       }
1021       else
1022       {
1023         if (clipst && !clipend)
1024         {
1025           clipend = true;
1026         }
1027       }// end if_in_visible_region
1028       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1029       {
1030         y += charHeight;
1031       }
1032
1033       if (row.graph == 0)
1034       {
1035         y += aa[i].height;
1036       }
1037     }
1038     if (debugRedraw)
1039     {
1040       if (canClip)
1041       {
1042         if (clipst)
1043         {
1044           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1045                   + ")");
1046         }
1047         if (clipend)
1048         {
1049           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1050                   + ")");
1051         }
1052       }
1053       ;
1054       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1055               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1056     }
1057     ;
1058
1059     return !usedFaded;
1060   }
1061
1062   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1063
1064   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1065
1066   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1067
1068   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1069
1070   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1071
1072   public void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1073           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1074           boolean validRes, boolean validEnd)
1075   {
1076     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1077     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1078   }
1079
1080   public void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1081
1082   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1083           boolean validRes, boolean validEnd)
1084   {
1085     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1086
1087     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1088             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1089     {
1090       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1091               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1092       g.fillPolygon(new int[] { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4,
1093           (x * charWidth) }, new int[] { y + iconOffset,
1094           y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset }, 3);
1095     }
1096     else
1097     {
1098       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1099               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1100     }
1101
1102   }
1103
1104   public void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1105           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1106           boolean validRes, boolean validEnd)
1107   {
1108     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1109
1110     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1111     int x1 = lastSSX;
1112     int x2 = (x * charWidth);
1113
1114     if (MAC)
1115     {
1116       int ofs = charWidth / 2;
1117       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1118       // to offscreen image on the MAC
1119       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1120       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1121               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1122       {
1123       }
1124       else
1125       {
1126         // g.setColor(Color.orange);
1127         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1128                 0, 0);
1129       }
1130       if (!validRes || row[column] == null
1131               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1132       {
1133
1134       }
1135       else
1136       {
1137         // g.setColor(Color.magenta);
1138         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1139                 + 1, 8, 0, 0);
1140
1141       }
1142
1143       return;
1144     }
1145
1146     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1147             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1148     {
1149       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1150       x1 += charWidth / 2;
1151     }
1152
1153     if (!validRes || row[column] == null
1154             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1155     {
1156       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1157               8, 270, 180);
1158       x2 -= charWidth / 2;
1159     }
1160
1161     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1162   }
1163
1164   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1165           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1166           float min, float max, int graphHeight)
1167   {
1168     if (sRes > aa_annotations.length)
1169     {
1170       return;
1171     }
1172
1173     int x = 0;
1174
1175     // Adjustment for fastpaint to left
1176     if (eRes < endRes)
1177     {
1178       eRes++;
1179     }
1180
1181     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1182
1183     if (sRes == 0)
1184     {
1185       x++;
1186     }
1187
1188     int y1 = y, y2 = y;
1189     float range = max - min;
1190
1191     // //Draw origin
1192     if (min < 0)
1193     {
1194       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1195     }
1196
1197     g.setColor(Color.gray);
1198     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1199
1200     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1201
1202     int column;
1203     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1204
1205     while (x < eRes - sRes)
1206     {
1207       column = sRes + x;
1208       if (hasHiddenColumns)
1209       {
1210         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1211       }
1212
1213       if (column > aaMax)
1214       {
1215         break;
1216       }
1217
1218       if (aa_annotations[column] == null
1219               || aa_annotations[column - 1] == null)
1220       {
1221         x++;
1222         continue;
1223       }
1224
1225       if (aa_annotations[column].colour == null)
1226       {
1227         g.setColor(Color.black);
1228       }
1229       else
1230       {
1231         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1232       }
1233
1234       y1 = y
1235               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1236       y2 = y
1237               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1238
1239       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1240               + charWidth / 2, y2);
1241       x++;
1242     }
1243
1244     if (_aa.threshold != null)
1245     {
1246       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1247       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1248       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1249               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1250
1251       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1252       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1253       g2.setStroke(new BasicStroke());
1254     }
1255   }
1256
1257   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1258           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1259           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1260           boolean normaliseProfile)
1261   {
1262     if (sRes > aa_annotations.length)
1263     {
1264       return;
1265     }
1266     Font ofont = g.getFont();
1267     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1268
1269     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1270
1271     float range = max - min;
1272
1273     if (min < 0)
1274     {
1275       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1276     }
1277
1278     g.setColor(Color.gray);
1279
1280     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1281
1282     int column;
1283     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1284     while (x < eRes - sRes)
1285     {
1286       column = sRes + x;
1287       if (hasHiddenColumns)
1288       {
1289         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1290       }
1291
1292       if (column > aaMax)
1293       {
1294         break;
1295       }
1296
1297       if (aa_annotations[column] == null)
1298       {
1299         x++;
1300         continue;
1301       }
1302       if (aa_annotations[column].colour == null)
1303       {
1304         g.setColor(Color.black);
1305       }
1306       else
1307       {
1308         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1309       }
1310
1311       y1 = y
1312               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1313
1314       if (renderHistogram)
1315       {
1316         if (y1 - y2 > 0)
1317         {
1318           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1319         }
1320         else
1321         {
1322           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1323         }
1324       }
1325       // draw profile if available
1326       if (renderProfile)
1327       {
1328
1329         /*
1330          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1331          */
1332         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1333
1334         // just try to draw the logo if profl is not null
1335         if (profl != null && profl[2] != 0)
1336         {
1337           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1338           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1339           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1340           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1341           double hght;
1342           float wdth;
1343           double ht2 = 0;
1344           char[] dc;
1345
1346           /**
1347            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1348            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1349            */
1350           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1351
1352           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1353           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1354           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1355           double scl = 0.0;
1356
1357           /*
1358            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1359            */
1360           int c = 3;
1361           int valuesProcessed = 0;
1362           // profl[1] is the number of values in the profile
1363           while (valuesProcessed < profl[1])
1364           {
1365             if (isStructureProfile)
1366             {
1367               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1368               dc[0] = (char) profl[c++];
1369               dc[1] = (char) profl[c++];
1370             }
1371             else if (isCdnaProfile)
1372             {
1373               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1374             }
1375             else
1376             {
1377               dc[0] = (char) profl[c++];
1378             }
1379
1380             wdth = charWidth;
1381             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1382
1383             ht += scl;
1384             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1385             scl = htn * scale * profl[c++];
1386             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1387                     .getFontRenderContext());
1388             g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1389                     wdth, scl / lm.getAscent())));
1390             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1391
1392             // Debug - render boxes around characters
1393             // g.setColor(Color.red);
1394             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1395             // (int)(scl));
1396             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1397
1398             /*
1399              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1400              * codon translation if a cDNA profile
1401              */
1402             Color colour = null;
1403             if (isCdnaProfile)
1404             {
1405               final String codonTranslation = ResidueProperties
1406                       .codonTranslate(new String(dc));
1407               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1408                       column, null);
1409             }
1410             else
1411             {
1412               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1413             }
1414             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1415
1416             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1417                     .getBaselineIndex()]));
1418
1419             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1420             valuesProcessed++;
1421           }
1422           g.setFont(ofont);
1423         }
1424       }
1425       x++;
1426     }
1427     if (_aa.threshold != null)
1428     {
1429       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1430       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1431       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1432               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1433
1434       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1435               * _aa.graphHeight);
1436       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1437       g2.setStroke(new BasicStroke());
1438     }
1439   }
1440
1441   // used by overview window
1442   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1443           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1444   {
1445     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1446     g.setColor(Color.white);
1447     g.fillRect(0, 0, width, y);
1448     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1449
1450     int x = 0, height;
1451
1452     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1453     {
1454       if (aa_annotations[j] != null)
1455       {
1456         if (aa_annotations[j].colour == null)
1457         {
1458           g.setColor(Color.black);
1459         }
1460         else
1461         {
1462           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1463         }
1464
1465         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1466         if (height > y)
1467         {
1468           height = y;
1469         }
1470
1471         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1472       }
1473       x += charWidth;
1474     }
1475   }
1476
1477   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1478   {
1479     switch (lastss)
1480     {
1481     case '{':
1482     case '}':
1483       return new Color(255, 125, 5);
1484
1485     case '[':
1486     case ']':
1487       return new Color(245, 115, 10);
1488
1489     case '>':
1490     case '<':
1491       return new Color(235, 135, 15);
1492
1493     case 'A':
1494     case 'a':
1495       return new Color(225, 105, 20);
1496
1497     case 'B':
1498     case 'b':
1499       return new Color(215, 145, 30);
1500
1501     case 'C':
1502     case 'c':
1503       return new Color(205, 95, 35);
1504
1505     case 'D':
1506     case 'd':
1507       return new Color(195, 155, 45);
1508
1509     case 'E':
1510     case 'e':
1511       return new Color(185, 85, 55);
1512
1513     case 'F':
1514     case 'f':
1515       return new Color(175, 165, 65);
1516
1517     case 'G':
1518     case 'g':
1519       return new Color(170, 75, 75);
1520
1521     case 'H':
1522     case 'h':
1523       return new Color(160, 175, 85);
1524
1525     case 'I':
1526     case 'i':
1527       return new Color(150, 65, 95);
1528
1529     case 'J':
1530     case 'j':
1531       return new Color(140, 185, 105);
1532
1533     case 'K':
1534     case 'k':
1535       return new Color(130, 55, 110);
1536
1537     case 'L':
1538     case 'l':
1539       return new Color(120, 195, 120);
1540
1541     case 'M':
1542     case 'm':
1543       return new Color(110, 45, 130);
1544
1545     case 'N':
1546     case 'n':
1547       return new Color(100, 205, 140);
1548
1549     case 'O':
1550     case 'o':
1551       return new Color(90, 35, 150);
1552
1553     case 'P':
1554     case 'p':
1555       return new Color(85, 215, 160);
1556
1557     case 'Q':
1558     case 'q':
1559       return new Color(75, 25, 170);
1560
1561     case 'R':
1562     case 'r':
1563       return new Color(65, 225, 180);
1564
1565     case 'S':
1566     case 's':
1567       return new Color(55, 15, 185);
1568
1569     case 'T':
1570     case 't':
1571       return new Color(45, 235, 195);
1572
1573     case 'U':
1574     case 'u':
1575       return new Color(35, 5, 205);
1576
1577     case 'V':
1578     case 'v':
1579       return new Color(25, 245, 215);
1580
1581     case 'W':
1582     case 'w':
1583       return new Color(15, 0, 225);
1584
1585     case 'X':
1586     case 'x':
1587       return new Color(10, 255, 235);
1588
1589     case 'Y':
1590     case 'y':
1591       return new Color(5, 150, 245);
1592
1593     case 'Z':
1594     case 'z':
1595       return new Color(0, 80, 255);
1596
1597     default:
1598       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1599       return null;
1600
1601     }
1602   }
1603 }