src/jalview/renderer/ContactMapRenderer.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.renderer;
   5
   6 import jalview.api.AlignViewportI;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   8 import jalview.datamodel.Annotation;
   9 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  10 import jalview.datamodel.ContactListI;
  11 import jalview.datamodel.ContactRange;
  12 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  13 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  14
  15 import java.awt.Color;
  16 import java.awt.Graphics;
  17
  18 /**
  19  * @author jprocter
  20  *
  21  */
  22 public class ContactMapRenderer implements AnnotationRowRendererI
  23 {
  24
  25   @Override
  26   public void renderRow(Graphics g, int charWidth, int charHeight,
  27           boolean hasHiddenColumns, AlignViewportI viewport, HiddenColumns hiddenColumns,
  28           ColumnSelection columnSelection, AlignmentAnnotation _aa,
  29           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
  30           float max, int y)
  31   {
  32     if (sRes > aa_annotations.length)
  33     {
  34       return;
  35     }
  36     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
  37
  38     int x = 0, y2 = y;
  39
  40     g.setColor(Color.pink);
  41
  42     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
  43
  44     int column;
  45     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
  46     while (x < eRes - sRes)
  47     {
  48       column = sRes + x;
  49       if (hasHiddenColumns)
  50       {
  51         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
  52       }
  53       // // TODO: highlight columns selected
  54       // boolean colsel = false;
  55       // if (columnSelection != null)
  56       // {
  57       // colsel = columnSelection.contains(column);
  58       // }
  59
  60       if (column > aaMax)
  61       {
  62         break;
  63       }
  64
  65       if (aa_annotations[column] == null)
  66       {
  67         x++;
  68         continue;
  69       }
  70       if (_aa.sequenceRef != null)
  71       {
  72         // get the sequence position for the column
  73         column = _aa.sequenceRef.findPosition(column) - 1;
  74       }
  75       ContactListI contacts = viewport.getContactList(_aa, column);
  76       if (contacts == null)
  77       {
  78         return;
  79       }
  80       int contact_height = contacts.getContactHeight();
  81       // fractional number of contacts covering each pixel
  82       double contacts_per_pixel = ((double) contact_height)
  83               / ((double) _aa.graphHeight);
  84
  85       int pixels_step;
  86
  87       if (contacts_per_pixel >= 1)
  88       {
  89         // many contacts rendered per pixel
  90         pixels_step = 1;
  91       }
  92       else
  93       {
  94         // pixel height for each contact
  95         pixels_step = (int) Math
  96                 .ceil(((double) _aa.graphHeight) / (double) contact_height);
  97       }
  98
  99       int cstart = 0, cend;
 100
 101       for (int ht = y2,
 102               eht = y2 - _aa.graphHeight; ht >= eht; ht -= pixels_step)
 103       {
 104         cstart = (int) Math.floor(((double) y2 - ht) * contacts_per_pixel);
 105         cend = (int) Math.min(contact_height,
 106                 Math.ceil(cstart + contacts_per_pixel * pixels_step));
 107
 108         // TODO show maximum colour for range - sort of done
 109         // also need a 'getMaxPosForRange(start,end)' to accurately render
 110         Color col = getColorForRange(min, max, contacts, cstart, cend);
 111
 112         // TODO: show selected region
 113         // if (colsel || columnSelection!=null &&
 114         // columnSelection.intersects(cstart,cend))
 115         // {
 116         // g.setColor(col.brighter());
 117         // }
 118         // else
 119         {
 120           g.setColor(col);
 121         }
 122         if (pixels_step > 1)
 123         {
 124           g.fillRect(x * charWidth, ht, charWidth, 1 + pixels_step);
 125         }
 126         else
 127         {
 128           g.drawLine(x * charWidth, ht, (x + 1) * charWidth, ht);
 129         }
 130       }
 131       x++;
 132     }
 133
 134   }
 135
 136   Color minColor = Color.white, maxColor = Color.magenta;
 137
 138   Color shadeFor(float min, float max, float value)
 139   {
 140     return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(value, 0, minColor,
 141             max, maxColor);
 142   }
 143
 144   public Color getColorForRange(float min, float max, ContactListI cl,
 145           int i, int j)
 146   {
 147     ContactRange cr = cl.getRangeFor(i, j);
 148     // average for moment - probably more interested in maxIntProj though
 149     return shadeFor(min, max, (float) cr.getMean());
 150   }
 151
 152 }