src/jalview/renderer/ContactMapRenderer.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.renderer;
   5
   6 import jalview.api.AlignViewportI;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   8 import jalview.datamodel.Annotation;
   9 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  10 import jalview.datamodel.ContactListI;
  11 import jalview.datamodel.ContactRange;
  12 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  13 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  14
  15 import java.awt.Color;
  16 import java.awt.Graphics;
  17
  18 /**
  19  * @author jprocter
  20  *
  21  */
  22 public class ContactMapRenderer implements AnnotationRowRendererI
  23 {
  24
  25   @Override
  26   public void renderRow(Graphics g, int charWidth, int charHeight,
  27           boolean hasHiddenColumns, AlignViewportI viewport, HiddenColumns hiddenColumns,
  28           ColumnSelection columnSelection, AlignmentAnnotation _aa,
  29           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
  30           float max, int y)
  31   {
  32     if (sRes > aa_annotations.length)
  33     {
  34       return;
  35     }
  36     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
  37
  38     int x = 0, y2 = y;
  39
  40     g.setColor(Color.pink);
  41
  42     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
  43
  44     int column;
  45     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
  46     while (x < eRes - sRes)
  47     {
  48       column = sRes + x;
  49       if (hasHiddenColumns)
  50       {
  51         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
  52       }
  53
  54       if (column > aaMax)
  55       {
  56         break;
  57       }
  58
  59       if (aa_annotations[column] == null)
  60       {
  61         x++;
  62         continue;
  63       }
  64       if (_aa.sequenceRef != null)
  65       {
  66         // get the sequence position for the column
  67         column = _aa.sequenceRef.findPosition(column) - 1;
  68       }
  69       ContactListI contacts = viewport.getContactList(_aa, column);
  70       if (contacts == null)
  71       {
  72         return;
  73       }
  74       int contact_height = contacts.getContactHeight();
  75       // fractional number of contacts covering each pixel
  76       double contacts_per_pixel = ((double) contact_height)
  77               / ((double) _aa.graphHeight);
  78
  79       int pixels_step;
  80
  81       if (contacts_per_pixel >= 1)
  82       {
  83         // many contacts rendered per pixel
  84         pixels_step = 1;
  85       }
  86       else
  87       {
  88         // pixel height for each contact
  89         pixels_step = (int) Math
  90                 .ceil(((double) _aa.graphHeight) / (double) contact_height);
  91       }
  92
  93       int cstart = 0, cend;
  94
  95       for (int ht = y2,
  96               eht = y2 - _aa.graphHeight; ht >= eht; ht -= pixels_step)
  97       {
  98         cstart = (int) Math.floor(((double) y2 - ht) * contacts_per_pixel);
  99         cend = (int) Math.min(contact_height,
 100                 Math.ceil(cstart + contacts_per_pixel * pixels_step));
 101
 102         // TODO show maximum colour for range - sort of done
 103         // also need a 'getMaxPosForRange(start,end)' to accurately render
 104         Color col = getColorForRange(min, max, contacts, cstart, cend);
 105
 106         {
 107           g.setColor(col);
 108         }
 109         if (pixels_step > 1)
 110         {
 111           g.fillRect(x * charWidth, ht, charWidth, 1 + pixels_step);
 112         }
 113         else
 114         {
 115           g.drawLine(x * charWidth, ht, (x + 1) * charWidth, ht);
 116         }
 117       }
 118       x++;
 119     }
 120
 121   }
 122
 123   Color minColor = Color.white, maxColor = Color.magenta;
 124
 125   Color shadeFor(float min, float max, float value)
 126   {
 127     return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(value, 0, minColor,
 128             max, maxColor);
 129   }
 130
 131   public Color getColorForRange(float min, float max, ContactListI cl,
 132           int i, int j)
 133   {
 134     ContactRange cr = cl.getRangeFor(i, j);
 135     // average for moment - probably more interested in maxIntProj though
 136     return shadeFor(min, max, (float) cr.getMean());
 137   }
 138
 139 }