src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 package jalview.renderer;
   2
   3 import jalview.analysis.AAFrequency;
   4 import jalview.analysis.StructureFrequency;
   5 import jalview.api.AlignViewportI;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   7 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   8 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
   9
  10 import java.awt.BasicStroke;
  11 import java.awt.Color;
  12 import java.awt.Font;
  13 import java.awt.FontMetrics;
  14 import java.awt.Graphics;
  15 import java.awt.Graphics2D;
  16 import java.awt.Image;
  17 import java.awt.font.LineMetrics;
  18 import java.awt.geom.AffineTransform;
  19 import java.awt.image.ImageObserver;
  20 import java.util.Hashtable;
  21
  22 import com.stevesoft.pat.Regex;
  23
  24 public class AnnotationRenderer
  25 {
  26
  27   public AnnotationRenderer()
  28   {
  29     // TODO Auto-generated constructor stub
  30   }
  31
  32   public void drawStemAnnot(Graphics g, AlignmentAnnotation row, int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes, boolean validEnd)
  33   {
  34     g.setColor(STEM_COLOUR);
  35     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
  36     int x1 = lastSSX;
  37     int x2 = (x * charWidth);
  38     Regex closeparen = new Regex("(\\))");
  39
  40     String dc = (column == 0 || row.annotations[column-1]==null) ? ""
  41             : row.annotations[column - 1].displayCharacter;
  42
  43     boolean diffupstream = sCol == 0 || row.annotations[sCol - 1] == null
  44             || !dc.equals(row.annotations[sCol - 1].displayCharacter);
  45     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
  46             || row.annotations[column] == null
  47             || !dc.equals(row.annotations[column].displayCharacter);
  48     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
  49     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
  50     if (column > 0 && closeparen.search(dc))
  51     {
  52       if (diffupstream)
  53       // if (validRes && column>1 && row.annotations[column-2]!=null &&
  54       // dc.equals(row.annotations[column-2].displayCharacter))
  55       {
  56         g.fillPolygon(new int[]
  57         { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
  58         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
  59         x1 += 5;
  60       }
  61       if (diffdownstream)
  62       {
  63         x2 -= 1;
  64       }
  65     }
  66     else
  67     {
  68       // display a forward arrow
  69       if (diffdownstream)
  70       {
  71         g.fillPolygon(new int[]
  72         { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
  73         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
  74         x2 -= 5;
  75       }
  76       if (diffupstream)
  77       {
  78         x1 += 1;
  79       }
  80     }
  81     // draw arrow body
  82     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
  83   }
  84   private int charWidth,endRes,charHeight;
  85   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  86   private FontMetrics fm;
  87   private boolean MAC=new jalview.util.Platform().isAMac();
  88   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true, av_normaliseProfile=false;
  89   ColourSchemeI profcolour=null;
  90   private ColumnSelection columnSelection;
  91   private Hashtable[] hconsensus;
  92   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  93   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  94
  95   /**
  96    * attributes set from AwtRenderPanelI
  97    */
  98   /**
  99    * old image used when data is currently being calculated and cannot be rendered
 100    */
 101   private Image fadedImage;
 102   /**
 103    * panel being rendered into
 104    */
 105   private ImageObserver annotationPanel;
 106   /**
 107    * width of image to render in panel
 108    */
 109   private int imgWidth;
 110
 111   //  public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI av)
 112   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel, AlignViewportI av)
 113   {
 114     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 115     annotationPanel = annotPanel;
 116     fadedImage=annotPanel.getFadedImage();
 117     imgWidth=annotPanel.getFadedImageWidth();
 118     updateFromAlignViewport(av);
 119   }
 120   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 121   {
 122     charWidth = av.getCharWidth();
 123     endRes = av.getEndRes();
 124     charHeight = av.getCharHeight();
 125     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 126     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 127     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 128     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 129     av_normaliseProfile= av.isNormaliseSequenceLogo();
 130     profcolour = av.getGlobalColourScheme();
 131     if (profcolour == null)
 132     {
 133       // Set the default colour for sequence logo if the alignnent has no colourscheme set
 134       profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new jalview.schemes.NucleotideColourScheme() : new jalview.schemes.ZappoColourScheme();
 135     }
 136     columnSelection = av.getColumnSelection();
 137     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();//hconsensus;
 138     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash(); //hStrucConsensus;
 139     av_ignoreGapsConsensus=av.getIgnoreGapsConsensus();
 140   }
 141   public int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 142   {
 143     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 144     //
 145     if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("Consensus"))
 146     {
 147       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 148               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 149       {
 150         return AAFrequency.extractProfile(
 151                 aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 152                         .getIgnoreGapsConsensus());
 153       }
 154       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 155       // be stored
 156       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 157               && av_renderProfile)
 158       {
 159         return AAFrequency.extractProfile(hconsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 160       }
 161     }
 162     else
 163     {
 164       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 165       {
 166         if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 167                 && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 168         {
 169           //TODO check what happens for group selections
 170           return StructureFrequency.extractProfile(
 171                   aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 172                           .getIgnoreGapsConsensus());
 173         }
 174         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 175         // to
 176         // be stored
 177         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 178                 && av_renderProfile)
 179         {
 180           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 181                   av_ignoreGapsConsensus);
 182         }
 183       }
 184     }
 185     return null;
 186   }
 187
 188   /**
 189    * DOCUMENT ME!
 190    *
 191    * @param annotationPanel TODO
 192    * @param g
 193    *          DOCUMENT ME!
 194    * @param startRes
 195    *          DOCUMENT ME!
 196    * @param endRes
 197    *          DOCUMENT ME!
 198    */
 199   public void drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel, AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes, int endRes)
 200   {
 201     // NOTES:
 202     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to AlignViewport
 203     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 204     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 205
 206     int x = 0, y = 0;
 207     int column = 0;
 208     char lastSS;
 209     int lastSSX;
 210     int iconOffset = 0;
 211     boolean validRes = false;
 212     boolean validEnd = false;
 213     boolean labelAllCols = false;
 214     boolean centreColLabels, centreColLabelsDef = av
 215             .getCentreColumnLabels();
 216     boolean scaleColLabel = false;
 217     boolean[] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];
 218     int charOffset = 0; // offset for a label
 219     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 220     // column.
 221     Font ofont = g.getFont();
 222     // \u03B2 \u03B1
 223     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 224     {
 225       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 226
 227       if (!row.visible)
 228       {
 229         continue;
 230       }
 231       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 232       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 233       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 234       lastSS = ' ';
 235       lastSSX = 0;
 236       if (row.graph > 0)
 237       {
 238         if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn[row.graphGroup])
 239         {
 240           continue;
 241         }
 242
 243         // this is so that we draw the characters below the graph
 244         y += row.height;
 245
 246         if (row.hasText)
 247         {
 248           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 249           y -= charHeight;
 250         }
 251       }
 252       else if (row.hasText)
 253       {
 254         iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 255
 256       }
 257       else
 258       {
 259         iconOffset = 0;
 260       }
 261
 262       if (aa[i].autoCalculated && av.isCalculationInProgress(aa[i]))
 263       {
 264         y += charHeight;
 265
 266         g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 267                 - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 268         g.setColor(Color.black);
 269         // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 270
 271         continue;
 272       }
 273
 274 /*      else if (annotationPanel.av.updatingConservation
 275               && aa[i].label.equals("Conservation"))
 276       {
 277
 278         y += charHeight;
 279         g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y - row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y
 280                 - row.height, annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 281
 282         g.setColor(Color.black);
 283         // g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 284
 285         continue;
 286       }
 287       else if (annotationPanel.av.updatingConservation && aa[i].label.equals("Quality"))
 288       {
 289
 290         y += charHeight;
 291         g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y - row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y
 292                 - row.height, annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 293         g.setColor(Color.black);
 294         // / g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 295
 296         continue;
 297       }
 298   */
 299       // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand column
 300       // of startRes
 301       x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 302       while (x < endRes - startRes)
 303       {
 304         if (hasHiddenColumns)
 305         {
 306           column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(
 307                   startRes + x);
 308           if (column > row.annotations.length - 1)
 309           {
 310             break;
 311           }
 312         }
 313         else
 314         {
 315           column = startRes + x;
 316         }
 317
 318         if ((row.annotations == null) || (row.annotations.length <= column)
 319                 || (row.annotations[column] == null))
 320         {
 321           validRes = false;
 322         }
 323         else
 324         {
 325           validRes = true;
 326         }
 327         if (x > -1)
 328         {
 329           if (activeRow == i)
 330           {
 331             g.setColor(Color.red);
 332
 333             if (columnSelection != null)
 334             {
 335               for (int n = 0; n < columnSelection.size(); n++)
 336               {
 337                 int v = columnSelection.columnAt(n);
 338
 339                 if (v == column)
 340                 {
 341                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth,
 342                           charHeight);
 343                 }
 344               }
 345             }
 346           }
 347
 348           if (validCharWidth
 349                   && validRes
 350                   && row.annotations[column].displayCharacter != null
 351                   && (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))
 352           {
 353
 354             if (centreColLabels || scaleColLabel)
 355             {
 356               fmWidth = (float) fm.charsWidth(
 357                       row.annotations[column].displayCharacter
 358                               .toCharArray(), 0,
 359                       row.annotations[column].displayCharacter.length());
 360
 361               if (scaleColLabel)
 362               {
 363                 // justify the label and scale to fit in column
 364                 if (fmWidth > charWidth)
 365                 {
 366                   // scale only if the current font isn't already small enough
 367                   fmScaling = charWidth;
 368                   fmScaling /= fmWidth;
 369                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 370                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 371                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 372                   fmWidth = charWidth;
 373                 }
 374               }
 375             }
 376             else
 377             {
 378               fmWidth = (float) fm
 379                       .charWidth(row.annotations[column].displayCharacter
 380                               .charAt(0));
 381             }
 382             charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 383
 384             if (row.annotations[column].colour == null)
 385               g.setColor(Color.black);
 386             else
 387               g.setColor(row.annotations[column].colour);
 388
 389             if (column == 0 || row.graph > 0)
 390             {
 391               g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,
 392                       (x * charWidth) + charOffset, y + iconOffset);
 393             }
 394             else if (row.annotations[column - 1] == null
 395                     || (labelAllCols
 396                             || !row.annotations[column].displayCharacter
 397                                     .equals(row.annotations[column - 1].displayCharacter) || (row.annotations[column].displayCharacter
 398                             .length() < 2 && row.annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 399             {
 400               g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter, x
 401                       * charWidth + charOffset, y + iconOffset);
 402             }
 403             g.setFont(ofont);
 404           }
 405         }
 406         if (row.hasIcons)
 407         {
 408           char ss = validRes ? row.annotations[column].secondaryStructure
 409                   : ' ';
 410           if (ss == 'S')
 411           {
 412             // distinguish between forward/backward base-pairing
 413             if (row.annotations[column].displayCharacter.indexOf(')') > -1)
 414             {
 415               ss = 's';
 416             }
 417           }
 418           if (!validRes || (ss != lastSS))
 419           {
 420             if (x > -1)
 421             {
 422               switch (lastSS)
 423               {
 424               case 'H':
 425                 drawHelixAnnot(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 426                         column, validRes, validEnd);
 427                 break;
 428
 429               case 'E':
 430                 drawSheetAnnot(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 431                         column, validRes, validEnd);
 432                 break;
 433
 434               case 'S': // Stem case for RNA secondary structure
 435               case 's': // and opposite direction
 436                 drawStemAnnot(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 437                         column, validRes, validEnd);
 438                 break;
 439
 440               default:
 441                 g.setColor(Color.gray);
 442                 g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 443                         - lastSSX, 2);
 444
 445                 break;
 446               }
 447             }
 448             if (validRes)
 449             {
 450               lastSS = ss;
 451             }
 452             else
 453             {
 454               lastSS = ' ';
 455             }
 456             if (x > -1)
 457             {
 458               lastSSX = (x * charWidth);
 459             }
 460           }
 461         }
 462         column++;
 463         x++;
 464       }
 465       if (column >= row.annotations.length)
 466       {
 467         column = row.annotations.length - 1;
 468         validEnd = false;
 469       }
 470       else
 471       {
 472         validEnd = true;
 473       }
 474
 475       // x ++;
 476
 477       if (row.hasIcons)
 478       {
 479         switch (lastSS)
 480         {
 481         case 'H':
 482           drawHelixAnnot(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 483                   column, validRes, validEnd);
 484           break;
 485
 486         case 'E':
 487           drawSheetAnnot(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 488                   column, validRes, validEnd);
 489           break;
 490         case 's':
 491         case 'S': // Stem case for RNA secondary structure
 492           drawStemAnnot(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 493                   column, validRes, validEnd);
 494           break;
 495         default:
 496           drawGlyphLine(g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes,
 497                   column, validRes, validEnd);
 498           break;
 499         }
 500       }
 501
 502       if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 503       {
 504         if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 505         {
 506           if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])
 507           {
 508             float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 509             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 510             {
 511               if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 512               {
 513                 continue;
 514               }
 515
 516               if (aa[gg] != row)
 517               {
 518                 aa[gg].visible = false;
 519               }
 520
 521               if (aa[gg].graphMax > groupmax)
 522               {
 523                 groupmax = aa[gg].graphMax;
 524               }
 525               if (aa[gg].graphMin < groupmin)
 526               {
 527                 groupmin = aa[gg].graphMin;
 528               }
 529             }
 530
 531             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 532             {
 533               if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
 534               {
 535                 drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y, groupmin,
 536                         groupmax, row.graphHeight);
 537               }
 538             }
 539
 540             graphGroupDrawn[row.graphGroup] = true;
 541           }
 542           else
 543           {
 544             drawLineGraph( g, row, startRes, endRes, y, row.graphMin,
 545                     row.graphMax, row.graphHeight);
 546           }
 547         }
 548         else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
 549         {
 550           drawBarGraph(g, row, startRes, endRes, row.graphMin,
 551                   row.graphMax, y);
 552         }
 553       }
 554
 555       if (row.graph > 0 && row.hasText)
 556       {
 557         y += charHeight;
 558       }
 559
 560       if (row.graph == 0)
 561       {
 562         y += aa[i].height;
 563       }
 564     }
 565   }
 566
 567   private Color GLYPHLINE_COLOR=Color.gray;
 568   private Color SHEET_COLOUR=Color.green;
 569   private Color HELIX_COLOUR=Color.red;
 570   private Color STEM_COLOUR=Color.blue;
 571
 572
 573   public void drawGlyphLine(Graphics g, AlignmentAnnotation row, int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes, boolean validEnd)
 574   {
 575     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
 576     g
 577             .fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 578                     - lastSSX, 2);
 579   }
 580
 581   public void drawSheetAnnot(Graphics g, AlignmentAnnotation row, int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes, boolean validEnd)
 582   {
 583     g.setColor(SHEET_COLOUR);
 584
 585     if (!validEnd || !validRes || row.annotations[column] == null
 586             || row.annotations[column].secondaryStructure != 'E')
 587     {
 588       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX
 589               - 4, 7);
 590       g.fillPolygon(
 591               new int[]
 592               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4,
 593                   (x * charWidth) }, new int[]
 594               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
 595               3);
 596     }
 597     else
 598     {
 599       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth
 600               - lastSSX, 7);
 601     }
 602
 603   }
 604
 605   public void drawHelixAnnot(Graphics g, AlignmentAnnotation row, int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes, boolean validEnd)
 606   {
 607     g.setColor(HELIX_COLOUR);
 608
 609     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 610     int x1 = lastSSX;
 611     int x2 = (x * charWidth);
 612
 613     if (MAC)
 614     {
 615       int ofs = charWidth / 2;
 616       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
 617       // to offscreen image on the MAC
 618       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
 619       if (sCol == 0 || row.annotations[sCol - 1] == null
 620               || row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
 621       {
 622       }
 623       else
 624       {
 625         // g.setColor(Color.orange);
 626         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
 627                 0, 0);
 628       }
 629       if (!validRes || row.annotations[column] == null
 630               || row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')
 631       {
 632
 633       }
 634       else
 635       {
 636         // g.setColor(Color.magenta);
 637         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
 638                 + 1, 8, 0, 0);
 639
 640       }
 641
 642       return;
 643     }
 644
 645     if (sCol == 0 || row.annotations[sCol - 1] == null
 646             || row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
 647     {
 648       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
 649       x1 += charWidth / 2;
 650     }
 651
 652     if (!validRes || row.annotations[column] == null
 653             || row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')
 654     {
 655       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset,
 656               charWidth, 8, 270, 180);
 657       x2 -= charWidth / 2;
 658     }
 659
 660     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
 661   }
 662
 663   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int sRes, int eRes, int y, float min, float max, int graphHeight)
 664   {
 665     if (sRes > aa.annotations.length)
 666     {
 667       return;
 668     }
 669
 670     int x = 0;
 671
 672     // Adjustment for fastpaint to left
 673     if (eRes < endRes)
 674     {
 675       eRes++;
 676     }
 677
 678     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
 679
 680     if (sRes == 0)
 681     {
 682       x++;
 683     }
 684
 685     int y1 = y, y2 = y;
 686     float range = max - min;
 687
 688     // //Draw origin
 689     if (min < 0)
 690     {
 691       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
 692     }
 693
 694     g.setColor(Color.gray);
 695     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
 696
 697     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
 698
 699     int column;
 700     int aaMax = aa.annotations.length - 1;
 701
 702     while (x < eRes - sRes)
 703     {
 704       column = sRes + x;
 705       if (hasHiddenColumns)
 706       {
 707         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
 708       }
 709
 710       if (column > aaMax)
 711       {
 712         break;
 713       }
 714
 715       if (aa.annotations[column] == null
 716               || aa.annotations[column - 1] == null)
 717       {
 718         x++;
 719         continue;
 720       }
 721
 722       if (aa.annotations[column].colour == null)
 723         g.setColor(Color.black);
 724       else
 725         g.setColor(aa.annotations[column].colour);
 726
 727       y1 = y
 728               - (int) (((aa.annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
 729       y2 = y
 730               - (int) (((aa.annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
 731
 732       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
 733               + charWidth / 2, y2);
 734       x++;
 735     }
 736
 737     if (aa.threshold != null)
 738     {
 739       g.setColor(aa.threshold.colour);
 740       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
 741       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
 742               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
 743               { 5f, 3f }, 0f));
 744
 745       y2 = (int) (y - ((aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
 746       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
 747       g2.setStroke(new BasicStroke());
 748     }
 749   }
 750
 751   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int sRes, int eRes, float min, float max, int y)
 752   {
 753     if (sRes > aa.annotations.length)
 754     {
 755       return;
 756     }
 757     Font ofont = g.getFont();
 758     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
 759
 760     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
 761
 762     float range = max - min;
 763
 764     if (min < 0)
 765     {
 766       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * aa.graphHeight);
 767     }
 768
 769     g.setColor(Color.gray);
 770
 771     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
 772
 773     int column;
 774     int aaMax = aa.annotations.length - 1;
 775     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile=false;
 776   //    if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("Consensus"))
 777     {
 778       // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile data
 779       if (aa.groupRef != null)
 780       {
 781         renderHistogram = aa.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 782         renderProfile = aa.groupRef.isShowSequenceLogo();
 783         normaliseProfile= aa.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 784       }
 785       else
 786       {
 787         renderHistogram = av_renderHistogram;
 788         renderProfile = av_renderProfile;
 789         normaliseProfile= av_normaliseProfile;
 790       }
 791     }
 792     while (x < eRes - sRes)
 793     {
 794       column = sRes + x;
 795       if (hasHiddenColumns)
 796       {
 797         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
 798       }
 799
 800       if (column > aaMax)
 801       {
 802         break;
 803       }
 804
 805       if (aa.annotations[column] == null)
 806       {
 807         x++;
 808         continue;
 809       }
 810       if (aa.annotations[column].colour == null)
 811         g.setColor(Color.black);
 812       else
 813         g.setColor(aa.annotations[column].colour);
 814
 815       y1 = y
 816               - (int) (((aa.annotations[column].value - min) / (range)) * aa.graphHeight);
 817
 818       if (renderHistogram)
 819       {
 820         if (y1 - y2 > 0)
 821         {
 822           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
 823         }
 824         else
 825         {
 826           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
 827         }
 828       }
 829       // draw profile if available
 830       if (renderProfile && aa.annotations[column].value != 0)
 831       {
 832
 833         int profl[] = getProfileFor(aa, column);
 834         // just try to draw the logo if profl is not null
 835         if (profl != null)
 836         {
 837
 838           float ht = normaliseProfile ? y-aa.graphHeight : y1;
 839           double htn = normaliseProfile ? aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
 840           float wdth;
 841           double ht2 = 0;
 842           char[] dc;
 843
 844           /**
 845            * profl.length == 52 indicates that the profile of a secondary
 846            * structure conservation row was accesed.
 847            * Therefore dc gets length 2, to have space for a basepair instead of
 848            * just a single nucleotide
 849            */
 850           if (profl.length == 52)
 851           {
 852             dc = new char[2];
 853           }
 854           else
 855           {
 856             dc = new char[1];
 857           }
 858           LineMetrics lm=g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
 859           double scale = 1f/(normaliseProfile ? profl[1] : 100f);
 860           float ofontHeight = 1f/lm.getAscent();// magnify to fill box
 861           double scl=0.0;
 862           for (int c = 2; profl != null && c < profl[0];)
 863           {
 864             dc[0] = (char) profl[c++];
 865
 866             if (aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 867             {
 868               dc[1] = (char) profl[c++];
 869             }
 870
 871             wdth = charWidth;
 872             wdth /= (float) fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
 873
 874             ht +=  scl;
 875             {
 876               // if (aa.annotations[column].value==0) {
 877               // g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(wdth,
 878               // (ht2=(aa.graphHeight*0.1/av.charHeight)))));
 879               // ht = y2-(int)ht2;
 880               // } else {
 881               scl=((double)htn)*scale* ((double) profl[c++]);
 882               lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics().getFontRenderContext());
 883               g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
 884                       wdth, scl/lm.getAscent())));
 885               lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
 886
 887               // htn -=ht2;
 888               // }
 889               // ? );// try to get a
 890               // colourscheme for the
 891               // group(aa.groupRef.cs==null)
 892               // ? av.textColour2 :
 893               // cs.findColour(dc));
 894               // System.out.println(dc[0]);
 895               // Debug - render boxes around characters
 896               // g.setColor(Color.red);
 897               // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth, (int)(scl));
 898               // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
 899               g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]));
 900               // (av.globalColourScheme!=null)
 901               g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth,
 902                       (int) (ht + (scl-lm.getDescent()-lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()])));
 903               // ht+=g.getFontMetrics().getAscent()-g.getFontMetrics().getDescent();
 904             }
 905           }
 906           g.setFont(ofont);
 907         }
 908       }
 909       x++;
 910     }
 911     if (aa.threshold != null)
 912     {
 913       g.setColor(aa.threshold.colour);
 914       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
 915       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
 916               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
 917               { 5f, 3f }, 0f));
 918
 919       y2 = (int) (y - ((aa.threshold.value - min) / range) * aa.graphHeight);
 920       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
 921       g2.setStroke(new BasicStroke());
 922     }
 923   }
 924   // used by overview window
 925   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width,
 926           int y, int sRes, int eRes)
 927   {
 928     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
 929     g.setColor(Color.white);
 930     g.fillRect(0, 0, width, y);
 931     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
 932
 933     int x = 0, height;
 934
 935     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
 936     {
 937       if (aa.annotations[j] != null)
 938       {
 939         if (aa.annotations[j].colour == null)
 940           g.setColor(Color.black);
 941         else
 942           g.setColor(aa.annotations[j].colour);
 943
 944         height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * y);
 945         if (height > y)
 946         {
 947           height = y;
 948         }
 949
 950         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
 951       }
 952       x += charWidth;
 953     }
 954   }
 955 }