src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 package jalview.renderer;
   2
   3 import jalview.analysis.AAFrequency;
   4 import jalview.analysis.StructureFrequency;
   5 import jalview.api.AlignViewportI;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   7 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   8 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
   9
  10 import java.awt.BasicStroke;
  11 import java.awt.Color;
  12 import java.awt.Font;
  13 import java.awt.FontMetrics;
  14 import java.awt.Graphics;
  15 import java.awt.Graphics2D;
  16 import java.awt.Image;
  17 import java.awt.font.LineMetrics;
  18 import java.awt.geom.AffineTransform;
  19 import java.awt.image.ImageObserver;
  20 import java.util.Hashtable;
  21
  22 import com.stevesoft.pat.Regex;
  23
  24 public class AnnotationRenderer
  25 {
  26
  27   public AnnotationRenderer()
  28   {
  29     // TODO Auto-generated constructor stub
  30   }
  31
  32   public void drawStemAnnot(Graphics g, AlignmentAnnotation row, int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes, boolean validEnd)
  33   {
  34     g.setColor(STEM_COLOUR);
  35     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
  36     int x1 = lastSSX;
  37     int x2 = (x * charWidth);
  38     Regex closeparen = new Regex("(\\))");
  39
  40     String dc = (column == 0 || row.annotations[column-1]==null) ? ""
  41             : row.annotations[column - 1].displayCharacter;
  42
  43     boolean diffupstream = sCol == 0 || row.annotations[sCol - 1] == null
  44             || !dc.equals(row.annotations[sCol - 1].displayCharacter);
  45     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
  46             || row.annotations[column] == null
  47             || !dc.equals(row.annotations[column].displayCharacter);
  48     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
  49     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
  50     if (column > 0 && closeparen.search(dc))
  51     {
  52       if (diffupstream)
  53       // if (validRes && column>1 && row.annotations[column-2]!=null &&
  54       // dc.equals(row.annotations[column-2].displayCharacter))
  55       {
  56         g.fillPolygon(new int[]
  57         { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
  58         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
  59         x1 += 5;
  60       }
  61       if (diffdownstream)
  62       {
  63         x2 -= 1;
  64       }
  65     }
  66     else
  67     {
  68       // display a forward arrow
  69       if (diffdownstream)
  70       {
  71         g.fillPolygon(new int[]
  72         { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
  73         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
  74         x2 -= 5;
  75       }
  76       if (diffupstream)
  77       {
  78         x1 += 1;
  79       }
  80     }
  81     // draw arrow body
  82     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
  83   }
  84   private int charWidth,endRes,charHeight;
  85   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  86   private FontMetrics fm;
  87   private boolean MAC=new jalview.util.Platform().isAMac();
  88   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true, av_normaliseProfile=false;
  89   ColourSchemeI profcolour=null;
  90   private ColumnSelection columnSelection;
  91   private Hashtable[] hconsensus;
  92   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  93   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  94
  95   /**
  96    * attributes set from AwtRenderPanelI
  97    */
  98   /**
  99    * old image used when data is currently being calculated and cannot be rendered
 100    */
 101   private Image fadedImage;
 102   /**
 103    * panel being rendered into
 104    */
 105   private ImageObserver annotationPanel;
 106   /**
 107    * width of image to render in panel
 108    */
 109   private int imgWidth;
 110
 111   //  public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI av)
 112   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel, AlignViewportI av)
 113   {
 114     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 115     annotationPanel = annotPanel;
 116     fadedImage=annotPanel.getFadedImage();
 117     imgWidth=annotPanel.getFadedImageWidth();
 118     updateFromAlignViewport(av);
 119   }
 120   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 121   {
 122     charWidth = av.getCharWidth();
 123     endRes = av.getEndRes();
 124     charHeight = av.getCharHeight();
 125     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 126     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 127     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 128     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 129     av_normaliseProfile= av.isNormaliseSequenceLogo();
 130     profcolour = av.getGlobalColourScheme();
 131     if (profcolour == null)
 132     {
 133       // Set the default colour for sequence logo if the alignnent has no colourscheme set
 134       profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new jalview.schemes.NucleotideColourScheme() : new jalview.schemes.ZappoColourScheme();
 135     }
 136     columnSelection = av.getColumnSelection();
 137     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();//hconsensus;
 138     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash(); //hStrucConsensus;
 139     av_ignoreGapsConsensus=av.getIgnoreGapsConsensus();
 140   }
 141   public int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 142   {
 143     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 144     //
 145     if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("Consensus"))
 146     {
 147       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 148               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 149       {
 150         return AAFrequency.extractProfile(
 151                 aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 152                         .getIgnoreGapsConsensus());
 153       }
 154       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 155       // be stored
 156       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 157               && av_renderProfile)
 158       {
 159         return AAFrequency.extractProfile(hconsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 160       }
 161     }
 162     else
 163     {
 164       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 165       {
 166         // TODO implement group structure consensus
 167         /* if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 168                 && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 169         {
 170           //TODO check what happens for group selections
 171           return StructureFrequency.extractProfile(
 172                   aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 173                           .getIgnoreGapsConsensus());
 174         }
 175         */
 176         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 177         // to
 178         // be stored
 179         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 180                 && av_renderProfile && hStrucConsensus!=null && hStrucConsensus.length>column)
 181         {
 182           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 183                   av_ignoreGapsConsensus);
 184         }
 185       }
 186     }
 187     return null;
 188   }
 189
 190   /**
 191    * DOCUMENT ME!
 192    *
 193    * @param annotationPanel TODO
 194    * @param g
 195    *          DOCUMENT ME!
 196    * @param startRes
 197    *          DOCUMENT ME!
 198    * @param endRes
 199    *          DOCUMENT ME!
 200    */
 201   public void drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel, AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes, int endRes)
 202   {
 203     // NOTES:
 204     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to AlignViewport
 205     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 206     fm = g.getFontMetrics();
 207     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 208
 209     int x = 0, y = 0;
 210     int column = 0;
 211     char lastSS;
 212     int lastSSX;
 213     int iconOffset = 0;
 214     boolean validRes = false;
 215     boolean validEnd = false;
 216     boolean labelAllCols = false;
 217     boolean centreColLabels, centreColLabelsDef = av
 218             .getCentreColumnLabels();
 219     boolean scaleColLabel = false;
 220     boolean[] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];
 221     int charOffset = 0; // offset for a label
 222     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 223     // column.
 224     Font ofont = g.getFont();
 225     // \u03B2 \u03B1
 226     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 227     {
 228       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 229
 230       if (!row.visible)
 231       {
 232         continue;
 233       }
 234       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 235       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 236       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 237       lastSS = ' ';
 238       lastSSX = 0;
 239       if (row.graph > 0)
 240       {
 241         if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn[row.graphGroup])
 242         {
 243           continue;
 244         }
 245
 246         // this is so that we draw the characters below the graph
 247         y += row.height;
 248
 249         if (row.hasText)
 250         {
 251           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 252           y -= charHeight;
 253         }
 254       }
 255       else if (row.hasText)
 256       {
 257         iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 258
 259       }
 260       else
 261       {
 262         iconOffset = 0;
 263       }
 264
 265       if (aa[i].autoCalculated && av.isCalculationInProgress(aa[i]))
 266       {
 267         y += charHeight;
 268
 269         g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 270                 - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 271         g.setColor(Color.black);
 272         // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 273
 274         continue;
 275       }
 276
 277 /*      else if (annotationPanel.av.updatingConservation
 278               && aa[i].label.equals("Conservation"))
 279       {
 280
 281         y += charHeight;
 282         g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y - row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y
 283                 - row.height, annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 284
 285         g.setColor(Color.black);
 286         // g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 287
 288         continue;
 289       }
 290       else if (annotationPanel.av.updatingConservation && aa[i].label.equals("Quality"))
 291       {
 292
 293         y += charHeight;
 294         g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y - row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y
 295                 - row.height, annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 296         g.setColor(Color.black);
 297         // / g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 298
 299         continue;
 300       }
 301   */
 302       // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand column
 303       // of startRes
 304       x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 305       while (x < endRes - startRes)
 306       {
 307         if (hasHiddenColumns)
 308         {
 309           column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(
 310                   startRes + x);
 311           if (column > row.annotations.length - 1)
 312           {
 313             break;
 314           }
 315         }
 316         else
 317         {
 318           column = startRes + x;
 319         }
 320
 321         if ((row.annotations == null) || (row.annotations.length <= column)
 322                 || (row.annotations[column] == null))
 323         {
 324           validRes = false;
 325         }
 326         else
 327         {
 328           validRes = true;
 329         }
 330         if (x > -1)
 331         {
 332           if (activeRow == i)
 333           {
 334             g.setColor(Color.red);
 335
 336             if (columnSelection != null)
 337             {
 338               for (int n = 0; n < columnSelection.size(); n++)
 339               {
 340                 int v = columnSelection.columnAt(n);
 341
 342                 if (v == column)
 343                 {
 344                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth,
 345                           charHeight);
 346                 }
 347               }
 348             }
 349           }
 350           if (!row.isValidStruc())
 351           {
 352             g.setColor(Color.orange);
 353             g.fillRect((int)row.getInvalidStrucPos()*charWidth, y, charWidth, charHeight);
 354           }
 355           if (validCharWidth
 356                   && validRes
 357                   && row.annotations[column].displayCharacter != null
 358                   && (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))
 359           {
 360
 361             if (centreColLabels || scaleColLabel)
 362             {
 363               fmWidth = (float) fm.charsWidth(
 364                       row.annotations[column].displayCharacter
 365                               .toCharArray(), 0,
 366                       row.annotations[column].displayCharacter.length());
 367
 368               if (scaleColLabel)
 369               {
 370                 // justify the label and scale to fit in column
 371                 if (fmWidth > charWidth)
 372                 {
 373                   // scale only if the current font isn't already small enough
 374                   fmScaling = charWidth;
 375                   fmScaling /= fmWidth;
 376                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 377                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 378                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 379                   fmWidth = charWidth;
 380                 }
 381               }
 382             }
 383             else
 384             {
 385               fmWidth = (float) fm
 386                       .charWidth(row.annotations[column].displayCharacter
 387                               .charAt(0));
 388             }
 389             charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 390
 391             if (row.annotations[column].colour == null)
 392               g.setColor(Color.black);
 393             else
 394               g.setColor(row.annotations[column].colour);
 395
 396             if (column == 0 || row.graph > 0)
 397             {
 398               g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,
 399                       (x * charWidth) + charOffset, y + iconOffset);
 400             }
 401             else if (row.annotations[column - 1] == null
 402                     || (labelAllCols
 403                             || !row.annotations[column].displayCharacter
 404                                     .equals(row.annotations[column - 1].displayCharacter) || (row.annotations[column].displayCharacter
 405                             .length() < 2 && row.annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 406             {
 407               g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter, x
 408                       * charWidth + charOffset, y + iconOffset);
 409             }
 410             g.setFont(ofont);
 411           }
 412         }
 413         if (row.hasIcons)
 414         {
 415           char ss = validRes ? row.annotations[column].secondaryStructure
 416                   : ' ';
 417           if (ss == 'S')
 418           {
 419             // distinguish between forward/backward base-pairing
 420             if (row.annotations[column].displayCharacter.indexOf(')') > -1)
 421             {
 422               ss = 's';
 423             }
 424           }
 425           if (!validRes || (ss != lastSS))
 426           {
 427             if (x > -1)
 428             {
 429               switch (lastSS)
 430               {
 431               case 'H':
 432                 drawHelixAnnot(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 433                         column, validRes, validEnd);
 434                 break;
 435
 436               case 'E':
 437                 drawSheetAnnot(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 438                         column, validRes, validEnd);
 439                 break;
 440
 441               case 'S': // Stem case for RNA secondary structure
 442               case 's': // and opposite direction
 443                 drawStemAnnot(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 444                         column, validRes, validEnd);
 445                 break;
 446
 447               default:
 448                 g.setColor(Color.gray);
 449                 g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 450                         - lastSSX, 2);
 451
 452                 break;
 453               }
 454             }
 455             if (validRes)
 456             {
 457               lastSS = ss;
 458             }
 459             else
 460             {
 461               lastSS = ' ';
 462             }
 463             if (x > -1)
 464             {
 465               lastSSX = (x * charWidth);
 466             }
 467           }
 468         }
 469         column++;
 470         x++;
 471       }
 472       if (column >= row.annotations.length)
 473       {
 474         column = row.annotations.length - 1;
 475         validEnd = false;
 476       }
 477       else
 478       {
 479         validEnd = true;
 480       }
 481       if ((row.annotations == null) || (row.annotations.length <= column)
 482               || (row.annotations[column] == null))
 483       {
 484         validRes = false;
 485       }
 486       else
 487       {
 488         validRes = true;
 489       }
 490
 491       // x ++;
 492
 493       if (row.hasIcons)
 494       {
 495         switch (lastSS)
 496         {
 497         case 'H':
 498           drawHelixAnnot(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 499                   column, validRes, validEnd);
 500           break;
 501
 502         case 'E':
 503           drawSheetAnnot(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 504                   column, validRes, validEnd);
 505           break;
 506         case 's':
 507         case 'S': // Stem case for RNA secondary structure
 508           drawStemAnnot(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 509                   column, validRes, validEnd);
 510           break;
 511         default:
 512           drawGlyphLine(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 513                   column, validRes, validEnd);
 514           break;
 515         }
 516       }
 517
 518       if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 519       {
 520         if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 521         {
 522           if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])
 523           {
 524             float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 525             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 526             {
 527               if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 528               {
 529                 continue;
 530               }
 531
 532               if (aa[gg] != row)
 533               {
 534                 aa[gg].visible = false;
 535               }
 536
 537               if (aa[gg].graphMax > groupmax)
 538               {
 539                 groupmax = aa[gg].graphMax;
 540               }
 541               if (aa[gg].graphMin < groupmin)
 542               {
 543                 groupmin = aa[gg].graphMin;
 544               }
 545             }
 546
 547             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 548             {
 549               if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
 550               {
 551                 drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y, groupmin,
 552                         groupmax, row.graphHeight);
 553               }
 554             }
 555
 556             graphGroupDrawn[row.graphGroup] = true;
 557           }
 558           else
 559           {
 560             drawLineGraph( g, row, startRes, endRes, y, row.graphMin,
 561                     row.graphMax, row.graphHeight);
 562           }
 563         }
 564         else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
 565         {
 566           drawBarGraph(g, row, startRes, endRes, row.graphMin,
 567                   row.graphMax, y);
 568         }
 569       }
 570
 571       if (row.graph > 0 && row.hasText)
 572       {
 573         y += charHeight;
 574       }
 575
 576       if (row.graph == 0)
 577       {
 578         y += aa[i].height;
 579       }
 580     }
 581   }
 582
 583   private Color GLYPHLINE_COLOR=Color.gray;
 584   private Color SHEET_COLOUR=Color.green;
 585   private Color HELIX_COLOUR=Color.red;
 586   private Color STEM_COLOUR=Color.blue;
 587
 588
 589   public void drawGlyphLine(Graphics g, AlignmentAnnotation row, int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes, boolean validEnd)
 590   {
 591     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
 592     g
 593             .fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 594                     - lastSSX, 2);
 595   }
 596
 597   public void drawSheetAnnot(Graphics g, AlignmentAnnotation row, int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes, boolean validEnd)
 598   {
 599     g.setColor(SHEET_COLOUR);
 600
 601     if (!validEnd || !validRes || row.annotations[column] == null
 602             || row.annotations[column].secondaryStructure != 'E')
 603     {
 604       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX
 605               - 4, 7);
 606       g.fillPolygon(
 607               new int[]
 608               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4,
 609                   (x * charWidth) }, new int[]
 610               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
 611               3);
 612     }
 613     else
 614     {
 615       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth
 616               - lastSSX, 7);
 617     }
 618
 619   }
 620
 621   public void drawHelixAnnot(Graphics g, AlignmentAnnotation row, int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes, boolean validEnd)
 622   {
 623     g.setColor(HELIX_COLOUR);
 624
 625     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 626     int x1 = lastSSX;
 627     int x2 = (x * charWidth);
 628
 629     if (MAC)
 630     {
 631       int ofs = charWidth / 2;
 632       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
 633       // to offscreen image on the MAC
 634       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
 635       if (sCol == 0 || row.annotations[sCol - 1] == null
 636               || row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
 637       {
 638       }
 639       else
 640       {
 641         // g.setColor(Color.orange);
 642         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
 643                 0, 0);
 644       }
 645       if (!validRes || row.annotations[column] == null
 646               || row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')
 647       {
 648
 649       }
 650       else
 651       {
 652         // g.setColor(Color.magenta);
 653         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
 654                 + 1, 8, 0, 0);
 655
 656       }
 657
 658       return;
 659     }
 660
 661     if (sCol == 0 || row.annotations[sCol - 1] == null
 662             || row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
 663     {
 664       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
 665       x1 += charWidth / 2;
 666     }
 667
 668     if (!validRes || row.annotations[column] == null
 669             || row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')
 670     {
 671       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset,
 672               charWidth, 8, 270, 180);
 673       x2 -= charWidth / 2;
 674     }
 675
 676     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
 677   }
 678
 679   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int sRes, int eRes, int y, float min, float max, int graphHeight)
 680   {
 681     if (sRes > aa.annotations.length)
 682     {
 683       return;
 684     }
 685
 686     int x = 0;
 687
 688     // Adjustment for fastpaint to left
 689     if (eRes < endRes)
 690     {
 691       eRes++;
 692     }
 693
 694     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
 695
 696     if (sRes == 0)
 697     {
 698       x++;
 699     }
 700
 701     int y1 = y, y2 = y;
 702     float range = max - min;
 703
 704     // //Draw origin
 705     if (min < 0)
 706     {
 707       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
 708     }
 709
 710     g.setColor(Color.gray);
 711     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
 712
 713     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
 714
 715     int column;
 716     int aaMax = aa.annotations.length - 1;
 717
 718     while (x < eRes - sRes)
 719     {
 720       column = sRes + x;
 721       if (hasHiddenColumns)
 722       {
 723         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
 724       }
 725
 726       if (column > aaMax)
 727       {
 728         break;
 729       }
 730
 731       if (aa.annotations[column] == null
 732               || aa.annotations[column - 1] == null)
 733       {
 734         x++;
 735         continue;
 736       }
 737
 738       if (aa.annotations[column].colour == null)
 739         g.setColor(Color.black);
 740       else
 741         g.setColor(aa.annotations[column].colour);
 742
 743       y1 = y
 744               - (int) (((aa.annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
 745       y2 = y
 746               - (int) (((aa.annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
 747
 748       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
 749               + charWidth / 2, y2);
 750       x++;
 751     }
 752
 753     if (aa.threshold != null)
 754     {
 755       g.setColor(aa.threshold.colour);
 756       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
 757       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
 758               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
 759               { 5f, 3f }, 0f));
 760
 761       y2 = (int) (y - ((aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
 762       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
 763       g2.setStroke(new BasicStroke());
 764     }
 765   }
 766
 767   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int sRes, int eRes, float min, float max, int y)
 768   {
 769     if (sRes > aa.annotations.length)
 770     {
 771       return;
 772     }
 773     Font ofont = g.getFont();
 774     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
 775
 776     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
 777
 778     float range = max - min;
 779
 780     if (min < 0)
 781     {
 782       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * aa.graphHeight);
 783     }
 784
 785     g.setColor(Color.gray);
 786
 787     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
 788
 789     int column;
 790     int aaMax = aa.annotations.length - 1;
 791     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile=false;
 792   //    if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("Consensus"))
 793     {
 794       // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile data
 795       if (aa.groupRef != null)
 796       {
 797         renderHistogram = aa.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 798         renderProfile = aa.groupRef.isShowSequenceLogo();
 799         normaliseProfile= aa.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 800       }
 801       else
 802       {
 803         renderHistogram = av_renderHistogram;
 804         renderProfile = av_renderProfile;
 805         normaliseProfile= av_normaliseProfile;
 806       }
 807     }
 808     while (x < eRes - sRes)
 809     {
 810       column = sRes + x;
 811       if (hasHiddenColumns)
 812       {
 813         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
 814       }
 815
 816       if (column > aaMax)
 817       {
 818         break;
 819       }
 820
 821       if (aa.annotations[column] == null)
 822       {
 823         x++;
 824         continue;
 825       }
 826       if (aa.annotations[column].colour == null)
 827         g.setColor(Color.black);
 828       else
 829         g.setColor(aa.annotations[column].colour);
 830
 831       y1 = y
 832               - (int) (((aa.annotations[column].value - min) / (range)) * aa.graphHeight);
 833
 834       if (renderHistogram)
 835       {
 836         if (y1 - y2 > 0)
 837         {
 838           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
 839         }
 840         else
 841         {
 842           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
 843         }
 844       }
 845       // draw profile if available
 846       if (renderProfile && aa.annotations[column].value != 0)
 847       {
 848
 849         int profl[] = getProfileFor(aa, column);
 850         // just try to draw the logo if profl is not null
 851         if (profl != null)
 852         {
 853
 854           float ht = normaliseProfile ? y-aa.graphHeight : y1;
 855           double htn = normaliseProfile ? aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
 856           float wdth;
 857           double ht2 = 0;
 858           char[] dc;
 859
 860           /**
 861            * profl.length == 52 indicates that the profile of a secondary
 862            * structure conservation row was accesed.
 863            * Therefore dc gets length 2, to have space for a basepair instead of
 864            * just a single nucleotide
 865            */
 866           if (profl.length == 52)
 867           {
 868             dc = new char[2];
 869           }
 870           else
 871           {
 872             dc = new char[1];
 873           }
 874           LineMetrics lm=g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
 875           double scale = 1f/(normaliseProfile ? profl[1] : 100f);
 876           float ofontHeight = 1f/lm.getAscent();// magnify to fill box
 877           double scl=0.0;
 878           for (int c = 2; profl != null && c < profl[0];)
 879           {
 880             dc[0] = (char) profl[c++];
 881
 882             if (aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 883             {
 884               dc[1] = (char) profl[c++];
 885             }
 886
 887             wdth = charWidth;
 888             wdth /= (float) fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
 889
 890             ht +=  scl;
 891             {
 892               // if (aa.annotations[column].value==0) {
 893               // g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(wdth,
 894               // (ht2=(aa.graphHeight*0.1/av.charHeight)))));
 895               // ht = y2-(int)ht2;
 896               // } else {
 897               scl=((double)htn)*scale* ((double) profl[c++]);
 898               lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics().getFontRenderContext());
 899               g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
 900                       wdth, scl/lm.getAscent())));
 901               lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
 902
 903               // htn -=ht2;
 904               // }
 905               // ? );// try to get a
 906               // colourscheme for the
 907               // group(aa.groupRef.cs==null)
 908               // ? av.textColour2 :
 909               // cs.findColour(dc));
 910               // System.out.println(dc[0]);
 911               // Debug - render boxes around characters
 912               // g.setColor(Color.red);
 913               // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth, (int)(scl));
 914               // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
 915               g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]));
 916               // (av.globalColourScheme!=null)
 917               g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth,
 918                       (int) (ht + (scl-lm.getDescent()-lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()])));
 919               // ht+=g.getFontMetrics().getAscent()-g.getFontMetrics().getDescent();
 920             }
 921           }
 922           g.setFont(ofont);
 923         }
 924       }
 925       x++;
 926     }
 927     if (aa.threshold != null)
 928     {
 929       g.setColor(aa.threshold.colour);
 930       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
 931       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
 932               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
 933               { 5f, 3f }, 0f));
 934
 935       y2 = (int) (y - ((aa.threshold.value - min) / range) * aa.graphHeight);
 936       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
 937       g2.setStroke(new BasicStroke());
 938     }
 939   }
 940   // used by overview window
 941   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width,
 942           int y, int sRes, int eRes)
 943   {
 944     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
 945     g.setColor(Color.white);
 946     g.fillRect(0, 0, width, y);
 947     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
 948
 949     int x = 0, height;
 950
 951     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
 952     {
 953       if (aa.annotations[j] != null)
 954       {
 955         if (aa.annotations[j].colour == null)
 956           g.setColor(Color.black);
 957         else
 958           g.setColor(aa.annotations[j].colour);
 959
 960         height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * y);
 961         if (height > y)
 962         {
 963           height = y;
 964         }
 965
 966         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
 967       }
 968       x += charWidth;
 969     }
 970   }
 971 }