src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  33 import jalview.renderer.api.AnnotationRendererFactoryI;
  34 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  35 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  36 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  37 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  38 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  39 import jalview.util.Platform;
  40
  41 import java.awt.BasicStroke;
  42 import java.awt.Color;
  43 import java.awt.Font;
  44 import java.awt.FontMetrics;
  45 import java.awt.Graphics;
  46 import java.awt.Graphics2D;
  47 import java.awt.Image;
  48 import java.awt.geom.AffineTransform;
  49 import java.awt.image.ImageObserver;
  50 import java.util.BitSet;
  51 import java.util.Hashtable;
  52
  53 public class AnnotationRenderer
  54 {
  55   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  56
  57   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  58
  59   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  60
  61   /**
  62    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  63    */
  64   private final boolean debugRedraw;
  65
  66   private int charWidth, endRes, charHeight;
  67
  68   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  69
  70   private FontMetrics fm;
  71
  72   private final boolean USE_FILL_ROUND_RECT = Platform.isAMacAndNotJS();
  73
  74   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  75           av_normaliseProfile = false;
  76
  77   ResidueShaderI profcolour = null;
  78
  79   private ColumnSelection columnSelection;
  80
  81   private HiddenColumns hiddenColumns;
  82
  83   private ProfilesI hconsensus;
  84
  85   private Hashtable<String, Object>[] complementConsensus;
  86
  87   private Hashtable<String, Object>[] hStrucConsensus;
  88
  89   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  90
  91   /**
  92    * attributes set from AwtRenderPanelI
  93    */
  94   /**
  95    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  96    * rendered
  97    */
  98   private Image fadedImage;
  99
 100   /**
 101    * panel being rendered into
 102    */
 103   private ImageObserver annotationPanel;
 104
 105   /**
 106    * width of image to render in panel
 107    */
 108   private int imgWidth;
 109
 110   /**
 111    * offset to beginning of visible area
 112    */
 113   private int sOffset;
 114
 115   /**
 116    * offset to end of visible area
 117    */
 118   private int visHeight;
 119
 120   /**
 121    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 122    * annotation given the current view settings
 123    */
 124   private boolean useClip = true;
 125
 126   /**
 127    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 128    * jalview 2.8.1
 129    */
 130   private boolean canClip = false;
 131
 132   public AnnotationRenderer()
 133   {
 134     this(false);
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Create a new annotation Renderer
 139    *
 140    * @param debugRedraw
 141    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 142    *          output
 143    */
 144   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 145   {
 146     this.debugRedraw = debugRedraw;
 147   }
 148
 149   /**
 150    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 151    */
 152   public void dispose()
 153   {
 154     hiddenColumns = null;
 155     hconsensus = null;
 156     complementConsensus = null;
 157     hStrucConsensus = null;
 158     fadedImage = null;
 159     annotationPanel = null;
 160     rendererFactoryI = null;
 161   }
 162
 163   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 164           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 165           boolean validRes, boolean validEnd)
 166   {
 167     g.setColor(STEM_COLOUR);
 168     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 169             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 170     int x1 = lastSSX;
 171     int x2 = (x * charWidth);
 172
 173     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 174             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 175
 176     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 177             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 178     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 179             || row_annotations[column] == null
 180             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 181
 182     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 183     {
 184       if (diffupstream)
 185       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 186       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 187       {
 188         /*
 189          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 190          * display a backward arrow
 191          */
 192         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 193                 new int[]
 194                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 195                 3);
 196         x1 += 5;
 197       }
 198       if (diffdownstream)
 199       {
 200         x2 -= 1;
 201       }
 202     }
 203     else
 204     {
 205       // display a forward arrow
 206       if (diffdownstream)
 207       {
 208         /*
 209          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 210          * display a forward arrow
 211          */
 212         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 213                 new int[]
 214                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 215                 3);
 216         x2 -= 5;
 217       }
 218       if (diffupstream)
 219       {
 220         x1 += 1;
 221       }
 222     }
 223     // draw arrow body
 224     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 225   }
 226
 227   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 228           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 229           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 230           boolean validEnd)
 231   {
 232     // System.out.println(nonCanColor);
 233
 234     g.setColor(nonCanColor);
 235     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 236             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 237     int x1 = lastSSX;
 238     int x2 = (x * charWidth);
 239
 240     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 241             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 242
 243     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 244             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 245     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 246             || row_annotations[column] == null
 247             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 248     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+"
 249     // down:"+diffdownstream);
 250     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 251     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 252     {
 253
 254       if (diffupstream)
 255       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 256       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 257       {
 258         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 259                 new int[]
 260                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 261                 3);
 262         x1 += 5;
 263       }
 264       if (diffdownstream)
 265       {
 266         x2 -= 1;
 267       }
 268     }
 269     else
 270     {
 271
 272       // display a forward arrow
 273       if (diffdownstream)
 274       {
 275         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 276                 new int[]
 277                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 278                 3);
 279         x2 -= 5;
 280       }
 281       if (diffupstream)
 282       {
 283         x1 += 1;
 284       }
 285     }
 286     // draw arrow body
 287     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 288   }
 289
 290   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 291   // av)
 292   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 293           AlignViewportI av)
 294   {
 295     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 296     annotationPanel = annotPanel;
 297     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 298     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 299     // visible area for rendering
 300     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 301     if (bounds != null)
 302     {
 303       sOffset = bounds[0];
 304       visHeight = bounds[1];
 305       if (visHeight == 0)
 306       {
 307         useClip = false;
 308       }
 309       else
 310       {
 311         useClip = canClip;
 312       }
 313     }
 314     else
 315     {
 316       useClip = false;
 317     }
 318
 319     rendererFactoryI = AnnotationRendererFactory.getRendererFactory();
 320     updateFromAlignViewport(av);
 321   }
 322
 323   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 324   {
 325     charWidth = av.getCharWidth();
 326     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 327     charHeight = av.getCharHeight();
 328     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 329     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 330     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 331     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 332     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 333     profcolour = av.getResidueShading();
 334     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 335     {
 336       /*
 337        * Use default colour for sequence logo if
 338        * the alignment has no colourscheme set
 339        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 340        */
 341       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
 342               ? new NucleotideColourScheme()
 343               : new ZappoColourScheme();
 344       profcolour = new ResidueShader(col);
 345     }
 346     columnSelection = av.getColumnSelection();
 347     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 348     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 349     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 350     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 351     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 352   }
 353
 354   /**
 355    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 356    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 357    * depend on the profile type.
 358    *
 359    * @param aa
 360    * @param column
 361    * @return
 362    */
 363   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 364   {
 365     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 366     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 367     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 368     //
 369     if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith("Consensus")
 370             || aa.label.startsWith("cDNA Consensus")))
 371     {
 372       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 373       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 374               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 375       {
 376         // TODO? group consensus for cDNA complement
 377         return AAFrequency.extractProfile(
 378                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 379                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 380       }
 381       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 382       // be stored
 383       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 384       {
 385         if (forComplement)
 386         {
 387           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
 388                   av_ignoreGapsConsensus);
 389         }
 390         else
 391         {
 392           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 393                   av_ignoreGapsConsensus);
 394         }
 395       }
 396     }
 397     else
 398     {
 399       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 400       {
 401         // TODO implement group structure consensus
 402         /*
 403          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 404          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 405          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 406          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 407          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 408          */
 409         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 410         // to
 411         // be stored
 412         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 413                 && hStrucConsensus != null
 414                 && hStrucConsensus.length > column)
 415         {
 416           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 417                   av_ignoreGapsConsensus);
 418         }
 419       }
 420     }
 421     return null;
 422   }
 423
 424   boolean rna = false;
 425
 426   private AnnotationRendererFactoryI rendererFactoryI;
 427
 428   /**
 429    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 430    *
 431    * @param annotPanel
 432    *          container frame
 433    * @param av
 434    *          data and view settings to render
 435    * @param g
 436    *          destination for graphics
 437    * @param activeRow
 438    *          row where a mouse event occured (or -1)
 439    * @param startRes
 440    *          first column that will be drawn
 441    * @param endRes
 442    *          last column that will be drawn
 443    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 444    *         currently being calculated
 445    */
 446   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 447           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 448           int endRes)
 449   {
 450     long stime = System.currentTimeMillis();
 451     boolean usedFaded = false;
 452     // NOTES:
 453     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 454     // AlignViewport
 455     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 456     fm = g.getFontMetrics();
 457     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 458     // int temp = 0;
 459     if (aa == null)
 460     {
 461       return false;
 462     }
 463     int x = 0, y = 0;
 464     int column = 0;
 465     char lastSS;
 466     int lastSSX;
 467     int iconOffset = 0;
 468     boolean validRes = false;
 469     boolean validEnd = false;
 470     boolean labelAllCols = false;
 471     // boolean centreColLabels;
 472     // boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 473     boolean scaleColLabel = false;
 474     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 475             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 476     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 477             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 478     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 479             .getComplementConsensusAnnotation();
 480
 481     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 482     int charOffset = 0; // offset for a label
 483     // \u03B2 \u03B1
 484     // debug ints
 485     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 486     boolean clipst = false, clipend = false;
 487     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 488     {
 489       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 490       boolean renderHistogram = true;
 491       boolean renderProfile = false;
 492       boolean normaliseProfile = false;
 493       boolean isRNA = row.isRNA();
 494
 495       // check if this is a consensus annotation row and set the display
 496       // settings appropriately
 497       // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 498       // data
 499       if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 500       {
 501         renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 502         renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 503         normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 504       }
 505       else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 506               || row == complementConsensusAnnot)
 507       {
 508         renderHistogram = av_renderHistogram;
 509         renderProfile = av_renderProfile;
 510         normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 511       }
 512
 513       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 514       if (!row.visible)
 515       {
 516         continue;
 517       }
 518       // centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 519       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 520       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 521       lastSS = ' ';
 522       lastSSX = 0;
 523
 524       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
 525               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 526       {// if_in_visible_region
 527         if (!clipst)
 528         {
 529           clipst = true;
 530           yfrom = y;
 531           f_i = i;
 532         }
 533         yto = y;
 534         f_to = i;
 535         if (row.graph > 0)
 536         {
 537           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 538           {
 539             continue;
 540           }
 541
 542           // this is so that we draw the characters below the graph
 543           y += row.height;
 544
 545           if (row.hasText)
 546           {
 547             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 548             y -= charHeight;
 549           }
 550         }
 551         else if (row.hasText)
 552         {
 553           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 554
 555         }
 556         else
 557         {
 558           iconOffset = 0;
 559         }
 560
 561         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 562         {
 563           y += charHeight;
 564           usedFaded = true;
 565           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
 566                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 567           g.setColor(Color.black);
 568           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 569
 570           continue;
 571         }
 572
 573         /*
 574          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 575          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 576          *
 577          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 578          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 579          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 580          *
 581          * g.setColor(Color.black); //
 582          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 583          *
 584          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 585          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 586          *
 587          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 588          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 589          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 590          * g.setColor(Color.black); // /
 591          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 592          *
 593          * continue; }
 594          */
 595         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 596         // column
 597         // of startRes
 598         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 599         while (x < endRes - startRes)
 600         {
 601           if (hasHiddenColumns)
 602           {
 603             column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes + x);
 604             if (column > row_annotations.length - 1)
 605             {
 606               break;
 607             }
 608           }
 609           else
 610           {
 611             column = startRes + x;
 612           }
 613
 614           if ((row_annotations == null)
 615                   || (row_annotations.length <= column)
 616                   || (row_annotations[column] == null))
 617           {
 618             validRes = false;
 619           }
 620           else
 621           {
 622             validRes = true;
 623           }
 624           final String displayChar = validRes
 625                   ? row_annotations[column].displayCharacter
 626                   : null;
 627           if (x > -1)
 628           {
 629             if (activeRow == i)
 630             {
 631               g.setColor(Color.red);
 632
 633               if (columnSelection != null)
 634               {
 635                 if (columnSelection.contains(column))
 636                 {
 637                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 638                 }
 639               }
 640             }
 641             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 642             {
 643               g.setColor(Color.orange);
 644               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 645             }
 646             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 647             {
 648               g.setColor(Color.orange.darker());
 649               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 650             }
 651             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 652                     && (displayChar.length() > 0))
 653             {
 654               Graphics2D gg = ((Graphics2D) g);
 655               float fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 656                       displayChar.length());
 657
 658               /*
 659                * shrink label width to fit in column, if that is
 660                * both configured and necessary
 661                */
 662               boolean scaledToFit = false;
 663               float fmScaling = 1f;
 664               if (scaleColLabel && fmWidth > charWidth)
 665               {
 666                 scaledToFit = true;
 667                 fmScaling = charWidth;
 668                 fmScaling /= fmWidth;
 669                 // and update the label's width to reflect the scaling.
 670                 fmWidth = charWidth;
 671               }
 672
 673               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 674
 675               if (row_annotations[column].colour == null)
 676               {
 677                 gg.setColor(Color.black);
 678               }
 679               else
 680               {
 681                 gg.setColor(row_annotations[column].colour);
 682               }
 683
 684               /*
 685                * draw the label, unless it is the same secondary structure
 686                * symbol (excluding RNA Helix) as the previous column
 687                */
 688               final int xPos = (x * charWidth) + charOffset;
 689               final int yPos = y + iconOffset;
 690
 691               /*
 692                * translate to drawing position _before_ applying any scaling
 693                */
 694               gg.translate(xPos, yPos);
 695               if (scaledToFit)
 696               {
 697                 /*
 698                  * use a scaling transform to make the label narrower
 699                  * (JalviewJS doesn't have Font.deriveFont(AffineTransform))
 700                  */
 701                 gg.transform(
 702                         AffineTransform.getScaleInstance(fmScaling, 1.0));
 703               }
 704               if (column == 0 || row.graph > 0)
 705               {
 706                 gg.drawString(displayChar, 0, 0);
 707               }
 708               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
 709                       || !displayChar.equals(
 710                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
 711                       || (displayChar.length() < 2
 712                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 713               {
 714                 gg.drawString(displayChar, 0, 0);
 715               }
 716               if (scaledToFit)
 717               {
 718                 /*
 719                  * undo scaling before translating back
 720                  * (restoring saved transform does NOT work in JS PDFGraphics!)
 721                  */
 722                 gg.transform(AffineTransform
 723                         .getScaleInstance(1D / fmScaling, 1.0));
 724               }
 725               gg.translate(-xPos, -yPos);
 726             }
 727           }
 728           if (row.hasIcons)
 729           {
 730             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 731                     : '-';
 732
 733             if (ss == '(')
 734             {
 735               // distinguish between forward/backward base-pairing
 736               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 737               {
 738
 739                 ss = ')';
 740
 741               }
 742             }
 743             if (ss == '[')
 744             {
 745               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 746               {
 747                 ss = ']';
 748
 749               }
 750             }
 751             if (ss == '{')
 752             {
 753               // distinguish between forward/backward base-pairing
 754               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 755               {
 756                 ss = '}';
 757
 758               }
 759             }
 760             if (ss == '<')
 761             {
 762               // distinguish between forward/backward base-pairing
 763               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 764               {
 765                 ss = '>';
 766
 767               }
 768             }
 769             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 770             {
 771               // distinguish between forward/backward base-pairing
 772               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 773               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 774               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 775               {
 776                 ss = (char) ssLowerCase;
 777               }
 778             }
 779
 780             if (!validRes || (ss != lastSS))
 781             {
 782
 783               if (x > -1)
 784               {
 785
 786                 // int nb_annot = x - temp;
 787                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre
 788                 // annot :"+nb_annot);
 789                 switch (lastSS)
 790                 {
 791                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 792                 case ')': // and opposite direction
 793                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 794                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 795                   // temp = x;
 796                   break;
 797
 798                 case 'H':
 799                   if (!isRNA)
 800                   {
 801                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 802                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 803                             validEnd);
 804                     break;
 805                   }
 806                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 807                 case 'E':
 808                   if (!isRNA)
 809                   {
 810                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 811                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 812                             validEnd);
 813                     break;
 814                   }
 815                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 816
 817                 case '{':
 818                 case '}':
 819                 case '[':
 820                 case ']':
 821                 case '>':
 822                 case '<':
 823                 case 'A':
 824                 case 'a':
 825                 case 'B':
 826                 case 'b':
 827                 case 'C':
 828                 case 'c':
 829                 case 'D':
 830                 case 'd':
 831                 case 'e':
 832                 case 'F':
 833                 case 'f':
 834                 case 'G':
 835                 case 'g':
 836                 case 'h':
 837                 case 'I':
 838                 case 'i':
 839                 case 'J':
 840                 case 'j':
 841                 case 'K':
 842                 case 'k':
 843                 case 'L':
 844                 case 'l':
 845                 case 'M':
 846                 case 'm':
 847                 case 'N':
 848                 case 'n':
 849                 case 'O':
 850                 case 'o':
 851                 case 'P':
 852                 case 'p':
 853                 case 'Q':
 854                 case 'q':
 855                 case 'R':
 856                 case 'r':
 857                 case 'S':
 858                 case 's':
 859                 case 'T':
 860                 case 't':
 861                 case 'U':
 862                 case 'u':
 863                 case 'V':
 864                 case 'v':
 865                 case 'W':
 866                 case 'w':
 867                 case 'X':
 868                 case 'x':
 869                 case 'Y':
 870                 case 'y':
 871                 case 'Z':
 872                 case 'z':
 873
 874                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 875                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 876                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 877                           validRes, validEnd);
 878                   // temp = x;
 879                   break;
 880                 default:
 881                   g.setColor(Color.gray);
 882                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 883                           (x * charWidth) - lastSSX, 2);
 884                   // temp = x;
 885                   break;
 886                 }
 887               }
 888               if (validRes)
 889               {
 890                 lastSS = ss;
 891               }
 892               else
 893               {
 894                 lastSS = ' ';
 895               }
 896               if (x > -1)
 897               {
 898                 lastSSX = (x * charWidth);
 899               }
 900             }
 901           }
 902           column++;
 903           x++;
 904         }
 905         if (column >= row_annotations.length)
 906         {
 907           column = row_annotations.length - 1;
 908           validEnd = false;
 909         }
 910         else
 911         {
 912           validEnd = true;
 913         }
 914         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 915                 || (row_annotations[column] == null))
 916         {
 917           validRes = false;
 918         }
 919         else
 920         {
 921           validRes = true;
 922         }
 923         // x ++;
 924
 925         if (row.hasIcons)
 926         {
 927           switch (lastSS)
 928           {
 929
 930           case 'H':
 931             if (!isRNA)
 932             {
 933               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 934                       startRes, column, validRes, validEnd);
 935               break;
 936             }
 937             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 938
 939           case 'E':
 940             if (!isRNA)
 941             {
 942               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 943                       startRes, column, validRes, validEnd);
 944               break;
 945             }
 946             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 947
 948           case '(':
 949           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 950
 951             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 952                     startRes, column, validRes, validEnd);
 953
 954             break;
 955           case '{':
 956           case '}':
 957           case '[':
 958           case ']':
 959           case '>':
 960           case '<':
 961           case 'A':
 962           case 'a':
 963           case 'B':
 964           case 'b':
 965           case 'C':
 966           case 'c':
 967           case 'D':
 968           case 'd':
 969           case 'e':
 970           case 'F':
 971           case 'f':
 972           case 'G':
 973           case 'g':
 974           case 'h':
 975           case 'I':
 976           case 'i':
 977           case 'J':
 978           case 'j':
 979           case 'K':
 980           case 'k':
 981           case 'L':
 982           case 'l':
 983           case 'M':
 984           case 'm':
 985           case 'N':
 986           case 'n':
 987           case 'O':
 988           case 'o':
 989           case 'P':
 990           case 'p':
 991           case 'Q':
 992           case 'q':
 993           case 'R':
 994           case 'r':
 995           case 'T':
 996           case 't':
 997           case 'U':
 998           case 'u':
 999           case 'V':
1000           case 'v':
1001           case 'W':
1002           case 'w':
1003           case 'X':
1004           case 'x':
1005           case 'Y':
1006           case 'y':
1007           case 'Z':
1008           case 'z':
1009             // System.out.println(lastSS);
1010             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
1011             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
1012                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
1013             break;
1014           default:
1015             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
1016                     startRes, column, validRes, validEnd);
1017             break;
1018           }
1019         }
1020
1021         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1022         {
1023           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1024           {
1025             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1026             {
1027               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1028               // computed efficiently for all visible labels
1029               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1030               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1031               {
1032                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1033                 {
1034                   continue;
1035                 }
1036
1037                 if (aa[gg] != row)
1038                 {
1039                   aa[gg].visible = false;
1040                 }
1041                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1042                 {
1043                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1044                 }
1045                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1046                 {
1047                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1048                 }
1049               }
1050
1051               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1052               {
1053                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1054                 {
1055                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1056                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1057                 }
1058               }
1059
1060               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1061             }
1062             else
1063             {
1064               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1065                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1066             }
1067           }
1068           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1069           {
1070             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1071                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1072                     renderProfile, normaliseProfile);
1073           }
1074           else
1075           {
1076             AnnotationRowRendererI renderer = rendererFactoryI
1077                     .getRendererFor(row);
1078             if (renderer != null)
1079             {
1080               renderer.renderRow(g, charWidth, charHeight,
1081                       hasHiddenColumns, av, hiddenColumns, columnSelection,
1082                       row, row_annotations, startRes, endRes, row.graphMin,
1083                       row.graphMax, y);
1084             }
1085             if (debugRedraw)
1086             {
1087               if (renderer == null)
1088               {
1089                 System.err.println("No renderer found for "
1090                         + row.toString());
1091               }
1092               else
1093               {
1094                 System.err.println("rendered with "
1095                         + renderer.getClass().toString());
1096               }
1097             }
1098
1099           }
1100         }
1101       }
1102       else
1103       {
1104         if (clipst && !clipend)
1105         {
1106           clipend = true;
1107         }
1108       } // end if_in_visible_region
1109       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1110       {
1111         y += charHeight;
1112       }
1113
1114       if (row.graph == 0)
1115       {
1116         y += aa[i].height;
1117       }
1118     }
1119     if (debugRedraw)
1120     {
1121       if (canClip)
1122       {
1123         if (clipst)
1124         {
1125           System.err.println(
1126                   "Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1127         }
1128         if (clipend)
1129         {
1130           System.err.println(
1131                   "End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1132         }
1133       }
1134       ;
1135       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1136               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1137     }
1138     ;
1139
1140     return !usedFaded;
1141   }
1142
1143   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1144
1145   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1146
1147   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1148
1149   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1150
1151   // private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1152
1153   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1154           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1155           boolean validEnd)
1156   {
1157     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1158     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1159   }
1160
1161   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1162
1163           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1164           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1165   {
1166     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1167
1168     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1169             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1170     {
1171       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX - 4,
1172               7);
1173       g.fillPolygon(
1174               new int[]
1175               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1176               new int[]
1177               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1178               3);
1179     }
1180     else
1181     {
1182       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth - lastSSX,
1183               7);
1184     }
1185
1186   }
1187
1188   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1189           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1190           boolean validEnd)
1191   {
1192     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1193
1194     int sCol = (lastSSX / charWidth)
1195             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
1196     int x1 = lastSSX;
1197     int x2 = (x * charWidth);
1198
1199     if (USE_FILL_ROUND_RECT)
1200     {
1201       int ofs = charWidth / 2;
1202       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1203       // to offscreen image on the MAC
1204       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1205       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1206               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1207       {
1208       }
1209       else
1210       {
1211         // g.setColor(Color.orange);
1212         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1213                 0, 0);
1214       }
1215       if (!validRes || row[column] == null
1216               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1217       {
1218
1219       }
1220       else
1221       {
1222         // g.setColor(Color.magenta);
1223         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset,
1224                 x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
1225
1226       }
1227
1228       return;
1229     }
1230
1231     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1232             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1233     {
1234       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1235       x1 += charWidth / 2;
1236     }
1237
1238     if (!validRes || row[column] == null
1239             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1240     {
1241       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1242               8, 270, 180);
1243       x2 -= charWidth / 2;
1244     }
1245
1246     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1247   }
1248
1249   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1250           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1251           float max, int graphHeight)
1252   {
1253     if (sRes > aa_annotations.length)
1254     {
1255       return;
1256     }
1257
1258     int x = 0;
1259
1260     // Adjustment for fastpaint to left
1261     if (eRes < endRes)
1262     {
1263       eRes++;
1264     }
1265
1266     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1267
1268     if (sRes == 0)
1269     {
1270       x++;
1271     }
1272
1273     int y1 = y, y2 = y;
1274     float range = max - min;
1275
1276     // //Draw origin
1277     if (min < 0)
1278     {
1279       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1280     }
1281
1282     g.setColor(Color.gray);
1283     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1284
1285     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1286
1287     int column;
1288     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1289
1290     while (x < eRes - sRes)
1291     {
1292       column = sRes + x;
1293       if (hasHiddenColumns)
1294       {
1295         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1296       }
1297
1298       if (column > aaMax)
1299       {
1300         break;
1301       }
1302
1303       if (aa_annotations[column] == null
1304               || aa_annotations[column - 1] == null)
1305       {
1306         x++;
1307         continue;
1308       }
1309
1310       if (aa_annotations[column].colour == null)
1311       {
1312         g.setColor(Color.black);
1313       }
1314       else
1315       {
1316         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1317       }
1318
1319       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range)
1320               * graphHeight);
1321       y2 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1322               * graphHeight);
1323
1324       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1,
1325               x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1326       x++;
1327     }
1328
1329     if (_aa.threshold != null)
1330     {
1331       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1332       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1333       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1334               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1335               { 5f, 3f }, 0f));
1336
1337       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1338       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1339       g2.setStroke(new BasicStroke());
1340     }
1341   }
1342
1343   @SuppressWarnings("unused")
1344   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1345           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1346           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1347           boolean normaliseProfile)
1348   {
1349     if (sRes > aa_annotations.length)
1350     {
1351       return;
1352     }
1353     Font ofont = g.getFont();
1354     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1355
1356     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1357
1358     float range = max - min;
1359
1360     if (min < 0)
1361     {
1362       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1363     }
1364
1365     g.setColor(Color.gray);
1366
1367     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1368
1369     int column;
1370     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1371     while (x < eRes - sRes)
1372     {
1373       column = sRes + x;
1374       if (hasHiddenColumns)
1375       {
1376         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1377       }
1378
1379       if (column > aaMax)
1380       {
1381         break;
1382       }
1383
1384       if (aa_annotations[column] == null)
1385       {
1386         x++;
1387         continue;
1388       }
1389       if (aa_annotations[column].colour == null)
1390       {
1391         g.setColor(Color.black);
1392       }
1393       else
1394       {
1395         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1396       }
1397
1398       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1399               * _aa.graphHeight);
1400
1401       if (renderHistogram)
1402       {
1403         if (y1 - y2 > 0)
1404         {
1405           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1406         }
1407         else
1408         {
1409           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1410         }
1411       }
1412       // draw profile if available
1413       if (renderProfile)
1414       {
1415
1416         /*
1417          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1418          */
1419         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1420
1421         // just try to draw the logo if profl is not null
1422         if (profl != null && profl[2] != 0)
1423         {
1424           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1425           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1426           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1427           final double normaliseFactor = normaliseProfile ? _aa.graphHeight
1428                   : (y2 - y1);
1429
1430           /**
1431            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1432            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1433            */
1434           char[] dc = new char[isStructureProfile ? 2
1435                   : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1436
1437           // lm is not necessary - we can just use fm - could be off by no more
1438           // than 0.5 px
1439           // LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1440           // System.out.println(asc + " " + dec + " " + (asc - lm.getAscent())
1441           // + " " + (dec - lm.getDescent()));
1442
1443           double asc = fm.getAscent();
1444           double dec = fm.getDescent();
1445           double fht = fm.getHeight();
1446
1447           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1448           // float ofontHeight = 1f / fm.getAscent();// magnify to fill box
1449
1450           /*
1451            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1452            */
1453
1454           float ht2 = ht;
1455
1456           // profl[1] is the number of values in the profile
1457           for (int i = 0, c = 3, last = profl[1]; i < last; i++)
1458           {
1459
1460             String s;
1461             if (isStructureProfile)
1462             {
1463               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1464               dc[0] = (char) profl[c++];
1465               dc[1] = (char) profl[c++];
1466               s = new String(dc);
1467             }
1468             else if (isCdnaProfile)
1469             {
1470               CodingUtils.decodeCodon2(profl[c++], dc);
1471               s = new String(dc);
1472             }
1473             else
1474             {
1475               dc[0] = (char) profl[c++];
1476               s = new String(dc);
1477             }
1478             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1479
1480             int percent = profl[c++];
1481             if (percent == 0)
1482             {
1483               // failsafe in case a count rounds down to 0%
1484               continue;
1485             }
1486             double newHeight = normaliseFactor * scale * percent;
1487
1488             /*
1489              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1490              * codon translation if a cDNA profile
1491              */
1492             Color colour = null;
1493             if (isCdnaProfile)
1494             {
1495               final String codonTranslation = ResidueProperties
1496                       .codonTranslate(s);
1497               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1498                       column, null);
1499             }
1500             else
1501             {
1502               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1503             }
1504             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1505
1506             // Debug - render boxes around characters
1507             // g.setColor(Color.red);
1508             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1509             // (int)(scl));
1510             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1511
1512             double sx = 1f * charWidth / fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1513             double sy = newHeight / asc;
1514             double newAsc = asc * sy;
1515             double newDec = dec * sy;
1516             // it is not necessary to recalculate lm for the new font.
1517             // note: lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]) must be 0
1518             // by definition. Was:
1519             // int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec);
1520             // - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1521
1522             if (Platform.isJS())
1523             {
1524               /*
1525                * SwingJS does not implement font.deriveFont()
1526                * so use a scaling transform to draw instead,
1527                * this is off by a very small amount
1528                */
1529               final int hght = (int) (ht2 + (newAsc - newDec));
1530               Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
1531               int xShift = (int) Math.round(x * charWidth / sx);
1532               int yShift = (int) Math.round(hght / sy);
1533               gg.transform(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1534               gg.drawString(s, xShift, yShift);
1535               gg.transform(
1536                       AffineTransform.getScaleInstance(1D / sx, 1D / sy));
1537               ht2 += newHeight;
1538             }
1539             else
1540             /**
1541              * Java only
1542              *
1543              * @j2sIgnore
1544              */
1545             {
1546               // Java ('normal') method is to scale the font to fit
1547
1548               final int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec));
1549               Font font = ofont
1550                       .deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1551               g.setFont(font);
1552               g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, hght);
1553               g.setFont(ofont);
1554
1555               ht += newHeight;
1556             }
1557           }
1558         }
1559       }
1560       x++;
1561     }
1562     if (_aa.threshold != null)
1563     {
1564       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1565       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1566       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1567               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1568               { 5f, 3f }, 0f));
1569
1570       y2 = (int) (y
1571               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1572       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1573       g2.setStroke(new BasicStroke());
1574     }
1575   }
1576
1577   // used by overview window
1578   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1579           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1580   {
1581     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1582     g.setColor(Color.white);
1583     g.fillRect(0, 0, width, y);
1584     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1585
1586     int x = 0, height;
1587
1588     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1589     {
1590       if (aa_annotations[j] != null)
1591       {
1592         if (aa_annotations[j].colour == null)
1593         {
1594           g.setColor(Color.black);
1595         }
1596         else
1597         {
1598           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1599         }
1600
1601         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1602         if (height > y)
1603         {
1604           height = y;
1605         }
1606
1607         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1608       }
1609       x += charWidth;
1610     }
1611   }
1612
1613   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1614   {
1615     switch (lastss)
1616     {
1617     case '{':
1618     case '}':
1619       return new Color(255, 125, 5);
1620
1621     case '[':
1622     case ']':
1623       return new Color(245, 115, 10);
1624
1625     case '>':
1626     case '<':
1627       return new Color(235, 135, 15);
1628
1629     case 'A':
1630     case 'a':
1631       return new Color(225, 105, 20);
1632
1633     case 'B':
1634     case 'b':
1635       return new Color(215, 145, 30);
1636
1637     case 'C':
1638     case 'c':
1639       return new Color(205, 95, 35);
1640
1641     case 'D':
1642     case 'd':
1643       return new Color(195, 155, 45);
1644
1645     case 'E':
1646     case 'e':
1647       return new Color(185, 85, 55);
1648
1649     case 'F':
1650     case 'f':
1651       return new Color(175, 165, 65);
1652
1653     case 'G':
1654     case 'g':
1655       return new Color(170, 75, 75);
1656
1657     case 'H':
1658     case 'h':
1659       return new Color(160, 175, 85);
1660
1661     case 'I':
1662     case 'i':
1663       return new Color(150, 65, 95);
1664
1665     case 'J':
1666     case 'j':
1667       return new Color(140, 185, 105);
1668
1669     case 'K':
1670     case 'k':
1671       return new Color(130, 55, 110);
1672
1673     case 'L':
1674     case 'l':
1675       return new Color(120, 195, 120);
1676
1677     case 'M':
1678     case 'm':
1679       return new Color(110, 45, 130);
1680
1681     case 'N':
1682     case 'n':
1683       return new Color(100, 205, 140);
1684
1685     case 'O':
1686     case 'o':
1687       return new Color(90, 35, 150);
1688
1689     case 'P':
1690     case 'p':
1691       return new Color(85, 215, 160);
1692
1693     case 'Q':
1694     case 'q':
1695       return new Color(75, 25, 170);
1696
1697     case 'R':
1698     case 'r':
1699       return new Color(65, 225, 180);
1700
1701     case 'S':
1702     case 's':
1703       return new Color(55, 15, 185);
1704
1705     case 'T':
1706     case 't':
1707       return new Color(45, 235, 195);
1708
1709     case 'U':
1710     case 'u':
1711       return new Color(35, 5, 205);
1712
1713     case 'V':
1714     case 'v':
1715       return new Color(25, 245, 215);
1716
1717     case 'W':
1718     case 'w':
1719       return new Color(15, 0, 225);
1720
1721     case 'X':
1722     case 'x':
1723       return new Color(10, 255, 235);
1724
1725     case 'Y':
1726     case 'y':
1727       return new Color(5, 150, 245);
1728
1729     case 'Z':
1730     case 'z':
1731       return new Color(0, 80, 255);
1732
1733     default:
1734       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1735       return null;
1736
1737     }
1738   }
1739 }