src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  32 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  33 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  34 import jalview.util.Platform;
  35
  36 import java.awt.BasicStroke;
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.Font;
  39 import java.awt.FontMetrics;
  40 import java.awt.Graphics;
  41 import java.awt.Graphics2D;
  42 import java.awt.Image;
  43 import java.awt.font.LineMetrics;
  44 import java.awt.geom.AffineTransform;
  45 import java.awt.image.ImageObserver;
  46 import java.util.BitSet;
  47 import java.util.Hashtable;
  48
  49 public class AnnotationRenderer
  50 {
  51   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  52
  53   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  54
  55   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  56
  57   /**
  58    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  59    */
  60   private final boolean debugRedraw;
  61
  62   private int charWidth, endRes, charHeight;
  63
  64   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  65
  66   private FontMetrics fm;
  67
  68   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  69
  70   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  71           av_normaliseProfile = false;
  72
  73   ColourSchemeI profcolour = null;
  74
  75   private ColumnSelection columnSelection;
  76
  77   private ProfilesI hconsensus;
  78
  79   private Hashtable[] complementConsensus;
  80
  81   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  82
  83   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  84
  85   /**
  86    * attributes set from AwtRenderPanelI
  87    */
  88   /**
  89    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  90    * rendered
  91    */
  92   private Image fadedImage;
  93
  94   /**
  95    * panel being rendered into
  96    */
  97   private ImageObserver annotationPanel;
  98
  99   /**
 100    * width of image to render in panel
 101    */
 102   private int imgWidth;
 103
 104   /**
 105    * offset to beginning of visible area
 106    */
 107   private int sOffset;
 108
 109   /**
 110    * offset to end of visible area
 111    */
 112   private int visHeight;
 113
 114   /**
 115    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 116    * annotation given the current view settings
 117    */
 118   private boolean useClip = true;
 119
 120   /**
 121    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 122    * jalview 2.8.1
 123    */
 124   private boolean canClip = false;
 125
 126   public AnnotationRenderer()
 127   {
 128     this(false);
 129   }
 130
 131   /**
 132    * Create a new annotation Renderer
 133    *
 134    * @param debugRedraw
 135    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 136    *          output
 137    */
 138   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 139   {
 140     this.debugRedraw = debugRedraw;
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 145    */
 146   public void dispose()
 147   {
 148     hconsensus = null;
 149     complementConsensus = null;
 150     hStrucConsensus = null;
 151     fadedImage = null;
 152     annotationPanel = null;
 153   }
 154
 155   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 156           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 157           boolean validRes, boolean validEnd)
 158   {
 159     g.setColor(STEM_COLOUR);
 160     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 161     int x1 = lastSSX;
 162     int x2 = (x * charWidth);
 163
 164     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 165             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 166
 167     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 168             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 169     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 170             || row_annotations[column] == null
 171             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 172
 173     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 174     {
 175       if (diffupstream)
 176       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 177       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 178       {
 179         /*
 180          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 181          * display a backward arrow
 182          */
 183         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 184                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 185                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 186         x1 += 5;
 187       }
 188       if (diffdownstream)
 189       {
 190         x2 -= 1;
 191       }
 192     }
 193     else
 194     {
 195       // display a forward arrow
 196       if (diffdownstream)
 197       {
 198         /*
 199          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 200          * display a forward arrow
 201          */
 202         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 203             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 204         x2 -= 5;
 205       }
 206       if (diffupstream)
 207       {
 208         x1 += 1;
 209       }
 210     }
 211     // draw arrow body
 212     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 213   }
 214
 215   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 216           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 217           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 218           boolean validEnd)
 219   {
 220     // System.out.println(nonCanColor);
 221
 222     g.setColor(nonCanColor);
 223     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 224     int x1 = lastSSX;
 225     int x2 = (x * charWidth);
 226
 227     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 228             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 229
 230     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 231             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 232     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 233             || row_annotations[column] == null
 234             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 235     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 236     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 237     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 238     {
 239
 240       if (diffupstream)
 241       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 242       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 243       {
 244         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 245                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 246                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 247         x1 += 5;
 248       }
 249       if (diffdownstream)
 250       {
 251         x2 -= 1;
 252       }
 253     }
 254     else
 255     {
 256
 257       // display a forward arrow
 258       if (diffdownstream)
 259       {
 260         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 261             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 262         x2 -= 5;
 263       }
 264       if (diffupstream)
 265       {
 266         x1 += 1;
 267       }
 268     }
 269     // draw arrow body
 270     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 271   }
 272
 273   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 274   // av)
 275   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 276           AlignViewportI av)
 277   {
 278     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 279     annotationPanel = annotPanel;
 280     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 281     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 282     // visible area for rendering
 283     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 284     if (bounds != null)
 285     {
 286       sOffset = bounds[0];
 287       visHeight = bounds[1];
 288       if (visHeight == 0)
 289       {
 290         useClip = false;
 291       }
 292       else
 293       {
 294         useClip = canClip;
 295       }
 296     }
 297     else
 298     {
 299       useClip = false;
 300     }
 301
 302     updateFromAlignViewport(av);
 303   }
 304
 305   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 306   {
 307     charWidth = av.getCharWidth();
 308     endRes = av.getEndRes();
 309     charHeight = av.getCharHeight();
 310     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 311     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 312     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 313     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 314     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 315     profcolour = av.getGlobalColourScheme();
 316     if (profcolour == null)
 317     {
 318       // Set the default colour for sequence logo if the alignment has no
 319       // colourscheme set
 320       profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new jalview.schemes.NucleotideColourScheme()
 321               : new jalview.schemes.ZappoColourScheme();
 322     }
 323     columnSelection = av.getColumnSelection();
 324     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 325     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 326     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 327     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 328   }
 329
 330   /**
 331    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 332    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 333    * depend on the profile type.
 334    *
 335    * @param aa
 336    * @param column
 337    * @return
 338    */
 339   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 340   {
 341     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 342     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 343     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 344     //
 345     if (aa.autoCalculated
 346             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 347                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 348     {
 349       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 350       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 351               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 352       {
 353         // TODO? group consensus for cDNA complement
 354         return AAFrequency.extractProfile(
 355                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 356                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 357       }
 358       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 359       // be stored
 360       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 361       {
 362         if (forComplement)
 363         {
 364           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 365                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 366         }
 367         else
 368         {
 369           return AAFrequency.extractProfile(
 370 hconsensus.get(column),
 371                   av_ignoreGapsConsensus);
 372         }
 373       }
 374     }
 375     else
 376     {
 377       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 378       {
 379         // TODO implement group structure consensus
 380         /*
 381          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 382          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 383          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 384          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 385          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 386          */
 387         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 388         // to
 389         // be stored
 390         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 391                 && hStrucConsensus != null
 392                 && hStrucConsensus.length > column)
 393         {
 394           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 395                   av_ignoreGapsConsensus);
 396         }
 397       }
 398     }
 399     return null;
 400   }
 401
 402   boolean rna = false;
 403
 404   /**
 405    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 406    *
 407    * @param annotPanel
 408    *          container frame
 409    * @param av
 410    *          data and view settings to render
 411    * @param g
 412    *          destination for graphics
 413    * @param activeRow
 414    *          row where a mouse event occured (or -1)
 415    * @param startRes
 416    *          first column that will be drawn
 417    * @param endRes
 418    *          last column that will be drawn
 419    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 420    *         currently being calculated
 421    */
 422   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 423           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 424           int endRes)
 425   {
 426     long stime = System.currentTimeMillis();
 427     boolean usedFaded = false;
 428     // NOTES:
 429     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 430     // AlignViewport
 431     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 432     fm = g.getFontMetrics();
 433     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 434     int temp = 0;
 435     if (aa == null)
 436     {
 437       return false;
 438     }
 439     int x = 0, y = 0;
 440     int column = 0;
 441     char lastSS;
 442     int lastSSX;
 443     int iconOffset = 0;
 444     boolean validRes = false;
 445     boolean validEnd = false;
 446     boolean labelAllCols = false;
 447     boolean centreColLabels;
 448     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 449     boolean scaleColLabel = false;
 450     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 451             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 452     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 453             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 454     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 455             .getComplementConsensusAnnotation();
 456     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 457
 458     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 459     int charOffset = 0; // offset for a label
 460     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 461     // column.
 462     Font ofont = g.getFont();
 463     // \u03B2 \u03B1
 464     // debug ints
 465     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 466     boolean clipst = false, clipend = false;
 467     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 468     {
 469       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 470       isRNA = row.isRNA();
 471       {
 472         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 473         // settings appropriately
 474         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 475         // data
 476         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 477         {
 478           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 479           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 480           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 481         }
 482         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 483                 || row == complementConsensusAnnot)
 484         {
 485           renderHistogram = av_renderHistogram;
 486           renderProfile = av_renderProfile;
 487           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 488         }
 489         else
 490         {
 491           renderHistogram = true;
 492           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 493           // currently used in any other annotation track renderer
 494         }
 495       }
 496       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 497       if (!row.visible)
 498       {
 499         continue;
 500       }
 501       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 502       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 503       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 504       lastSS = ' ';
 505       lastSSX = 0;
 506
 507       if (!useClip
 508               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 509       {// if_in_visible_region
 510         if (!clipst)
 511         {
 512           clipst = true;
 513           yfrom = y;
 514           f_i = i;
 515         }
 516         yto = y;
 517         f_to = i;
 518         if (row.graph > 0)
 519         {
 520           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 521           {
 522             continue;
 523           }
 524
 525           // this is so that we draw the characters below the graph
 526           y += row.height;
 527
 528           if (row.hasText)
 529           {
 530             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 531             y -= charHeight;
 532           }
 533         }
 534         else if (row.hasText)
 535         {
 536           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 537
 538         }
 539         else
 540         {
 541           iconOffset = 0;
 542         }
 543
 544         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 545         {
 546           y += charHeight;
 547           usedFaded = true;
 548           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 549                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 550           g.setColor(Color.black);
 551           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 552
 553           continue;
 554         }
 555
 556         /*
 557          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 558          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 559          *
 560          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 561          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 562          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 563          *
 564          * g.setColor(Color.black); //
 565          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 566          *
 567          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 568          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 569          *
 570          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 571          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 572          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 573          * g.setColor(Color.black); // /
 574          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 575          *
 576          * continue; }
 577          */
 578         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 579         // column
 580         // of startRes
 581         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 582         while (x < endRes - startRes)
 583         {
 584           if (hasHiddenColumns)
 585           {
 586             column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 587             if (column > row_annotations.length - 1)
 588             {
 589               break;
 590             }
 591           }
 592           else
 593           {
 594             column = startRes + x;
 595           }
 596
 597           if ((row_annotations == null)
 598                   || (row_annotations.length <= column)
 599                   || (row_annotations[column] == null))
 600           {
 601             validRes = false;
 602           }
 603           else
 604           {
 605             validRes = true;
 606           }
 607           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 608                   : null;
 609           if (x > -1)
 610           {
 611             if (activeRow == i)
 612             {
 613               g.setColor(Color.red);
 614
 615               if (columnSelection != null)
 616               {
 617                 if (columnSelection.contains(column))
 618                 {
 619                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 620                 }
 621               }
 622             }
 623             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 624             {
 625               g.setColor(Color.orange);
 626               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 627             }
 628             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 629             {
 630               g.setColor(Color.orange.darker());
 631               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 632             }
 633             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 634                     && (displayChar.length() > 0))
 635             {
 636
 637               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 638                       displayChar.length());
 639               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 640               {
 641                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 642                 // displayChar.length());
 643                 //
 644                 // if (scaleColLabel)
 645                 // {
 646                 // justify the label and scale to fit in column
 647                 if (fmWidth > charWidth)
 648                 {
 649                   // scale only if the current font isn't already small enough
 650                   fmScaling = charWidth;
 651                   fmScaling /= fmWidth;
 652                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 653                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 654                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 655                   fmWidth = charWidth;
 656                 }
 657                 // }
 658               }
 659               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 660               // else
 661               // {
 662               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 663               // }
 664               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 665
 666               if (row_annotations[column].colour == null)
 667               {
 668                 g.setColor(Color.black);
 669               }
 670               else
 671               {
 672                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 673               }
 674
 675               if (column == 0 || row.graph > 0)
 676               {
 677                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 678                         + iconOffset);
 679               }
 680               else if (row_annotations[column - 1] == null
 681                       || (labelAllCols
 682                               || !displayChar
 683                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 684                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 685               {
 686                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 687                         + iconOffset);
 688               }
 689               g.setFont(ofont);
 690             }
 691           }
 692           if (row.hasIcons)
 693           {
 694             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 695                     : '-';
 696
 697             if (ss == '(')
 698             {
 699               // distinguish between forward/backward base-pairing
 700               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 701               {
 702
 703                 ss = ')';
 704
 705               }
 706             }
 707             if (ss == '[')
 708             {
 709               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 710               {
 711                 ss = ']';
 712
 713               }
 714             }
 715             if (ss == '{')
 716             {
 717               // distinguish between forward/backward base-pairing
 718               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 719               {
 720                 ss = '}';
 721
 722               }
 723             }
 724             if (ss == '<')
 725             {
 726               // distinguish between forward/backward base-pairing
 727               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 728               {
 729                 ss = '>';
 730
 731               }
 732             }
 733             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 734             {
 735               // distinguish between forward/backward base-pairing
 736               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 737               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 738               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 739               {
 740                 ss = (char) ssLowerCase;
 741               }
 742             }
 743
 744             if (!validRes || (ss != lastSS))
 745             {
 746
 747               if (x > -1)
 748               {
 749
 750                 int nb_annot = x - temp;
 751                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 752                 switch (lastSS)
 753                 {
 754                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 755                 case ')': // and opposite direction
 756                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 757                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 758                   temp = x;
 759                   break;
 760
 761                 case 'H':
 762                   if (!isRNA)
 763                   {
 764                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 765                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 766                             validEnd);
 767                     break;
 768                   }
 769                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 770                 case 'E':
 771                   if (!isRNA)
 772                   {
 773                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 774                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 775                             validEnd);
 776                     break;
 777                   }
 778                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 779
 780                 case '{':
 781                 case '}':
 782                 case '[':
 783                 case ']':
 784                 case '>':
 785                 case '<':
 786                 case 'A':
 787                 case 'a':
 788                 case 'B':
 789                 case 'b':
 790                 case 'C':
 791                 case 'c':
 792                 case 'D':
 793                 case 'd':
 794                 case 'e':
 795                 case 'F':
 796                 case 'f':
 797                 case 'G':
 798                 case 'g':
 799                 case 'h':
 800                 case 'I':
 801                 case 'i':
 802                 case 'J':
 803                 case 'j':
 804                 case 'K':
 805                 case 'k':
 806                 case 'L':
 807                 case 'l':
 808                 case 'M':
 809                 case 'm':
 810                 case 'N':
 811                 case 'n':
 812                 case 'O':
 813                 case 'o':
 814                 case 'P':
 815                 case 'p':
 816                 case 'Q':
 817                 case 'q':
 818                 case 'R':
 819                 case 'r':
 820                 case 'S':
 821                 case 's':
 822                 case 'T':
 823                 case 't':
 824                 case 'U':
 825                 case 'u':
 826                 case 'V':
 827                 case 'v':
 828                 case 'W':
 829                 case 'w':
 830                 case 'X':
 831                 case 'x':
 832                 case 'Y':
 833                 case 'y':
 834                 case 'Z':
 835                 case 'z':
 836
 837                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 838                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 839                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 840                           validRes, validEnd);
 841                   temp = x;
 842                   break;
 843                 default:
 844                   g.setColor(Color.gray);
 845                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 846                           - lastSSX, 2);
 847                   temp = x;
 848                   break;
 849                 }
 850               }
 851               if (validRes)
 852               {
 853                 lastSS = ss;
 854               }
 855               else
 856               {
 857                 lastSS = ' ';
 858               }
 859               if (x > -1)
 860               {
 861                 lastSSX = (x * charWidth);
 862               }
 863             }
 864           }
 865           column++;
 866           x++;
 867         }
 868         if (column >= row_annotations.length)
 869         {
 870           column = row_annotations.length - 1;
 871           validEnd = false;
 872         }
 873         else
 874         {
 875           validEnd = true;
 876         }
 877         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 878                 || (row_annotations[column] == null))
 879         {
 880           validRes = false;
 881         }
 882         else
 883         {
 884           validRes = true;
 885         }
 886         // x ++;
 887
 888         if (row.hasIcons)
 889         {
 890           switch (lastSS)
 891           {
 892
 893           case 'H':
 894             if (!isRNA)
 895             {
 896               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 897                       startRes, column, validRes, validEnd);
 898               break;
 899             }
 900             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 901
 902           case 'E':
 903             if (!isRNA)
 904             {
 905               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 906                       startRes, column, validRes, validEnd);
 907               break;
 908             }
 909             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 910
 911           case '(':
 912           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 913
 914             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 915                     startRes, column, validRes, validEnd);
 916
 917             break;
 918           case '{':
 919           case '}':
 920           case '[':
 921           case ']':
 922           case '>':
 923           case '<':
 924           case 'A':
 925           case 'a':
 926           case 'B':
 927           case 'b':
 928           case 'C':
 929           case 'c':
 930           case 'D':
 931           case 'd':
 932           case 'e':
 933           case 'F':
 934           case 'f':
 935           case 'G':
 936           case 'g':
 937           case 'h':
 938           case 'I':
 939           case 'i':
 940           case 'J':
 941           case 'j':
 942           case 'K':
 943           case 'k':
 944           case 'L':
 945           case 'l':
 946           case 'M':
 947           case 'm':
 948           case 'N':
 949           case 'n':
 950           case 'O':
 951           case 'o':
 952           case 'P':
 953           case 'p':
 954           case 'Q':
 955           case 'q':
 956           case 'R':
 957           case 'r':
 958           case 'T':
 959           case 't':
 960           case 'U':
 961           case 'u':
 962           case 'V':
 963           case 'v':
 964           case 'W':
 965           case 'w':
 966           case 'X':
 967           case 'x':
 968           case 'Y':
 969           case 'y':
 970           case 'Z':
 971           case 'z':
 972             // System.out.println(lastSS);
 973             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 974             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 975                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 976             break;
 977           default:
 978             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 979                     startRes, column, validRes, validEnd);
 980             break;
 981           }
 982         }
 983
 984         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 985         {
 986           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 987           {
 988             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 989             {
 990               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
 991               // computed efficiently for all visible labels
 992               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 993               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 994               {
 995                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 996                 {
 997                   continue;
 998                 }
 999
1000                 if (aa[gg] != row)
1001                 {
1002                   aa[gg].visible = false;
1003                 }
1004                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1005                 {
1006                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1007                 }
1008                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1009                 {
1010                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1011                 }
1012               }
1013
1014               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1015               {
1016                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1017                 {
1018                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1019                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1020                 }
1021               }
1022
1023               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1024             }
1025             else
1026             {
1027               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1028                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1029             }
1030           }
1031           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1032           {
1033             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1034                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1035                     renderProfile, normaliseProfile);
1036           }
1037         }
1038       }
1039       else
1040       {
1041         if (clipst && !clipend)
1042         {
1043           clipend = true;
1044         }
1045       }// end if_in_visible_region
1046       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1047       {
1048         y += charHeight;
1049       }
1050
1051       if (row.graph == 0)
1052       {
1053         y += aa[i].height;
1054       }
1055     }
1056     if (debugRedraw)
1057     {
1058       if (canClip)
1059       {
1060         if (clipst)
1061         {
1062           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1063                   + ")");
1064         }
1065         if (clipend)
1066         {
1067           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1068                   + ")");
1069         }
1070       }
1071       ;
1072       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1073               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1074     }
1075     ;
1076
1077     return !usedFaded;
1078   }
1079
1080   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1081
1082   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1083
1084   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1085
1086   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1087
1088   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1089
1090   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1091           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1092           boolean validRes, boolean validEnd)
1093   {
1094     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1095     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1096   }
1097
1098   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1099
1100   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1101           boolean validRes, boolean validEnd)
1102   {
1103     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1104
1105     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1106             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1107     {
1108       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1109               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1110       g.fillPolygon(new int[] { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4,
1111           (x * charWidth) }, new int[] { y + iconOffset,
1112           y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset }, 3);
1113     }
1114     else
1115     {
1116       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1117               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1118     }
1119
1120   }
1121
1122   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1123           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1124           boolean validRes, boolean validEnd)
1125   {
1126     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1127
1128     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1129     int x1 = lastSSX;
1130     int x2 = (x * charWidth);
1131
1132     if (MAC)
1133     {
1134       int ofs = charWidth / 2;
1135       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1136       // to offscreen image on the MAC
1137       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1138       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1139               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1140       {
1141       }
1142       else
1143       {
1144         // g.setColor(Color.orange);
1145         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1146                 0, 0);
1147       }
1148       if (!validRes || row[column] == null
1149               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1150       {
1151
1152       }
1153       else
1154       {
1155         // g.setColor(Color.magenta);
1156         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1157                 + 1, 8, 0, 0);
1158
1159       }
1160
1161       return;
1162     }
1163
1164     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1165             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1166     {
1167       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1168       x1 += charWidth / 2;
1169     }
1170
1171     if (!validRes || row[column] == null
1172             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1173     {
1174       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1175               8, 270, 180);
1176       x2 -= charWidth / 2;
1177     }
1178
1179     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1180   }
1181
1182   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1183           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1184           float min, float max, int graphHeight)
1185   {
1186     if (sRes > aa_annotations.length)
1187     {
1188       return;
1189     }
1190
1191     int x = 0;
1192
1193     // Adjustment for fastpaint to left
1194     if (eRes < endRes)
1195     {
1196       eRes++;
1197     }
1198
1199     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1200
1201     if (sRes == 0)
1202     {
1203       x++;
1204     }
1205
1206     int y1 = y, y2 = y;
1207     float range = max - min;
1208
1209     // //Draw origin
1210     if (min < 0)
1211     {
1212       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1213     }
1214
1215     g.setColor(Color.gray);
1216     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1217
1218     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1219
1220     int column;
1221     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1222
1223     while (x < eRes - sRes)
1224     {
1225       column = sRes + x;
1226       if (hasHiddenColumns)
1227       {
1228         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1229       }
1230
1231       if (column > aaMax)
1232       {
1233         break;
1234       }
1235
1236       if (aa_annotations[column] == null
1237               || aa_annotations[column - 1] == null)
1238       {
1239         x++;
1240         continue;
1241       }
1242
1243       if (aa_annotations[column].colour == null)
1244       {
1245         g.setColor(Color.black);
1246       }
1247       else
1248       {
1249         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1250       }
1251
1252       y1 = y
1253               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1254       y2 = y
1255               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1256
1257       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1258               + charWidth / 2, y2);
1259       x++;
1260     }
1261
1262     if (_aa.threshold != null)
1263     {
1264       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1265       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1266       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1267               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1268
1269       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1270       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1271       g2.setStroke(new BasicStroke());
1272     }
1273   }
1274
1275   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1276           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1277           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1278           boolean normaliseProfile)
1279   {
1280     if (sRes > aa_annotations.length)
1281     {
1282       return;
1283     }
1284     Font ofont = g.getFont();
1285     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1286
1287     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1288
1289     float range = max - min;
1290
1291     if (min < 0)
1292     {
1293       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1294     }
1295
1296     g.setColor(Color.gray);
1297
1298     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1299
1300     int column;
1301     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1302     while (x < eRes - sRes)
1303     {
1304       column = sRes + x;
1305       if (hasHiddenColumns)
1306       {
1307         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1308       }
1309
1310       if (column > aaMax)
1311       {
1312         break;
1313       }
1314
1315       if (aa_annotations[column] == null)
1316       {
1317         x++;
1318         continue;
1319       }
1320       if (aa_annotations[column].colour == null)
1321       {
1322         g.setColor(Color.black);
1323       }
1324       else
1325       {
1326         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1327       }
1328
1329       y1 = y
1330               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1331
1332       if (renderHistogram)
1333       {
1334         if (y1 - y2 > 0)
1335         {
1336           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1337         }
1338         else
1339         {
1340           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1341         }
1342       }
1343       // draw profile if available
1344       if (renderProfile)
1345       {
1346
1347         /*
1348          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1349          */
1350         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1351
1352         // just try to draw the logo if profl is not null
1353         if (profl != null && profl[2] != 0)
1354         {
1355           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1356           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1357           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1358           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1359           double hght;
1360           float wdth;
1361           double ht2 = 0;
1362           char[] dc;
1363
1364           /**
1365            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1366            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1367            */
1368           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1369
1370           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1371           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1372           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1373           double scl = 0.0;
1374
1375           /*
1376            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1377            */
1378           int c = 3;
1379           int valuesProcessed = 0;
1380           // profl[1] is the number of values in the profile
1381           while (valuesProcessed < profl[1])
1382           {
1383             if (isStructureProfile)
1384             {
1385               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1386               dc[0] = (char) profl[c++];
1387               dc[1] = (char) profl[c++];
1388             }
1389             else if (isCdnaProfile)
1390             {
1391               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1392             }
1393             else
1394             {
1395               dc[0] = (char) profl[c++];
1396             }
1397
1398             wdth = charWidth;
1399             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1400
1401             ht += scl;
1402             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1403             scl = htn * scale * profl[c++];
1404             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1405                     .getFontRenderContext());
1406             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1407                     wdth, scl / lm.getAscent()));
1408             g.setFont(font);
1409             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1410
1411             // Debug - render boxes around characters
1412             // g.setColor(Color.red);
1413             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1414             // (int)(scl));
1415             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1416
1417             /*
1418              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1419              * codon translation if a cDNA profile
1420              */
1421             Color colour = null;
1422             if (isCdnaProfile)
1423             {
1424               final String codonTranslation = ResidueProperties
1425                       .codonTranslate(new String(dc));
1426               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0));
1427             }
1428             else
1429             {
1430               colour = profcolour.findColour(dc[0]);
1431             }
1432             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1433
1434             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1435                     .getBaselineIndex()]));
1436
1437             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1438             valuesProcessed++;
1439           }
1440           g.setFont(ofont);
1441         }
1442       }
1443       x++;
1444     }
1445     if (_aa.threshold != null)
1446     {
1447       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1448       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1449       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1450               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1451
1452       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1453               * _aa.graphHeight);
1454       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1455       g2.setStroke(new BasicStroke());
1456     }
1457   }
1458
1459   // used by overview window
1460   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1461           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1462   {
1463     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1464     g.setColor(Color.white);
1465     g.fillRect(0, 0, width, y);
1466     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1467
1468     int x = 0, height;
1469
1470     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1471     {
1472       if (aa_annotations[j] != null)
1473       {
1474         if (aa_annotations[j].colour == null)
1475         {
1476           g.setColor(Color.black);
1477         }
1478         else
1479         {
1480           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1481         }
1482
1483         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1484         if (height > y)
1485         {
1486           height = y;
1487         }
1488
1489         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1490       }
1491       x += charWidth;
1492     }
1493   }
1494
1495   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1496   {
1497     switch (lastss)
1498     {
1499     case '{':
1500     case '}':
1501       return new Color(255, 125, 5);
1502
1503     case '[':
1504     case ']':
1505       return new Color(245, 115, 10);
1506
1507     case '>':
1508     case '<':
1509       return new Color(235, 135, 15);
1510
1511     case 'A':
1512     case 'a':
1513       return new Color(225, 105, 20);
1514
1515     case 'B':
1516     case 'b':
1517       return new Color(215, 145, 30);
1518
1519     case 'C':
1520     case 'c':
1521       return new Color(205, 95, 35);
1522
1523     case 'D':
1524     case 'd':
1525       return new Color(195, 155, 45);
1526
1527     case 'E':
1528     case 'e':
1529       return new Color(185, 85, 55);
1530
1531     case 'F':
1532     case 'f':
1533       return new Color(175, 165, 65);
1534
1535     case 'G':
1536     case 'g':
1537       return new Color(170, 75, 75);
1538
1539     case 'H':
1540     case 'h':
1541       return new Color(160, 175, 85);
1542
1543     case 'I':
1544     case 'i':
1545       return new Color(150, 65, 95);
1546
1547     case 'J':
1548     case 'j':
1549       return new Color(140, 185, 105);
1550
1551     case 'K':
1552     case 'k':
1553       return new Color(130, 55, 110);
1554
1555     case 'L':
1556     case 'l':
1557       return new Color(120, 195, 120);
1558
1559     case 'M':
1560     case 'm':
1561       return new Color(110, 45, 130);
1562
1563     case 'N':
1564     case 'n':
1565       return new Color(100, 205, 140);
1566
1567     case 'O':
1568     case 'o':
1569       return new Color(90, 35, 150);
1570
1571     case 'P':
1572     case 'p':
1573       return new Color(85, 215, 160);
1574
1575     case 'Q':
1576     case 'q':
1577       return new Color(75, 25, 170);
1578
1579     case 'R':
1580     case 'r':
1581       return new Color(65, 225, 180);
1582
1583     case 'S':
1584     case 's':
1585       return new Color(55, 15, 185);
1586
1587     case 'T':
1588     case 't':
1589       return new Color(45, 235, 195);
1590
1591     case 'U':
1592     case 'u':
1593       return new Color(35, 5, 205);
1594
1595     case 'V':
1596     case 'v':
1597       return new Color(25, 245, 215);
1598
1599     case 'W':
1600     case 'w':
1601       return new Color(15, 0, 225);
1602
1603     case 'X':
1604     case 'x':
1605       return new Color(10, 255, 235);
1606
1607     case 'Y':
1608     case 'y':
1609       return new Color(5, 150, 245);
1610
1611     case 'Z':
1612     case 'z':
1613       return new Color(0, 80, 255);
1614
1615     default:
1616       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1617       return null;
1618
1619     }
1620   }
1621 }