src/jalview/renderer/ContactMapRenderer.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.renderer;
   5
   6 import java.awt.Color;
   7 import java.awt.Graphics;
   8
   9 import jalview.api.AlignViewportI;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  11 import jalview.datamodel.Annotation;
  12 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  13 import jalview.datamodel.ContactListI;
  14 import jalview.datamodel.ContactRange;
  15 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  16 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  17
  18 /**
  19  * @author jprocter
  20  *
  21  */
  22 public class ContactMapRenderer implements AnnotationRowRendererI
  23 {
  24
  25   @Override
  26   public void renderRow(Graphics g, int charWidth, int charHeight,
  27           boolean hasHiddenColumns, AlignViewportI viewport,
  28           HiddenColumns hiddenColumns, ColumnSelection columnSelection,
  29           AlignmentAnnotation _aa, Annotation[] aa_annotations, int sRes,
  30           int eRes, float min, float max, int y)
  31   {
  32     if (sRes > aa_annotations.length)
  33     {
  34       return;
  35     }
  36     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
  37
  38     int x = 0, y2 = y;
  39
  40     g.setColor(Color.pink);
  41
  42     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
  43
  44     int column;
  45     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
  46     while (x < eRes - sRes)
  47     {
  48       column = sRes + x;
  49       if (hasHiddenColumns)
  50       {
  51         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
  52       }
  53       // TODO: highlight columns selected
  54       boolean colsel = false;
  55       if (columnSelection != null)
  56       {
  57         colsel = columnSelection.contains(column);
  58       }
  59
  60       if (column > aaMax)
  61       {
  62         break;
  63       }
  64
  65       if (aa_annotations[column] == null)
  66       {
  67         x++;
  68         continue;
  69       }
  70       if (_aa.sequenceRef != null)
  71       {
  72         // get the sequence position for the column
  73         column = _aa.sequenceRef.findPosition(column) - 1;
  74       }
  75       ContactListI contacts = viewport.getContactList(_aa, column);
  76       if (contacts == null)
  77       {
  78         return;
  79       }
  80       // Bean holding mapping from contact list to pixels
  81       final ContactGeometry cgeom = new ContactGeometry(contacts,
  82               _aa.graphHeight);
  83
  84       for (int ht = y2, eht = y2
  85               - _aa.graphHeight; ht >= eht; ht -= cgeom.pixels_step)
  86       {
  87         ContactGeometry.contactInterval ci = cgeom.mapFor(y2 - ht,
  88                 y2 - ht + cgeom.pixels_step);
  89         // cstart = (int) Math.floor(((double) y2 - ht) * contacts_per_pixel);
  90         // cend = (int) Math.min(contact_height,
  91         // Math.ceil(cstart + contacts_per_pixel * pixels_step));
  92
  93         // TODO show maximum colour for range - sort of done
  94         // also need a 'getMaxPosForRange(start,end)' to accurately render
  95         Color col;
  96         boolean rowsel = false;
  97         if (columnSelection != null)
  98         {
  99           if (_aa.sequenceRef == null)
 100           {
 101             rowsel = columnSelection.intersects(ci.cStart, ci.cEnd);
 102           }
 103           else
 104           {
 105             // TODO check we have correctly mapped cstart to local sequence
 106             // numbering
 107             int s = _aa.sequenceRef.findIndex(ci.cStart);
 108             int e = _aa.sequenceRef.findIndex(ci.cEnd);
 109             if (s > 0 && s < _aa.sequenceRef.getLength())
 110             {
 111               rowsel = columnSelection.intersects(s, e);
 112             }
 113           }
 114         }
 115         // TODO: show selected region
 116         if (colsel || rowsel)
 117         {
 118
 119           col = getSelectedColorForRange(min, max, contacts, ci.cStart,
 120                   ci.cEnd);
 121           if (colsel && rowsel)
 122           {
 123             col = new Color(col.getBlue(), col.getGreen(), col.getRed());
 124           }
 125           else
 126           {
 127             col = new Color(col.getBlue(), col.getBlue(), col.getBlue());
 128           }
 129           g.setColor(col);
 130         }
 131         else
 132         {
 133           col = getColorForRange(min, max, contacts, ci.cStart, ci.cEnd);
 134           g.setColor(col);
 135         }
 136         if (cgeom.pixels_step > 1)
 137         {
 138           g.fillRect(x * charWidth, ht, charWidth, 1 + cgeom.pixels_step);
 139         }
 140         else
 141         {
 142           g.drawLine(x * charWidth, ht, (x + 1) * charWidth, ht);
 143         }
 144       }
 145       x++;
 146     }
 147
 148   }
 149
 150   // Shading parameters
 151   // currently hardwired for alphafold
 152   Color maxColor = new Color(246, 252, 243),
 153           minColor = new Color(0, 60, 26),
 154           selMinColor = new Color(26, 0, 60),
 155           selMaxColor = new Color(243, 246, 252);
 156
 157   Color shadeFor(float min, float max, float value)
 158   {
 159     return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(value, 0, minColor,
 160             max, maxColor);
 161   }
 162
 163   public Color getColorForRange(float min, float max, ContactListI cl,
 164           int i, int j)
 165   {
 166     ContactRange cr = cl.getRangeFor(i, j);
 167     // average for moment - probably more interested in maxIntProj though
 168     return shadeFor(min, max, (float) cr.getMean());
 169   }
 170
 171   public Color getSelectedColorForRange(float min, float max,
 172           ContactListI cl, int i, int j)
 173   {
 174     ContactRange cr = cl.getRangeFor(i, j);
 175     // average for moment - probably more interested in maxIntProj though
 176     return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour((float) cr.getMean(),
 177             0, selMinColor, max, selMaxColor);
 178   }
 179
 180 }