src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  37 import jalview.util.Platform;
  38
  39 import java.awt.BasicStroke;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.FontMetrics;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.Graphics2D;
  45 import java.awt.Image;
  46 import java.awt.geom.AffineTransform;
  47 import java.awt.image.ImageObserver;
  48 import java.util.BitSet;
  49 import java.util.Hashtable;
  50
  51 public class AnnotationRenderer
  52 {
  53   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  54
  55   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  56
  57   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  58
  59   /**
  60    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  61    */
  62   private final boolean debugRedraw;
  63
  64   private int charWidth, endRes, charHeight;
  65
  66   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  67
  68   private FontMetrics fm;
  69
  70   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  71
  72   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  73           av_normaliseProfile = false;
  74
  75   ResidueShaderI profcolour = null;
  76
  77   private ColumnSelection columnSelection;
  78
  79   private HiddenColumns hiddenColumns;
  80
  81   private ProfilesI hconsensus;
  82
  83   private Hashtable[] complementConsensus;
  84
  85   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  86
  87   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  88
  89   /**
  90    * attributes set from AwtRenderPanelI
  91    */
  92   /**
  93    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  94    * rendered
  95    */
  96   private Image fadedImage;
  97
  98   /**
  99    * panel being rendered into
 100    */
 101   private ImageObserver annotationPanel;
 102
 103   /**
 104    * width of image to render in panel
 105    */
 106   private int imgWidth;
 107
 108   /**
 109    * offset to beginning of visible area
 110    */
 111   private int sOffset;
 112
 113   /**
 114    * offset to end of visible area
 115    */
 116   private int visHeight;
 117
 118   /**
 119    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 120    * annotation given the current view settings
 121    */
 122   private boolean useClip = true;
 123
 124   /**
 125    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 126    * jalview 2.8.1
 127    */
 128   private boolean canClip = false;
 129
 130   public AnnotationRenderer()
 131   {
 132     this(false);
 133   }
 134
 135   /**
 136    * Create a new annotation Renderer
 137    *
 138    * @param debugRedraw
 139    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 140    *          output
 141    */
 142   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 143   {
 144     this.debugRedraw = debugRedraw;
 145   }
 146
 147   /**
 148    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 149    */
 150   public void dispose()
 151   {
 152     hconsensus = null;
 153     complementConsensus = null;
 154     hStrucConsensus = null;
 155     fadedImage = null;
 156     annotationPanel = null;
 157   }
 158
 159   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 160           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 161           boolean validRes, boolean validEnd)
 162   {
 163     g.setColor(STEM_COLOUR);
 164     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 165             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 166     int x1 = lastSSX;
 167     int x2 = (x * charWidth);
 168
 169     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 170             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 171
 172     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 173             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 174     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 175             || row_annotations[column] == null
 176             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 177
 178     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 179     {
 180       if (diffupstream)
 181       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 182       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 183       {
 184         /*
 185          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 186          * display a backward arrow
 187          */
 188         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 189                 new int[]
 190                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 191                 3);
 192         x1 += 5;
 193       }
 194       if (diffdownstream)
 195       {
 196         x2 -= 1;
 197       }
 198     }
 199     else
 200     {
 201       // display a forward arrow
 202       if (diffdownstream)
 203       {
 204         /*
 205          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 206          * display a forward arrow
 207          */
 208         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 209                 new int[]
 210                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 211                 3);
 212         x2 -= 5;
 213       }
 214       if (diffupstream)
 215       {
 216         x1 += 1;
 217       }
 218     }
 219     // draw arrow body
 220     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 221   }
 222
 223   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 224           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 225           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 226           boolean validEnd)
 227   {
 228     // System.out.println(nonCanColor);
 229
 230     g.setColor(nonCanColor);
 231     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 232             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 233     int x1 = lastSSX;
 234     int x2 = (x * charWidth);
 235
 236     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 237             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 238
 239     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 240             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 241     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 242             || row_annotations[column] == null
 243             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 244     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+"
 245     // down:"+diffdownstream);
 246     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 247     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 248     {
 249
 250       if (diffupstream)
 251       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 252       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 253       {
 254         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 255                 new int[]
 256                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 257                 3);
 258         x1 += 5;
 259       }
 260       if (diffdownstream)
 261       {
 262         x2 -= 1;
 263       }
 264     }
 265     else
 266     {
 267
 268       // display a forward arrow
 269       if (diffdownstream)
 270       {
 271         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 272                 new int[]
 273                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 274                 3);
 275         x2 -= 5;
 276       }
 277       if (diffupstream)
 278       {
 279         x1 += 1;
 280       }
 281     }
 282     // draw arrow body
 283     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 284   }
 285
 286   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 287   // av)
 288   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 289           AlignViewportI av)
 290   {
 291     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 292     annotationPanel = annotPanel;
 293     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 294     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 295     // visible area for rendering
 296     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 297     if (bounds != null)
 298     {
 299       sOffset = bounds[0];
 300       visHeight = bounds[1];
 301       if (visHeight == 0)
 302       {
 303         useClip = false;
 304       }
 305       else
 306       {
 307         useClip = canClip;
 308       }
 309     }
 310     else
 311     {
 312       useClip = false;
 313     }
 314
 315     updateFromAlignViewport(av);
 316   }
 317
 318   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 319   {
 320     charWidth = av.getCharWidth();
 321     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 322     charHeight = av.getCharHeight();
 323     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 324     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 325     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 326     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 327     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 328     profcolour = av.getResidueShading();
 329     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 330     {
 331       /*
 332        * Use default colour for sequence logo if
 333        * the alignment has no colourscheme set
 334        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 335        */
 336       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
 337               ? new NucleotideColourScheme()
 338               : new ZappoColourScheme();
 339       profcolour = new ResidueShader(col);
 340     }
 341     columnSelection = av.getColumnSelection();
 342     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 343     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 344     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 345     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 346     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 347   }
 348
 349   /**
 350    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 351    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 352    * depend on the profile type.
 353    *
 354    * @param aa
 355    * @param column
 356    * @return
 357    */
 358   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 359   {
 360     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 361     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 362     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 363     //
 364     if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith("Consensus")
 365             || aa.label.startsWith("cDNA Consensus")))
 366     {
 367       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 368       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 369               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 370       {
 371         // TODO? group consensus for cDNA complement
 372         return AAFrequency.extractProfile(
 373                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 374                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 375       }
 376       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 377       // be stored
 378       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 379       {
 380         if (forComplement)
 381         {
 382           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
 383                   av_ignoreGapsConsensus);
 384         }
 385         else
 386         {
 387           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 388                   av_ignoreGapsConsensus);
 389         }
 390       }
 391     }
 392     else
 393     {
 394       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 395       {
 396         // TODO implement group structure consensus
 397         /*
 398          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 399          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 400          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 401          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 402          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 403          */
 404         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 405         // to
 406         // be stored
 407         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 408                 && hStrucConsensus != null
 409                 && hStrucConsensus.length > column)
 410         {
 411           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 412                   av_ignoreGapsConsensus);
 413         }
 414       }
 415     }
 416     return null;
 417   }
 418
 419   boolean rna = false;
 420
 421   /**
 422    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 423    *
 424    * @param annotPanel
 425    *          container frame
 426    * @param av
 427    *          data and view settings to render
 428    * @param g
 429    *          destination for graphics
 430    * @param activeRow
 431    *          row where a mouse event occured (or -1)
 432    * @param startRes
 433    *          first column that will be drawn
 434    * @param endRes
 435    *          last column that will be drawn
 436    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 437    *         currently being calculated
 438    */
 439   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 440           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 441           int endRes)
 442   {
 443     long stime = System.currentTimeMillis();
 444     boolean usedFaded = false;
 445     // NOTES:
 446     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 447     // AlignViewport
 448     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 449     fm = g.getFontMetrics();
 450     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 451     int temp = 0;
 452     if (aa == null)
 453     {
 454       return false;
 455     }
 456     int x = 0, y = 0;
 457     int column = 0;
 458     char lastSS;
 459     int lastSSX;
 460     int iconOffset = 0;
 461     boolean validRes = false;
 462     boolean validEnd = false;
 463     boolean labelAllCols = false;
 464     boolean centreColLabels;
 465     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 466     boolean scaleColLabel = false;
 467     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 468             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 469     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 470             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 471     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 472             .getComplementConsensusAnnotation();
 473     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true,
 474             normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 475
 476     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 477     int charOffset = 0; // offset for a label
 478     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 479     // column.
 480     Font ofont = g.getFont();
 481     // \u03B2 \u03B1
 482     // debug ints
 483     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 484     boolean clipst = false, clipend = false;
 485     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 486     {
 487       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 488       isRNA = row.isRNA();
 489       {
 490         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 491         // settings appropriately
 492         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 493         // data
 494         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 495         {
 496           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 497           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 498           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 499         }
 500         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 501                 || row == complementConsensusAnnot)
 502         {
 503           renderHistogram = av_renderHistogram;
 504           renderProfile = av_renderProfile;
 505           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 506         }
 507         else
 508         {
 509           renderHistogram = true;
 510           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 511           // currently used in any other annotation track renderer
 512         }
 513       }
 514       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 515       if (!row.visible)
 516       {
 517         continue;
 518       }
 519       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 520       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 521       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 522       lastSS = ' ';
 523       lastSSX = 0;
 524
 525       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
 526               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 527       {// if_in_visible_region
 528         if (!clipst)
 529         {
 530           clipst = true;
 531           yfrom = y;
 532           f_i = i;
 533         }
 534         yto = y;
 535         f_to = i;
 536         if (row.graph > 0)
 537         {
 538           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 539           {
 540             continue;
 541           }
 542
 543           // this is so that we draw the characters below the graph
 544           y += row.height;
 545
 546           if (row.hasText)
 547           {
 548             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 549             y -= charHeight;
 550           }
 551         }
 552         else if (row.hasText)
 553         {
 554           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 555
 556         }
 557         else
 558         {
 559           iconOffset = 0;
 560         }
 561
 562         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 563         {
 564           y += charHeight;
 565           usedFaded = true;
 566           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
 567                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 568           g.setColor(Color.black);
 569           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 570
 571           continue;
 572         }
 573
 574         /*
 575          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 576          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 577          *
 578          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 579          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 580          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 581          *
 582          * g.setColor(Color.black); //
 583          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 584          *
 585          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 586          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 587          *
 588          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 589          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 590          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 591          * g.setColor(Color.black); // /
 592          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 593          *
 594          * continue; }
 595          */
 596         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 597         // column
 598         // of startRes
 599         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 600         while (x < endRes - startRes)
 601         {
 602           if (hasHiddenColumns)
 603           {
 604             column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes + x);
 605             if (column > row_annotations.length - 1)
 606             {
 607               break;
 608             }
 609           }
 610           else
 611           {
 612             column = startRes + x;
 613           }
 614
 615           if ((row_annotations == null)
 616                   || (row_annotations.length <= column)
 617                   || (row_annotations[column] == null))
 618           {
 619             validRes = false;
 620           }
 621           else
 622           {
 623             validRes = true;
 624           }
 625           final String displayChar = validRes
 626                   ? row_annotations[column].displayCharacter
 627                   : null;
 628           if (x > -1)
 629           {
 630             if (activeRow == i)
 631             {
 632               g.setColor(Color.red);
 633
 634               if (columnSelection != null)
 635               {
 636                 if (columnSelection.contains(column))
 637                 {
 638                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 639                 }
 640               }
 641             }
 642             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 643             {
 644               g.setColor(Color.orange);
 645               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 646             }
 647             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 648             {
 649               g.setColor(Color.orange.darker());
 650               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 651             }
 652             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 653                     && (displayChar.length() > 0))
 654             {
 655               Graphics2D gg = ((Graphics2D) g);
 656               AffineTransform t = gg.getTransform();
 657               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 658                       displayChar.length());
 659               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 660               {
 661                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 662                 // displayChar.length());
 663                 //
 664                 // if (scaleColLabel)
 665                 // {
 666                 // justify the label and scale to fit in column
 667                 if (fmWidth > charWidth)
 668                 {
 669                   // scale only if the current font isn't already small enough
 670                   fmScaling = charWidth;
 671                   fmScaling /= fmWidth;
 672                   gg.setFont(ofont);
 673                   gg.transform(
 674                           AffineTransform.getScaleInstance(fmScaling, 1.0));
 675                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 676                   fmWidth = charWidth;
 677                 }
 678                 // }
 679               }
 680               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 681               // else
 682               // {
 683               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 684               // }
 685               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 686
 687               if (row_annotations[column].colour == null)
 688               {
 689                 gg.setColor(Color.black);
 690               }
 691               else
 692               {
 693                 gg.setColor(row_annotations[column].colour);
 694               }
 695
 696               if (column == 0 || row.graph > 0)
 697               {
 698                 gg.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset,
 699                         y + iconOffset);
 700               }
 701               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
 702                       || !displayChar.equals(
 703                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
 704                       || (displayChar.length() < 2
 705                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 706               {
 707                 gg.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset,
 708                         y + iconOffset);
 709               }
 710               g.setFont(ofont);
 711               gg.setTransform(t);
 712             }
 713           }
 714           if (row.hasIcons)
 715           {
 716             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 717                     : '-';
 718
 719             if (ss == '(')
 720             {
 721               // distinguish between forward/backward base-pairing
 722               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 723               {
 724
 725                 ss = ')';
 726
 727               }
 728             }
 729             if (ss == '[')
 730             {
 731               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 732               {
 733                 ss = ']';
 734
 735               }
 736             }
 737             if (ss == '{')
 738             {
 739               // distinguish between forward/backward base-pairing
 740               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 741               {
 742                 ss = '}';
 743
 744               }
 745             }
 746             if (ss == '<')
 747             {
 748               // distinguish between forward/backward base-pairing
 749               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 750               {
 751                 ss = '>';
 752
 753               }
 754             }
 755             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 756             {
 757               // distinguish between forward/backward base-pairing
 758               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 759               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 760               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 761               {
 762                 ss = (char) ssLowerCase;
 763               }
 764             }
 765
 766             if (!validRes || (ss != lastSS))
 767             {
 768
 769               if (x > -1)
 770               {
 771
 772                 int nb_annot = x - temp;
 773                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre
 774                 // annot :"+nb_annot);
 775                 switch (lastSS)
 776                 {
 777                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 778                 case ')': // and opposite direction
 779                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 780                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 781                   temp = x;
 782                   break;
 783
 784                 case 'H':
 785                   if (!isRNA)
 786                   {
 787                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 788                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 789                             validEnd);
 790                     break;
 791                   }
 792                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 793                 case 'E':
 794                   if (!isRNA)
 795                   {
 796                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 797                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 798                             validEnd);
 799                     break;
 800                   }
 801                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 802
 803                 case '{':
 804                 case '}':
 805                 case '[':
 806                 case ']':
 807                 case '>':
 808                 case '<':
 809                 case 'A':
 810                 case 'a':
 811                 case 'B':
 812                 case 'b':
 813                 case 'C':
 814                 case 'c':
 815                 case 'D':
 816                 case 'd':
 817                 case 'e':
 818                 case 'F':
 819                 case 'f':
 820                 case 'G':
 821                 case 'g':
 822                 case 'h':
 823                 case 'I':
 824                 case 'i':
 825                 case 'J':
 826                 case 'j':
 827                 case 'K':
 828                 case 'k':
 829                 case 'L':
 830                 case 'l':
 831                 case 'M':
 832                 case 'm':
 833                 case 'N':
 834                 case 'n':
 835                 case 'O':
 836                 case 'o':
 837                 case 'P':
 838                 case 'p':
 839                 case 'Q':
 840                 case 'q':
 841                 case 'R':
 842                 case 'r':
 843                 case 'S':
 844                 case 's':
 845                 case 'T':
 846                 case 't':
 847                 case 'U':
 848                 case 'u':
 849                 case 'V':
 850                 case 'v':
 851                 case 'W':
 852                 case 'w':
 853                 case 'X':
 854                 case 'x':
 855                 case 'Y':
 856                 case 'y':
 857                 case 'Z':
 858                 case 'z':
 859
 860                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 861                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 862                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 863                           validRes, validEnd);
 864                   temp = x;
 865                   break;
 866                 default:
 867                   g.setColor(Color.gray);
 868                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 869                           (x * charWidth) - lastSSX, 2);
 870                   temp = x;
 871                   break;
 872                 }
 873               }
 874               if (validRes)
 875               {
 876                 lastSS = ss;
 877               }
 878               else
 879               {
 880                 lastSS = ' ';
 881               }
 882               if (x > -1)
 883               {
 884                 lastSSX = (x * charWidth);
 885               }
 886             }
 887           }
 888           column++;
 889           x++;
 890         }
 891         if (column >= row_annotations.length)
 892         {
 893           column = row_annotations.length - 1;
 894           validEnd = false;
 895         }
 896         else
 897         {
 898           validEnd = true;
 899         }
 900         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 901                 || (row_annotations[column] == null))
 902         {
 903           validRes = false;
 904         }
 905         else
 906         {
 907           validRes = true;
 908         }
 909         // x ++;
 910
 911         if (row.hasIcons)
 912         {
 913           switch (lastSS)
 914           {
 915
 916           case 'H':
 917             if (!isRNA)
 918             {
 919               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 920                       startRes, column, validRes, validEnd);
 921               break;
 922             }
 923             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 924
 925           case 'E':
 926             if (!isRNA)
 927             {
 928               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 929                       startRes, column, validRes, validEnd);
 930               break;
 931             }
 932             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 933
 934           case '(':
 935           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 936
 937             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 938                     startRes, column, validRes, validEnd);
 939
 940             break;
 941           case '{':
 942           case '}':
 943           case '[':
 944           case ']':
 945           case '>':
 946           case '<':
 947           case 'A':
 948           case 'a':
 949           case 'B':
 950           case 'b':
 951           case 'C':
 952           case 'c':
 953           case 'D':
 954           case 'd':
 955           case 'e':
 956           case 'F':
 957           case 'f':
 958           case 'G':
 959           case 'g':
 960           case 'h':
 961           case 'I':
 962           case 'i':
 963           case 'J':
 964           case 'j':
 965           case 'K':
 966           case 'k':
 967           case 'L':
 968           case 'l':
 969           case 'M':
 970           case 'm':
 971           case 'N':
 972           case 'n':
 973           case 'O':
 974           case 'o':
 975           case 'P':
 976           case 'p':
 977           case 'Q':
 978           case 'q':
 979           case 'R':
 980           case 'r':
 981           case 'T':
 982           case 't':
 983           case 'U':
 984           case 'u':
 985           case 'V':
 986           case 'v':
 987           case 'W':
 988           case 'w':
 989           case 'X':
 990           case 'x':
 991           case 'Y':
 992           case 'y':
 993           case 'Z':
 994           case 'z':
 995             // System.out.println(lastSS);
 996             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 997             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 998                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 999             break;
1000           default:
1001             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
1002                     startRes, column, validRes, validEnd);
1003             break;
1004           }
1005         }
1006
1007         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1008         {
1009           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1010           {
1011             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1012             {
1013               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1014               // computed efficiently for all visible labels
1015               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1016               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1017               {
1018                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1019                 {
1020                   continue;
1021                 }
1022
1023                 if (aa[gg] != row)
1024                 {
1025                   aa[gg].visible = false;
1026                 }
1027                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1028                 {
1029                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1030                 }
1031                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1032                 {
1033                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1034                 }
1035               }
1036
1037               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1038               {
1039                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1040                 {
1041                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1042                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1043                 }
1044               }
1045
1046               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1047             }
1048             else
1049             {
1050               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1051                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1052             }
1053           }
1054           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1055           {
1056             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1057                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1058                     renderProfile, normaliseProfile);
1059           }
1060         }
1061       }
1062       else
1063       {
1064         if (clipst && !clipend)
1065         {
1066           clipend = true;
1067         }
1068       } // end if_in_visible_region
1069       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1070       {
1071         y += charHeight;
1072       }
1073
1074       if (row.graph == 0)
1075       {
1076         y += aa[i].height;
1077       }
1078     }
1079     if (debugRedraw)
1080     {
1081       if (canClip)
1082       {
1083         if (clipst)
1084         {
1085           System.err.println(
1086                   "Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1087         }
1088         if (clipend)
1089         {
1090           System.err.println(
1091                   "End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1092         }
1093       }
1094       ;
1095       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1096               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1097     }
1098     ;
1099
1100     return !usedFaded;
1101   }
1102
1103   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1104
1105   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1106
1107   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1108
1109   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1110
1111   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1112
1113   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1114           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1115           boolean validEnd)
1116   {
1117     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1118     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1119   }
1120
1121   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1122
1123           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1124           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1125   {
1126     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1127
1128     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1129             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1130     {
1131       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX - 4,
1132               7);
1133       g.fillPolygon(
1134               new int[]
1135               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1136               new int[]
1137               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1138               3);
1139     }
1140     else
1141     {
1142       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth - lastSSX,
1143               7);
1144     }
1145
1146   }
1147
1148   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1149           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1150           boolean validEnd)
1151   {
1152     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1153
1154     int sCol = (lastSSX / charWidth)
1155             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
1156     int x1 = lastSSX;
1157     int x2 = (x * charWidth);
1158
1159     if (MAC)
1160     {
1161       int ofs = charWidth / 2;
1162       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1163       // to offscreen image on the MAC
1164       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1165       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1166               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1167       {
1168       }
1169       else
1170       {
1171         // g.setColor(Color.orange);
1172         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1173                 0, 0);
1174       }
1175       if (!validRes || row[column] == null
1176               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1177       {
1178
1179       }
1180       else
1181       {
1182         // g.setColor(Color.magenta);
1183         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset,
1184                 x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
1185
1186       }
1187
1188       return;
1189     }
1190
1191     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1192             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1193     {
1194       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1195       x1 += charWidth / 2;
1196     }
1197
1198     if (!validRes || row[column] == null
1199             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1200     {
1201       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1202               8, 270, 180);
1203       x2 -= charWidth / 2;
1204     }
1205
1206     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1207   }
1208
1209   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1210           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1211           float max, int graphHeight)
1212   {
1213     if (sRes > aa_annotations.length)
1214     {
1215       return;
1216     }
1217
1218     int x = 0;
1219
1220     // Adjustment for fastpaint to left
1221     if (eRes < endRes)
1222     {
1223       eRes++;
1224     }
1225
1226     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1227
1228     if (sRes == 0)
1229     {
1230       x++;
1231     }
1232
1233     int y1 = y, y2 = y;
1234     float range = max - min;
1235
1236     // //Draw origin
1237     if (min < 0)
1238     {
1239       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1240     }
1241
1242     g.setColor(Color.gray);
1243     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1244
1245     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1246
1247     int column;
1248     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1249
1250     while (x < eRes - sRes)
1251     {
1252       column = sRes + x;
1253       if (hasHiddenColumns)
1254       {
1255         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1256       }
1257
1258       if (column > aaMax)
1259       {
1260         break;
1261       }
1262
1263       if (aa_annotations[column] == null
1264               || aa_annotations[column - 1] == null)
1265       {
1266         x++;
1267         continue;
1268       }
1269
1270       if (aa_annotations[column].colour == null)
1271       {
1272         g.setColor(Color.black);
1273       }
1274       else
1275       {
1276         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1277       }
1278
1279       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range)
1280               * graphHeight);
1281       y2 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1282               * graphHeight);
1283
1284       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1,
1285               x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1286       x++;
1287     }
1288
1289     if (_aa.threshold != null)
1290     {
1291       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1292       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1293       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1294               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1295               { 5f, 3f }, 0f));
1296
1297       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1298       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1299       g2.setStroke(new BasicStroke());
1300     }
1301   }
1302
1303   @SuppressWarnings("unused")
1304   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1305           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1306           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1307           boolean normaliseProfile)
1308   {
1309     if (sRes > aa_annotations.length)
1310     {
1311       return;
1312     }
1313     Font ofont = g.getFont();
1314     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1315
1316     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1317
1318     float range = max - min;
1319
1320     if (min < 0)
1321     {
1322       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1323     }
1324
1325     g.setColor(Color.gray);
1326
1327     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1328
1329     int column;
1330     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1331     while (x < eRes - sRes)
1332     {
1333       column = sRes + x;
1334       if (hasHiddenColumns)
1335       {
1336         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1337       }
1338
1339       if (column > aaMax)
1340       {
1341         break;
1342       }
1343
1344       if (aa_annotations[column] == null)
1345       {
1346         x++;
1347         continue;
1348       }
1349       if (aa_annotations[column].colour == null)
1350       {
1351         g.setColor(Color.black);
1352       }
1353       else
1354       {
1355         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1356       }
1357
1358       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1359               * _aa.graphHeight);
1360
1361       if (renderHistogram)
1362       {
1363         if (y1 - y2 > 0)
1364         {
1365           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1366         }
1367         else
1368         {
1369           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1370         }
1371       }
1372       // draw profile if available
1373       if (renderProfile)
1374       {
1375
1376         /*
1377          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1378          */
1379         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1380
1381         // just try to draw the logo if profl is not null
1382         if (profl != null && profl[2] != 0)
1383         {
1384           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1385           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1386           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1387           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1388
1389           /**
1390            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1391            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1392            */
1393           char[] dc = new char[isStructureProfile ? 2
1394                   : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1395
1396           // lm is not necessary - we can just use fm - could be off by no more
1397           // than 0.5 px
1398           // LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1399           // System.out.println(asc + " " + dec + " " + (asc - lm.getAscent())
1400           // + " " + (dec - lm.getDescent()));
1401
1402           double asc = fm.getAscent();
1403           double dec = fm.getDescent();
1404           double fht = fm.getHeight();
1405
1406           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1407           // float ofontHeight = 1f / fm.getAscent();// magnify to fill box
1408
1409           /*
1410            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1411            */
1412
1413           float ht2 = ht;
1414
1415           // profl[1] is the number of values in the profile
1416           for (int i = 0, c = 3, last = profl[1]; i < last; i++)
1417           {
1418
1419             String s;
1420             if (isStructureProfile)
1421             {
1422               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1423               dc[0] = (char) profl[c++];
1424               dc[1] = (char) profl[c++];
1425               s = new String(dc);
1426             }
1427             else if (isCdnaProfile)
1428             {
1429               CodingUtils.decodeCodon2(profl[c++], dc);
1430               s = new String(dc);
1431             }
1432             else
1433             {
1434               dc[0] = (char) profl[c++];
1435               s = new String(dc);
1436             }
1437             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1438
1439             double newHeight = htn * scale * profl[c++];
1440
1441             /*
1442              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1443              * codon translation if a cDNA profile
1444              */
1445             Color colour = null;
1446             if (isCdnaProfile)
1447             {
1448               final String codonTranslation = ResidueProperties
1449                       .codonTranslate(s);
1450               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1451                       column, null);
1452             }
1453             else
1454             {
1455               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1456             }
1457             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1458
1459             // Debug - render boxes around characters
1460             // g.setColor(Color.red);
1461             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1462             // (int)(scl));
1463             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1464
1465             double sx = 1f * charWidth / fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1466             double sy = newHeight / asc;
1467             double newAsc = asc * sy;
1468             double newDec = dec * sy;
1469             // it is not necessary to recalculated lm for the new font.
1470             // note: lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]) must be 0
1471             // by definition. Was:
1472             // int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1473
1474             // original:
1475
1476              if (/** @j2sNative false && */ true) {
1477                int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec)); // Q: why " - newDec " ? (0,0) is on the font baseline, I think
1478                Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1479                g.setFont(font);
1480                g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, hght);
1481                ht += newHeight;
1482              } else {
1483               // SwingJS does not implement font.deriveFont()
1484               // this is off by a very small amount.
1485               int hght2 = (int) (ht2 + newAsc);
1486               Graphics2D gg = (Graphics2D) g.create();
1487               gg.setFont(ofont);
1488               gg.transform(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1489               //System.out.println("sx " + sx + " sy " + sy + " " + hght + " " + lm.getDescent() + " " + dec + " " + newDec + " " + lm.getAscent() + " " + asc + " " + newAsc);
1490               gg.drawString(s, (int) (x * charWidth / sx),
1491                       (int) (hght2 / sy));
1492               gg.dispose();
1493               ht2 += newHeight;
1494             }
1495
1496           }
1497           g.setFont(ofont);
1498         }
1499       }
1500       x++;
1501     }
1502     if (_aa.threshold != null)
1503     {
1504       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1505       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1506       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1507               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1508       { 5f, 3f }, 0f));
1509
1510       y2 = (int) (y
1511               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1512       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1513       g2.setStroke(new BasicStroke());
1514     }
1515   }
1516
1517   // used by overview window
1518   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1519           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1520   {
1521     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1522     g.setColor(Color.white);
1523     g.fillRect(0, 0, width, y);
1524     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1525
1526     int x = 0, height;
1527
1528     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1529     {
1530       if (aa_annotations[j] != null)
1531       {
1532         if (aa_annotations[j].colour == null)
1533         {
1534           g.setColor(Color.black);
1535         }
1536         else
1537         {
1538           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1539         }
1540
1541         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1542         if (height > y)
1543         {
1544           height = y;
1545         }
1546
1547         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1548       }
1549       x += charWidth;
1550     }
1551   }
1552
1553   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1554   {
1555     switch (lastss)
1556     {
1557     case '{':
1558     case '}':
1559       return new Color(255, 125, 5);
1560
1561     case '[':
1562     case ']':
1563       return new Color(245, 115, 10);
1564
1565     case '>':
1566     case '<':
1567       return new Color(235, 135, 15);
1568
1569     case 'A':
1570     case 'a':
1571       return new Color(225, 105, 20);
1572
1573     case 'B':
1574     case 'b':
1575       return new Color(215, 145, 30);
1576
1577     case 'C':
1578     case 'c':
1579       return new Color(205, 95, 35);
1580
1581     case 'D':
1582     case 'd':
1583       return new Color(195, 155, 45);
1584
1585     case 'E':
1586     case 'e':
1587       return new Color(185, 85, 55);
1588
1589     case 'F':
1590     case 'f':
1591       return new Color(175, 165, 65);
1592
1593     case 'G':
1594     case 'g':
1595       return new Color(170, 75, 75);
1596
1597     case 'H':
1598     case 'h':
1599       return new Color(160, 175, 85);
1600
1601     case 'I':
1602     case 'i':
1603       return new Color(150, 65, 95);
1604
1605     case 'J':
1606     case 'j':
1607       return new Color(140, 185, 105);
1608
1609     case 'K':
1610     case 'k':
1611       return new Color(130, 55, 110);
1612
1613     case 'L':
1614     case 'l':
1615       return new Color(120, 195, 120);
1616
1617     case 'M':
1618     case 'm':
1619       return new Color(110, 45, 130);
1620
1621     case 'N':
1622     case 'n':
1623       return new Color(100, 205, 140);
1624
1625     case 'O':
1626     case 'o':
1627       return new Color(90, 35, 150);
1628
1629     case 'P':
1630     case 'p':
1631       return new Color(85, 215, 160);
1632
1633     case 'Q':
1634     case 'q':
1635       return new Color(75, 25, 170);
1636
1637     case 'R':
1638     case 'r':
1639       return new Color(65, 225, 180);
1640
1641     case 'S':
1642     case 's':
1643       return new Color(55, 15, 185);
1644
1645     case 'T':
1646     case 't':
1647       return new Color(45, 235, 195);
1648
1649     case 'U':
1650     case 'u':
1651       return new Color(35, 5, 205);
1652
1653     case 'V':
1654     case 'v':
1655       return new Color(25, 245, 215);
1656
1657     case 'W':
1658     case 'w':
1659       return new Color(15, 0, 225);
1660
1661     case 'X':
1662     case 'x':
1663       return new Color(10, 255, 235);
1664
1665     case 'Y':
1666     case 'y':
1667       return new Color(5, 150, 245);
1668
1669     case 'Z':
1670     case 'z':
1671       return new Color(0, 80, 255);
1672
1673     default:
1674       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1675       return null;
1676
1677     }
1678   }
1679 }